XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System型基
基于胰岛素抵抗的机器学习模型基于2型糖尿病的遗传基础
摘要：胰岛素抵抗（IR）被认为是2型糖尿病（T2D）和代谢综合征（METS）的前体和关键的病理生理学机制。但是，与T2D共享的IR共享的途径尚不清楚。对多个DNA微阵列数据集的荟萃分析可以在多个研究中提供一组强大的元基因。这些元素可能包括IR和T2D共享的基因（密钥元）的子集，并可能负责它们之间的过渡。在这项研究中，我们尝试使用特征选择方法套索来找到这些关键的元素，然后使用这些基因的表达式训练五个机器学习模型：lasso，svm，svm，xgboost，andural sorest和ann。在其中，ANN表现良好，曲线下方的区域（AUC）> 95％。它在测试数据集中的糖尿病患者与正常葡萄糖（NGT）人的区分方面表现出相当不错的表现，在64种人类脂肪组织样品中，糖尿病患者的精度为73％。此外，这些核心元元素还富含与糖尿病相关的术语，并在先前的T2D基因组及其相关的血糖特征HOMA-IR和HOMA-B的研究中发现。因此，该元基因组值得进一步研究IR和T2D的基础分子病理缺陷/途径。
通过新型基因组技术开发的欧盟法律的状态
***********波兰科学院法学研究所，波兰。作者宣布，这项研究是在没有任何商业或财务关系的情况下进行的，这些关系可能被解释为潜在的利益冲突。这项工作得到了根特大学，比利时，布鲁塞尔，比利时的Vrije Universiteit，瑞典战略环境研究基金会（MISTRA），通过Mistra Biotech公共研究计划以及生物技术与生物学科学研究委员会（BBSRC）通过Grant BB/P013511/1 The Johnses Center。作者热烈地感谢以下同事对本文的早期草案的非常有价值的评论和建议：汉斯·乔治·迪德勒（Hans-Georg Dederer），戴维·汉堡（David Hamburger），塞伦·马克·詹森（Soeren Mark Jensen），海伦·马克拉德（Helen Marquard）和伊娃·斯托格（EvaStöger）。适用通常的免责声明。
药物代谢中多晶型基因CYP的分析
摘要异种生物学是一种外国物质的化合物，以药物，致癌物，食物添加或其他成分的形式进入人体。输入的异物将由酶代谢，其中一种是与生理化合物代谢有关的酶细胞色素P450 monooksgenase（CYP）对人体很重要。酶的异生物代谢分为两个阶段，旨在形成更多的极性异种生物学，从而更容易消除身体。许多研究承认，代谢药物的酶和转运蛋白的遗传多态性的存在可以显着影响个体对药物反应时的变化。SNP之一（单核苷酸多态性）是最常见的遗传突变类型，它在个体内或个体之间改变了单个碱基对。数据库在SNP方面发展，因为该开发使用了生物信息学方法，因此可以在更大和较广泛的人类基因组中识别SNP在人类基因组中的鉴定。关键字：异生物学，细胞色素P450酶，SNP（单
全面分析并准确量化 CRISPR-Cas9 基因编辑引起的意外大型基因修饰
迄今为止，大多数基因组编辑分析都是基于量化小插入和缺失。在这里，我们表明 CRISPR-Cas9 基因组编辑可以在不同的原代细胞和细胞系中诱导较大的基因修饰，例如缺失、插入和复杂的局部重排。我们使用不同的方法分析了造血干细胞和祖细胞 (HSPC) 中的大型缺失事件，包括克隆基因分型、液滴数字聚合酶链反应、具有唯一分子标识符的单分子实时测序和长扩增子测序分析。我们的结果表明，在 HSPC 中的 HBB（11.7 至 35.4%）、HBG（14.3%）和 BCL11A（13.2%）基因以及 T 细胞中的 PD-1（15.2%）基因的 Cas9 靶向切割位点处，高达数千个碱基的大量缺失以高频率发生。我们的发现对于推进基因组编辑技术治疗人类疾病具有重要意义，因为非预期的大规模基因修饰可能会持续存在，从而改变生物学功能并减少可用的治疗等位基因。
基于新型基因编辑的方法在饲料和瘤胃古菌中减少牲畜甲烷排放的潜力
摘要：二氧化碳 (CO 2 )、一氧化二氮 (N 2 O) 和甲烷 (CH 4 ) 等人为温室气体排放量不断增加是气候变化的主要驱动因素，如果不加以控制，预计未来几年将带来无数有害后果。鉴于 CH 4 在短期内能够有效地将热量困在空气中，以及反刍动物生产目前占人为排放量的约 30%，人们迫切需要大幅减少反刍动物产生的 CH 4 。虽然正在评估此背景下的各种策略，但可能需要采取多方面的方法来实现显着的减排。饲料补充是一种通过减弱瘤胃古菌的甲烷生成而在该领域显示出前景的策略；然而，这可能成本高昂且有时不切实际。在本篇综述中，我们研究并讨论了使用 CRISPR/Cas 介导的基因编辑平台直接调节饲料和/或瘤胃古生菌本身以减少甲烷生成的前景。这种方法可以提供一种有价值的补充替代方案，并有可能在未来为农业的可持续性以及减缓气候变化做出贡献。
