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用于斑马鱼组织特异性基因破坏的 CRISPR/Cas9 载体系统
CRISPR/Cas9 基因组编辑技术极大地促进了多种生物体内和体外基因的靶向失活。在斑马鱼中，只需将向导 RNA (gRNA) 和 Cas9 mRNA 注射到单细胞阶段胚胎中，即可快速生成敲除系。在这里，我们报告了一种简单且可扩展的基于 CRISPR 的载体系统，用于斑马鱼的组织特异性基因失活。作为原理证明，我们使用带有 gata1 启动子的载体来驱动 Cas9 表达，以沉默与血红素生物合成有关的 urod 基因，特别是在红细胞谱系中。Urod 靶向在斑马鱼胚胎中产生了红色荧光红细胞，重现了在 yquem 突变体中观察到的表型。虽然 F0 胚胎表现出嵌合基因破坏，但这种表型在稳定的 F1 鱼中似乎非常明显。该载体系统构成了空间控制基因敲除的独特工具，大大拓宽了斑马鱼功能丧失研究的范围。
长期适应淋巴瘤细胞对缺氧的适应性是由特异性抑制剂
大量证据表明，低氧驱动恶性细胞的侵略性分子特征，而与癌症类型无关。非霍奇金淋巴瘤（NHL）是最常见的血液系统恶性肿瘤，其特征是频繁涉及多样的低氧微环境。我们研究了长期深缺氧（1％O2）对淋巴瘤细胞生物学的影响。在缺氧下≥4周，有6种测试的细胞系（RAMOS和HBL2）中只有2个。缺氧适应的（HA）B RAMOS和HBL2细胞的增殖速率降低，伴随着对氧化磷酸化和糖酵解途径的显着抑制。转录组和蛋白质组分析表明，线粒体呼吸复合物I和IV的基因和蛋白质的下调明显下调，以及线粒体核糖体蛋白。尽管观察到了糖酵解的抑制抑制，但对两个HA细胞系的蛋白质组分析表明，与葡萄糖利用的调节有关的几种蛋白质的上调，包括丙酰-4-羟化酶P4HA1的活性催化成分，这是一种重要的可药物果仁。ha细胞系显示自动/线粒体的关键调节剂的转录增加，例如神经蛋白，Bcl2相互作用蛋白3（BNIP3），BNIP3样蛋白和BNIP3 pseudogene。对缺氧的适应性进一步与凋亡失调，即Bcl2l1/bcl-XL的上调，BCl2L11/BIM的过表达，BIM与Bcl-XL的结合增加，显着提高了对A11555463的细胞对A1155463的细胞敏感性的敏感性。负责葡萄糖利用的蛋白质的上调，2。最后，在两个HA细胞系中，Akt激酶均经过过度磷酸化，并且细胞对Copanlisib的敏感性增加，这是PAN-PI3K抑制剂。总而言之，我们的数据报告有关淋巴瘤细胞适应长期缺氧的几种共享机制，包括：1。线粒体蛋白降解潜在的线粒体回收（通过线粒体）和3。增加对BCL-XL和PI3K-AKT信号的依赖性。在翻译中，抑制糖酵解，BCL-XL或PI3K-AKT级联反应可能导致靶向消除HA淋巴瘤细胞。
MAPK和JAK/ ... div>中的种族特异性分子变化
MAPK和JAK/STAT途径的种族特异性分子变化早期发作结直肠癌Cecilia Monge，M.D.，M.P.H.，F.A.C.P.1，Brigette Waldrup，B.S。 2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。 2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *通讯：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：早期发作的结直肠癌（EOCRC），定义为50岁之前诊断为结直肠癌（CRC）的发病率，尤其是在西班牙裔/拉丁裔（H/L）种群中。 尽管这种趋势，但驱动EOCRC差异的潜在分子机制仍然很少理解。 MAPK和JAK/STAT途径在肿瘤进展，增殖和治疗反应中起关键作用；但是，它们参与特定于种族的EOCRC差异尚不清楚。 本研究旨在表征EOCRC患者MAPK和JAK/STAT途径基因的分子改变，重点是H/L和非西班牙裔白人（NHW）患者之间的差异。 此外，我们评估了这些特定途径的变化是否有助于H/L EOCRC患者的生存结果。 方法：我们使用公开可用的CRC数据集进行了生物信息学分析，以评估MAPK和JAK/STAT途径基因中的突变频率。 该研究中总共包括3,412例患者，包括302 h/L的患者和3,110名NHW患者。1，Brigette Waldrup，B.S。2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。 