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MSS/pMMR转移性结直肠癌联合免疫治疗反应的多组学分子表征
摘要 背景 免疫检查点抑制剂 (ICI) 组合疗法代表了一种新兴的癌症治疗策略。然而，它们对微卫星稳定 (MSS) 或错配修复功能良好 (pMMR) 的结直肠癌 (CRC) 的疗效存在差异。本文，我们进行了多组学表征，以确定与 MSS/pMMR CRC 患者对 ICI 组合疗法反应相关的预测性生物标志物，以便进一步开发 ICI 组合疗法。方法 对在临床试验中接受瑞戈非尼联合纳武单抗 (REGONIVO) 或 TAS-116 联合纳武单抗 (TASNIVO) 治疗的 MSS/pMMR CRC 患者的肿瘤进行全外显子组测序、RNA 测序和多重荧光免疫组织化学分析。本研究纳入了来自 REGONIVO 和 TASNIVO 试验的 22 名和 23 名未接受过 ICI 治疗的患者。我们使用来自每项研究的样本进行了生物标志物分析。结果：在 REGONIVO 应答组，上皮间质转化通路和癌症相关成纤维细胞相关基因上调，在 TASNIVO 应答组，G2M 检查点通路上调。在 REGONIVO 无应答组，MYC 通路上调。在 REGONIVO 试验中，共识分子亚型 4 与应答 (p=0.035) 和更长的无进展生存期 (p=0.006) 显著相关。在 REGONIVO 试验应答组中，CD8 + T 细胞、调节性 T 细胞和 M2 巨噬细胞密度显著高于无应答组。在 TASNIVO 试验中，POLE 基因突变与患者应答显著相关；然而，在两项试验中，应答者和无应答者之间其他突变的频率或肿瘤突变负荷均无显著差异。结论：我们鉴定了与 REGONIVO 和 TASNIVO 疗效相关的分子特征，尤其是与肿瘤微环境因素相关的特征。这些发现可能有助于开发预测治疗效果的生物标志物。
来自细胞系的多组学和药物筛选数据的统计整合
数据集成方法用于获得多个数据集的统一摘要。对于多模态数据，我们提出了一种计算工作流程来联合分析来自细胞系的数据集。该工作流程包括一种用于多组学数据的新型概率数据集成方法，称为 POPLS-DA。该工作流程的动机是对突触核蛋白病的研究，其中在受影响的 LUHMES 细胞系和对照中测量转录组学、蛋白质组学和药物筛选数据。目的是突出显示与突触核蛋白病有关的潜在可用药途径和基因。首先，使用 POPLS-DA 优先考虑最能区分病例和对照的基因和蛋白质。对于这些基因，构建了一个集成的相互作用网络，其中结合了药物筛选数据以突出显示网络中的可用药基因和途径。最后，进行功能富集分析以识别保护性药物靶向的突触和溶酶体相关基因和蛋白质簇。将 POPLS-DA 与其他单组学和多组学方法进行了比较。我们发现，热休克蛋白 70 家族成员 HSPA5 是经过验证的药物（尤其是 AT1 阻滞剂）最常针对的基因之一。HSPA5 和 AT1 阻滞剂之前已被证实与 α-突触核蛋白病理和帕金森病有关，这表明我们的发现具有相关性。我们的计算工作流程确定了治疗突触核蛋白病的新方向。与其他单组学和多组学方法相比，POPLS-DA 提供了更大的可解释基因集。基于 R 和 markdown 的实现可在线免费获取。
多组学基因组学和转录组学信息图
在一个实验中研究多个“ eme”可以帮助研究人员获得对信息从基因到蛋白质的运动的宝贵见解，以更好地了解生活的复杂性。1许多多组合组合是可能的，每个组合都具有独特的好处。具体来说，基因组学和转录组学的组合可以揭示出遗传变异及其后果的更完整的情况。虽然基因组从细胞之间保持相同，但转录组可能会变化，从而扩大研究人员的观点。2
MSS/PMMR转移性结直肠癌的反应反应对组合免疫疗法的反应的多组分分子表征
抽象背景免疫检查点抑制剂已被批准，目前用于复发和转移性头颈部鳞状细胞癌（R/M HNSCC）患者的临床管理。临床试验中报告的益处是可变且异质性的。我们的研究旨在探索和比较在多中心IIIB试验中，基因表达特征与经典生物标志物与经典生物标志物用于免疫治疗治疗的R/M HNSCC患者。方法在Nivactor Tiral（单臂，开放标签，多中心，IIIB期临床试验中，用Nivolumab治疗的铂 - 难治性HNSCC中）前瞻性地收集了临床数据。的发现在免疫治疗的HNSCC患者的外部独立队列中得到了验证，该患者分为长期和短期幸存者（分别自免疫疗法开始以来的总生存率> 18和<6个月）。来自免疫治疗治疗的R/M HNSCC患者的预处理肿瘤组织标本用于PD-L1（肿瘤比例得分；联合阳性评分（CPS））和肿瘤突变负担（Oncopanel TSO500）评估和基因表达分析；在Nivactor数据集中挑战了经典的生物标志物和免疫特征（从文献中检索）。