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World File Search System操纵子
符合欧洲药典第 2.6.7 章和 USP <77> 草案当前修订版本的新型支原体实时 RT-PCR 检测试剂盒
监管指南要求用于支原体污染检测的 PCR 试剂盒具有高灵敏度，而 DNA 靶标仅在生物体中以低拷贝水平存在，这种灵敏度呈上升趋势。这就是为什么传统的基于 DNA 的 PCR 在试图保持检测的稳健性和可靠性时逐渐达到极限的原因。实时逆转录 PCR 提供了一种克服此问题的智能解决方案。每个在 DNA 水平上可检测到的基因在目标生物体内也可作为转录本。特别是 16S rRNA 区域，一个高度保守的 rRNA 操纵子，是支原体检测的目标，在一个细胞内有多个 RNA 拷贝。RNA 水平上多个靶标的出现有助于用 PCR 检测较少数量的细胞。逆转录聚合酶使 RNA 拷贝可作为 cDNA 靶标，因此与基于 DNA 的基本 PCR 检测相比，可用的 PCR 靶标成倍增加。确实，这种方法无法对 PCR 结果进行任何定量解释，因为 16S rRNA 基因的 RNA 拷贝数非常灵活，但当涉及到需要“是”或“否”答案的质量控制问题时，定量输出不是必需的。这种方法特别简单，因为逆转录已经在 PCR 反应混合物中实施。
表征 retron Efe1 逆转录酶与 ncRNA 的相互作用
逆转录子是多种多样的细菌抗噬菌体防御系统。逆转录子操纵子由逆转录酶、辅助蛋白和作为逆转录引物和模板的结构化非编码 RNA 组成。逆转录子目前正在开发成细菌、植物和哺乳动物细胞中的新基因编辑工具。Finkelstein 实验室发现的一种新逆转录子系统 Efe1 在哺乳动物细胞中的基因编辑率高于目前的逆转录子基因编辑标准 Eco1。发现 Efe1 优于 Eco1 的原因可以阐明逆转录子功能背后的分子机制。在这里，我研究了 Efe1 逆转录酶，并使用低温电子显微镜重建了其 RT-msDNA 复合物的 3.9 Å 密度图。Efe1 复合物与 Eco1 复合物非常相似，只是它是一种单体，并且其 msDNA 具有比 Eco1 更刚性的 DNA 茎环。在没有同源 ncRNA 的情况下，Efe1 逆转录酶溶解度急剧下降。 Efe1 逆转录酶也可被 Eco1 ncRNA 溶解并产生 Eco1 msDNA。Efe1 逆转录酶中催化残基的突变会消除 msDNA 的产生并降低溶解度。这些发现有助于了解逆转录酶与 ncRNA 的相互作用，从而决定正确的蛋白质折叠，并为未来单独纯化逆转录酶提供一些指导。
CRISPR/CAS12A基因组编辑工具箱...
甲烷古细菌在全球碳循环中起着重要作用，可以作为CO 2和其他一碳基质的燃料和化学物质生物技术生产的宿主生物。甲藻菌的乙酰硫酸酯因其较大的基因组，多功能底物范围和可用的遗传工具而被广泛研究为甲烷原模型。也已经证明了通过CRISPR/CAS9在M. acetivorans中进行基因组编辑。在这里，我们描述了一个用户友好的CRISPR/CAS12A工具箱，该工具箱识别富含T的PAM序列。该工具箱可以管理3,500 bp（即淘汰整个Frhadgb操纵子）和异源基因插入的缺失，正率超过80％。cas12a介导的多重基因组编辑用于在一轮编辑中编辑染色体上的两个单独的位点。达到了100 bp的双重删除，正确编辑了8/8的转化子。在一个位置同时删除100 bp，并用2,400 bp的UIDA表达盒在另一个位置替换100 bp，可在单独的位置上获得5/6个正确编辑的转换物。我们的CRISPR/CAS12A工具箱可实现可靠的基因组编辑，并且可以与先前报道的基于CAS9的基于CAS9的系统并行使用，用于甲状腺素物种的基因工程。
重新利用哺乳动物的RNA结合蛋白musashi
