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World File Search System斑马鱼
聚苯乙烯纳米塑料增强了DDE在斑马鱼（Danio rerio）幼虫中的毒理学作用
塑料，持续有机污染物（POP）和重金属的人为释放可能会影响包括水生生态系统在内的环境。纳米塑料（NP）最近出现为普遍的环境污染物，具有吸附流行的能力并可能引起生物体的压力。在流行音乐中，DDT及其代谢产物是由于持久性的持续性而是ubiq是ubiq的环境污染物。尽管在欧洲停产的DDT使用，但DDT及其代谢产物（主要是P，P'-DDE）仍在鲑鱼水产养殖中使用的饲料中可检测到的水平上发现。我们的研究旨在将NP（50 mg/L聚苯乙烯）和DDE（100μg/L）的个体和联合毒性使用作为模型。我们没有发现单独暴露于NP的斑马鱼幼虫的形态，心脏，呼吸或行为变化。相反，在暴露于DDE和NPS + DDE的斑马鱼幼虫中观察到形态，心脏和呼吸道改变。有趣的是，仅在暴露于NPS + DDE的斑马幼虫中观察到行为变化。这些发现得到了RNA-Seq结果的支持，这表明仅在暴露于NPS + DDE的斑马幼虫中，某些心脏，血管和免疫原性途径被下调。总而言之，我们发现与NP结合使用DDE的毒理学影响增强。
Archimer 将斑马鱼暴露于环境混合物中......
多氯联苯 (PCB) 和多溴二苯醚 (PBDE) 是持久性有机污染物 (POP)，以复杂混合物的形式存在于所有环境区域，包括水生生态系统中。然而，人们对这种复杂混合物对硬骨鱼类行为的影响知之甚少。在这项研究中，斑马鱼 (Danio rerio) 从受精后 5 天起通过饮食长期接触含有 22 种 PCB 和 7 种 PBDE 同源物的环境相关混合物 (MIX)。暴露于 MIX 的 F0 鱼产下的后代 (F1 和 F2 代) 以普通食物喂养并长大至成年。在每一代中，通过不同实验设置的平均值评估五种行为特征 (即大胆、活跃、社交、探索和焦虑)。确定了两种不同的行为综合征：大胆，与活动和探索呈正相关；焦虑，与低社交性有关。 F0 代鱼没有表现出任何因接触持久性有机污染物而导致的行为紊乱，而 F1 代混合鱼则比其他代鱼更大胆，但与 F1 代对照组并无明显差异。F2 代混合鱼表现出的焦虑综合征比 F2 代对照组更严重。这一点尤为重要，因为后代的此类行为变化可能会产生持久的生态后果，可能会影响健康，从而对接触持久性有机污染物混合物的野生鱼类种群造成不利影响。
回顾斑马鱼中光化学工具的开发和应用
摘要：斑马鱼是基础和翻译研究中最广泛采用的动物模型之一。斑马鱼的这种流行是由于几个优点，例如与人类基因组相似的高度，遗传和化学扰动的易感性，具有高繁殖力，透明且快速发展的胚胎的外部受精，以及相对较低的成本效率。尤其是人体半透明是斑马鱼的独特特征，它不能与其他脊椎动物生物充分获得。动物的独特光学清晰度和小尺寸使其成为光学调制和观察的成功模型。更重要的是，显微注射和高胚胎通透性的便利性易于使大小分子有效地递送到活动物中。最后，从一对动物获得的众多兄弟姐妹提供了大量重复和改进结果的统计分析。在这篇综述中，我们描述了基于各种策略的光化学工具的开发，这些分层以前所未有的时空分辨率控制生物学活性。我们还讨论了这些工具在斑马鱼中的应用，并强调了光化方法的当前挑战和未来的可能性，尤其是在单细胞水平上。
斑马鱼胚胎显微注射 - NET
此方案是使用已停产的 Cas9 蛋白版本 (Alt-R Sp Cas9 Nuclease 3NLS) 开发的。目前可用的产品 (Alt-R Cas9 Nuclease V3) 具有改进的 NLS，应以相同的体积和浓度直接替换到此方案中。IDT 建议使用 Alt-R™ Sp Cas9 Nuclease V3 与 Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA 和 tracrRNA 结合使用，以生成核糖核蛋白编辑复合物，从而在大多数目标位点上实现高编辑效率。查看 Alt-R CRISPR-Cas9 用户指南，了解如何将核糖核蛋白转染哺乳动物细胞系（可在 www.idtdna.com/CRISPR 上找到）。
斑马鱼中的心脏再生是
•首先，可能会刺激现有肌纤维中的差异化CMS，以进入细胞周期，分裂和改革顶点。•第二，可以通过募集形成新的增生性CM的未分化的祖细胞来进行再生。•关于再生肌肉起源的第三个可能的机制是这两种称为“去分化”的机制的嵌合体，其中现有肌肉将下调收缩基因以创建未分化或不良分化的细胞。
