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World File Search System性状
将微生物组和基因组数据结合的机会和限制进行复杂性状预测
摘要背景：使用微生物组数据与主机基因组信息结合使用的复杂性状的分析和预测是一个最引起关注的话题。但是，仍然有许多问题要回答：微生物组对复杂性状预测的有用程度如何？微波性可靠的估计值吗？可以回收宿主基因组，微生物组和现象之间的潜在生物学联系吗？方法：在这里，我们通过（i）制定一种新型的模拟策略来解决这些问题，该策略使用真实的微生物组和基因型数据作为输入，以及（ii）使用方差 - 组件方法（贝叶斯复制的核心kernel hilbert space（RKHS）和贝叶斯变量选择方法（Bayes c）（贝叶斯），以量化contiper and centery centery andy型依次的变化。提出的模拟方法可以通过保留数据的分布性能的置换程序模仿微生物组和基因型数据之间的遗传联系。结果：使用奶牛的实际基因型和瘤胃微生物群的丰度，无论某些微生物群的丰度是否受宿主的直接遗传控制，微生物组数据都可以显着提高表型预测的准确性。此改进在逻辑上取决于微生物组随着时间的推移而稳定。总体而言，尽管通常高度高度的微生物群丰度分布，但随机效应线性方法对于方差构成估计似乎是可靠的。贝叶斯C的预测性能高，但对因果效应的数量比RKHS更敏感。贝叶斯的准确性部分取决于影响表型的微生物类群的数量。结论：我们得出的结论是，可以使用方差成分估计值来表征基因组微生物组 - 链接，但我们对识别影响微生物群的病变遗传效应的可能性不太乐观，而这些宿主遗传效应影响了微生物群的丰富度，而基因组 - 微生物组 - 菌群 - 基因组 - 型号可能需要更大的样本量。复制分析的R代码位于https：//github。com/migue lpere zenci so/simub iome中。
揭开ADHD：基因，同时发生的性状和发展动力学
注意力缺陷/多动症（ADHD）是一种异质性神经发育状况，同事疾病的患病率很高，导致长期管理的难度增加。全基因组关联研究已经确定了多动症与共同出现的精神疾病之间共享的变异。但是，遗传机制尚未完全理解。这项研究将基因表达和空间组织数据纳入了胎儿和成人皮质组织中预测的因果ADHD基因的两样本的孟德尔随机化研究。他们鉴定了四个基因在皮质组织中的ADHD因果关系（胎儿：ST3GAL3，PTPRF，PIDD1；成人：ST3GAL3，TIE1）。蛋白质 - 蛋白质相互作用数据库与因果ADHD基因播种的生物学途径，将这些基因与条件联系起来（例如类风湿关节炎）和生物标志物（例如淋巴细胞计数）已知与ADHD相关，但没有先前显示的遗传关系。在成年肝组织上重复进行分析，在成年肝组织中，预定的因果ADHD基因ST3GAL3与胆固醇性状相关。研究得出的结论是，该分析提供了对ADHD，同时存在性状和生物标志物之间组织依赖性的时间关系的见解。重要的是，它提供了先前研究和未研究的同时存在条件之间的遗传相互作用的证据。该研究对该领域的关键贡献是，鉴定ADHD的促成因果关系的基因，并以组织和时间依赖性的方式显示其生物学途径如何与共同存在的性状和生物标志物联系起来。评论，这是一项真正令人印象深刻的综合研究，使用了高级方法，及时且描述了，具有多种优势，作者也详细介绍了一些局限性。值得突出显示并在下面进行详细介绍。作者在研究ADHD的基本遗传学方面的重要工作受到赞扬，该遗传学的遗传力为74％，大约三分之一的这种遗传力来自普通变体。是针对其他复杂多基因性状的观察到的，许多已鉴定的SNP都在基因组的非编码区域及其对ADHD发展和与共同发生性状的相互作用的影响（S）尚不清楚。因此，在这项研究中，作者询问了一个问题，即他们是否可以通过将它们整合到胎儿和成人脑特异性染色质染色质相互作用和EQTL数据的分析中来识别因果ADHD基因，以便理解为发展ADHD及其共同性性状的个人风险。
使用更新的橄榄 F2 'Koroneiki' 连锁图首次对低活力性状的 QTL 进行定位