结果集群-6（CL6）在高分（n = 16，20％）和低分（n = 64，80％）中对Nivactor病例的分层表明，在高分中，总体存活率具有统计学意义和临床意义，在高分中的总生存率有所改善（P = 0.00028; HR = 0.00028; hr = 4.34，95％ci 1.84至10.22）= 0.2.2.22 cy toction nucde cy decter and ci ci 1.84至10.22）均可及时范围。 （95％CI 0.603至0.967）。在多元COX回归分析中，Cl6是独立的高得分CL6与更好结果的关联也在：（1）Nivactor无进展生存期（p = 4.93e-05； HR = 3.71，95％CI 1.92至7.18）和目标反应率（AUC = 0.785; 95％CI 0.603至0.9603至0.967）; （2）长期幸存者与短期幸存者（p = 0.00544）。
多组学分析揭示了伽马 - 戴尔塔（γδ）T淋巴细胞的益处，以改善宫颈癌的肿瘤微环境，免疫疗法功效和预后
抽象背景免疫疗法正在增强动量，但目前的治疗方法在受益人方面存在局限性。清除细胞肾细胞癌（CCRCC）在所有实体肿瘤中，NKG2A配体的人类白细胞抗原E（HLA-E）具有最高的表达。在这项研究中，我们旨在研究NKG2A + CD8 + T细胞在肿瘤微环境中的作用及其作为CCRCC中新目标的潜力。Methods This study included four independent cohorts, including 234 patients from Zhongshan cohort (ZSHC) who underwent partial or radical nephrectomy at Zhongshan Hospital, and 117 metastatic patients from metastatic Zhongshan cohort (ZSHC-metastatic renal cell carcinoma) who were treated with immune checkpoint inhibitor or tyrosine kinase inhibitor alone.我们还纳入了530例从癌症基因组地图集中诊断为CCRCC的患者（称为TCGA-KIDNEY肾脏透明细胞癌）和311名来自Checkmate Chort的患者生物信息学探索和假设验证。收集了15例在中山医院接受CCRCC手术的患者的新手术标本进行流式细胞仪分析。另外10个新鲜的手术标本用于研究体外干预后NKG2A阻塞的治疗潜力。使用免疫组织化学染色，流式细胞仪和ZSHC队列中的免疫荧光染色评估NKG2A + CD8 + T细胞的浸润。导致CCRCC中NKG2A + CD8 + T细胞浸润较高的患者表现出更短的总体生存率和对免疫疗法的抗性。NKG2A + CD8 + T细胞表达了上调的检查点分子，并显示出受损的效应函数以及组织呈现特征。编程细胞死亡蛋白1（PD-1）阻滞和NKG2A阻滞的组合表现出增强的CD8 + T细胞效应功能的能力。结论NKG2A + CD8 + T细胞的强烈浸润与预后较差和对免疫疗法的反应有关。NKG2A阻断与当前的免疫疗法相结合，具有重新激活CD8 + T细胞效应功能的强大能力。
TCCIA：探索癌症免疫疗法中circrna的综合资源 MSS/PMMR转移性结直肠癌的反应反应对组合免疫疗法的反应的多组分分子表征 基因表达亚型与结果的关联和... gamma delta t细胞中的急性髓样白血病 e001235.full.pdf CX-072（PACMILIMAB），Probody®PD
靶向免疫检查点的抽象背景免疫疗法在癌症治疗中越来越关注，强调了对预测性生物标志物的需求。圆形RNA（CIRCRNA）已成为肿瘤免疫的关键调节剂，尤其是在PD-1/ PD-L1途径中，并且在预测免疫疗法功效方面具有潜力。然而，尚未完全了解CIRCRNA在癌症免疫疗法中的详细作用。现有数据库专注于CIRCRNA概况或免疫疗法队列，但目前尚无平台可以探索Circrnas和抗肿瘤免疫疗法之间的复杂相互作用。结合了CircRNA概况，免疫疗法反应和临床结果的全面资源对于促进我们对Circrna介导的肿瘤免疫相互作用并发展有效的生物标志物至关重要。解决这些差距的方法，我们构建了癌症circrna免疫体图（TCCIA），这是第一个结合了circrna概况，免疫疗法反应数据以及跨多层类型的临床结果的数据库。