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关于 microRNA 引导基因调控特异性的新视角及其对转录因子和 RNA 结合蛋白的潜在推广
过去 20 年来，我们对基因调控特异性的认识发生了深刻变化。以前，人们认为调控因子控制着少数基因，通过“钥匙和锁”机制以精确的特异性识别。但最近，对调控因子结合位点占有率（无论是在 DNA 还是 RNA 靶标上）的全基因组探索揭示了每个研究调控因子的大量分子靶标列表。如此差的生化特异性表明每个调控因子控制许多基因，共同影响生物表型。在这里，我提出了第三种模型，即调控因子的生物特异性仅部分归因于“钥匙和锁”生物化学。相反，调控因子在微观尺度上影响许多基因，但大多数相互作用的生物学后果在中观尺度上被减弱：只有少数调控事件从微观传播到宏观尺度，其他调控事件因稳态机制而变得无关紧要。该模型得到了 microRNA 文献的充分支持，数据表明它扩展到其他调控因子。它一方面调和了来自生物化学和比较基因组学的矛盾观察结果，另一方面又调和了来自体内遗传学的矛盾观察结果，但这种概念上的统一却被常见的误解和违反直觉的图形显示模式所掩盖。要深刻理解基因调控，需要澄清概念，以及更适合的统计分析和图形表示。
o r i g i n a l r e s a a r c h成熟的脑源性神经营养因子及其前体在预测卒中早期失眠p
背景：早期发作失眠（EOI）对患有早期神经系统恶化（END）的患者的调查和管理似乎在临床实践中没有得到充分的优先级。脑衍生的神经营养因子（MBDNF）及其前体ProbDNF在神经可塑性中起重要作用，并且可能与EOI的病理生理机制有关。这项研究旨在研究血清MBDNF，probDNF和MBDNF/probDNF比与EOI与EOI的相关性的关联。方法：在2021年10月至2023年12月的一项前瞻性队列研究中，招募了232例末端的中风患者和56例健康对照（HCS）。使用酶连接的免疫吸附测定法对MBDNF和ProbDNF的血清水平进行定量。EOI是根据睡眠障碍的国际分类（ICSD-3）诊断出的。末端患者根据存在或不存在EOI将其分为亚组。结果：与HC中的患者相比，最终患者的MBDNF，probDNF和MBDNF/probDNF比的血清水平明显降低（所有p <0.05）。在232例最终患者中，有82名（35.3％）发展了EOI。与没有EOI的人相比，具有EOI的人的MBDNF和MBDNF/probDNF比显着较低（全p <0.001）。多元逻辑回归分析表明，男性性别（p = 0.026），汉密尔顿抑郁量表（HAMD）得分（P <0.001），MBDNF（P = 0.009）和MBDNF/probDNF比率（P <0.001）是EOI的独立预测因素。MBDNF和MBDNF/probDNF比分别为0.686和0.778。结论：我们的研究确定了MBDNF水平降低与MBDNF/probDNF比率降低与最终患者EOI的发展之间的相关性。此外，与单独使用MBDNF或ProbDNF相比，MBDNF/probDNF比率可以提供更大的EOI的见解。关键字：脑衍生的神经营养因子，缺血性中风，失眠，早期神经系统劣化，生物标志物
jaspar 2024：转录因子绑定轮廓的开放式数据库20周年
1挪威分子医学中心（NCMM），北欧EMBL合作伙伴关系，奥斯陆大学，奥斯陆0318，奥斯陆，挪威2 Laboratoire Physiologie Pellulagie Cellulaire etvégétale，Univ。Grenoble Alpes，CNRS，CEA，INRAE，IRIG-DBSCI-LPCV，17 Avenue des Martyrs，F-38054，F-38054，法国格林诺布尔，法国3号3号3月3日生物信息学中心，OSLO大学OSLO大学，OSLO大学，OSLO，OSLO，OSLO，NORWAIND 4 MRC LONDY INTICER，MRC LONDY INSTICE of MEDICAL SCIINUTE，DU CANEE，DU CANEE ROADN，DU CANE ROADN，DU CANE ROADN，W1 22 02科学，医学院，伦敦帝国学院医学院，哈默史密斯医院校园，杜凯路，伦敦W12 0nn，英国6 u cane of Electronics，Ru-derBoškovi研究所，BIJENI ˇCKA CESTA，CCKA CESTA，CCKA CESTA，10000 ZAGREB，CROATIA，CROATIA，CROATIA 7 Stanford Cancer Schoolitute of Stanford Cornement of Stanford of Stanford of Stanford of Stanford，CANANFOURT，CAN FORMEREN，CANFOURD，CANANFOURT，CANANFOURD，CANANFOURT不列颠哥伦比亚大学医学遗传学系，医学遗传学系，不列颠哥伦比亚大学，950 W 28号大街，卑诗省V5Z 4H4，加拿大9 H4，加拿大9号肿瘤生物学系，奥斯陆大学医院研究所，奥斯陆大学医院0424 OSLO，挪威10号生物学研究和生物学研究和Innovation Centry of Innovation and Innerovation Centres，002.丹麦哥本哈根N，奥斯陆大学临床医学研究所和奥斯陆大学医院，奥斯陆，挪威奥斯陆医院
机器学习模型预测基于基线临床和免疫因子的长期相互兴趣
此预印本版的版权持有人于2025年2月13日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.12.12.25322164 doi：medrxiv preprint
使用SEQ-DAP-SEQ识别植物转录因子DNA结合位点