橄榄树 ( Olea europaea L. ) 是地中海盆地农业的特色，它在适应高密度果园和机械化栽培方面面临着挑战。这项研究解决了一个关键问题：控制树木大小以提高橄榄种植的效率和可管理性。利用基因作图方法，我们已鉴定出与橄榄树低活力性状相关的重要数量性状位点 (QTL) 和候选基因。我们对 ' Koroneiki ' F2 后代的研究已确定了一个与树干基部直径相关的 QTL——根据形态测量，该性状与植物高度相关。结果强调这些性状受到强大的遗传控制，并且随着时间的推移观察到一致的相关性。我们确定了两个候选基因——酸性磷酸酶 1、莽草酸 O-羟基肉桂酰转移酶和可能与钙反应蛋白相关的 SNP 标记——每个候选基因都可能与植物激素相互作用从而影响生长。控制橄榄树的大小面临着若干挑战，包括大小和活力等多基因性状的遗传复杂性以及有限的砧木选择。通过将参考基因组与我们的基因分析相结合，我们提供了一种概念上的进步，与传统方法相比，它可以大大加快育种时间表。尽管由于橄榄遗传学的复杂性和该物种对转化的顽固性，基因组编辑在未来仍然是一种可能性，但我们的研究为指导未来的育种计划奠定了基础。通过针对已确定的候选基因，这项研究代表着朝着选择新的低活力基因型和砧木迈出了关键的一步，为橄榄种植的创新做出了贡献。
在心理处理的情感理论过程中激活左侧颞中心和邻近的大脑区域，与非临床人群中的性状精神分裂症相关
1 University of Reims Champagne Ardenne, Cognition laboratory, Health, Société, EA 6291, 51100 Reims, France 2 Center Rémois de Psychotherapie and Neuromodulation, 51100 Reims, France 3 University Pole of Psychiatry, EPSM and CHU de Reims, 51100 Reims, France 4 McGill University, Douglas Mental Health University Institute, 11290加拿大蒙特利尔5冠军国立大学研究所，认知科学，技术与人体工程学实验室，图卢兹大学，图卢兹大学，法国81000，阿尔比6 Inserm 6 Inserm U1247 grap，酒精和药物研究小组，Picardy Jules University of Picardy Jules Jules Verne，Verne，Verne Universe verne，80000 Amiens，80000 Amiens，France 7射线科学界，REIMS 5 REIMS 5 REIMS，51100 REIMS，51100，香槟 - 艾登（Champagne-Ardenne），克雷斯特实验室，法国51100雷姆斯9雷米斯大学香槟大学 - 阿尔登大学医学院，法国51100雷姆斯，应将其添加到ksenija vucurovic，ksenija vucurovic，实验室认知，société，société，société，c2s-ea 6291） Cedex 51096，法国。电子邮件：kvucurovic@chu-reims.fr。电子邮件：kvucurovic@chu-reims.fr。
IPB-D2鸡的抗病性状
使用 Kohl 和 Ascoli [13] 改进的间接酶联免疫吸附测定法对 IgY 浓度进行定量，并对洗涤和封闭缓冲液的体积、包被抗体的浓度、终止液的类型和微孔板读数仪的波长进行了修改。用紫外线灭菌后，用 2.5 µ g/mL 浓度的山羊抗 IgY 免疫球蛋白 G (IgG) (SAB3700195，Sigma-Aldrich) 作为捕获抗体包被微孔板。用 pH 9.6 的缓冲碳酸氢盐 (0.005 M 碳酸盐碳酸氢盐) 稀释抗体，并将微孔板在 4°C 下孵育过夜。用磷酸盐缓冲盐水和吐温-20 (PBST-20，pH 7.4) 清洗微孔板 3 次。随后用2%牛血清白蛋白（BSA）封闭微孔板（每孔100 µL），37 ℃孵育1 h，用0.05% PBST清洗微孔板3次，加入血清样品至100 µL（1:100稀释），37 ℃孵育1 h。
TWAS 通过大豆基因表达、结构变异和可变剪接促进基因尺度性状遗传解剖
全基因组关联研究 (GWAS) 可以识别与性状相关的基因座，但识别致病基因可能是一个瓶颈，部分原因是连锁不平衡 (LD) 衰减缓慢。全转录组关联研究 (TWAS) 通过识别基因表达-表型关联或将基因表达数量性状基因座与 GWAS 结果整合来解决这一问题。在这里，我们使用自花授粉大豆 (Glycine max [L.] Merr.) 作为模型来评估 TWAS 在 LD 衰减缓慢的植物物种性状遗传解析中的应用。我们为大豆多样性面板生成了 RNA 测序数据，并识别了 29 286 个大豆基因的遗传表达调控。不同的 TWAS 解决方案受 LD 的影响较小，并且对表达源具有稳健性，可以识别与来自不同组织和发育阶段的性状相关的已知基因。通过 TWAS 鉴定出新的豆荚颜色基因 L2，并通过基因组编辑对其进行了功能验证。通过引入新的外显子比例特征，我们显著提高了由结构变异和可变剪接导致的表达变异的检测。因此，通过我们的 TWAS 方法鉴定出的基因表现出多种多样的因果变异，包括 SNP、插入或缺失、基因融合、拷贝数变异和可变剪接。使用这种方法，我们鉴定出与开花时间相关的基因，包括以前已知的基因和以前未与此特性关联的新基因，从而为 GWAS 的见解提供了补充。总之，这项研究支持将 TWAS 应用于 LD 衰减率较低的物种的候选基因鉴定。
