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World File Search System操纵子
新的RNA工具增强了合成遗传回路的精度
为了解决这个问题，金教授的团队专注于翻译耦合，这是一种自然基因调节机制，通常在操纵子中发现的自然基因调节机制，该机制调节多个基因，上游基因的翻译影响下游基因的翻译效率。通过这项研究，该团队设计了模拟该机制的同义词，并将其与合成生物学RNA设备成功整合在一起，以创建更有效的遗传回路。
使用 CRISPR 干扰和扩展的 PAM 序列来调节微生物代谢率
基因组编辑 CRISPR/Cas9 技术已导致人工转录抑制因子（也称为 CRISPR 干扰 (CRISPRi)）的开发。由 crRNA 引导的失活 Cas9 (dCas9) 蛋白可以特异性地结合靶 DNA 序列，包括启动子和操纵子，而不会切割 DNA。原型间隔区相邻基序 (PAM) 序列依赖性在靶向特异性 CRISPRi 的设计中可能是不利的，因为 PAM 序列对于 CRISPR/Cas9 系统的 DNA 切割至关重要。我们在 L-阿拉伯糖诱导的 P BAD 启动子的控制下，在大肠杆菌中构建了一个染色体整合的 dCas9 系统 (1 araBAD : dcas9)。将携带各种 crRNA 的质粒转化到表达 dCas9 的大肠杆菌中，这些 crRNA 具有针对 gal 启动子（-10 区域）和 gal 操纵子中的 galETK 结构基因的靶序列。在有或没有无偿 L-阿拉伯糖的情况下监测细胞生长和/或半乳糖代谢率。靶向转录延长会部分减缓 D-半乳糖消耗和细胞生长，但靶向转录起始会完全抑制 D-半乳糖消耗和细胞生长。此外，RT-qPCR 分析表明，具有几种修饰 PAM 序列的 CRISPRi 可以抑制靶 DNA 的转录。这些结果表明，可以通过使用 CRISPRi 靶向结构基因或调控区域来控制细胞代谢率和细胞生长；此外，松散的 PAM 序列依赖性可以扩展 CRISPRi 的 DNA 靶标。
对甲基化的生理和转录组反应...
摘要甲基辅酶 M 还原酶 (MCR) 催化甲烷生成的最后步骤，甲烷生成是一种微生物代谢，几乎所有的生物甲烷排放到大气中都是由它引起的。几十年的生化和结构研究已经对 MCR 的体外功能产生了详细的了解，但对于 MCR 和甲烷产菌生理之间的相互作用知之甚少。例如，虽然通常说 MCR 催化甲烷生成的限速步骤，但这尚未经过明确的测试。在本研究中，为了更直接地了解 MCR 对甲烷八叠球菌生长的控制，我们生成了一种染色体上具有可诱导的 mcr 操纵子的菌株，从而可以仔细控制 MCR 表达。我们表明，在底物充足的分批培养中，MCR 不会限制生长速率。但是，通过仔细滴定 MCR 表达，可以获得生长限制状态。对经历 MCR 限制的 M. acetivorans 进行转录组分析，揭示了一种整体反应，其中数百种基因在不同功能类别中存在差异表达。值得注意的是，MCR 限制导致甲基硫醚甲基转移酶的强烈诱导，这可能是由于代谢中间体的循环不足造成的。此外，mcr 操纵子不受转录调控，即它是组成性表达的，这表明当细胞经历营养受限或应激条件时，MCR 的过量可能是有益的。总之，我们表明存在广泛的细胞 MCR 浓度可以维持最佳生长，这表明合成代谢反应等其他因素可能是产甲烷生长的限速因素。
牙齿微生物组中异质谱系特异性精氨酸脱节酶表达
