6 LIANGZHU实验室,郑明大学医学中心,杭州,中国广东,7云南元南灵长生物医学研究所,灵长类动物转化医学研究所,昆明科学与科技大学,昆明,昆明,尤恩南,尤恩南,尤恩南,中国8号动物进化和遗传学的Yunnan,Yunnan 8 Models and Human Disease Mechanisms of Chinese Academy of Sciences & Yunnan Province, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming, Yunnan, China 10 National Resource Center for Non-Human Primates, Kunming Primate Research Center, and National Research Facility for Phenotypic & Genetic Analysis of Model Animals (Primate Facility), Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming,中国云南11 KIZ-CUHK生物库和共同疾病的分子研究联合实验室,昆明动物学研究所,中国科学院,昆明,尤恩南,尤恩,中国12号医学遗传学研究所,医学院,医学院,加拿大大学,加拿大大学,威尔士,威尔士13号,英国人,西北大学,Xi'同样对这项工作。6 LIANGZHU实验室,郑明大学医学中心,杭州,中国广东,7云南元南灵长生物医学研究所,灵长类动物转化医学研究所,昆明科学与科技大学,昆明,昆明,尤恩南,尤恩南,尤恩南,中国8号动物进化和遗传学的Yunnan,Yunnan 8 Models and Human Disease Mechanisms of Chinese Academy of Sciences & Yunnan Province, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming, Yunnan, China 10 National Resource Center for Non-Human Primates, Kunming Primate Research Center, and National Research Facility for Phenotypic & Genetic Analysis of Model Animals (Primate Facility), Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming,中国云南11 KIZ-CUHK生物库和共同疾病的分子研究联合实验室,昆明动物学研究所,中国科学院,昆明,尤恩南,尤恩,中国12号医学遗传学研究所,医学院,医学院,加拿大大学,加拿大大学,威尔士,威尔士13号,英国人,西北大学,Xi'同样对这项工作。
随着最近发布的高质量参考基因组组装,普通狨猴(Callithrix jacchus)已成为生物医学研究中一种有价值的非人灵长类动物模型。两个亚洲灵长类动物研究中心均独立报道了患有癫痫的狨猴。尽管如此,这些灵长类动物中心的群体遗传学和与狨猴癫痫相关的特定遗传变异尚未阐明。在这里,我们利用全基因组测序技术,对来自两个癫痫狨猴谱系的 41 个样本的遗传关系和癫痫风险变异进行了表征。我们从 41 个样本中鉴定了 14 558 184 个单核苷酸多态性(SNP),发现血液样本中的嵌合水平高于指甲样本。基因分析显示,灵长类动物中心的狨猴之间存在四度亲缘关系。此外,SNP 和拷贝数变异 (CNV) 分析表明,含 WW 结构域的氧化还原酶 ( WWOX ) 和酪氨酸蛋白磷酸酶非受体 21 型 ( PTPN21 ) 基因可能与狨猴癫痫有关。值得注意的是,
。cc-by 4.0未经同行评审获得的未获得的国际许可证是作者/筹款人,他已授予Biorxiv的许可证,以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人(该版本发布于2023年7月15日。; https://doi.org/10.1101/2023.07.14.549076 doi:biorxiv Preprint