静脉血栓栓塞症的多祖先 GWAS 识别出新的位点，随后在斑马鱼中进行实验验证
1 密歇根大学计算医学与生物信息学系，密歇根州安娜堡，美国 2 密歇根大学儿科系，密歇根州安娜堡，美国 3 美国国家心肺血液研究所内部研究部人口科学分部，73 Mt. Wayte, Suite #2, Framingham, MA, 01702, 美国 4 斯坦福大学医学院血管外科分部，加利福尼亚州帕洛阿尔托，94305，美国 4 密歇根大学内科系，密歇根州安娜堡，美国 6 密歇根大学内科系心血管医学分部，密歇根州安娜堡，美国 7 挪威科技大学 NTNU 公共卫生与护理系 KG Jebsen 遗传流行病学中心，特隆赫姆，7030，挪威 8 挪威科技大学公共卫生与护理系 HUNT 研究中心，挪威科技大学，挪威勒万厄尔 7600 9 特隆赫姆大学医院圣奥拉夫医院医学诊所，挪威特隆赫姆 7030 10 波尔多大学，法国国家健康与医学研究院，波尔多人口健康研究中心，UMR 1219，F-33000 波尔多，法国 11 迈克尔·克雷森茨下士 VA 医学中心，美国宾夕法尼亚州费城 12 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院外科系，美国宾夕法尼亚州费城 13 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院遗传学系，美国宾夕法尼亚州费城 14 华盛顿大学生物统计学和医学系心血管健康研究组 15 格罗宁根大学，UMCG，眼科系，荷兰格罗宁根
单细胞转录组揭示斑马鱼卵巢的发育和功能
摘要：斑马鱼是一种成熟的研究生物，为我们理解脊椎动物组织和器官的发育做出了许多贡献，但我们对调节性腺发育、性别和生殖的基因的理解仍然存在重大差距。与许多器官（如大脑和心脏）在发育的最初几天内形成的发育不同，斑马鱼性腺直到幼虫阶段（受精后 ≥ 5 天）才开始形成。因此，正向遗传筛选已确定了极少数性腺发育所需的基因。此外，识别性腺中表达基因的大量 RNA 测序研究没有足够的分辨率来定义可能在这些器官的发育和功能中发挥重要作用的小细胞群。为了克服这些限制，我们使用单细胞 RNA 测序来确定从幼年斑马鱼卵巢中分离的细胞的转录组。这得到了 10,658 个生殖细胞和 14,431 个体细胞的图谱。我们的生殖细胞数据代表了从生殖系干细胞到早期减数分裂卵母细胞的所有发育阶段。我们的体细胞数据代表了所有已知的体细胞类型，包括卵泡细胞、卵泡膜细胞和卵巢基质细胞。进一步分析发现，在这些广义的细胞类型中，存在数量出乎意料的细胞亚群。为了进一步确定它们的功能意义，我们确定了这些细胞亚群在卵巢内的位置。最后，我们使用基因敲除实验来确定 foxl2l 和 wnt9b 分别对卵母细胞发育和性别决定和/或分化的作用。我们的结果揭示了斑马鱼卵巢发育和功能的新见解，转录组谱将为未来的研究提供宝贵的资源。
PyZebrascope：用于斑马鱼全脑神经活动成像的开源平台
了解神经元如何在大脑中相互作用以控制动物行为是神经科学的核心目标之一。荧光显微镜和基因编码钙指示剂的最新发展促成了斑马鱼全脑成像方法的建立，该方法以单细胞分辨率记录整个大脑体积的神经活动。全脑成像的开创性研究使用了定制的光片显微镜，其操作依赖于全球不可用的商业开发和维护的软件。因此，在研究界传播和开发这项技术一直具有挑战性。在这里，我们介绍了 PyZebrascope，这是一个开源 Python 平台，旨在使用光片显微镜对斑马鱼的神经活动进行成像。PyZebrascope 具有直观的用户界面，并支持全脑成像的基本功能，例如两个正交激发光束和眼睛损伤预防。其相机模块可以处理从相机采集到文件写入高达 800 MB/s 的图像数据吞吐量，同时保持稳定的 CPU 和内存使用率。其模块化架构允许包含用于显微镜控制和图像处理的高级算法。作为概念验证，我们实施了一种新颖的自动算法，通过将激发光束精确对准图像焦平面来最大化大脑中的图像分辨率。PyZebrascope 可以在虚拟现实环境中对鱼类行为进行全脑神经活动成像。因此，PyZebrascope 将有助于在神经科学界传播和开发光片显微镜技术，并加深我们对动物行为过程中全脑神经动力学的理解。
PyZebraScope：用于斑马鱼全脑神经活动成像的开源平台
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 2 月 15 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.02.13.480249 doi：bioRxiv 预印本