2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *通讯：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：早期发作的结直肠癌（EOCRC），定义为50岁之前诊断为结直肠癌（CRC）的发病率，尤其是在西班牙裔/拉丁裔（H/L）种群中。 尽管这种趋势，但驱动EOCRC差异的潜在分子机制仍然很少理解。 MAPK和JAK/STAT途径在肿瘤进展，增殖和治疗反应中起关键作用；但是，它们参与特定于种族的EOCRC差异尚不清楚。 本研究旨在表征EOCRC患者MAPK和JAK/STAT途径基因的分子改变，重点是H/L和非西班牙裔白人（NHW）患者之间的差异。 此外，我们评估了这些特定途径的变化是否有助于H/L EOCRC患者的生存结果。 方法：我们使用公开可用的CRC数据集进行了生物信息学分析，以评估MAPK和JAK/STAT途径基因中的突变频率。 该研究中总共包括3,412例患者，包括302 h/L的患者和3,110名NHW患者。2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *通讯：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：早期发作的结直肠癌（EOCRC），定义为50岁之前诊断为结直肠癌（CRC）的发病率，尤其是在西班牙裔/拉丁裔（H/L）种群中。 尽管这种趋势，但驱动EOCRC差异的潜在分子机制仍然很少理解。 MAPK和JAK/STAT途径在肿瘤进展，增殖和治疗反应中起关键作用；但是，它们参与特定于种族的EOCRC差异尚不清楚。 本研究旨在表征EOCRC患者MAPK和JAK/STAT途径基因的分子改变，重点是H/L和非西班牙裔白人（NHW）患者之间的差异。 此外，我们评估了这些特定途径的变化是否有助于H/L EOCRC患者的生存结果。 方法：我们使用公开可用的CRC数据集进行了生物信息学分析，以评估MAPK和JAK/STAT途径基因中的突变频率。 该研究中总共包括3,412例患者，包括302 h/L的患者和3,110名NHW患者。2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。*通讯：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：早期发作的结直肠癌（EOCRC），定义为50岁之前诊断为结直肠癌（CRC）的发病率，尤其是在西班牙裔/拉丁裔（H/L）种群中。尽管这种趋势，但驱动EOCRC差异的潜在分子机制仍然很少理解。MAPK和JAK/STAT途径在肿瘤进展，增殖和治疗反应中起关键作用；但是，它们参与特定于种族的EOCRC差异尚不清楚。本研究旨在表征EOCRC患者MAPK和JAK/STAT途径基因的分子改变，重点是H/L和非西班牙裔白人（NHW）患者之间的差异。此外，我们评估了这些特定途径的变化是否有助于H/L EOCRC患者的生存结果。方法：我们使用公开可用的CRC数据集进行了生物信息学分析，以评估MAPK和JAK/STAT途径基因中的突变频率。该研究中总共包括3,412例患者，包括302 h/L的患者和3,110名NHW患者。患者按年龄分层（EOCRC：<50岁，晚期结直肠癌 - locrc：≥50岁）和种族（H/L vs. NHW），以评估突变患病率的差异。卡方检验以比较组之间的突变率，并使用Kaplan-Meier生存分析来评估基于H/L和NHW EOCRC患者途径改变的总体生存差异。结果：比较H/L患者的EOCRC和LOCRC时，在MAPK途径相关基因中观察到显着差异。NF1 (11.6% vs. 3.7%, p = 0.01), ACVR1 (2.9% vs. 0%, p = 0.04), and MAP2K1 (3.6% vs. 0%, p = 0.01) were more prevalent in EOCRC, while BRAF mutations (18.3% vs. 5.1%, p = 9.1e-4) were significantly more frequent in LOCRC among H/L patients.此外，当将H/L患者的EOCRC与NHW患者的EOCRC进行比较时，关键MAPK途径基因（例如Akt1（5.1％vs. 1.8％vs. 1.8％，P = 0.03），MAPK3（3.6％，0.7％，P = 6.83E-3），NF1（11.6％vs. 6.1％，P = 0.0％，PD） = 0.02）在H/L EOCRC患者中显着富集。
等位基因特异性基因编辑方法用于恢复 RHO 相关视网膜色素变性患者的视力丧失
