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World File Search System异质性
测量和时空异质性分析数字经济发展与农业碳排放性能之间的耦合协调
新的发展模式已经确定了高质量农业和农村发展的持续进步的两个关键途径：数字化和低碳发展。数字经济和农业碳排放性能以及它们的空间和时间异质性是促进数字化和低碳农业的空间协调和可持续发展的关键步骤。本文采用熵值法，SBM模型和耦合协调学位模型来研究数字经济和农业碳发射的耦合协调测量和时空异质性。所使用的数据是2013年至2021年的省面板数据。模拟结果表明，在2013年至2021年之间，所有省份的数字经济都表现出不同程度的增长，但是各省之间数字经济的发展表现出更为明显的分歧趋势。同时，中国的农业碳排放效率表现出波动的上升趋势。发现数字经济的发展和农业碳排放的效率高度耦合。他们的耦合和协调关系显示出下降趋势，随后趋势向上趋势。一般而言，建议我们应该增加对数字基础设施和技术的投资，促进数字农业应用，增强政治指导和财务支持，建立耦合协调机制，并增强农民的数字素养和环境意识。
先前存在的干细胞异质性决定克隆对癌症驱动突变的采集的反应
2。ICREA，加泰罗尼亚研究与高级研究机构巴塞罗那，西班牙10号加泰罗尼亚。11 12 *这些作者对这项工作也同样贡献13＃铅接触：alejo.rodriguez-fraticelli@irbbarcelona.org 14 15摘要：16 17癌细胞，即使患有相同18个突变的患者，癌细胞也显示出广泛的表型变化。原始细胞的差异提供了潜在的解释，但是这些19种测定在传统上依赖于表面标记，缺乏克隆分辨率来区分20个茎和祖细胞的异质子集。为了应对这一21个挑战，我们开发了Strack，这是一个无偏的框架，纵向追踪22个克隆基因表达和膨胀动力学，并在获得23个癌症突变之前和之后。我们研究了两个不同的白血病驱动突变，即DNMT3A-24 R882H和NPM1CA，发现对这两种突变的响应在不同的干细胞状态下均为25个变量。具体而言，通常随时间越来越多的分化26个偏置干细胞可以有效地随两个突变扩展27。npm1c突变令人惊讶地逆转了克隆蛋白的内在偏置28，茎偏置的克隆会引起更加成熟的恶性29个州。我们提出了一个克隆的“反应规范”，其中预先存在的克隆状态30决定了不同的癌症表型潜力。31 32关键字：单细胞，癌症开始，原始细胞，谱系跟踪，DNMT3A，33 NPM1C，克隆造血症，髓样恶性肿瘤34 35 36亮点：37-单细胞在克隆级别的癌症开始（strack）。43 4438-离体扩展文化维持内在和可遗传的HSC异质性。39-预启示性突变增强了高输出干细胞的自我更新，40增加了其生存概率。41-转化突变重编程低输出干细胞命运到更成熟的42个恶性状态。
单细胞基因组中样品级异质性的深层生成模型
单细胞基因组学领域现在正在观察到包括数百个样本和具有复杂设计的队列研究的流行率显着增加。这些数据具有发现样品或组织级表型与细胞和分子组成如何相关的巨大潜力。但是，当前的分析是基于这些数据的简化表示，通过平均跨单元的信息。我们提出了MRVI，这是一种旨在在单细胞水平上实现队列研究的潜力的深层生成模型。MRVI解决了两个基本和相互交织的问题：将样品分为组并评估组之间的细胞和分子差异，既不需要将细胞先验分组为类型或状态。由于其单细胞的透视图，MRVI能够检测出仅在某些细胞子集中表现出的Covid-19和炎症性肠病（IBD）同类中的患者的临床相关分层，从而实现了否则会被忽视的新发现。同样，我们证明了MRVI可以识别具有相似生化特性的小分子组，并评估它们在大规模扰动研究中对细胞组成和基因表达的影响。MRVI可在scvi-tools.org上作为开源。