GPT系列的成功证明,GPT可以从序列中提取一般信息,从而使所有下游任务受益。这促使我们使用预训练的模型来探索DNA序列中的隐藏信息。但是,DNA序列分析中的数据和任务需求是复杂性和多样性,因为DNA相关数据包括不同类型的信息,例如序列,表达水平等,而目前尚无专门为这些特征设计的模型。在此,我们提出了DNAGPT,这是一种从9种的超过100亿个碱基对进行预训练的广义基础模型,可以对任何DNA序列分析任务进行微调。我们的模型可以同时处理或输出DNA序列和数字。此外,我们独特的令牌设计使用户可以根据自己的任务要求设计提示,从而适用于任何类型的任务。我们已经评估了我们的分类,回归和生成任务的模型。我们证明了DNAGPT受益于预训练,因此可以为任何下游任务带来绩效提高。我们的模型不仅是基因组分析领域的新尝试,而且为在生物学中应用基础模型提供了新的方向。
1 Sidney Kimmel医学院微生物和免疫学系,托马斯·杰斐逊大学,费城,宾夕法尼亚州费城,19107年,美国2分子寄生虫学实验室,林赛·金博尔研究所,纽约血液中心,纽约血液中心,纽约,纽约,10065帕克,阿德莱德公园,澳大利亚5042,澳大利亚5 Alpha Genesis Inc.,Yemassee,SC 29945,美国6 IDEXX BIOANALYTICS,西萨克拉曼多,CA 95605,美国7,美国7分司,药理学和实验治疗系,Sidney Kimmel医学院美国97030,贝勒医学院国家热带医学院儿科开发中心,美国9号,美国9号感染研究所,兽医与生态科学研究所,利物浦利物浦L3 5rf,英国利物浦大学 *通信 *通信); David.abraham@jefferson.edu(D.A。)†这些作者为这项工作做出了同样的贡献。
灵长类动物已经进化出各种认知能力来应对复杂的社会世界。为了了解大脑如何实现关键的社会认知能力,我们描述了面部处理、社交互动理解和心理状态归因领域的功能专业化。面部处理系统从单个细胞到大脑区域内的神经元群体,再到提取和表示抽象社交信息的分层组织网络,都是专门的。这种功能专业化并不局限于感觉运动外围,而是似乎是灵长类动物大脑组织一直到皮质层级顶端区域的普遍主题。处理社交信息的回路与处理非社交信息的并行系统并列,表明在不同领域应用了共同的计算。社会认知的神经基础的新图景是一组不同但相互作用的子网络,它们涉及面部感知和社会推理等组成过程,遍及灵长类动物大脑的大部分。
Yu Gao 1 †, Qiping Dong 1 †, Kalpana Hanthanan Arachchilage 1,2 †, Ryan D. Risgaard 1 , Jie Sheng 1,2 , Moosa Syed 1 , Danielle K. Schmidt 1 , Ting Jin 1,2 , Shuang Liu 1 , Dan Doherty 2 , Ian Glass 2 , Birth Defects Research Laboratory 3 , Jon E. Levine 4,5 , Daifeng Wang 1,2,6 *, Qiang Chang 1,7,8 *, Xinyu Zhao 1,4 *, André M. M. Sousa 1,4 *
Jennifer Kwon、Alec Knapp、Andrew Hill、Kristen Browoleit、Sai An、Stuart Sundsdeth、Tyler Goodwin、Michael Hefferan、Kendra Congdon、Charles Gersbach、Blythe Sather
1 密歇根大学生物医学工程系,美国密歇根州安娜堡 48109 2 凯斯西储大学生物医学工程系,美国俄亥俄州克利夫兰 44106 3 大都会健康医疗中心骨科系,美国俄亥俄州克利夫兰 44106 4 退伍军人事务医疗中心路易斯斯托克斯克利夫兰分部,美国俄亥俄州克利夫兰 44106 5 密歇根大学医学院麻醉系,美国密歇根州安娜堡 48109 6 密歇根大学外科系整形外科科,美国密歇根州安娜堡 48109 7 密歇根大学医学院神经外科系,美国密歇根州安娜堡 48109 8 密歇根大学电气工程与计算机科学系,美国密歇根州安娜堡48109,美国 9 密歇根大学机器人研究所,密歇根州安娜堡 48109,美国 10 密歇根大学神经科学研究生课程,密歇根州安娜堡 48109,美国 11 密歇根大学医学院神经病学系,密歇根州安娜堡 48109,美国 12 上述作者对本研究贡献相同。∗ 任何通讯作者均应致函此联系人。
表示用于子场拼接制造工艺的四个段或子块。 (E) 柄尖电极布局(顶部)和 CMOS 电路布局(底部)的细节。 (F) 柄中一个金属层穿过拼接区域时的自上而下的扫描电子显微镜 (SEM) 图像(比例尺:1 µm);左上:拼接重叠区域外的横截面;右上:最窄处的横截面;由于双重光刻胶曝光,金属线更窄。 (G) 柄尖机械研磨至 25° 的 SEM 照片;插图:探针 10