摘要RNA识别基序（RRM）是自然界中最常见的RNA结合蛋白结构域。然而，含RRM的蛋白质仅在真核门中普遍存在，它们在其中扮演中心的调节作用。在这里，我们设计了一种与哺乳动物RNA结合蛋白Musashi-1的大肠菌中基因表达的正交后转录控制系统，该系统是具有神经发育作用的干细胞标记物，其中包含两个规范的RRM。在电路中，由于与Messenger RNA的N末端编码区域的特定相互作用及其对脂肪酸的反应，因此在转录中受到转录调节，并作为变构翻译阻遏物。我们通过评估一系列RNA突变体的体外结合动力学和体内功能，完全表征了种群和单细胞水平的遗传系统和单细胞水平，显示了报告基因表达的显着折叠变化以及潜在的分子机制。通过自下而上的数学模型很好地概括了系统的动态响应。此外，我们应用了用Musashi-1设计的转录后机制来特异性调节操纵子内的基因，实施组合调节并减少蛋白质表达噪声。这项工作说明了如何将基于RRM的调节适应简单的生物，从而在原核生物中添加了用于翻译控制的新调节层。
教学：分子生物学
基本所有者程序。分子生物学研究领域。<生物学的女主角教条。分子生物学中最常用的测量单元。c ristalloghich to x -rays和分子建模。x体晶体学。van der waals基于射线的模型。溶剂表面和浅表静电电位。氢桥线的结构几何形状。c核酸的结构射流。核苷和核苷酸。 磷酸化的脑结合和主要结构。 DNA二级结构。 DNA B和DNA A. RNA的二级和三级结构的结构参数。 基因组对DNA的 r恢复。 Meselson和Stahl实验。 冈崎的碎片。 大肠杆菌中的复制：首先，DNA聚合酶III，DNA聚合酶I，DNA Ligasi。 真核染色体DNA的复制：DNA Polimerasi alfa，DNA Polimerasi Delta，ribonucleasi H，Endonucleasi fen1。 人性线粒体DNA的复制。 端粒的作用。 的移动RNA的理解和成熟。 操纵子。 促进mRNA的结构。 RNA均值聚合酶和相对启动子。 cappuccio组。核苷和核苷酸。磷酸化的脑结合和主要结构。DNA二级结构。DNA B和DNA A. RNA的二级和三级结构的结构参数。 基因组对DNA的 r恢复。 Meselson和Stahl实验。 冈崎的碎片。 大肠杆菌中的复制：首先，DNA聚合酶III，DNA聚合酶I，DNA Ligasi。 真核染色体DNA的复制：DNA Polimerasi alfa，DNA Polimerasi Delta，ribonucleasi H，Endonucleasi fen1。 人性线粒体DNA的复制。 端粒的作用。 的移动RNA的理解和成熟。 操纵子。 促进mRNA的结构。 RNA均值聚合酶和相对启动子。 cappuccio组。DNA B和DNA A. RNA的二级和三级结构的结构参数。基因组对DNA的 r恢复。 Meselson和Stahl实验。 冈崎的碎片。 大肠杆菌中的复制：首先，DNA聚合酶III，DNA聚合酶I，DNA Ligasi。 真核染色体DNA的复制：DNA Polimerasi alfa，DNA Polimerasi Delta，ribonucleasi H，Endonucleasi fen1。 人性线粒体DNA的复制。 端粒的作用。 的移动RNA的理解和成熟。 操纵子。 促进mRNA的结构。 RNA均值聚合酶和相对启动子。 cappuccio组。r恢复。Meselson和Stahl实验。冈崎的碎片。大肠杆菌中的复制：首先，DNA聚合酶III，DNA聚合酶I，DNA Ligasi。真核染色体DNA的复制：DNA Polimerasi alfa，DNA Polimerasi Delta，ribonucleasi H，Endonucleasi fen1。人性线粒体DNA的复制。端粒的作用。的移动RNA的理解和成熟。操纵子。促进mRNA的结构。RNA均值聚合酶和相对启动子。cappuccio组。转录和多掺杂终止。内含物和剪接。RNA编辑。 Matui真核mRNA结构。 遗传密码。 RNA中基因组的 r。 pury-极性RNA复制机制（黄病毒，picornavirus，逆转录病毒），阴性极性RNA病毒，双丝细丝RNA病毒。 肝病病毒的特殊性。 的理解蛋白质。 运输RNA的结构和功能。 tRNA氨基acancezion。 <核糖体的分裂结构和功能特征。 将转化为过程和真核生物的开始。 <分配扩展翻译的阶段。 翻译的终止。 发射。 阅读阶段的滑动。 基因组序列的Nterpotation。 原核生物和真核编码基因的典型结构。 鉴定开放阅读方案（ORF），基因表达控制的内含子和元素。 基因表达的 r抑制。 调整了Procarials中转录开始的开始：组成型控制和调节控制。 真核生物中转录开始的开始。 家政和特定于织物的基因。 <结合DNA的蛋白质的分裂结构基序：螺旋螺旋螺旋，锌指，亮氨铰链。RNA编辑。Matui真核mRNA结构。遗传密码。RNA中基因组的 r。 pury-极性RNA复制机制（黄病毒，picornavirus，逆转录病毒），阴性极性RNA病毒，双丝细丝RNA病毒。 肝病病毒的特殊性。 的理解蛋白质。 运输RNA的结构和功能。 tRNA氨基acancezion。 <核糖体的分裂结构和功能特征。 将转化为过程和真核生物的开始。 <分配扩展翻译的阶段。 翻译的终止。 发射。 阅读阶段的滑动。 基因组序列的Nterpotation。 原核生物和真核编码基因的典型结构。 鉴定开放阅读方案（ORF），基因表达控制的内含子和元素。 基因表达的 r抑制。 调整了Procarials中转录开始的开始：组成型控制和调节控制。 真核生物中转录开始的开始。 家政和特定于织物的基因。 <结合DNA的蛋白质的分裂结构基序：螺旋螺旋螺旋，锌指，亮氨铰链。r。pury-极性RNA复制机制（黄病毒，picornavirus，逆转录病毒），阴性极性RNA病毒，双丝细丝RNA病毒。肝病病毒的特殊性。的理解蛋白质。运输RNA的结构和功能。tRNA氨基acancezion。<核糖体的分裂结构和功能特征。将转化为过程和真核生物的开始。<分配扩展翻译的阶段。翻译的终止。发射。阅读阶段的滑动。基因组序列的Nterpotation。原核生物和真核编码基因的典型结构。鉴定开放阅读方案（ORF），基因表达控制的内含子和元素。r抑制。调整了Procarials中转录开始的开始：组成型控制和调节控制。真核生物中转录开始的开始。家政和特定于织物的基因。<结合DNA的蛋白质的分裂结构基序：螺旋螺旋螺旋，锌指，亮氨铰链。染色质结构对基因表达的影响：组蛋白的乙酰化和扩展； DNA甲基化。由microRNA介导的天才沉默。<用于分析核酸的Diva Basic etohs。紫外光谱和量化
蓝细菌网络门户网站
Cyanocyc是一个Web门户网站，它将有关蓝细菌基因组的信息集成了非常丰富的数据库收集，并与大量的生物信息学工具集合。它是为了满足蓝细菌研究和生物技术社区的需求。当前在蓝藻中的277个注释的蓝细菌基因组中补充了计算推断，包括预测的代谢途径，操纵子，蛋白质复合物和直系同源物；并从外部数据库中导入的数据，例如蛋白质特征和基因本体论（GO）术语，从Uniprot进口。五个基因组数据库进行了手动策划，并提供了来自十几个蓝细菌专家的输入，以纠正错误并整合了来自1,765多个已发表文章的信息。Cyanocyc具有涵盖基因组，代谢途径和调节信息学的生物信息学工具； OMICS数据分析；和比较分析，包括在直系同源基因排列的多个基因组的可视化以及多种生物的代谢网络的比较。cyanocyc是一种高质量的可靠知识库，它通过使用户能够使用其强大的搜索工具快速找到准确的信息来加速科学家的工作，从而通过引用的专家迷你浏览量来了解基因功能，从而快速使用其交互式可视化工具来快速获取信息，并为基础研究提供更好的决策。
基于结构的结核病抑制剂和结核分枝杆菌的CYP142抑制剂
此外，耐药性在1955年首次在国家一级进行了研究，[2]仍代表着一个重大威胁，耐酸匹配素耐药（RR-TB）的速率（RR-TB）和多种耐药性（MDR-TB）结核病（MDR-TB）的结核病（MDR-TB）的结核病范围为3-4％，从未有过3-4％以前受过治疗的治疗方法，而该治疗的治疗率是以前的18％（以前曾经是不受欢迎的人）。[1]更令人担忧的是，在临床分离株中已经记录了对最近开发的抗菌剂，例如Bedaquiline，[3-6]和Delamanid [3,4,7,8]。对MTB基因组的分析给出了第一个迹象，即脂质和固醇降解[9]具有与其生活方式作为强制病原体的重要功能。[10]已经证明，MTB可以用胆固醇作为唯一的碳源生长[9,11]，并且发现其利用是通过一种机制在小鼠中持续存在的细菌所必需的，该机制被认为涉及颠覆IFN -γ-刺激刺激的典型碳源的消耗。[12]参与固醇分解代谢的基因也被鉴定为灵长类动物的毒力决定因素，[13]，甚至有人提出MTB具有胆固醇的专业传感器，可介导细菌与宿主细胞膜之间的相互作用。[14]胆固醇通过由MCE4操纵子编码的大型跨膜复合物转运到MTB中。[12,15–17]
