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等位基因特异性基因编辑方法用于恢复 RHO 相关视网膜色素变性患者的视力丧失
。CC-BY 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2022 年 11 月 16 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2022.11.16.516784 doi：bioRxiv 预印本
社论：同种异性造血干细胞移植的免疫学
同种异体造血干细胞移植（HSCT）仍然是几种高风险血液系统恶性肿瘤的唯一治疗方法（1）。免疫反应在同种异体HSCT中的作用既涉及通过移植物与美白细胞（GVL）效应消除该疾病的作用，也涉及移植程序的某些主要并发症的发展，例如移植抑制，Graft-graft-vs.-Host疾病（GVHD）和感染。最近，人们对癌症免疫学和免疫疗法领域的兴趣增加了，这在HSCT场中也受到了反映。许多研究集中在对HSCT免疫生物学的理解上，以减少不良影响并增强抗癌效率。创新的免疫治疗方法，例如双科抗体，检查点抑制剂和嵌合抗原受体（CAR）T细胞越来越多地与同种异体HSCT结合，以改善其治疗性发效性（2）。在本研究主题上发表的文章阐明了同种异体HSCT免疫生物学的一些关键方面及其在翻译实践中的影响。这些贡献范围从回顾性队列研究到典型的病例报告，这些病例报告提供了有关管理特殊且复杂的临床场景的见解。急性GVHD是同种异体HSCT的主要毒性之一。该领域的研究重点是验证可靠的生物标志物用于适应风险的治疗（3）。旨在避免广泛免疫抑制的新治疗策略正在研究中（4）。Sun等。 理想情况下，这样的早期GVHDSun等。理想情况下，这样的早期GVHD通过比较有或没有这种并发症的患者的外周血上的单细胞RNA测序数据，将单核细胞作为预防和治疗急性GVHD的潜在生物标志物的作用。单核细胞在移植后第21天（在GVHD发作之前）显示出明显的增加和激活，这与常规血液检查获得的临床队列结果一致。此外，这些单核细胞能够诱导T细胞的显着较高的增殖速率。
患者特异性TBX5-G125R变体诱导深刻的转录放松调节和心房功能障碍
结果：我们发现Holt -Oram综合征患者心房额外的收缩期和心室传导障碍的高发生率。TBX5 G125R/+小鼠在形态上不受影响，并且显示出可变的RR间隔，心房额外的收缩期和对心房颤动的敏感性，让人联想到TBX5-P.G125R患者。心房传导速度不受影响，但与对照组相比，在TBX5 G125R/+小鼠的分离的心肌细胞中，分离的心肌细胞中延长了收缩和舒张性细胞内钙浓度。心房的转录分析揭示了心肌细胞与其他细胞类型的最深刻的转录变化，并在一千个编码和非编码转录本上鉴定出差异表达。表观遗传分析发现了数千个TBX5-P.G125R敏感的，推定的调节元件（包括增强剂），这些元件可在心房心肌细胞中获得可及性。大多数可访问性增加的站点被TBX5占据。对于转录因子的SP（特异性蛋白）和KLF（特异性蛋白）（特异性蛋白）（特异性蛋白）（Krüppel样因子）家族的DNA结合基序的少量位点富含。这些数据表明，TBX5-P.G125R会诱导调节元件活性的变化，改变转录调控以及心肌细胞行为的变化，这可能是由DNA结合和合作特性改变引起的。
具有高活性、高特异性和广泛 PAM 范围的工程化 xCas12i
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 6 月 17 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.06.15.496255 doi：bioRxiv 预印本
