Argonaute(AGO)蛋白是生命所有领域中存在的保守核酸引导的蛋白质。真核生物Argonaute蛋白(EAGOS)是RNA干扰途径中的关键玩具,并且在生理温度下起RNA引导的RNA核酸内切酶的作用。尽管Eagos被认为是从原核蛋白质(Pagos)演变而来的,但先前研究的Pagos无法在生理温度下催化RNA引导的RNA裂解。在这里,我们描述了来自中粒细菌库尔西亚马西里尼斯(Kmago)的独特pago。kmago利用DNA指南裂解具有较高活性的单链DNA(ssDNA)和RNA靶标。kmago还利用RNA指南在适度的温度下裂解ssDNA和RNA靶标。我们表明,Kmago可以使用5'磷酸化的DNA指南,以切割SS-DNA和RNA,例如Butyricum of Of。小的DNA结合赋予了Kmago上的显着热稳定性,我们可以通过避免DNA指南加载温度来抑制空kmago的独立于导向的质粒加工活性。更重要的是,Kmago在37°C上执行双链DNA和高度结构化的RNA的可编程切割。因此,Kmago可以被视为一种DNA引导的可编程无内能力核酸酶,以使大多数类型的核酸有效地切断。这项研究扩大了我们对AGO蛋白质的理解,可以扩展基于Pago的DNA和RNA MA-MA-MA-MA-MA-MA-NIPULATION工具箱。
受控转基因表达是基因治疗、细胞治疗和生物制造不可或缺的组成部分。然而,大多数应用都基于转录因子的调控,但这种调控存在一些问题,例如表观遗传沉默,限制了表达的寿命和可靠性。组成型转基因转录与转录后基因调控相结合可以对抗沉默,但这种 RNA 或蛋白质水平平台很少存在。我们在此开发了一个 RNA 调控平台,我们称之为“PERSIST”,它由九种 CRISPR 特异性内切酶组成,作为 RNA 级激活剂和抑制剂,以及模块化 OFF 和 ON 开关调控基序。我们表明,PERSIST 调控的转基因表现出强烈的 OFF 和 ON 反应,可抵抗至少两个月的沉默,并且可以轻松分层以构建级联、逻辑功能、开关和其他复杂的电路拓扑。该平台的正交、模块化和可组合特性以及构建稳健且可预测的基因电路的便利性,为基因和细胞疗法带来了无数应用。
,如果我不突出我从东方加州理工学院的理论伪顾问Soonwon Choi突出显示。suonwon于2020年初开始与我们的团队合作,这个联盟一直非常富有成果,并且一直持续到今天。此外,我应归功于我与我分享了紧密合作伙伴关系的很快的学生。丹尼尔·马克(Daniel Mark)具有能够为我提出的任何问题提供答案,并能够从薄空气中发明理论证明和数值分析技术。他深厚的分析知识极大地提高了许多项目。Zhuo Chen是我对大约基准测试项目的不断伴侣,这是我博士学位最复杂的数量级。当我不断地欺骗他进行更多(和更大的)模拟时,他通过他的无与伦比的数字能力,他的奉献精神和耐心使他从字面上实现了整个工作。
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越来越多的证据表明,细胞可以通过产生具有明确定义的介观性能的无膜室来调节时间和空间的生化功能。该控制的基础基础的一种重要机制是由编码多价相互作用的联想无序蛋白驱动的简单共凝作。受这些观察结果的启发,基于对响应式合成聚合物的简单共凝聚的可编程液滴,这些聚合物模仿了生物无序蛋白的“贴纸和间隔者”结构。zwitterionic聚合物,并形成液滴,这些液滴明显地排除了大多数分子。从该参考材料开始,Zwitterionic聚合物中的不同函数组可以从添加添加,以编码越来越多的不同分子间相互作用。这种策略允许独立控制液滴的多个新兴特性,例如刺激反应性,极性,选择性吸收客户分子,融合时间和混杂性。通过利用这种高的可编程性,重现了细胞隔室的模型,并产生能够限制空间中不同分子而没有物理屏障的液滴。此外,这些生物分子分类器也被证明能够定位,分离和使靶分子在复杂的混合物中,在生物序列化和诊断方面开放了吸引力的应用。
