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加强学习中的概括
幽门螺杆菌的惊人特征之一是临床分离株之间广泛的遗传多样性。这种多样性归因于突变率升高，DNA修复受损，DNA转移和频繁重组事件。质粒也已在幽门螺杆菌中鉴定出来，但尚不清楚连接是否可以导致临床分离株之间的DNA转移。检查幽门螺杆菌是否具有共轭质粒转移的固有能力，将穿梭载体引入了幽门螺杆菌中，其中含有含有共轭Incp质粒质粒RP4的原始序列，但没有动员（MOB）基因。表明，这些载体可以稳定复制并在幽门螺杆菌菌株中动员。还证明，幽门螺杆菌染色体上携带的trag和弛豫酶（RLX）同源物对于质粒转移至关重要。引物扩展研究和诱变进一步证实了幽门螺杆菌中的弛豫酶同源物RLX1编码能够在RP4 ORIT上作用的功能酶。此外，这项研究的发现表明，TRAG和RLX1独立于先前描述的IV型分泌系统，包括由CAG致病性岛和梳子转化设备编码的，在介导H. Pylori菌株之间的结合质粒DNA转移中。
改进的甲型流感全基因组测序方案
甲型流感病毒突变率高且具有人畜共患潜力，对公共卫生构成重大挑战。全基因组测序 (WGS) 对于监测和鉴定这些病毒至关重要。通常使用牛津纳米孔技术 (ONT) 和 Illumina 新一代测序平台，其中 ONT 的优势在于其长读取能力、可移植性以及在测序过程中实时访问原始数据的独特能力，使其适合快速应对疫情。本研究通过改进 RT-PCR 试剂盒、引物和纯化方法，并评估高通量处理的自动化，优化了 ONT 连接测序甲型流感全基因组方案。与原始 ONT 方案相比，替代 RT-PCR 试剂盒与替代引物相结合，显著提高了读取深度覆盖率，并减少了短而非靶向的读取。这种改进在聚合酶片段的最小读取深度覆盖率方面尤为明显，而聚合酶片段通常面临实现均匀覆盖率的挑战，在 5' 和 3' 末端显示较高的覆盖率，而在中心区域显示较低的覆盖率。这种针对甲型流感 WGS 的优化方案不仅提高了测序质量和效率，而且适用于所有 NGS 平台，因此对于研究流感适应性和改进监测非常有价值。此外，该方案可以进一步完善和调整以用于其他病原体的测序，从而扩大其在各种病原体监测和应对工作中的实用性。
低频体细胞突变是在热带树中遗传的吉安氏菌和Sextonia rubra
体细胞突变可能在植物进化中起作用，但与植物体细胞突变有关的常见期望仍未得到充分的测试。与大多数动物不同，假定植物种系在发育后期被搁置，这导致人们期望植物会沿生长积累体细胞突变。因此，对躯体突变的命运做出了一些预测：突变在植物组织中的频率通常很低。高频的突变具有更高的代际传播的机会。树的分支拓扑决定了突变分配；暴露于紫外线（紫外线）辐射会增加诱变。为了深入了解植物中突变的积累和传播，我们产生了两个高质量的参考基因组和一个独特的数据集，该数据集的60个高覆盖范围 - 整体 - 基因组序列的两种热带树种，番茄科植物（Fabaceae）（fafaceae）（fafaceae）和sextonia rubra（lauraceae）。，我们在D.圭亚那的D. guianensis中发现了15,066个从头突变，在S. rubra中发现了3,208个，令人惊讶的是，几乎全部都以低频发现。我们证明1）低频率突变可以传输到下一代； 2）突变系统发育偏离树的分支拓扑； 3）突变率和突变光谱并不明显受到紫外线暴露差异的影响。总的来说，我们的结果表明，植物生长，衰老，紫外线暴露和突变速率之间的联系比通常想象的要复杂得多。
逐步相关
摘要背景：具有胆囊癌 (GBC) 风险因素的患者致癌的潜在基因改变仍存在争议，尤其是在胰胆管合流异常 (PBM) 患者中。本研究旨在使用新一代测序 (NGS) 阐明 GBC 风险因素与基因改变之间的关联。方法：我们回顾性分析了 64 例确诊为 GBC (n = 26)、PBM [患有 GBC (n = 8)、不患有 GBC (n = 20)] 和慢性胆囊炎患者的切除组织，作为对照组 (n = 10)。从肿瘤及其周围组织中提取 DNA，通过激光捕获显微切割技术精确分离。通过 NGS 检测 50 个癌症相关基因的基因改变，并与临床信息（包括 PBM 状态）进行比较。结果：GBC组织中最常见的基因变异为TP53（50%），其次是EGFR（20.6%）、RB1（17.6%）和ERBB2（17.6%）。20例（58.8%）检测到可通过分子靶向药物靶向的基因变异。对基因变异及危险因素进行统计分析发现，合并PBM的GBC患者TP53变异率高于非PBM患者（p=0.038），对照组上皮、非GBC的PBM患者上皮、合并PBM的GBC患者瘤周黏膜及合并PBM的GBC患者肿瘤组织中TP53突变率分别为10%、10%、38%和75%（p<0.01）。结论：TP53变异比KRAS变异更能导致PBM患者的癌变。