同种异性造血干细胞后死亡率风险的动态预测
确定高风险患者对于提供早期扩展诊断程序和治疗性干预至关重要。临床风险评分，例如造血细胞移植 - 特异性合并症指数（HCT-CI）[2]或内皮激活和压力指数（EASIX）[3] [3]是死亡率风险的宝贵预测因素，但是，不考虑患者的临床过程，因为它们通常仅在入院且不断地更新。医疗数据集的数字化增加允许使用一组广泛的参数，因此可以使用基于机器学习的算法进行风险预测。尽管最终的治疗决定仍在医生中，但这种系统可能会提供宝贵的帮助。为了接受，解释性仍然是一个重要因素。基于复杂的机器学习算法（例如卷积神经网络（CNN））的方法显示出令人鼓舞的结果[4]，但其预测的解释性很难。相比之下，基于树的模型通过提供可解释的功能
转移支原体透明症特异性细胞介导的新生儿猪的免疫力
抽象的支原体溶质膜是猪中enzootic肺炎的主要药物。尽管细胞介导的免疫性（CMI）可能在防御hyopneumoniae的保护中发挥作用，但其从母猪转移到后代的特征很差。因此，在疫苗接种和未接种疫苗的母猪中研究了母体衍生的CMI。还研究了摄入初乳之前的交叉促进对CMI从大坝转移到小猪的转移的潜在影响。六二肠疾病中的hyopneumoniae接种了被人体感染的牛群和47头仔猪，其中24个小猪被交叉寄养，以及三只非疫苗的对照母猪，来自M. hiopneumoniae M. hyopneumoniae-free Herd-free Herd seal-free Herd和24个小猪。疫苗接种的母猪在肌内肌肉内接受了商业细菌，并在for染前6周和3周接受。使用召回测定法评估了不同T细胞子集的TNF-α，IFN-γ和IL-17A的产生。在母猪血液中的细胞因子产生T细胞增加。同样，在这些疫苗接种的母猪中出生的2天大的小猪的血液中检测到了脑性的 - 特异性T细胞。相比之下，在对照母猪的仔猪血液中没有发现脑性的 - 特异性细胞因子产生T细胞。在交叉派生和非交叉式仔猪之间的透明杆菌特异性CMI中没有发现差异。总而言之，不同的Hyopneumoniae M.特异性T细胞子组从母猪转移到后代。需要进一步的研究来研究这些跨性别细胞对小猪中免疫反应的作用及其对透明杆菌感染的潜在保护作用。关键词：支原体溶液，母体免疫，细胞介导的免疫，交叉促进
非特异性肺炎（NSIP）急性加重的细菌学特征
该研究确定大肠杆菌和肺炎链球菌是AE-NSIP患者中最常见和具有统计学意义的细菌分离株。这些发现与先前研究（例如Seth J. Kligerman等人[1]）保持一致，该研究使用培养非依赖性方法记录了NSIP患者的类似病原体。其他报告，例如Hochhegger B等[2]，也表现出NSIP患者的阳性培养物，支持细菌在疾病进展中的潜在作用。与其他肺部疾病真正急性事件不同，NSIP中急性加重的发作通常是阴险的[6]。最近，分子培养的独立技术已经确定了下部气道中的复杂微生物物种，在许多呼吸系统疾病中发生的微生物组发生了不同的改变[7，8]。在Sambataro G等[5]中，他们分析了20例使用细菌性肺炎，非特异性间质性肺炎和急性间质性肺炎，使用细菌性肺炎，使用细菌培养物和凝胶培养物和凝胶培养物和凝胶，分析了20例肺部肺部疾病患者的微生物菌群。鉴定了经典的呼吸道病原体（例如，流感嗜血杆菌）和各种以前未经识别或未经认可的生物。
先天免疫记忆具有刺激特异性