单细胞RNA测序揭示了在软骨诱导下脂肪组织衍生的间充质干细胞的异质性
这项研究研究了使用基于液滴的单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）对脂肪组织衍生的间质 - 干细胞（AT-MSC）如何应对软骨诱导的反应。我们分析了来自对照细胞和细胞的37,219个高质量的转录本，诱导了1周（1W）和2周（2W）。四个不同的细胞簇（0-3），无法通过批量分析，有变化的比例来检测。群集1在对照和1W细胞中占主导地位，而簇（3、2和0）分别在对照，1W和2W细胞中占主导地位。此外，出现的簇中的杂素软骨标志物表达。基因本体论（GO）对关键生物逻辑过程中销售的群集特异性变化（BP）的差异基因的富集分析：（1）群集1表现出与核糖体生物发生和转化性控制有关的GO-BP术语的上调，对维持干细胞和家居特性和家用稳定的术语至关重要。 （2）此外，群集1显示了与线粒体氧化代谢相关的GO-BP项上调； （3）群集3显示了与细胞增殖有关的GO-BP项的上调； （4）簇0和2显示了与胶原原纤维组织和超分子纤维组织相关的GO-BP术语的类似上调。但是，只有群集0显示出与核糖体产生有关的GO-BP项显着下降，这意味着核糖体调节与AT-MSC的分化阶段之间存在潜在的相关性。总的来说，我们的发现突出了异质细胞簇，在增殖和分化之间具有不同的平衡，
通过范围内的免疫表型提取自身免疫性疾病的免疫和临床异质性
我们对Zhao等人的研究充满兴趣和惊讶。对SGLT2抑制剂empagliflozin在全身性红斑狼疮（SLE）和MRLLPR小鼠的狼疮样肾炎中的治疗作用。1关注点是：（1）SGLT2是一种主要在肾脏近端小管中表达的钠葡萄糖转运蛋白。sglt2抑制剂可增强钠和葡萄糖排泄，以及其他机制，这些机制对心脏系统，葡萄糖代谢和造血的有益作用。相比之下，没有直接对自身免疫的影响。作者报告了对SLE的各个方面的抑制以及相关的自动免疫，也就是说，对自动反应性免疫细胞克隆产生的全部IgG和双链DNA（DSDNA）自身抗体的深刻抑制作用，在淋巴机构和骨髓中引起了不可能的效果，这使得对这种疾病的效果不佳，并提高了这种效果。（2）作者试图在人类肾脏活检和MRLLPR小鼠肾脏中的足细胞中降低SGLT2蛋白的表达，但是图2中缺乏管状信号清楚地表明，所使用的抗体未检测到SGLT2。1的确，sglt2在管状细胞的刷子边界中的显着染色，在人类肾脏活检的肾小球中几乎没有表达，抗中性粒细胞胞质抗体（ANCA）血管炎或狼疮2与肾炎2的较低者（scrna）的序列（scrna）不一足细胞中的表达水平。未使用适当的实验工具和控件。这与作者在转基因“ Podocyte”细胞系中发现强SGLT2蛋白表达的发现对比。（3）这种健康和患病的肾脏SCRNA测序数据集中的足细胞对NLRP3转录本也为阴性，因此，关于NLRP3炎性症的参与，所有的数据和推测都与已知的证据无关。尤其是，NLRP3免疫染色（在图4G中）1再次缺乏居民或浸润的单核吞噬细胞中的正信号，识别出所述信号是非特异性的。从这个意义上讲，我们最近反驳了体内原代人足细胞和小鼠足细胞中功能性NLRP3炎症体的主张。3此外，我们在同一小鼠模型中对empagliflozin进行了类似的研究，并且没有观察到任何报告的发现（未提交）。我们认为，狼疮性肾炎患者将在慢性肾脏疾病的进展和相关心血管发病率方面受益于SGLT2抑制作用，但Zhao和SoAthors的报告似乎暗示SGLT2抑制作用将是系统性自动自动抑制的有效抑制器。纸张，就其文章而言，得出的结论不受提供的数据的支持。