带有代码的主题的课程内容：bot
引言，范围和遗传学的简短历史，孟德尔的继承；隔离和独立分类的定律，背部十字架，测试交叉；优势和不完整的主导地位；性别链接的继承，果蝇和人的性别联系（色盲），XO，XY，WZ机制，性限制和性别联系角色，性别确定。链接和交叉;重组； DNA复制；基因的性质，遗传密码；转录，翻译；调节基因表达（例如lac操纵子）;细菌中遗传物质的传播；共轭和基因重组中的共同转化和转化；基因工程原理。进化的过程和概念。实践：细胞生物学1。使用化合物显微镜2.从电子微观仪3. 中阐明细胞的超微结构 测量细胞尺寸4。 通过涂片/南瓜法和制备的幻灯片5。研究有丝分裂和减数分裂的研究。从电子微观仪3.测量细胞尺寸4。通过涂片/南瓜法和制备的幻灯片5。染色体形态的研究6。研究染色体数字7的变化。碳水化合物的提取和估计8。提取和估计蛋白质9。从植物材料中提取和RNA和DNA的估计。遗传学：1。与遗传物质的传播和分布有关的遗传问题2。鉴定植物材料中的DNA（胭脂红/奥尔凯蛋白染色）3。 div>研究果蝇的唾液腺染色体。教学策略
DNA末端传感和裂解shedu抗流量...
原核生物与入侵的移动遗传因素之间的进化武器竞赛导致出现了无数的抗病毒防御系统，这些防御系统聚集在宿主基因组中的防御岛上。通过识别与已知防御操纵子2-4相邻的未知基因的簇，原核生物免疫系统的这种内在特征促进了新型防御系统的系统发现。使用这种方法，最近已经确定了许多推定的防御系统，包括BREX 5，DISMAL 6，SEPTU 2，RADAR 3和MOKOSH 4，其蛋白质成分与多种酶活性有关。这些“先天”免疫系统被认为提供了多层的宿主防御，并补充了诸如限制性限制，流产感染和适应性免疫系统等规范防御机制的活动，例如CRISPR-CAS 7,8。对于这些先天系统的一小部分，基于免疫力的分子触发因素和机制已被发现9-16。例如，CBASS系统通过检测高度结构化的噬菌体RNA 17提供免疫力，从而产生环状二核苷酸18,19，随后激活下游效应蛋白以触发感染宿主细胞的死亡18,20。与CBAS，Avast和Caprel SJ46相比，通过识别高度保守的噬菌体蛋白（例如门户，末端酶和主要的capsid蛋白）来激活其下游效应子，以中止噬菌体感染21,22。尽管免疫学角色
bsgatlas：统一的枯草芽孢杆菌基因组和转录组注释图集，具有增强的信息访问
2020年7月29日收到； 2021年1月11日接受；于2021年2月4日出版：作者隶属关系：1个非编码RNA技术与健康中心，哥本哈根大学兽医和动物科学系，1871年，丹麦Frederiksberg，哥本哈根大学； 2荷兰荷兰癌症研究所的致癌基因组学司，荷兰阿姆斯特丹1066； 3哥本哈根大学生物学系计算和RNA生物学部分，丹麦哥本哈根1165；丹麦的Bagsværd4 Novozymes。*通信：Jan Gorodkin，Gorodkin@rth。DK关键字：B。uttilis;基因组注释；非编码和结构化RNA；操纵子。缩写：Asrna，反义RNA； CD，编码序列；去，基因本体论； GRNA，导向RNA； Ji，Jaccard索引； ncRNA，非编码RNA； SRNA，小RNA； TMRNA，转移Messenger RNA； TSS，转录开始站点； TTS，转录终止位点； TU，转录单元； UTR，未翻译区域。†目前地址：英国索尔福德大学科学，工程与环境学院。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用四个补充表和九个补充数据。000524©2021作者