linkAgeMapView：图链接组映射与定量性状基因座
lmv.linkage.plot（mapthis，outfile，mapthese = null，at.axis = null，autoconnadj = true，cex.axis = par（“ cex.axis”），cex.lgtitle = par = par（“ cex.main” col.lgtitle = par（“ col.main”），col.main = par（“ col.main”），conndf = null，denmap = false，dupnbr = false，font.axis = par（“ font.axis”），font.lgtitle = par（“ 0.3，labels.axis = true，lcex = par（“ cex”），lcol = par（“ col”），lfont = par（“ font”），lgperrow = null，lgtitles = null，lgw = 0.25，lgw = 0.25，lg.col = null = null，lg.lwd = par（ lwd.ticks.axis = lwd.axis, main = NULL, markerformatlist = NULL, maxnbrcolsfordups = 3, pdf.bg = "transparent", pdf.family = "Helvetica", pdf.fg = "black", pdf.width = NULL, pdf.height = NULL, pdf.pointsize = 12, pdf.title = "LinkageMapView R output", posonleft = NULL, prtlgtitles = TRUE, qtldf = NULL, revthese = NULL, rcex = par("cex"), rcol = par("col"), rfont = par("font"), roundpos = 1, rsegcol = TRUE, ruler = FALSE, sectcoldf = NULL, segcol = null，qtlscanone = null，showonly = null，unt =“ cm”，ylab = units）
时空综合贝叶斯物种分布模型显示，性状和范围转移之间缺乏广泛的关系
fi g u r e 2研究中观察到的范围偏移概述。（a）研究中存在的原始存在和不存在数据以及存在估计值的后中值。原始观测图上的红点/正方形显示原始物种的检测，而黑点/正方形显示非探测。点代表ebird数据记录，正方形代表Bird Atlas Records。模型估计图中的颜色梯度图显示了该模型估计的存在的可能性，其中更多的黄色表示存在的概率更高。深蓝色和深紫色概述了与示例物种相对应的范围变化的数量。深蓝色：Kori Bustard（Ardeotis kori）；深紫色：von der Decken的Hornbill（Tockus deckeni）。（b）在1980 - 1999年和2000- 2020年之间，单个物种范围移动的相对变化因子分为总范围变化，有意义的收缩分数和有意义的扩张得分。y轴上的值以线性尺度表示。1的相对变化因子对应于收缩或扩张（损失或获得等于机会区域的区域）的无意义变化，而总范围变化没有变化（1980- 1999年的范围等于2000 - 2020年的范围）。一个相对变化因子为2，对应于面积的两倍，而面积减半的系数为0.5。
牲畜复杂性状的遗传分析
出勤政策 本课程要求积极参与、独立完成活动以及与同学在线讨论。因此，熟练的时间管理和良好的组织能力对于成功至关重要。大学关于课堂出勤和补考、作业和其他工作的政策可以在这里找到。你有责任获取每个模块中提供的信息并确保在截止日期之前完成作业。跟上进度、不落后很重要。从上课第一天开始——观看讲座、按时做作业、在需要时寻求帮助——记住，没有什么可以替代日常准备。 联系老师 老师将随时为学生提供服务。请安排在您方便的时候来访。如果您打电话而我没空，请留下您的姓名和电话号码或电子邮件地址，我们会在收到消息后立即与您联系。联系我的最佳方式是通过电子邮件。