1. 宾夕法尼亚大学工程与应用科学学院生物工程系，宾夕法尼亚州费城，美国 2. 宾夕法尼亚大学艺术与科学学院化学系，宾夕法尼亚州费城，美国 3. 宾夕法尼亚大学艺术与科学学院物理与天文系，宾夕法尼亚州费城，美国 4. 麻省理工学院计算与系统生物学项目，马萨诸塞州剑桥，美国 5. 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院细胞与分子生物学研究生组遗传学与表观遗传学，宾夕法尼亚州费城，美国 6. 威斯塔研究所基因表达与调控项目，宾夕法尼亚州费城，美国 7. 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院细胞与发育生物学系，宾夕法尼亚州费城，美国 8. 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院遗传学系，宾夕法尼亚州费城，美国 *通讯地址：arjunrajlab@gmail.com 摘要 先天免疫记忆 (也称为训练性免疫) 部分定义为其对异源病原体，并且可以由许多不同的刺激产生，表明存在一种“通用”的训练状态。然而，不同的刺激可以形成不同的记忆，从而导致刺激特异性的训练反应。在这里，我们使用原代人类单核细胞衍生的巨噬细胞来展示初次暴露六天后先天免疫记忆的表型和表观遗传刺激特异性。用单分子 RNA 成像对细胞因子产生的量化展示了单细胞水平上对再刺激的刺激特异性反应模式。炎症转录因子的差异许可与染色质特异性的编码有关。训练过的细胞对次级刺激表现出更强烈的反应，这些反应更类似于它们所经历的初始刺激，表明这些刺激特异性记忆具有功能性作用。我们的研究结果表明，不同的刺激不会激活通用的训练状态，而是会传授特定的记忆，从而在巨噬细胞中产生不同的训练表型。
使用非二次各向异性可塑性模型和实心壳有限元
在过去的几十年中，已经开发了一个假定的固体 - 壳有限元素的家族，并具有固体和壳有限元素的丰富益处以及特殊处理，以避免锁定现象。这些元素已被证明在具有各种本构模型的薄3D结构的数值模拟中是有效的。当前的贡献包括发达的线性和二次固体 - 壳元素与铝合金的复杂各向异性可塑性模型的组合。常规二次各向异性产量函数与涉及强各向异性的金属材料形成过程的模拟中的准确性较小。对于这些材料，可以使用晚期非二次产量功能（例如Barlat针对铝合金提出的各向异性产量标准）对塑料各向异性进行建模。在这项工作中，将各种二次和非季度各向异性屈服函数与线性八节点六个节六个固体 - 壳元素和线性六节点棱柱形固体 - 壳元素以及它们的二次对应物结合使用。将所得的固体 - 壳元素实现到Abaqus软件中，以模拟圆柱杯的基准深度绘图过程。对预测结果进行了评估，并将其与文献中获得的实验结果进行了比较。与使用常规二次各向异性产量函数相比，由开发的固体 - 壳元素与非二次各向异性产量功能的组合给出的结果表明，与实验相吻合。
CRISPR/Cas9 介导的视网膜色素变性模型揭示了非洲爪蟾和热带爪蟾穆勒细胞的差异性增殖反应
摘要：视网膜色素变性是一种遗传性视网膜营养不良症，由于视杆细胞逐渐退化，视锥细胞随后非细胞自主性死亡，最终导致失明。视紫红质是本病中最常见的突变基因。本文利用 CRISPR/Cas9 技术，在两种非洲爪蟾（非洲爪蟾和热带爪蟾）中开发了基于视紫红质基因编辑的视网膜色素变性模型。在这两种蟾蜍中，视紫红质功能的丧失都会导致大量视杆细胞变性，其特征是外节逐渐缩短，偶尔会出现细胞死亡，随后视锥细胞形态恶化。尽管这些退化环境看似相似，但我们发现 Müller 神经胶质细胞在非洲爪蟾和热带爪蟾中的行为不同。虽然非洲爪蟾中相当一部分穆勒细胞重新进入细胞周期，但它们在热带爪蟾中的增殖仍然极其有限。因此，这项研究揭示了近亲物种对视网膜损伤的不同反应。这些模型应该有助于我们在未来加深对进化过程中塑造再生的机制的理解，而脊椎动物之间存在巨大差异。