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结直肠癌全基因组游离DNA片段长度分布的通道容量
此预印本的版权所有者此版本于 2024 年 11 月 1 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.07.17.24310568 doi: medRxiv preprint
通过片段筛选发现TRF1-TIN2蛋白 - 蛋白质相互作用的第一类抑制剂
图2：X射线晶体学通过X射线晶体屏幕。（a）TRF1 TRFH单体的卡通表示，其1286 PANDDA事件被叠加为蓝色球体。每个循环数代表pandda配体结合位点。TIN2 TBM结合位点，站点6，以绿色突出显示。（b）19精制和叠加的TRF1 TRFH结构的卡通表示，其命中片段结合在TIN2 TBM结合位点中。（c）与B中相同的结构，但没有结合的片段命中，显示了与片段结合的四个关键残基的相对位置（R102，E106，Q127，R131）。（d）TRF1 TRFH -TIN2 TBM晶体结构（PDB 3BQO）13的卡通表示，其中四个残基与碎片结合在一起，显示为蓝色棒，而TIN2 TBM显示为洋红色棒。（e）TRF1 TRFH的R131与命中片段的酰胺组之间的H-键的示例（3）。（f）命中片段（6）的示例，其中一个halide组埋在TRF1 TRFH的亮氨酸袋中，用TIN2 TBM肽（PDB 3BQO）13叠加为卡通和L260。（g）TRF1 TRFH的R131与命中片段的芳基（13）之间的阳离子-PI相互作用的示例。（H）Xchem的晶体结构命中片段5与TRF1 TRFH结合，相邻的不对称单元以灰色显示。
通过电流零模式波导直接测序对DNA片段的快速识别
在单分子，实时（SMRT）测序中，通过单个DNA聚体在DNA链复制过程中实时监测单个核苷酸，跟踪掺入multicolor荧光标记的核苷酸。[3A]通过扩散过程将要测序的DNA模板加载到100 nm直径的纳米线的底部，称为零模式波导（ZMW），这自然有利于捕获由于井的大小约束而捕获较短的DNA分子。[3b，4]为了从长片段中获取读数，使用尺寸选择系统，其中短片段通过凝胶电泳去除。[5]总体而言，在SMRT测序方案中需要高输入DNA量（> 3 µg每1 GB基因组），[5,6]，尽管可提供来自亚纳米图DNA的库制备方法[7] [7]来自低输入的这种低输入量的DNA负载限制可有效读取来自低输入的有效读数。需要新平台有效地将各种尺寸的DNA碎片加载到没有长度偏差的ZMW中，并且从超值输入（PICOGRAMPOMPOM级别）导致了几种类型的电气致命ZMW的发展，包括纳米孔ZMWS（NZMWS）（NZMWS）[8]和POOL ZMWS（POOL ZMWS）（POROUL ZMWS（POLOUL ZMWS））（POROUL ZMWS）（POLFOOL ZMWS）。[9]在这些设备中，跨设备的电压应用导致离子流过ZMWS的多孔碱基，从而导致电动介导的生物分子（DNA，RNA和蛋白质）的电动介导的负载。与基于扩散的负载相反，电力学介导的负载功能低尺寸偏差和亚纳米革兰氏DNA输入要求。在该设备中，波导在其底部嵌入了电极，可以使电压诱导的DNA分子捕获到EZMWS中。但是，这些设备都依赖于独立的超薄膜，这在某种程度上承诺了设备的寿命并增加背景光致发光。为了克服这些问题，我们在这里脱颖而出，电光ZMWS（EZMWS），这是一种新型的电气可致动ZMW的设计，其中不需要独立的membranes。我们的新设备功能
具有双片段基因组的裂谷热病毒候选减毒活疫苗的免疫原性
