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基因组工程项目通常利用细菌人工染色体 (BAC) 来携带低拷贝数的多千碱基 DNA 片段。然而，全基因组工程的所有阶段都有可能对合成基因组施加突变，从而降低或消除最终菌株的适应性。在这里，我们描述了对多重自动基因组工程 (MAGE) 协议的改进，以提高重组频率和多路复用性。该协议用于重新编码大肠杆菌菌株，以在基因组范围内用同义替代词替换七个密码子。重新编码菌株的 BAC 中包含的 10 个 44 402–47 179 bp 从头合成 DNA 片段无法补充使用单个抗生素抗性标记所导致的相应 33–61 个野生型基因的缺失。下一代测序 (NGS) 用于识别每个片段中必需基因的 1-7 个非重编码突变，而 MAGE 反过来证明是一种有用的策略，可以在 BAC 中包含的重编码片段上修复这些突变，因为在修复过程中突变基因的重编码和野生型拷贝都必须存在。最后，使用两个基于网络的工具，使用蛋白质结构和功能调用来预测一组非重编码错义突变对菌株适应性的影响。
识别和编辑合成基因组片段改进的策略
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