Janus激酶抑制剂和肿瘤坏死因子 通过范围内的免疫表型提取自身免疫性疾病的免疫和临床异质性 'SGLT2抑制剂减轻了狼疮中的足细胞损伤... 染色质构象的原发性骨关节炎软骨细胞图揭示了新型候选效应基因 抗蛋白精氨酸甲基转移酶5（PRMT5）抗体的鉴定和验证是全身性硬化的新生物标志物（SSC） 用Bimekizumab治疗的轴向脊椎关节炎患者的葡萄膜炎率低：2b/3阶段试验的汇总结果
抽象目的是将Janus激酶抑制剂（JAKI）与肿瘤坏死因子抑制剂（TNFI）的安全性进行比较，并确定类风湿关节炎（RA）和脊柱肝炎患者的药物持久性（SPA）。我们分析了来自Biobadaser 3.0患者的数据，并从2015年到2023年用Jaki或TNFI治疗，并估计了不良事件和持久性的发病率比（IRR）。结果总共包括6826名患者。，有52％的ra，25％的银屑病关节炎和23％的轴向水疗中心。 用TNFI治疗为86％。 平均治疗持续时间为2。2±2。0年，而TNFI的平均治疗持续时间为1.8±1.5，Jaki。 jakis是在具有长期疾病，更合并症和更高治疗线的老年患者中处方的，并且更频繁地作为单一疗法。 用Jaki治疗的RA患者中所有感染和胃肠道事件的IRR较高。 在1、2和3年的药物持久性为TNFI的69％，55％和45％，Jaki为68％，54％和45％。 多元回归模型显示，Jaki的终止可能性较低（HR = 0.85; 95％CI 0.78-0.92），并随之而来的常规合成疾病 - 修改抗疾病药物（HR = 0.90; 95％CI 0.84-0.96）。 停用的风险随糖皮质激素，合并症，疾病活动更大和以后的治疗线而增加。 结论感染，带状疱疹和胃肠道不良事件的RA患者倾向于使用Jaki更频繁。 但是，接受Jaki的患者的预后很差。，有52％的ra，25％的银屑病关节炎和23％的轴向水疗中心。用TNFI治疗为86％。平均治疗持续时间为2。2±2。0年，而TNFI的平均治疗持续时间为1.8±1.5，Jaki。jakis是在具有长期疾病，更合并症和更高治疗线的老年患者中处方的，并且更频繁地作为单一疗法。用Jaki治疗的RA患者中所有感染和胃肠道事件的IRR较高。在1、2和3年的药物持久性为TNFI的69％，55％和45％，Jaki为68％，54％和45％。多元回归模型显示，Jaki的终止可能性较低（HR = 0.85; 95％CI 0.78-0.92），并随之而来的常规合成疾病 - 修改抗疾病药物（HR = 0.90; 95％CI 0.84-0.96）。停用的风险随糖皮质激素，合并症，疾病活动更大和以后的治疗线而增加。结论感染，带状疱疹和胃肠道不良事件的RA患者倾向于使用Jaki更频繁。但是，接受Jaki的患者的预后很差。TNFI和JAKI的持久性相似，尽管与终止相关的因素与诊断组不同。
组异质性
尽管有几种备受瞩目的最先进的方法可用，但分析批量RNA-Seq数据仍在面临重大挑战。最近的研究的证据表明，流行的差异表达（DE）工具（例如EDGER和DESEQ2）容易受到惊人的错误发现率（FDR）的影响。这些研究表明，在这些模型中观察到的FDR通货膨胀可能归因于诸如违反参数假设的问题或无法有效处理数据中的异常值。在这里，我们认为群体异质性也可以促进这一提升的FDR，这一现象在很大程度上被研究界忽略了。我们介绍了一种新型的统计模型Robseq，该模型旨在在差异分析中有效的每种功能建模，当时是当群均均一的假设未得到满足时。