STK11 是一种潜在的治疗和预后生物标志物，与非小细胞肺癌的免疫浸润相关
目的：本研究旨在阐明丝氨酸苏氨酸激酶 11 (STK11) 在非小细胞肺癌 (NSCLC) 中的作用，特别是其在 KRAS 突变 NSCLC 对抗 PD-1 单克隆抗体治疗的耐药性中的作用。该研究还探讨了 STK11 改变对预后、蛋白质相互作用、免疫细胞参与和药物敏感性的影响。方法：进行全面的生物信息学分析以评估各种 NSCLC 亚型中的 STK11 表达水平和突变谱。该研究将这些发现与临床病理特征相关联，并评估了免疫细胞浸润、免疫微环境和潜在的治疗选择。还进行了分子对接分析以研究与各种抑制剂的相互作用。结果：结果显示整个 NSCLC 中的 STK11 表达升高，突变率为 14%，并且与良好的预后相关。发现 STK11 表达与免疫细胞浸润和以免疫活性较低为特征的冷免疫微环境相关。 Nutlin-3a (-) 被确定为 STK11 突变 NSCLC 病例的潜在治疗选择。分子对接分析提供了与各种抑制剂相互作用的见解，为个性化治疗策略提供了前景。结论：本研究强调 STK11 是 NSCLC 的双重预后和治疗生物标志物。研究结果强调了 STK11 与免疫活动之间的复杂相互作用，为 NSCLC 的个性化治疗方法提供了创新途径。关键词：非小细胞肺癌、STK11、免疫细胞浸润、预后生物标志物、治疗生物标志物、免疫疗法耐药性
蛋白质磷酸酶1的原始文章全面分析1调节抑制剂亚基14B，这是与肿瘤发生相关的分子，预后不良
摘要：目的：探索蛋白质磷酸酶1调节抑制剂亚基14B（PPP1R14B）与肺腺癌（LUAD）的发生之间的关系。方法：使用各种数据库进行投资PPP1R14B表达，并使用基因集变量分析（GSVA）和基因集合富集分析（GSEA）评估其分子功能和途径。然后，分析了肿瘤突变与PPP1R14B表达之间的相关性。此外，构建了PPP1R14B的调节网络和表达途径轴。使用反卷积算法分析以及肿瘤免疫功能障碍和排除（TIDE）算法，PPP1R14B与免疫细胞浸润之间的相关性分析是由人均通过形成的。最后，使用临床样品的定量实时聚合酶链反应（QRT-PCR）和免疫组织化学（IHC）染色进行表达验证。结果：PPP1R14B在肿瘤组织中表现高表达。ppp1r14b与T和N阶段和预后不良有关，并与细胞周期，DNA修复和免疫反应低有关。高PPP1R14B表达与高肿瘤突变率有关。确定了PPP1R14B的上游和下游基因，以及蛋白质 - 蛋白质相互作用网络（PPI网络）的构建和PPP1R14B的表达途径轴。ppp1r14b表达与免疫细胞浸润差以及PPP1R14B与肥大细胞和嗜酸性粒细胞浸润之间的负相关性相关。结论：这项研究揭示了LUAD中的PPP1R14B表达较高，其对不良预后的贡献，分子LAR功能，生物途径以及对免疫细胞浸润的影响，并对PPP1R14B在LuAD肿瘤中的作用提供了充分的了解。
早期诊断和定位心肌缺血（MS）和冠状动脉狭窄（CAS）在有效预防中起着至关重要的作用
早期诊断和心肌缺血（MS）和冠状动脉狭窄（CAS）在有效预防和管理缺血性心脏病（IHD）中起着至关重要的作用。心电图摄影（MCG）已成为心脏功能障碍的非侵入性，非接触和高敏性评估的有希望的方法。这项研究从MCG数据中提出了多中心的，启用AI的诊断和心肌缺血和冠状动脉狭窄的位置。为此，我们收集了一个大规模数据集，该数据集由八个临床中心的2,158个MCG记录组成。然后，我们提出了一个基于多尺度视觉变压器的网络，用于从多通道MCG记录中提取时空信息。冠状动脉的解剖学知识和灌溉的左心室区域是通过经过精心设计的基于基于的图形卷积网络（GCN）的特征融合模块纳入的。所提出的方法的准确性为84.7％，灵敏度为83.8％，诊断IHD的特异性为85.6％，五个MS区域的定位平均准确度为78.4％，平均平均准确度为65.3％，在三个冠状动脉中的宿变率定位。随后对独立验证数据集进行验证，该数据集由从四个临床中心收集的268个MCG记录组成，表明准确性为82.3％，敏感性为83.8％，诊断IHD的特异性为81.3％，平均准确性为77.3％，在五个高度脉络上的平均定位率为65. 65. 65.的平均定位。动脉。所提出的方法可以用作快速准确的诊断工具，从而将MCG检查整合到临床常规中。
