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World File Search System报告基因
miR-218-2通过补体成分3-依赖于突触囊泡释放的调节
microRNA-218（miR-218）已与几种认知的神经退行性和神经精神疾病有关。但是，miR-218是否在认知功能中起着直接作用仍然未知。在这里，使用miR -218敲除（KO）小鼠模型和海绵/过表达方法，我们表明miR -218-2但不是mir -218-1可以双向调节小鼠的上下文和空间记忆。此外，miR -218-2缺乏诱发的形态和突触前神经递质在海马中释放，以损害长期增强。结合了RNA测序分析和荧光素酶报告基因测定法，我们确定了补体组合3（C3）作为海马中miR-218的主要靶基因，以调节突触前功能。最后，我们证明了在miR中恢复C3活性-218-2 KO小鼠可以挽救突触和学习缺陷。因此，mir -218-2通过C3在小鼠的认知功能中起着重要作用，这可能是对miR -218相关神经元疾病的有缺陷认知的机制。
2025; 15（8）：3532-3550。 doi：10.7150/thno.103809研究论文M6A SOX18的修饰导致
理由：败血症诱导的心肌病（SIC）是一种迅速发展的疾病，在没有有效的治疗干预的情况下预后不良。心肌细胞凋亡是导致SIC心脏功能障碍的关键因素。目前，对此机制的研究尚不清楚。方法：我们进行了LPS诱导的原代小鼠心肌模型和小鼠SIC建模。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。 进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。 然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。 M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。 结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。 在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。 然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。 结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。 它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。
胆管癌中循环肿瘤DNA的基因分型揭示
上皮免疫反应控制组织稳态，并提供针对不适的药物靶标。在这里，我们报告了一个生成药物发现的框架 - 对病毒感染的细胞反应的现成记者。我们反向工程上皮细胞对SARS-COV-2的反应，SARS-COV-2，这种病毒剂为正在进行的Covid-19 pan-panemic燃料，并设计了合成转录报告基因，其分子逻辑包含干扰素-α/β/β/γ/γ/γ和NF-κB途径。这种调节势反映了从实验模型到严重的Covid-19患者上皮细胞感染的单细胞数据。SARS-COV-2，I型干扰素和RIG-I Drive Reporter Activation。实时细胞图像 - 基于表型药物筛选确定了JAK抑制剂和DNA损伤诱导剂是对干扰素，RIG-I刺激和SARS-COV-2的上皮细胞反应的拮抗调节剂。通过药物对记者的协同或拮抗剂调制，强调了其对内源转录程序的作用机理和收敛性。我们的研究描述了一种剖析对感染和无菌提示的抗病毒反应的工具，并迅速发现了有关新兴病毒的合理药物组合。
tau及以后：神经退行性疾病的蛋白质组学分析，具有120个PLEX CNS病态小组
，采用DNA偶联的抗体将免疫复合物转化为报告基因DNA分子，可以用实时PCR（QPCR）或下一代测序（NGS）进行分析，以实现attomall的检测极限（低于Sub-FG/mL）和100s-Plex的能力。在这里，我们报告了一个120个圆环NULISA面板 - CNS疾病面板120 - 用于全面分析NDD。本小组包括良好的生物标志物，例如神经丝光，α-核蛋白和多种磷酸化的tau蛋白基（P-TAU181，P-TAU217和P-TAU231）以及与NDD有关的其他蛋白质。我们用血液（n = 38）和脑脊液（CSF）（n = 29）样品评估了该测定法的性能。只有10 mL等离子体或CSF，Nulisa表现出高灵敏度（血浆中的可检测性〜95％，CSF的〜80％）和高精度（中位CV〜6.0％）。线性模型分析确定了疾病和年龄匹配对照之间存在显着差异的已知蛋白和新型蛋白质。在高吞吐量系统中具有完全自动化（Argo HT
对肿瘤负担的敏感高通量测定法揭示了大肠癌的果蝇模型对标准化学疗法的响应
摘要：果蝇果蝇（果蝇）模型正在作为研究肿瘤进展的基本机制并鉴定新的治疗剂的强大工具。快速且价格便宜，可以比脊椎动物生物进行遗传和药物筛查。这种基于全生物的药物筛查允许评估药物吸收和毒性，从而减少了假阳性的可能性。在许多上皮癌症中，Wnt和Ras信号通路中的激活突变很常见，当在成年果蝇中肠驱动时，它会诱导侵袭性的肠道肿瘤样产物，这些产物概括了人类结肠癌（CRC）的许多方面。在这里，我们采用了果蝇CRC模型，其中肿瘤细胞用GFP和萤光素酶报告基因标记，并开发了新型的高通量测定法以量化肿瘤负担。利用这些测定法，我们发现果蝇CRC模型对使用标准CRC-drugs的治疗迅速响应，为未来快速遗传和药物筛查打开了大门。
对肿瘤负担的敏感高通量测定法揭示了大肠癌的果蝇模型对标准化学疗法的响应
摘要：果蝇果蝇（果蝇）模型正在作为研究肿瘤进展的基本机制并鉴定新的治疗剂的强大工具。快速且价格便宜，可以比脊椎动物生物进行遗传和药物筛查。这种基于全生物的药物筛查允许评估药物吸收和毒性，从而减少了假阳性的可能性。在许多上皮癌症中，Wnt和Ras信号通路中的激活突变很常见，当在成年果蝇中肠驱动时，它会诱导侵袭性的肠道肿瘤样产物，这些产物概括了人类结肠癌（CRC）的许多方面。在这里，我们采用了果蝇CRC模型，其中肿瘤细胞用GFP和萤光素酶报告基因标记，并开发了新型的高通量测定法以量化肿瘤负担。利用这些测定法，我们发现果蝇CRC模型对使用标准CRC-drugs的治疗迅速响应，为未来快速遗传和药物筛查打开了大门。
高效的敲入方法能够实现谱系追踪...