TCCIA的构建涉及将标准化的预处理应用于原始测序FASTQ文件，以基于四种已建立的Circrna检测工具的合奏方法来表征Circrna概况，分析肿瘤免疫原型型，并通过免疫检查点构成的免疫疗法响应数据（ICBS）进行了免疫疗法响应数据（ICBS）。结果TCCIA包括从ICBS治疗的25个同类群体以及其他治疗方式中获得的4,000多个临床样本。数据库为研究人员和临床医生提供了一个基于云的平台，该平台可以在ICB的背景下对Circrna数据进行交互式探索。The platform offers a range of analytical tools, including browse of identified circRNAs, visualization of circRNA abundance and correlation, association analysis between circRNAs and clinical variables, assessment of the tumor immune microenvironment, exploration of tumor molecular signatures, evaluation of treatment response or prognosis, and identification of altered circRNAs in immunotherapy-sensitive and resistant tumors.为了说明TCCIA的效用，我们通过采用大规模黑色素瘤和膀胱癌同龄人的分析来展示两个例子，包括CIRCTMTC3和Circmga，这些例子在癌症免疫疗法中展现了不同Circrna表达的不同影响和临床意义。
多组分超导性：手性，列和电荷4E超导状态
rmf＆fu，物理。修订版Lett。 127，047001（2021）Gali＆Rmf，物理。 修订版 b 106，094509（2022）Hecker，Willa，Schmalian和Rmf，Phys。 修订版 b 107，224503（2023）Lett。127，047001（2021）Gali＆Rmf，物理。修订版b 106，094509（2022）Hecker，Willa，Schmalian和Rmf，Phys。修订版b 107，224503（2023）
Tapestri 单细胞多组学平台
Tapestri Pipeline 和 Tapestri Insights 软件解决方案提供针对单细胞 DNA 和蛋白质分析优化的简化生物信息学工作流程。从序列导入到数据分析和可视化，所有这些都以用户友好的体验打包在一起，我们的交钥匙分析解决方案可确保您获得有意义的见解，从而推进您的研究。
![pyrido [2,3-b]吡嗪衍生物的多组分合成](/simg/9/97b06e6cf14808923b2e21bd45505a729ec9bb03.webp)
pyrido [2,3-b]吡嗪衍生物的多组分合成
存在电化学生物传感器，包括基于杂交的传感器，DNA-酶传感器和DNA-MODIED电极传感器。无标签的电化学DNA生物传感器使用电化学传感器来检测和测量样品中DNA的存在，而无需检测到可检测的标签。4比传统的DNA生物传感器具有多个优点，包括高灵敏度，特定城市以及检测少量DNA的能力。他们也相对简单且廉价地制造和运营，使它们成为许多应用程序的吸引人选择。5 DNA电化学生物传感器最有前途的应用之一是医学诊断的ELD。6这些传感器有潜力快速，准确地检测到体内与疾病相关的生物标志物（例如蛋白质或核酸）的存在。这可能会允许早期发现疾病，例如癌症，8种传染病和遗传疾病，从而导致更及时和有效的治疗。9除了医疗应用外，DNA电化学生物传感器还具有潜在的用途，例如，这些传感器可用于检测水，土壤或空气中有害化学物质或污染物的存在。10
多组学整合用于新型疗法设计和新型生物标志物的识别
摘要：多组学是一种前沿方法，它结合了来自不同生物分子水平的数据，例如 DNA、RNA、蛋白质、代谢物和表观遗传标记，以获得对生命系统如何工作和相互作用的整体看法。多组学已用于生物医学研究中的各种目的，例如识别新疾病、发现新药物、个性化治疗和优化疗法。本综述总结了多组学在设计人类疾病新疗法方面的最新进展和挑战，重点介绍了如何整合和分析多种蛋白质组数据以及如何使用多蛋白质组学数据识别新药物靶点的示例。我们还讨论了多组学通过解密蛋白质组的复杂性来开发创新有效疗法的未来方向和机遇。