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World File Search System大肠杆菌
大肠杆菌终结者的智能设计
终端是位于基因3'末端的特定核苷酸序列，并包含转录终止信息。作为基本的遗传调节元件，终结子在基因回路的设计中起着至关重要的作用。准确表征终结器强度对于提高基因电路设计的精度至关重要。终结器强度的实验表征是耗时的和劳动的；因此，有必要开发能够准确预测终结器强度的计算工具。当前的预测方法未完全考虑与终止者有关的序列或热力学信息，而缺乏可靠的模型来准确预测。同时，深层生成模型在生物序列的设计中表现出巨大的潜力，并有望应用于终结序列设计。本研究的重点是大肠杆菌终结剂的智能设计，主要进行以下研究：（1）为大肠杆菌构建固有的终结器强度预测模型，这项研究提取了大肠杆菌固有末端的序列特征和热力学特征。基于选定功能的机器学习模型实现了R 2 = 0.72的预测性能。（2）本研究采用生成对抗网络（GAN）来从内在的终结器序列训练数据中学习并生成终结器序列。评估表明，生成的终结器表现出与内在终结器相似的数据分布，这证明了Gan生成的终止序列的可靠性。（3）本研究使用构造的终结器强度预测模型从生成的集合中筛选出强终端。实验验证表明，在18个选定的终结者中，有72％的终止效率大于90％，证实了大肠杆菌终结者的智能设计方法的可靠性。总的来说，这项研究构建了大肠杆菌的终结器强度预测模型和终结器生成模型，为基因电路中的终结器设计提供了模型支持。这增强了生物成分设计的模块化，并促进了合成生物学的发展。
应用于大肠杆菌核心代谢
摘要：基本通量模式（EFM）为系统地表征稳态，细胞表型以及代谢网络鲁棒性和脆弱性提供了严格的基础。但是，EFM的数量通常随代谢网络的大小而成倍增长，导致过度的计算需求，不幸的是，由于系统限制，这些EFM的很大一部分在生物学上是不可行的。这种组合爆炸通常阻止对基因组规模代谢模型的完整分析。传统上，EFM是通过Double Description方法计算的，这是一种基于矩阵计算的有效算法；但是，只能将少数几个约束集成到该计算中。他们必须对辅助的设定包含是单调的；否则，必须在后处理中对其进行处理，因此不能节省计算时间。我们提出ASPEFM，这是一种基于答案集编程（ASP）和线性编程（LP）的混合计算工具，允许在实施许多不同类型的约束时进行EFM的计算。我们将方法应用于包含226×10 6 EFM的大肠杆菌核心模型。在考虑转录和环境调节，热力学约束和资源使用方面的考虑时，解决方案空间被降低至可直接使用ASPEFM计算的1118 EFM。使用后处理和Pareto前部分析，可以将完全有氧厌氧的O大肠杆菌生长到O的2个完全有氧厌氧的O 2梯度上的大肠杆菌生长。
大肠杆菌RECQ DNA解旋酶
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携带MCR的临床大肠杆菌的传播...
头部和颈部鳞状细胞癌（HNSCC）源自口腔，咽和喉的粘膜上皮，是头部和颈部最常见的恶性肿瘤（1）。HNSCC是全球第六大癌症，2018年有890,000例新病例和450,000例死亡。HNSCC的发病率继续升高，预计到2030年，预计将增加30％（每年为108万例新病例）（2）。由于头部和颈部复杂的解剖结构，超过50％的HNSCC患者在临床III期或IV期被诊断出，生存率仅为40〜50％。此外，局部复发或转移也导致HNSCC的预后不佳（3）。多模式治疗包括手术，放疗，化学疗法和分子靶向疗法。尽管对治疗方法进行了持续的创新，但仍然存在诸如不足的效率和过度毒性等问题（4）。最近对免疫功能障碍在HNSCC中的作用的最新了解已迅速确立了免疫疗法（IMT）作为有前途的治疗途径（5）。单克隆抗体（MAB）抗编程死亡蛋白1（抗PD-1）Nivolumab和pembrolizumab是批准用于治疗患者的第一个免疫检查点抑制剂（ICI）（ICIS）。抗编程的死亡配体1（抗PD-L1）检查点抑制剂，例如Durvalumab和avelumab等检查点抑制剂（8）。不幸的是，HNSCC的最佳制度仍不清楚。特别是，PD-1治疗作用是由与T淋巴细胞的结合介导的，导致全身作用，而抗PD-L1治疗的活性则针对在肿瘤细胞上表达的受体（9，10）。免疫检查点分子细胞毒性T淋巴细胞抗原4（CTLA-4）（如tremelimumab和ipilimumab）也已用于HNSCC（11）。许多建议基于单一RCT结果或抗PD-1/PD-L1途径IMT荟萃分析。在这篇综述中，我们评估了RCT，评估了通过系统的综述和荟萃分析评估HNSCC患者免疫疗法的效率和安全性。将通过总生存率（OS），无进展生存率（PFS），总反应率（ORR），反应持续时间（DOR）（12）和与治疗相关的不良事件（TRAES）评估全身治疗的活性。
霍乱和产肠毒素大肠杆菌旅行者...