脂质纳米粒子：一种用于临床应用的新型基因传递技术
脂质纳米粒 (LNP) 是一种新兴的药物制剂，可包覆核酸和蛋白质等生物分子，以及由两者制成的复合物 [ 1 – 3 ]。LNP 呈球形，在电子显微镜下可见。治疗性 LNP 的直径小于 100 纳米，由脂质和核酸等有效载荷组成。LNP 的最初想法源于脂质体，这是一种由磷脂和胆固醇制成的简单得多的脂质囊泡，体积比 LNP 大。脂质体是根据脂质双层理论基于细胞膜建模的。脂质体已用于研究水溶液中脂质的物理化学，并已研究其未来临床用途。为了制备脂质体，通常用旋转蒸发器干燥脂质，悬浮在水溶液中，然后用超声处理以获得呈乳状悬浮液的多层囊泡。现代的 LNP 更加复杂，主要由四种不同的脂质制成（表 1）。LNP 的制备程序可能与这些类似，但根据最近的研究结果进行了优化 [ 4 ]。在 LNP 制备过程中，脂质和 RNA 分别溶解在乙醇和酸性水溶液中。接下来，它们用工业用的自动化微流体设备或研究用的移液器混合。然后，通过透析去除乙醇。在大多数工业应用中，需要进行几种色谱纯化程序来提高最终 LNP 产品的真实性。根据 RNA 包封率、LNP 的直径、其 Zeta 电位和其他生物物理参数来检查最终的 LNP 成分。Zeta 电位表示 LNP 的稳定性。为了优化这些获得的参数，使用多分散性指数 (PDI) 来测量包括 LNP 在内的大分子的异质性；小于 0.1 的值通常被认为是优化条件。在配制 LNP 时，脂质的使用量远远超过 RNA（重量比约为 10:1）。
自主车载会合评估和防撞原型基础设施 Austin Probe、Graham Bryan、Tim Woodbury、Evan Novak
用于自主机载会合评估和防撞的原型基础设施 Austin Probe、Graham Bryan、Tim Woodbury、Evan Novak Emergent Space Technologies, Inc. Shiva Iyer、Apoorva Karra 和 Moriba Jah 博士 德克萨斯大学奥斯汀分校 摘要 我们正在努力构建一个可扩展的自主会合评估和避免原型基础设施。这包括一个地面枢纽，用于同步来自操作员的状态信息和计划机动并识别潜在的会合，以及用于自主评估和避免碰撞的机载飞行软件。这项工作将作为 NASA STMD 飞行实验的一部分在 2023 年进行。 1. 简介 会合评估 (CA) 是运行卫星安全的最重要组成部分之一，由于低地球轨道任务和星座的激增，其重要性不断增加。当与集群或星座的自主机动相结合时，难度和复杂性会增加，当此类系统开始与其他自主机动系统交互时，难度和复杂性会进一步增加。由于许多大型自主星座（如 SpaceX Starlink、Amazon Kuiper 和其他商业提供商）以及 SDA 和 MDA 计划在未来十年部署的持久 LEO 星座，找到可扩展的解决方案是实现太空可持续性的关键。
开发针对小菜蛾表型基因的 CRISPR/Cas9 介导基因驱动构建体
基因驱动系统可以确保比正常的孟德尔分离更多地将理想性状传递给后代。成簇的规律散布回文重复序列 (CRISPR)/CRISPR 相关蛋白 9 (Cas9) 介导的基因驱动系统已在双翅目昆虫物种中得到证实，包括果蝇和按蚊，但尚未在其他昆虫物种中得到证实。在这里，我们开发了一种单一的 CRISPR/Cas9 介导的基因驱动构建体，用于小菜蛾，一种对十字花科作物具有高度破坏性的鳞翅目害虫。该基因驱动构建体包含一个 Cas9 基因、一个标记基因 (EGFP) 和一个靶向表型标记基因 (Pxyellow) 的 gRNA 序列，并位点特异性地插入到小菜蛾基因组中。这种基于归巢的基因驱动将包含 Cas9 基因、gRNA 和 EGFP 基因及其启动子的片段约 12 kb 复制到目标位点。总体而言，由于同源定向修复 (HDR)，基因驱动效率为 6.67% – 12.59%，由于非同源末端连接 (NHEJ)，抗性等位基因形成率为 80.93% – 86.77%。此外，与来自雌性亲本的转基因后代相比，来自父本的转基因后代表现出更高的基因驱动效率。这项研究证明了 CRISPR/Cas9 介导的基因驱动构建体在小菜蛾中的可行性，可将所需的性状遗传给后代。这项研究的结果为开发一种有效的 CRISPR/Cas9 介导的基因驱动系统用于害虫防治奠定了基础。
由专家精心策划的大型基准文档数据库...