5.2索引2 CaagcagaagagcggcataCgagat acatcg gtgactggagttc agacgtgtgtgtgtctcttccgatctccgatc 5.3索引3 caagcagcagaagacggcatacggcataCgctagagctagctcta gccta gccta gcctag gtgactggagttc agacggtgtgtgtgtgcttccgctcgtcggatcgcagtcgcgatc.4 index4 TGGTCA GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.5 Index 5 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT CACTGT GTGACTGGAGTTCA GACGTGTGCTCTTCCGATC 5.6 Index 6 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT ATTGGC GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.7 Index 7 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT GATCTG GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.8 Index 8 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT TCAAGT GTGACTGGAGTTCA GACGTGTGCTCTTCCGATC 5.9 Index 9 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT CTGATC GTGACTGGAGTTCA GACGTGTGCTCTTCCGATC 5.10 Index 10 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAAGCTAGTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.11 Index 11 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT GTAGCC GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.12索引12 caagcagaagacggcatacgagat tacaag gtgactggagttc agacgtgtgtgctttccgatc
姜黄素和醋栗联合补充对 2 型糖尿病患者血脂状况、血糖状态、抗氧化指数、炎症因子和肝酶的影响：一项双盲、随机对照试验方案
草药补充剂，如印度醋栗和姜黄素（源自姜黄），作为 2 型糖尿病的补充干预措施越来越受欢迎。姜黄（Curcuma longa）主要生长在印度，属于姜科植物，因其活性化合物姜黄素而享有盛誉。然而，姜黄素的疏水性导致生物利用度低，必须与脂质载体或其他草药一起给药 (9)。它通过抑制 SREBP1 基因活性和激活 CPT1 和 ACAT 等酶来抑制肝脏脂肪生成，同时促进米色脂肪细胞形成作为肥胖治疗的靶点 (10)。体内研究表明，姜黄素的口服生物利用度在纳米颗粒形式下显著增加 (11)。此外，姜黄素对 2 型糖尿病患者具有抗炎和心脏保护作用 (12)。一些研究表明，姜黄素可改善胰岛素敏感性、血糖水平和血脂状况 ( 13 )，但结果好坏参半，其中一项荟萃分析未发现血脂状况发生显著变化 ( 14 )。不过，另一项研究得出结论，姜黄素对葡萄糖代谢有益，并且可显著降低接受姜黄素治疗的患者的低密度脂蛋白 (LDL) 水平 ( 15 )。值得注意的是，将姜黄素与姜黄精油（姜黄酮）结合使用可增强其抗炎潜力，这表明这些植物化学物质在较低剂量下可更有效地预防和管理疾病，且没有副作用 ( 16 , 17 )。
Omentin-1 作为多囊卵巢综合征心血管疾病的预测因子
动脉粥样硬化性心血管疾病 (CVD) 是一种慢性疾病，随着时间的推移缓慢发展，当出现不良反应时通常会进展至晚期状态 (1) 。尽管过去几十年来欧洲一些国家的 CVD 死亡率已显著下降，但 CVD 仍然是全球发病和死亡的主要原因 (2-5) 。据统计，发达国家目前占所有 CVD 死亡率的 80%。预计未来几十年因 CVD 造成的伤残调整生命年 (DALY) 数量将增加，从 1990 年的 8500 万 DALY 损失增加到 2020 年全球 1.5 亿 DALY 损失，仍然是盈利能力丧失的主要身体原因 (6-9) 。生活方式、不良的饮食习惯、缺乏身体活动和心理压力都与 CVD 密切相关 (10) 。根据世界卫生组织 (WHO) 的数据，改善生活方式可以挽救 75% 以上的心血管疾病死亡病例 (6, 11, 12)。尽管只有
硫酸酶修饰因子2作为尿路上皮癌的预测生物标志物
摘要硫酸酶介导细胞表面硫酸盐硫酸盐的硫酸化水平调节信号转导，从而促进癌症的进展。硫酸酶激活需要修饰其催化结构域的硫酸酶修饰因子（SUMF）。SUMF家族在尿路上皮癌（UC）中的作用尚未得到充分评估。在这项研究中，我们使用了在线数据库和免疫组织化学来评估UC中SUMF和相关候选靶标的遗传变化以及MRNA和蛋白质表达。我们发现在UC组织中将SUMF1和SUMF2扩增。较高的SUMF2 mRNA水平与癌症基因组（TCGA）数据集的膀胱UC（BLCA）中的总生存期（OS）和无病生存（DFS）有关。较高的SUMF2蛋白水平与BLCA患者的等级（P <0.001），T状态（P = 0.01）和阶段（P = 0.006）有关。我们还检查了上层UC（UTUC）中的SUMF2表达水平。sumf2表达与UTUC患者的阶段（p = 0.046），较差的OS（P = 0.0022）和DFS（P = 0.019）相关。SUMF2的敲低可显着降低5637个细胞的迁移和侵袭能力。 此外，SUMF2 mRNA水平与BLCA中的FBXW7 mRNA水平负相关。 SUMF2高 / FBXW7低表达曲线预测BLCA中最差的生存率。 综上所述，SUMF2表达与UC患者的不利临床结局有关，并且可以作为UC分期的有用的预后生物标志物。SUMF2的敲低可显着降低5637个细胞的迁移和侵袭能力。此外，SUMF2 mRNA水平与BLCA中的FBXW7 mRNA水平负相关。SUMF2高 / FBXW7低表达曲线预测BLCA中最差的生存率。综上所述，SUMF2表达与UC患者的不利临床结局有关，并且可以作为UC分期的有用的预后生物标志物。