参考文献： DUKORAL® 产品专论 加拿大免疫指南 (CIG)：霍乱和产肠毒素大肠杆菌 (ETEC) 旅行者腹泻疫苗 加拿大政府 霍乱风险 CDC 黄皮书 旅行者腹泻、霍乱 CDC 旅行者健康 霍乱 CDC 霍乱 HealthLinkBC 旅行者腹泻和霍乱疫苗 MyHealthAlberta 旅行者腹泻 IAMAT 如何预防旅行者腹泻 TDN 旅行者腹泻 CIG：接种疫苗后的过敏反应和其他急性反应 CIG：怀孕和哺乳期免疫 SCPP 向父母/法定监护人披露未成年人的个人健康信息
DNA聚合酶I（大肠杆菌）-ABO
DNA聚合酶I（大肠杆菌）是一种固有的3´→5´（校对）和5´→3´核酸酶活性的不可用疗法的DNA聚合酶，此外还具有较低和非特异性核糖核酸酶H活性。5´→3´外核酸酶Acɵvity在生长的DNA链之前去除核驱动器，从而可以进行划痕 - 翻译。因此，DNA聚合酶I（大肠杆菌）不显示链脱位活性，可用于通过尼克翻译来标记DNA，并与DNase I或第二链cDNA合成，或与RNase H. DNA聚合酶I（E. coli）接受Modified nitified nucified Nucified Nucified Nicified Nicified Nicified Nicified 生物素 - ，二氧素蛋白，荧光标记的核苷酸）作为DNA合成的底物。生物素 - ，二氧素蛋白，荧光标记的核苷酸）作为DNA合成的底物。
全球传播远期谱的头孢菌素耐药性在大肠杆菌中由流行质粒驱动的大肠杆菌
a quadram institute bioscience, Norwich Research Park, Norwich NR4 7UQ, United Kingdom B Department of Pathobiology, University of Guelph, Guelph N1G 2W1, Canada C Microbiology Laboratory, Public Health Agency of Canada, Winnipeg, Manitoba R3E 3R2, Antibioresistance and bacterial virulence, ANSES- University of Lyon, Lyon 69007, France e Intestin microbes In fl ammation and susceptibility of the host (M2ISH), Faculty of Medicine, Clermont Auvergne University, Clermont- Ferrand 63001, France F National Reference Center for Antibiotics, Center Hospitalier universitaire-Ferrand, Clermont- Ferrand 63000, France G Institute of Microbiology and Epizootics, School of Veterinary Medicine, Freie柏林大学，柏林大学，14163年，德国H兽医阻力研究中心（TZR），柏林弗里大学兽医医学院，柏林，柏林，柏林14163医学微生物学和传染病，Max Rady医学院，Rady Health Secunty of Manitoba，Manitizization of Manitizistion of Manitizization of Winnipeg，Manitoba Rytoba，Manitoba Rynipeba，Manitoba Rybar3e999999999。抗生素单元监测抗生素的抵抗力，联邦保护和食品安全，柏林12277，德国K东安格利亚大学，诺里奇NR4 NR4 7TJ，英国
大肠杆菌非甲基化基因组 DNA