系统发育学：一种用于处理和分析系统基因组数据
动机：生物学过程中的各种学科并分析了多个序列比对（MSA）和系统基因树，以评估其信息含量，推断进化事件和过程并预测基因功能。但是，由于缺乏统一的工具包，MSA和树木的自动处理仍然是一个挑战。为了填补这一差距，我们介绍了Phykit，这是一种使用30个处理MSA和树木的函数的工具包，包括但不限于估计突变率，序列组成偏见的评估，计算分子时钟的违规程度以及与下属的分子抗体（内部分支）（较低的支撑）。结果：为了证明Phykit的实用性，我们详细介绍了三种用例：（1）总结MSA和系统发育树中的信息内容，以诊断出序列或树数据的潜在偏见； （2）评估基因 - 基因的共同变异，以鉴定基因之间的功能关系，包括新颖的关系，以及（3）标志性的系统发育树中缺乏分辨率事件或多构象，这些事件暗示了快速辐射事件或缺乏数据。我们预计，植物会对处理，检查和得出生物学意义有用。可用性和实施：phykit在GitHub（https://github.com/jlsteenwyk/phykit），pypi（https：//pypi.org/project/phykit/）和Anaconda Cloud（https：//pro）云（https：//p：org/project/phykit/）和Anaconda Cloud（https：httpps：htttps：/带有广泛文档和用户教程的Cense（https://jlsteenwyk.com/phykit）。联系人：jacob.steenwyk@vanderbilt.edu或antonis.rokas@vanderbilt.edu补充信息：补充数据可从Bioinformatics Online获得。
散发性乳腺癌中的线粒体基因组
乳腺癌是女性中最常见的恶性肿瘤，大多数偶发地发生，没有遗传性倾向。然而，零星的乳腺癌比遗传形式的研究较少，迄今为止，几乎没有任何预测性生物标志物存在于前者。此外，尽管据报道线粒体DNA变异与乳腺癌有关，但人群中的发现并不一致。因此，我们就散发性乳腺癌患者和僧伽罗种族的健康对照（n = 60对匹配对）进行了一项案例控制研究，以表征与该疾病相关的编码区域变体并识别任何潜在的生物标志物。线粒体基因组在30对中进行了完全测序，并在其余30对中测序了选定的区域。使用了几种硅内工具来评估观察到的变体的功能意义。在患者和对照组中发现了许多变体。错误的义务变体是多态性或稀有变体。患者和健康对照组之间的患病率没有显着差异（与年龄，体重指数和绝经状态相匹配）。MT-Cyb，MT-ATP6和MT-ND2基因显示出更高的突变率。较高比例的绝经前患者带有错义和致病性变异。在基因中看到了错义变体的独特组合，这些组合主要发生在MT-ATP6和MT-CYB基因中。这种独特的组合仅在患者中发生在肥胖患者中很常见。线粒体DNA变异可能在肥胖和培育前的乳腺癌作用中起作用。分子动力学模拟表明，MT-CO3基因中的突变体，MT-ATP6基因中的T146a的突变体可能比其野生型对应物更稳定。
一块石头两只鸟：抗炎支气管扩张剂AS ...
持续的冠状病毒疾病2019年（COVID-19）受到严重急性呼吸综合症2（SARS-COV-2）引起的大流行，对全世界的公共卫生构成了巨大威胁。虽然疫苗接种对于减少病毒传播和衰减疾病严重程度至关重要，但SARS-COV-2-2疫苗的高突变率的性质降低了，敦促快速开发Covid-19疾病的有效疗法。但是，由于过程漫长的过程和高成本，开发新型药物仍然极具挑战性。另外，在市场上重新利用现有药物是打击Covid-19的大流行的快速安全策略。支气管扩张剂是炎症性肺部疾病的第一线药物，例如哮喘和慢性阻塞性肺疾病（COPD）。与对COVID-19的其他抗炎性药物相比，支气管扩张剂的独特之处在于它们既具有抗炎和支气管扩张性能。支气管扩张剂的双重性能是否赋予了与19 covid-19重新使用的更大潜力。实际上，最近出现了临床和临床前研究，以调查支气管扩张剂的益处，例如Assalbutamol，formoterol和Theophylline在治疗Covid-19中，其中许多研究表明，人们表现出令人鼓舞的效率对减弱性肺炎疾病的效率和其他相关症状。为了综合地了解COVID-19与支气管扩张剂的最新进展，该综述将总结该领域的最新发现，并强调支气管调节剂作为治疗方法的有希望的临床益处，并可能对COVID-19的治疗选择，重点是β2受体抗剂，抗酸性药物，抗酸性药物和抗酸性药物。