裂谷热病毒 (RVFV) 是一种新出现的虫媒病毒，可影响反刍动物和人类。裂谷热病毒在非洲和阿拉伯半岛引起严重且反复的疫情，并且很有可能在新的地区出现。尽管有多种 RVFV 兽用疫苗可用于流行地区，但目前尚无获准用于人类的疫苗；因此，需要开发和评估新疫苗。在此，我们报告了一种 RVFV 减毒活重组疫苗候选物，该疫苗基于先前描述的有条件许可的 MP12 疫苗的基因组重组。开发减毒活 RVFV 疫苗有两种通用策略，一种是连续传代野生型 RVFV 菌株以选择减毒突变体，例如 Smithburn、Clone 13 和 MP12 疫苗株。第二种策略是利用反向遗传学通过在病毒基因组中引入缺失或插入来减毒 RVFV 菌株。本报告中描述的新型候选疫苗包含一个双片段基因组，该基因组缺少病毒中片段 (M) 和两个毒力基因（非结构性小片段和非结构性中片段）。该候选疫苗名为 r2segMP12，在杂交 CD-1 小鼠中评估了其产生 RVFV 中和抗体的能力。将 r2segMP12 候选疫苗诱导的免疫反应与 rMP12 亲本株疫苗诱导的免疫反应直接进行比较。我们的研究表明，在相同疫苗接种滴度下，使用 10 5 个空斑形成单位的 r2segMP12 候选疫苗单次免疫可引发比 rMP12 疫苗更高的中和抗体反应，且无需加强。
使用基于片段的量子化学计算蛋白质-配体相互作用能量的收敛协议
基于碎片的量子化学方法提供了一种避免电子结构计算的非线性缩放的方法，因此可以使用高级方法研究大型分子系统。在这里，我们使用碎片来计算具有数千个原子的系统中的蛋白质-配体相互作用能，使用一种用于管理基于碎片的计算的新软件平台，该平台实现了屏蔽多体展开。使用最小基半经验方法 (HF-3c) 进行的收敛测试表明，使用单残基碎片和简单氢帽的二体计算足以重现使用传统超分子电子结构计算获得的相互作用能，误差在 1 kcal/mol 以内，计算成本约为 1%。我们还表明，HF-3c 结果说明了密度泛函理论在增强四倍 ζ 质量的基组中获得的趋势。碎片化的战略部署有利于融合生物分子模型系统与高质量电子结构方法和基组一起使用，将从头算量子化学引入迄今为止难以想象的规模的系统。这将有助于为机器学习应用生成高质量的训练数据。
天然分子的全基因组测序，简短片段CfDNA和FFPE DNA
优化与碎片模板一起使用的ONT SQK-LSK110连接协议改善了测序性能。修改降低了自由适配器的量，并增加了完全适配器绑扎的分子与最终文库中半适配器绑扎和非适应器绑扎分子的比率。
开发用于分析脑脊液中内源性tau片段的IP-maldi方法
质量（obs。）强度（obs。）开始末端长度同工序列[m+h]+（theo。）质量类型ION_NAME错误（PPM）错误（AMU）77G7-1 77G7-2 77G7-3 77G7-4 77G7 77G7 2950.524278 4215144.5 287 311 25 25 2 25 2N4R [phospho]？[phospho]？[Phospho]?VQSKCGSKDNIKHVPGGGSVQIVYK 2949.931449 average 287-311_Phospho4_2N4R_a 200.9634884 0.592828515 0 1 0 0 1 2950.524278 4215144.5 256 281 26 2N4R [Phospho]?[Phospho]?VKSKIGSTENLKHQPGGGKVQIINKK 2950.209511 average 256-281_Phospho2_2N4R_a 106.6931135 0.314767038 1 0 0 0 1 2950.524278 4215144.5 350 374 25 2N4R [磷]？[phospho]？[phospho]？[Phospho]?VQSKIGSLDNITHVPGGGNKKIETH 2950.853499 average 350-374_Phospho4_2N4R_a -111.5679467 -0.329220666 0 0 0 1 1 2950.524278 4215144.5 359 383 25 2N4R [Phospho]?[phospho]？nithvpgggnkkiethkltfrenak 2951.112984平均359-383_phospho2_2n4r_a -199.4862197 -0.588706373 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2950.524278 4215144444.5 33444444444444444444年4月444.5日[phospho]？