细菌精氨酸脱节酶系统（ADS）的抽象精氨酸分解代谢具有通过氨的生产来调节口腔环境的pH值。鉴于ADS途径的潜在保护能力，通过预或益生菌应用对ADS功能的口服微生物的开发是防止牙齿衰减的有前途的治疗靶标。迄今为止，大多数对口腔中的广告及其与龋齿的关系的研究集中在间接的活动或特定细菌群上，但是在口腔健康和疾病的多种混合微生物社区中，ADS操纵子的普遍性和表达率仍然是一个悬而未决的问题。在这里，我们使用多元方法，将超深的元文字测序与配对的metataxonomic和体外柑橘丁物定量相结合，以表征微生物群落和ADS操纵子在健康和晚期洞穴中的表达。虽然健康牙齿的ADS活性较高，但我们鉴定了多个细菌谱系，在熟牙上具有上调ADS活性的多个细菌谱系，这些谱系与使用基于参考的映射和从头组装方法的健康牙齿上的牙齿不同。我们的双重metataxonomic和metatranscriptomic方法证明了物种丰度对基因表达数据解释的重要性，并且差异表达的模式可以被低含量的群体偏斜。最后，我们确定了物种内的几种潜在候选益生菌细菌谱系，这些谱系可能是预防牙齿衰减的有用治疗靶标，并提出，鉴于此处确定的整个健康组所识别的分类群的异质性，鉴于菌株特异性，混合菌益生菌的发展可能是一种有益的方法。
印度全国生物奥林匹克竞赛 (INBO) - 2025 年
乳糖通透酶，由乳糖操纵子的 lac Y 基因编码的蛋白质。TONPG 不能被 -半乳糖苷酶（由 lac Z 基因编码）切割。TONPG 可用于分离乳糖操纵子的突变体。 下列哪种突变体可以用 TONPG 分离？ a. 不产生 -半乳糖苷酶的 lac Z 突变体。 b. 不产生通透酶的 lac Y 突变体。 c. 不产生功能性阻遏蛋白的 lac I 基因突变体。 d. 乳糖操纵子操纵子区域的组成性突变体。 16.（1 分） 发现一种细菌的两个基因型 M 和 N 的生长速度为 10%（生长
一种多功能定点基因陷阱策略，用于操纵秀丽隐杆线虫的基因活性和控制基因表达
操纵基因活性和控制转基因表达的能力对于研究基因功能至关重要。虽然对于秀丽隐杆线虫来说，有几种用于修改基因或分别控制表达的遗传工具，但是没有遗传方法可以产生既能破坏基因功能又能为表达被破坏基因的细胞提供遗传途径的突变。为了实现这一点，我们开发了一种基于 cGAL（一种用于秀丽隐杆线虫的 GAL4-UAS 二分表达系统）的多功能基因陷阱策略。我们设计了一个 cGAL 基因陷阱盒并使用 CRISPR/Cas9 将其插入目标基因中，从而创建一个双顺反子操纵子，该操纵子可同时在表达目标基因的细胞中表达截短的内源蛋白和 cGAL 驱动基因。我们证明我们的 cGAL 基因陷阱策略可以稳健地产生功能丧失的等位基因。将 cGAL 基因陷阱系与不同的 UAS 效应菌株相结合，使我们能够挽救功能丧失的表型，观察基因表达模式，并在时空上操纵细胞活动。我们表明，通过显微注射或基因杂交的重组酶介导的盒式交换 (RMCE)，可以进一步在体内设计 cGAL 基因陷阱系，以轻松地将 cGAL 与其他二分表达系统的驱动器（包括 QF/QF2、Tet-On/Tet-Off 和 LexA）交换，以生成在同一基因组位置具有不同驱动器的新基因陷阱系。这些驱动器可以与它们相应的效应物结合以进行正交转基因控制。因此，我们基于 cGAL 的基因陷阱是多功能的，代表了秀丽隐杆线虫基因功能分析的强大遗传工具，这最终将为基因组中的基因如何控制生物体的生物学提供新的见解。
转基因生物：牛津疫苗组（20...
