抗癌药物敏感性的预测是个性化医学的主要挑战。在本文中,CCLE被用作抗癌药物易感性研究的数据集,并选择了基因的数据数据和不同细胞系上的药物敏感性数据。同时,我们签署了一种称为PCA变压器(PCAT)的混合深度学习和机器学习方法,以预测抗癌药物的敏感性。首先,构建了PCA模型以在不同细胞系上提取基因表达数据中的重要变量,因此将约50,000的基因维度降低到500。然后,基于降低性降低基因表达值建立了神经网络变压器模型,以预测药物敏感性,通过均方根误差(RMSE)评估我们的模型的功能,并使用最佳的潜在变量来评估模型估计值。为了验证PCA变压器的性能,本文将变压器模型与前字典模型随机森林(RF)和支持向量回归(SVR)进行了比较。特定组合Include:PCA变压器,PCA + SVR,PCA + RF。最后,将结果与先前的研究方法(ISIR)的结果进行了比较和优化。最终预测结果表明,对于CCLE中的24种药物,该方法预测的平均RMSE为0.7564、6种药物的RMSE小于0.5(L-685458,PF2341066等)。)和18种药物小于1。预测方法的平均RMSE为0.8284(PCA + SVR),0.8757(PCA + RF)和ISIRS(0.9258),表明所提出的方法具有更强的概括能力。
引言在医疗保健和农业中,抗生素的广泛使用导致了抗生素耐药性的生产力的出现,从而降低了我们有效治疗常见感染的能力。通过预测抗生素耐药性达到了临界点,我们必须开发新的,抗生素的药物,以避免由于可治疗的常见常见感染而导致死亡率增加的未来。在美国,预先描述了15%的抗生素治疗尿路感染(UTIS)(1)每年影响数百万妇女。对于那些患有急性UTI的人,25%的经历了复发性UTI(RUTIS)(1),每年涉及多种感染,需要多种抗生素课程。UTI的近期历史是RUTI的已知危险因素(2),但是导致复发的机制大多未知。加上抗生素的耐药性使UTI更难治疗,并且通常需要使用广谱抗生素。具有讽刺意味的是,抗生物使用也是UTI的重要危险因素(3),这可能是由于对肠道微生物群的相关删除作用,其中大多数尿道病均居住。大约50%的rutis是由引起初始感染的相同菌株引起的(4),主张与当前处理没有充分清除的宿主相关的疗程。因此,迫切需要更好地理解与宿主相关的储层中的尿路病动力学,以开发限制发病率和抗生素消耗的治疗方案。此过程utis最常见的是肝病大肠杆菌(UPEC)引起的,它位于肠道中,可以升高尿路以引起感染。
altermagnetism是凝结物理学中的新兴领域。理论上已经考虑了这个新的磁相,然后在实验上观察到。无净磁化和旋转依赖的电子带结构的组合使Altermagnets吸引了候选者,用于在诸如Spintronics和超导率等领域的应用。通过数值考虑,预计Altermagnets的自旋绑带敏感性将显示在(ω,⃗Q)空间中的分裂,而抗fiferromagnets并未显示。已建议使用Inelastic中子光谱探测这种分裂,以作为检测Altermagnetic材料的实验程序。在本论文中,我们分析研究了非交互式Altermagnetic电子气体的简单最小模型的旋转可测量。表达式,并通过数值考虑和与已知限制病例的比较进行了验证。然后,讨论了与所考虑的敏感性相关的单粒子激发光谱。最后,提出了进一步的分析考虑,例如电子电子相互作用。
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多西他赛(DTX)在乳腺癌治疗中广泛使用。然而,癌细胞耐药性限制了其抗肿瘤功效。某些称为microRNA(miRNA)的分子(像微调开关)可以影响乳腺癌的发展和扩散。我们进行了一项研究,以检查用特定分子(称为miRNA-142-3p)增强乳腺癌细胞,可以提高广泛使用的称为DTX的治疗方法。最初在MDA-MB-468细胞中评估了miR-142-3p的表达水平。进行miRNA转染以进行其他实验。检查了涉及DTX和miRNA-142-3P的联合治疗对细胞迁移(通过伤口愈合测定)和凋亡(使用膜联蛋白V/碘化碘化物染色)的影响。通过MTT分析确定细胞活力,并使用定量实时聚合酶链反应对基因表达进行定量。DTX和miRNA-142-3P的综合应用导致促进肿瘤生长的因子的表达显着降低,例如SOX2,OCTAMER 4,HMGA2,KRUPPEL样因子4和BACH-1。此外,miRNA-142-3p和DTX的组合引发了凋亡细胞死亡。此外,通过在G 1期诱导细胞周期停滞来阻碍乳腺癌细胞的进展。这种组合还有效地限制了乳腺癌细胞的迁移和侵袭。单独使用DTX或miRNA-142-3P可以抑制乳腺癌细胞的恶性行为和进展,但是它们的组合引起了一种协同作用,从而进一步增强了乳腺癌的抑制作用。总而言之,可以与DTX治疗一起进行miRNA-142-3p转染,以增强其针对乳腺癌细胞的细胞毒性并防止化学耐药性。
细菌的旁系敏感性 (CS) 是指抗生素抗性突变导致对另一种抗生素的敏感性,在治疗抗生素抗性病原体感染方面具有潜在的治疗用途。大肠杆菌中,先前已证明对庆大霉素 (GEN) 的 CS 存在于环丙沙星 (CIP) 抗性菌株中。为了研究潜在的突变,大肠杆菌 K-12 亚型 MG1655 种群进化为对 CIP 具有抗性,并测试了它们在 1 mg/L GEN 中的存活率。对进化菌株的 marR、acrR、soxR、gyrA 和 parC 基因进行测序,以检查每个终点种群的三个分离株中是否存在 CIP 抗性突变。为了进一步阐明哪些基因可能与对 GEN 的 CS 有关,构建了具有 marR、acrR、gyrA 和 parC 突变的菌株。在进化为对 CIP 具有抗性的 6 个种群中的 5/6 个中观察到了对 GEN 的 CS,但在构建的菌株中没有观察到。这表明 CIP 抗性可能使 CS 向 GEN 转变,但本研究未发现导致该转变的突变。来自同一群体的分离株之间的 CS 也存在很大差异。因此,本研究结果并未揭示 CIP 抗性大肠杆菌中 CS 向 GEN 转变的潜在机制,并引发了 CS 是否是一种可行的治疗策略的疑问。
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证(未获得同行评审证书)获得的是作者/资助者,他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可,以永久显示预印本。这是该版本的版权所有,该版本发布于2021年4月8日。 https://doi.org/10.1101/2021.04.06.438540 doi:biorxiv preprint
缩写:DRE¼耐药性癫痫; gee¼广义估计方程; QSM¼定量敏感性映射; seeg¼立体记录摄影; TSC¼结节硬化症复合物T u骨硬化症(TSC)是一种遗传疾病,通常与难以治疗的耐药性癫痫(DRE)有关。1虽然一些研究报告了恢复癫痫手术后的有利结果,以治疗与TSC相关的DRE,但其他研究报告说,在重新进行手术后,只有约50%的人无癫痫发作,尤其是在没有明显显着块茎的复杂病例中。2-6使用立体电子志摄影(SEEG)指导这些患者的手术的越来越多的实践,并认识到,在具有明显的“占主导地位”块茎且焦点推定的癫痫发作区域的患者中,取得了最佳的结果。7