vtskcgslgnihhkpgggqvevkseksekl 2951.130967平均318-344_phospho2_2n4r_a -205.5785917 -0.606666689348 0 0 0 0 1 0 1 0 1 2950.5224215151444.5294444444444444. [磷]？[Phospho]?SKIGSTENLKHQPGGGKVQIINKKLD 2951.151178 average 258-283_Phospho2_2N4R_a -212.4255588 -0.626899938 1 0 0 0 1 2950.524278 4215144.5 277 304 28 2N4R iinkkldlsnvqskcgskdnikhvpggg 2951.385553平均277-304__2N4R_A -291.8204416 -0.861274635 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1 2950.524278 4215151515144.5 264 3.2N33R ENERKHQPGGGKVQUVYKPVDLSKVTSK 2951.404132平均264-321__2N3R_A -298.113849 -0.879854446 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2950.52424278 421515144.5 344.5 3444.5 3444.5 3472 26 2n2n44.2[Phospho]?KDRVQSKIGSLDNITHVPGGGNKKIE 2952.096111 average 347-372_Phospho2_2N4R_a -532.4462535 -1.571832514 0 0 0 1 1 2950.524278 4215144.5 350 376 27 2N4R [Phospho]？
一种无需体外处理受精卵的大片段敲入动物生产的新技术
AAVpro 包装质粒 (AAV2，#6234；AAV5，#6664；AA6，#6665，Takara Bio) 和 AAVpro 293T 细胞系 (#632273，Takara Bio)。所有 AAV 载体质粒均通过将对应于目标基因座和敲入序列的 PCR 片段克隆到 EcoRV 和 BglII 限制位点之间的 pAAV-CMV 载体中，去除 CMV 启动子、b-珠蛋白内含子和 hGH polyA 来构建。按照制造商的说明，使用 Xfect 转染试剂 (#631318，Clontech) 将 AAV 质粒和包装质粒转染 293T 细胞。使用 AAVpro 纯化试剂盒 (所有血清型) (#6666，Takara Bio) 提取和浓缩 AAV。使用 AAVpro 滴定试剂盒（#6233，Takara Bio）和热循环仪 Dice 实时系统 III（TP950，Takara Bio）估算病毒基因组拷贝数。
基于片段和结构的药物发现，用于开发针对 DNA 损伤反应的治疗剂
癌症将直接影响超过三分之一人口的生活。DNA 损伤反应 (DDR) 是一个复杂的系统，涉及损伤识别、细胞周期调控、DNA 修复以及最终的细胞命运决定，在癌症病因和治疗中发挥着核心作用。涉及 DDR 靶向的两种主要治疗方法包括：采用抗癌基因毒性剂的组合治疗；以及合成致死，利用偶发性 DDR 缺陷作为癌症特异性治疗的机制。尽管许多 DDR 蛋白已被证明“无法用药”，但基于片段和结构的药物发现 (FBDD、SBDD) 已推进治疗剂的识别和开发。FBDD 已导致 4 种药物（约 50 种药物处于临床前和临床开发阶段），而 SBDD 估计已为 200 多种 FDA 批准药物的开发做出了贡献。基于蛋白质 X 射线晶体学的片段库筛选，尤其是针对难以捉摸或“无法用药”的靶标，可以同时生成命中结果以及蛋白质-配体相互作用和结合位点（正构或变构）的详细信息，从而为化学可处理性、下游生物学和知识产权提供信息。使用一种新颖的高通量基于晶体学的片段库筛选平台，我们筛选了五种不同的蛋白质，命中率约为 2-8%，晶体结构约为 1.8 至 3.2 Å。我们考虑了当前的 FBDD/SBDD 方法以及设计工作的一些典型结果