B2 与申请有关的转基因生物的一般描述 GMO 的描述 GMO 是野生型副伤寒沙门氏菌 (S. Paratyphi) A 9150 菌株的同源突变体。遗传改造的目的是构建一种带有 guaBA 操纵子和 clpX 基因缺失的改良 S. Paratyphi A 9150 菌株，以产生生长缺陷的减毒 S. Paratyphi A 菌株 (CVD 1902)。GMO (CVD 1902) 将用于研究其作为减毒活口服疫苗在受控人类感染模型中预防肠热病的价值。CVD 1902 副伤寒沙门氏菌 A 血清型活口服疫苗是由野生型亲本菌株 S. Paratyphi A 9150 构建的。使用改良的 Lambda Red 介导的定点诱变程序进行缺失。删除了两个基因序列：guaBA 染色体操纵子（编码远端从头鸟嘌呤核苷酸生物合成途径中使用的两种酶）和 clpX 基因（编码分子伴侣 ATPase，与 clpP 编码的丝氨酸蛋白酶一起发挥作用，形成参与各种代谢过程的复合物）。clpX 缺失突变的表型后果之一是鞭毛的过度表达，这也可能增强 GMO 菌株的免疫原性，因此有助于其作为减毒活疫苗的适用性。从研究中获得的信息将用于指导疫苗设计和开发，从而可能影响公共卫生干预策略。应用描述在这项临床研究中，我们建议调查 GMO CVD 1902 作为减毒活疫苗在 S. Paratyphi A 人类攻击模型中预防副伤寒感染的有效性。使用野生型 S 的 S. Paratyphi A 感染的人感染模型。副伤寒甲型（NVGH308 株）已在牛津疫苗组（英国牛津大学）建立。牛津疫苗组（英国牛津大学）一直在进行
真核ITS和rRNA扩增子的全长HIFI测序
与简短的读数相比，覆盖范围仅限于ITS1或ITS2区域，HIFI读取的读数涵盖了全真菌其区域的全长。这包含800 bp，如果包括18s和/或28S基因以跨越操纵子，则可以提供约5 kb的扩增子。以及更保守的rRNA基因，这些区域允许在物种水平上降低序列相似性和更高分辨率的分类信息（Tedersoo等，2018； Tedersoo等人，2021年，图2）。除了产生更高的分类价值外，HIFI全长扩增子测序的成本与短阅读的部分扩增子测序相当。在本申请注释中，我们提供了从复杂社区DNA样品中扩增全长真核ITS和rRNA区域的一般指导。
结核分枝杆菌复合药物敏感性测试中的问题：乙胺丁醇
EMB 抗性菌株的最低抑菌浓度 (MIC) 往往在 7.5 μg/mL 至 40 μg/mL 范围内。8–11 5 μg/mL 的测试浓度（使用分枝杆菌生长指示管 (MGIT)）可以区分大多数敏感菌株和抗性菌株。除了传统的基于生长的药物敏感性测试 (DST) 之外，DNA 突变的分子检测也可以提供预测耐药性的宝贵信息。虽然 MTBC 对 EMB 的耐药机制尚不明确，基因组靶点也未得到充分记录，12 但许多研究人员已将研究重点放在 embCAB 操纵子的作用上，特别是 embB 基因。多名研究人员发现，embB 密码子 306 的突变是最常见的点突变，50–70% 的分离株含有赋予 EMB 抗性的突变。 5,8,11,13–16 然而，embB 中的其他突变，以及 embC 和 embA 中的突变，也已被证实
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了解微生物的解剖学，鉴定和培养进行各种药品，设备，培养基等进行灭菌等。对药品进行无菌测试。对抗生素，维生素和氨基酸进行微生物学测定对空气，水和牛奶单元i进行微生物分析。微生物学简介：源自产生理论的起源，范围和发现，Antony Van Leewenhoek，Louis Pasteur，Robert Koch和Joseph Lister的贡献。b。微生物的多样性：原核生物与真核生物 - 生命的三个领域（细菌，阿彻和欧洲核酸盐）。对细菌，酵母，霉菌和病毒在内的详细研究，包括其分类。微生物的表征和鉴定。II单元营养和微生物的生长：基于能源的营养需求，营养媒体和生长条件的类型以及营养类型。隔离，培养（有氧和厌氧）和微生物的保存，生长的生理学，细菌生长曲线，各种因素的影响（包括环境因素）对微生物生长，细菌枚举的影响。指数增长和发电时间。批处理和持续培养物（化学仪表和浊度）同步生长中的细菌生长。第三单元a。 对微生物的控制：一般概念，抑制生长和杀害，灭菌和消毒，反皮和卫生，物理剂的作用方式和局限性（湿热，辐射和过滤）以及化学剂。 b。 单元V a。第三单元a。对微生物的控制：一般概念，抑制生长和杀害，灭菌和消毒，反皮和卫生，物理剂的作用方式和局限性（湿热，辐射和过滤）以及化学剂。b。单元V a。单元V a。各种类型的消毒剂，影响灭菌和消毒的因素，抗菌活性的评估。药物和生物安全措施的无菌测试的官方方法。单位IV细菌遗传学：细菌中的遗传重组，DNA复制，转录和翻译。基因调节（LAC操纵子和色氨酸操纵子）。诱变，化学和物理诱变。一项关于耐药性的研究。空气，水和牛奶微生物学简介。微生物污染的定量评估方法。