摘要:分子载体对于受控释放药物和基因以实现所需的治疗结果是必需的。DNA水凝胶可以在此应用中具有独特的序列依赖性程序能力,这可以是对特定货物分子的精确封装,并允许在目标上释放它们的刺激性响应性。然而,DNA水凝胶本质上易受核酸酶降解的敏感,使它们在生理环境中易受伤害。作为有效的分子载体,DNA水凝胶应能够保护包封的货物分子,直到到达目标并释放到目标后。在这里,我们开发了一种控制DNA水凝胶的酶电阻的简单方法,可通过使用阳离子介导的冷凝和膨胀来释放货物保护和释放。我们发现,通过精子凝结的DNA水凝胶对酶促降解具有高度抗性。,如果将钠离子通过干扰精子和DNA之间的相互作用的钠离子扩展到其原始的,无需的状态,它们再次变得可降解。DNA水凝胶的这些可控制的冷凝,膨胀和降解为开发DNA水凝胶作为有效分子载体的发展铺平了道路。关键字:DNA水凝胶,分子载体,刺激反应能力,体积变化,酶抗性■简介
随着单细胞转录组的可用性不断提高,RNA 特征为靶向活细胞提供了有希望的基础。分子 RNA 传感器将能够在不同情况下研究和治疗干预特定细胞类型/统计数据,特别是在人类患者和非模型生物中。在这里,我们描述了一种使用作用于 RNA 的腺苷脱氨酶 (RADAR) 进行活体 RNA 传感的模块化和可编程设计。我们验证并扩展了我们的基本设计,表征了其性能,并彻底分析了其与人类/小鼠转录组的兼容性。我们还确定了进一步提高输出水平和改善动态范围的策略。我们表明 RADAR 是可编程和模块化的,并且独特地支持紧凑的 AND 逻辑。除了定量之外,RADAR 还可以区分与疾病相关的点突变。最后,我们证明 RADAR 是一个独立的系统,具有在各种生物体中发挥作用的潜力。
将现有程序(P1,P2或P3)分配给一周中的一个或多天。•按键1菜单将光标放在prog下。一周中七天的指标闪烁。•按键4 +选择哪一天或几天,以将程序分配给。使用OK键确认。•P1闪烁。按键4 +选择要应用的程序。使用OK键确认。为例,将P2分配给五个工作日的组,然后将P1分配给两个周末的小组:•按KEY 1菜单将光标置于Prog下。一周中七天的指标闪烁。•按键4 +选择以影响五天的组(五天闪烁)。使用OK键确认。•P1闪烁。按键4 +选择(P2闪烁)。使用OK键确认。•按键4 +选择2个周末(2个周末闪烁的组)组。使用OK键确认。•P1闪烁。使用OK键确认。恒温器返回自动模式。
为了表征和基准测试计算硬件,软件和算法,必须直接拥有许多问题实例。对于量子组合而言,这同样是正确的,其中大量现实世界中的问题实例将允许进行基准研究,从而有助于改善算法和硬件设计。为此,在这里,我们介绍了大量基于Qubit的量子哈密顿量的数据集。数据集,称为Hamlib(用于哈密顿库),可以在线免费获得,并且包含2到1000 QUAT的问题大小。hamlib包括海森堡模型,费米 - 哈伯德模型,玻色 - 哈伯德模型,分子电子结构,分子振动结构,maxcut,max-k -sat,max-k-sat,max-k -cut,qmaxcut,qmaxcut和旅行销售人员问题。这一效率的目标是(a)通过消除需要准备问题实例并将其映射到Qubit表示的需求来节省时间的时间,(b)允许对新算法和硬件进行更彻底的测试,以及(c)允许整个研究中的可重复性和标准化。