限制性片段。为了制备微克量的 Hin 375、Hin 550 和 Hae 790(见图 1),将含有示踪量 lambda [32p]_ DNA(2 X 106 cpm)的 5 mg 纯化 lambda DNA 用 Hin(7)或 Hae(6)消化,乙醇沉淀,重悬于 500 ul DNA 缓冲液(5 mM NaCi、10 mM Tris-HCl,pH 7.4、1 mM EDTA)中,在含有 TBE(1)缓冲液的 3.5% 聚丙烯酰胺凝胶(6 mm X 20 cm X 40 cm)上以 320 V 电泳 23 小时。通过放射自显影定位含有适当限制性片段的凝胶部分,切除,并通过苯酚提取去除 DNA(10)。如前所述,从含有 32P 的 DNA 中分离出高比活度标记的限制性片段(2)。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳确定每个片段的链长(1、2)。
收到2024年2月2日; 2024年5月7日接受;于2024年6月7日发布:1 Doherty应用微生物基因组学,微生物学和免疫学系,墨尔本大学Peter Doherty感染与免疫学研究所,792 Elizabeth Street,Melbourne VIC 3000,澳大利亚澳大利亚墨尔本街792号; 2爱尔兰科克摩尔帕克的Teagasc食品研究中心; 3爱尔兰科克大学科克大学科克大学科克大学的APC微生物组和微生物学院; 4 Vistamilk SFI研究中心,爱尔兰科克Teagasc Moorepark。*信件:John G. Kenny,John。Kenny@teagasc。IE关键字:Amplicons;数据库;长阅读测序;微生物组;纳米孔; rRNA。缩写:COV,变异系数; ESV,精确的序列变体; Grond,基因组衍生的核糖体操纵子数据库; GTDB,基因组分类数据库; IQR,四分位数范围;它的内部转录垫片; NR,非冗余; ONT,牛津纳米孔技术; RRN,16S-ITS-23S rRNA操纵子; rRNA,核糖体RNA; SD,标准偏差; Taxlca,集群中所有序列的最低祖先; Taxmaj,最低的分类学等级,其中所有序列中的所有序列都具有简单的多数协议; Taxrep,集群代表序列的源基因组分类学; UMIS,唯一的分子标识符。数据语句:文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据,代码和协议。本文的在线版本可以使用两个补充表。001255©2024作者
使用0.01%的相对丰度截止的应用导致大多数物种级分类方法的提高F1得分(图。3a.i)。值得注意的是,在ATCC模拟社区的情况下,四种MM方法中的三种,MM_Fangorn-G,MM_Fangorn-R和MM_MIRROR在ONT和PACBIO数据集中均显示出大幅度的F1分数。但是,对于MCAP和MCGD社区,仅在ONT数据集中观察到这一显着增加。专门应用于PACBIO数据的QB方法在ATCC社区的所有五个相对丰度截止值中保持了一致的F1分数。但是,对于MCAP和MCGD社区的相同方法最初在NO(0%)和0.001%的截止值下表现出一致的F1分数,随后逐渐下降了0.001%的临界值。通常,在三个模拟社区中,相对丰度截止的实施没有
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