用于查找相关文献的文档推荐系统大多依赖于十年前开发的方法。这主要是因为缺乏一个涵盖各种研究领域的大型离线黄金标准相关文献基准，以便可以比较、改进新开发的文献检索技术并将其转化为实践。为了克服这个瓶颈，我们成立了 RE 相关文献搜索联盟，该联盟由来自 84 个国家的 1500 多名科学家组成，他们共同注释了超过 180,000 篇 PubMed 收录文章与其各自的种子（输入）文章的相关性。大多数注释都是由经验丰富的种子文章原作者提供的。收集到的数据涵盖了 76% 的所有唯一 PubMed 医学主题词描述符。在不同经验水平、研究领域或注释时间所花费的人之间未观察到系统性偏差。更重要的是，不同科学家对相同文档对的注释高度一致。我们进一步表明，用于生成推荐文章以供评估的三种代表性基线方法（Okapi Best Matching 25、词频 - 逆文档频率和 PubMed 相关文章）具有相似的总体性能。此外，我们发现这些方法各自倾向于生成不同的推荐文章集合，这表明可能需要混合方法来进行比较
用于手指小米的新型基于GBS的SNP标记及其在遗传多样性分析中的使用
eleusine coracana（L。）Gaertn。（通常称为纤维小米）是一种用于食物和饲料的多功能作物。基因组工具对于作物基因库的表征及其基因组主导的繁殖需要。基于高通量测序的表征代表多种农业生态学的纤维细胞种质，被认为是确定其遗传多样性的有效方法，从而提出了潜在的繁殖候选者。在这项研究中，使用基因分型（GBS）方法同时鉴定新型的单核苷酸多态性（SNP）标记和基因型288纤维小米辅助量，从埃塞俄比亚和津巴布韦收集。使用5,226个BI-Callelic SNP在个人和组水平上进行表征，最小等位基因频率（MAF）高于0.05，分布在2,500个纤维小米参考基因组的2,500支支架上。SNP的多态性信息含量（PIC）平均为0.23，其中四分之一的PIC值超过0.32，这使得它们非常有用。基于地理位置的288个加入分为七个种群和种质交换的潜力显示，观察到的杂合性范围狭窄（HO; 0.09 - 0.11）和预期的杂合性（HE），其范围超过了Twofold，从0.11到0.26。等位基因在不同群体中独有的等位基因也得到了识别，这值得进一步研究其与理想性状的潜在关联。在AMOVA，群集，主要坐标和人口结构分析中，埃塞俄比亚和津巴布韦附属之间的高遗传分化很明显。分子方差的分析（AMOVA）揭示了基于地理区域，原产国，流动式，泛质类型和易耐受性的种类群之间的高度显着遗传分化（p <0.01）。菲格尔小米附属的遗传多样性水平在埃塞俄比亚内部的位置中适度变化，北部地区的加入水平最低。在邻居加入聚类分析中，这项研究中包括的大多数改进的品种都非常紧密，这可能是因为它们是使用遗传学上不同的种质和/或以类似性状（例如谷物产量）选择的。通过来自两国不同地区的跨植物上不同的遗传学加入来重组等位基因，可能会导致出色品种的发展。