Robseq利用了稳健的统计文献中建立的统计机制，包括M估计量来稳健地估计基因表达水平变化和Huber-Cameron方差估计器来计算异性设置中的鲁棒标准误差。此外，出于推理目的，它还结合了Welch T统计量的自由度调整，有效地解决了RNA-Seq差异表达中FDR通胀的问题。通过详细的模拟和全面的基准测试，我们表明Robseq成功地将错误的发现和I型错误率保持在名义级别，同时与众所周知的DE方法相比保留了高统计能力。对种群级RNA-seq数据的分析进一步表明，Robseq能够鉴定出与复杂人类疾病有关的具有生物学上重要的信号和途径，这些信号和途径涉及复杂的人类疾病，否则这些信号和途径否则无法通过已发表的方法揭示。Robseq的实现可在https://github.com/schatterjee30/robseq上公开提供。
DNA甲基化剖面的异质性和10782成人型胶质母细胞瘤的拷贝数变化，IDH-WildType
我们确定了10782个上传到网页www.moleculacularneuropathology.org的甲基化数据集，海德堡脑肿瘤分类器版本v12.8的校准得分≥0.9。这些甲基化类别的特征是诊断胶质母细胞瘤是根据WHO 2021定义在每个类中遇到的最常见的分类。此外，为这项研究选择的甲基化类别主要含有成年患者。无监督的聚类证实，根据WHO 2021年的定义，含有最有可能接受诊断胶质母细胞瘤的肿瘤的九种甲基化类别。拷贝数分析和对具有典型数值改变的基因的关注，揭示了九种甲基化类别之间的明显差异。尽管在过去十年中已经取得了巨大的诊断精度进展，但我们的数据清楚地表明，胶质母细胞瘤，IDH-WildType仍然是一个需要进一步分层的异质群体。
多路复用DNA-Paint成像晚期/溶酶体蛋白组成的异质性
晚期内体/溶酶体（LELS）对于许多生理过程至关重要，它们的功能障碍与许多疾病有关。蛋白质组学分析已经鉴定出数百种LEL蛋白，但是，这些蛋白是否均匀地存在于每个LEL上，或者是否存在具有独特蛋白质组成的细胞类型依赖性LEL亚群，尚不清楚。我们采用了定量的多重DNA-油漆超分辨率方法来检查单个LELS上六种关键LEL蛋白（Lamp1，Lamp2，CD63，TMEM192，NPC1和LAMTOR4）的分布。虽然LAMP1和LAMP2在LEL中含量丰富，但标志着公共种群，大多数分析的蛋白质与特定的LEL亚群有关。我们的多重成像方法基于其独特的膜蛋白组成，最多鉴定出多达八个不同的LEL亚群。此外，我们对这些亚群和线粒体之间的空间关系的分析表明，NPC1阳性LELS的细胞类型特异性趋势与线粒体紧密地位。我们的方法将广泛适用于在许多生物学环境中用单细胞器分辨率来确定细胞器异质性。
将逆增强学习整合到数据驱动的机械计算模型中：一种新的范式来解码癌细胞异质性
细胞异质性是生物学的无处不在，也是成功癌症治疗的主要障碍。已经出现了几种技术，可以沿轴上量化活细胞中的异质性，包括细胞迁移，形态，生长和信号传导。至关重要的是，这些研究表明，细胞异质性并不是细胞控制系统中随机性或失败的结果，而是多细胞系统的一个可预测方面。我们假设复杂组织中的单个细胞可以作为奖励最大化的药物的行为，而奖励感知的差异可以解释异质性。从这个角度来看，我们将逆增强学习作为一种分析细胞异质性的新方法。我们介绍了详细的实验方法，以测量随时间的时间测量细胞异质性，以及这些实验如何生成由细胞状态和作用组成的数据集。接下来，我们展示如何将逆增强学习应用于这些数据集，以推断单个单元格如何基于异质状态选择不同的动作。最后，我们将逆增强学习的潜在应用引入了三个细胞生物学问题。总体而言，我们期望逆增强学习能够揭示为什么细胞行为异质，并基于这种新理解来识别新型治疗方法。