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甲型流感病毒突变率高且具有人畜共患潜力，对公共卫生构成重大挑战。全基因组测序 (WGS) 对于监测和鉴定这些病毒至关重要。通常使用牛津纳米孔技术 (ONT) 和 Illumina 新一代测序平台，其中 ONT 的优势在于其长读取能力、可移植性以及在测序过程中实时访问原始数据的独特能力，使其适合快速应对疫情。本研究通过改进 RT-PCR 试剂盒、引物和纯化方法，并评估高通量处理的自动化，优化了 ONT 连接测序甲型流感全基因组方案。与原始 ONT 方案相比，替代 RT-PCR 试剂盒与替代引物相结合，显著提高了读取深度覆盖率，并减少了短而非靶向的读取。这种改进在聚合酶片段的最小读取深度覆盖率方面尤为明显，而聚合酶片段通常面临实现均匀覆盖率的挑战，在 5' 和 3' 末端显示较高的覆盖率，而在中心区域显示较低的覆盖率。这种针对甲型流感 WGS 的优化方案不仅提高了测序质量和效率，而且适用于所有 NGS 平台，因此对于研究流感适应性和改进监测非常有价值。此外，该方案可以进一步完善和调整以用于其他病原体的测序，从而扩大其在各种病原体监测和应对工作中的实用性。
改进的甲型流感全基因组测序方案
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