在这里，我们设计了一种无需克隆的 39 敲入策略，用于斑马鱼，使用 PCR 扩增的 dsDNA 供体，避免破坏目标基因。dsDNA 供体携带编码荧光蛋白和 Cre 重组酶的遗传盒，与内源基因同框，但被可自裂解的肽与其隔开。具有 59 AmC6 末端保护的引物产生了具有更高整合效率的 PCR 扩增子，这些扩增子与预组装的 Cas9/gRNA 核糖核蛋白复合物共注射以进行早期整合。我们针对四个基因位点（krt92、nkx6.1、krt4 和 id2a）并生成了 10 个敲入系，它们可作为内源基因表达的报告基因。敲入 iCre 或 CreERT2 的细胞系用于谱系追踪，结果表明 nkx6.1 + 细胞是多能性胰腺祖细胞，逐渐局限于双能性导管，而 id2a + 细胞在肝脏和胰腺中都是多能性细胞，逐渐局限于导管细胞。此外，肝脏 id2a +
nebuilder hifi dna组件bifold
使用Nebuilder HIFI HIFI DNA组装大师组合（NEB＃E2621），Geneart Gibson组装混合物（Thermo Fisher＃A46627）和Fifusion Snap组装组合（TAKARBLEBLBLEBLEBLBLEBLEBLEM）（TAKARE MIX）（TAKARA）（TAKARE MIX）（takARe Mix77），使用NEBUILDER HIFI HIFI HIFI GASSINBLY MIX（NEB＃E2621），使用线性化载体（30 ng CRISPR核酸酶报告基因DNA）组装。在50°C下进行60分钟或15分钟进行组装反应。2μL组装的混合物被转化为NEB 5-Alpha胜任的大肠杆菌NEB＃C2987）。通过PCR进一步筛选20个菌落，以确认插入物的存在。超过95％的从Nebuilder Hifi和Geneart Gibson组装反应中测试的菌落中包含适当的插入物，尽管Geneart Gibson组装产生的菌落较少。融合式快照没有产生任何成功的菌落。nebuilder Hifi DNA组装主混合均优于Geneart Gibson组装和融合式快照组件。
STRAIGHT-IN Dual：一种将 DNA 有效载荷和基因回路以双重、单拷贝方式整合到人类诱导性多能干细胞中的平台
将 DNA 有效载荷靶向人类 (h)iPSC 涉及多个耗时、低效的步骤，每个构建体都必须重复这些步骤。在这里，我们介绍了 STRAIGHT-IN Dual，它能够在一周内以 100% 的效率同时、等位基因特异性、单拷贝整合两个 DNA 有效载荷。值得注意的是，STRAIGHT-IN Dual 利用 STRAIGHT-IN 平台实现几乎无疤痕的货物整合，促进组件回收以进行后续的细胞修饰。使用 STRAIGHT-IN Dual，我们研究了启动子选择和基因语法如何影响转基因沉默，并展示了这些设计特征对 hiPSC 向神经元正向编程的影响。此外，我们设计了一种格拉瑞韦诱导的 synZiFTR 系统来补充广泛使用的四环素诱导系统，提供转录因子和功能报告基因的独立、可调和时间控制的表达。 STRAIGHT-IN Dual 生成同质基因工程 hiPSC 群体的空前效率和速度代表了合成生物学在干细胞应用领域的重大进步，并为精准细胞工程开辟了机会。
DNA双链破裂修复蛋白的依赖性
DNA双链断裂通过多种途径修复，包括非同源最终连接（NHEJ）和微学介导的端连接（MMEJ）。这些途径的平衡取决于局部染色质的环境，但是对基本机制的理解很少。通过将敲除筛选与双重MMEJ：NHEJ报告基因插入在19种不同的染色质环境中，我们识别了数十种DNA修复蛋白，这些DNA修复蛋白调节途径取决于局部染色质状态。偏爱NHEJ的蛋白质主要与斑塑素协同作用，而有利于MMEJ的蛋白通常与不同类型的异染色质协同作用。前者的例子是BRCA2和民意调查，后者是幻想综合体和ATM。此外，在各种人类癌症类型中，其中几种蛋白质的丧失改变了杂染色质和全染色质之间途径特异性突变的分布。一起，这些结果发现了一个复杂的蛋白质网络，该蛋白质以染色质上下文与依赖性方式调节MMEJ：NHEJ平衡。