产品描述 大肠杆菌非甲基化基因组 DNA 包含从 Dam – 和 Dcm – 的 K-12 大肠杆菌菌株中纯化的 DNA。它非常适合用作 DNA 甲基化分析的阴性对照，该分析需要完全没有甲基化的 DNA。该标准还可以在下一代测序文库制备过程中加入实验样品或与实验样品并行运行，以监测亚硫酸盐转化效率和/或工作流程性能。如果用作原位加入对照，大肠杆菌菌株 K-12 亚菌株 MG1655 的参考基因组可用于比对和分析。可通过以下网址访问：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/167?genome_assembly_id=161521 推荐用法 大肠杆菌非甲基化基因组 DNA 可用作亚硫酸盐转化和下游分析的对照，例如亚硫酸盐 PCR、甲基化测序应用、原位加标对照、甲基化测定校准等。 协议 大肠杆菌非甲基化基因组 DNA 是高度完整的基因组 DNA。为了获得最佳结果，在定量和使用前确保 DNA 完全同质且完全溶解非常重要。量化和使用前建议执行以下步骤 1：
生产来自西班牙的大肠杆菌分离株
抗生素耐药性大肠杆菌是导致社区获得性和院内感染的主要病原体之一，发病率和死亡率较高 ( Hu et al., 2022 )。它们被认为是泌尿道感染 (UTI)、菌血症和腹腔内感染 (IAI) 的主要原因之一 ( Balasubramanian et al., 2023 )。大肠杆菌具有获得抗生素耐药基因 (ARG) 的能力，例如 bla CTX-M-15 超广谱 b -内酰胺酶 (ESBL)，并迅速在整个社区传播它们 ( Gonza ́ lez et al., 2020 )。与其他产碳青霉烯酶的肠杆菌（如肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌复合体）相比，产碳青霉烯酶大肠杆菌 (CP-Eco) 在临床环境中分离的频率并不高，但尤其令人担忧。这是因为它们的患病率正在上升（Cañada-Garc ı ́ a 等人，2022 年），人们担心它们会以类似于 ESBLs 的方式在社区中传播碳青霉烯酶基因（Gonza ́ lez 等人，2020 年）。此外，这些分离株通常对其他几种抗生素具有耐药性，因此难以治疗相关感染（Boutzoukas 等人，2023 年）。所有主要的碳青霉烯酶家族均已在 CP-Eco 中检测到 (Grundmann 等人，2017 年)，此外还有多种对临床结果产生负面影响的毒力决定因素 (C ̌ urova ́ 等人，2020 年)。所有这些促使世界卫生组织宣布 CP-Eco 是一个关键的优先问题 (Tacconelli 等人，2018 年)。在全球范围内，抗生素耐药性大肠杆菌在中高收入国家医院内感染的发生率最高，每年造成 300 万至 2500 万人感染 (Balasubramanian 等人，2023 年)。在欧洲，2015 年 CP-Eco 引起的感染人数中位数为 2,619 人，死亡人数中位数为 141 人 (Cassini 等人，2019 年)。在西班牙，CP-Eco 的发病率已从 2013 年的孤立病例（ Oteo 等人，2015 年）发展到 2019 年在西班牙 10 个不同的省份中被发现（ Cañada-Garc ı ́ a 等人，2022 年）。
大肠杆菌基因分型的新方法
摘要：目前迫切需要一种操作简便、快速且成本低廉的大肠杆菌菌株种级鉴别方法。本文提出了两种用于大肠杆菌分离株基因分型的新型原始工具。所开发的第一种方法是 PCR-RFLP（聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性）检测，它使用一个高度可变的 fliC 基因，该基因编码 H 抗原作为分子靶标。在设计通用引物对和选择最佳限制性酶 Rsa I 之前，先对编码 53 种不同血清型 H 抗原（大肠杆菌鞭毛蛋白）的基因序列进行计算机比较分析。在对 16 个大肠杆菌基因组的完整序列进行生物信息学分析的基础上，选择了 MLST 方法的大肠杆菌基因组的目标片段。最初提出了七个分子靶点（七对引物），其中五种被发现可用于有效进行大肠杆菌菌株基因分型。两种开发的方法都显示出很高的区分能力，并且观察到所测试菌株的高度遗传多样性。在测试的 71 个菌株中，用 fliC RFLP-PCR 和 MLST 方法分别发现了 29 个和 47 个簇。用参考 BOX-PCR 方法区分菌株发现了 31 种不同的基因型。计算机分析显示，新 MLST 方法的鉴别能力与 Pasteur 和 Achtman 方案相当，并且高于 Clermont 开发的方法的鉴别能力。从流行病学的角度来看，我们的调查结果显示，在大多数情况下，患者感染了独特的菌株，可能来自环境来源。然而，从儿科、内科和神经内科病房的不同患者身上分离出的一些菌株在综合考虑三种方法的结果时被归类为同一基因型。这可能表明这些菌株在患者之间转移了。