。CC-BY 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2022 年 11 月 16 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2022.11.16.516784 doi：bioRxiv 预印本
患者特异性TBX5-G125R变体诱导深刻的转录放松调节和心房功能障碍
结果：我们发现Holt -Oram综合征患者心房额外的收缩期和心室传导障碍的高发生率。TBX5 G125R/+小鼠在形态上不受影响，并且显示出可变的RR间隔，心房额外的收缩期和对心房颤动的敏感性，让人联想到TBX5-P.G125R患者。心房传导速度不受影响，但与对照组相比，在TBX5 G125R/+小鼠的分离的心肌细胞中，分离的心肌细胞中延长了收缩和舒张性细胞内钙浓度。心房的转录分析揭示了心肌细胞与其他细胞类型的最深刻的转录变化，并在一千个编码和非编码转录本上鉴定出差异表达。表观遗传分析发现了数千个TBX5-P.G125R敏感的，推定的调节元件（包括增强剂），这些元件可在心房心肌细胞中获得可及性。大多数可访问性增加的站点被TBX5占据。对于转录因子的SP（特异性蛋白）和KLF（特异性蛋白）（特异性蛋白）（特异性蛋白）（Krüppel样因子）家族的DNA结合基序的少量位点富含。这些数据表明，TBX5-P.G125R会诱导调节元件活性的变化，改变转录调控以及心肌细胞行为的变化，这可能是由DNA结合和合作特性改变引起的。
具有高活性、高特异性和广泛 PAM 范围的工程化 xCas12i
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 6 月 17 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.06.15.496255 doi：bioRxiv 预印本
转移支原体透明症特异性细胞介导的新生儿猪的免疫力
抽象的支原体溶质膜是猪中enzootic肺炎的主要药物。尽管细胞介导的免疫性（CMI）可能在防御hyopneumoniae的保护中发挥作用，但其从母猪转移到后代的特征很差。因此，在疫苗接种和未接种疫苗的母猪中研究了母体衍生的CMI。还研究了摄入初乳之前的交叉促进对CMI从大坝转移到小猪的转移的潜在影响。六二肠疾病中的hyopneumoniae接种了被人体感染的牛群和47头仔猪，其中24个小猪被交叉寄养，以及三只非疫苗的对照母猪，来自M. hiopneumoniae M. hyopneumoniae-free Herd-free Herd seal-free Herd和24个小猪。疫苗接种的母猪在肌内肌肉内接受了商业细菌，并在for染前6周和3周接受。使用召回测定法评估了不同T细胞子集的TNF-α，IFN-γ和IL-17A的产生。在母猪血液中的细胞因子产生T细胞增加。同样，在这些疫苗接种的母猪中出生的2天大的小猪的血液中检测到了脑性的 - 特异性T细胞。相比之下，在对照母猪的仔猪血液中没有发现脑性的 - 特异性细胞因子产生T细胞。在交叉派生和非交叉式仔猪之间的透明杆菌特异性CMI中没有发现差异。总而言之，不同的Hyopneumoniae M.特异性T细胞子组从母猪转移到后代。需要进一步的研究来研究这些跨性别细胞对小猪中免疫反应的作用及其对透明杆菌感染的潜在保护作用。关键词：支原体溶液，母体免疫，细胞介导的免疫，交叉促进
非特异性肺炎（NSIP）急性加重的细菌学特征
该研究确定大肠杆菌和肺炎链球菌是AE-NSIP患者中最常见和具有统计学意义的细菌分离株。这些发现与先前研究（例如Seth J. Kligerman等人[1]）保持一致，该研究使用培养非依赖性方法记录了NSIP患者的类似病原体。其他报告，例如Hochhegger B等[2]，也表现出NSIP患者的阳性培养物，支持细菌在疾病进展中的潜在作用。与其他肺部疾病真正急性事件不同，NSIP中急性加重的发作通常是阴险的[6]。最近，分子培养的独立技术已经确定了下部气道中的复杂微生物物种，在许多呼吸系统疾病中发生的微生物组发生了不同的改变[7，8]。在Sambataro G等[5]中，他们分析了20例使用细菌性肺炎，非特异性间质性肺炎和急性间质性肺炎，使用细菌性肺炎，使用细菌培养物和凝胶培养物和凝胶培养物和凝胶，分析了20例肺部肺部疾病患者的微生物菌群。鉴定了经典的呼吸道病原体（例如，流感嗜血杆菌）和各种以前未经识别或未经认可的生物。
先天免疫记忆具有刺激特异性
1. 宾夕法尼亚大学工程与应用科学学院生物工程系，宾夕法尼亚州费城，美国 2. 宾夕法尼亚大学艺术与科学学院化学系，宾夕法尼亚州费城，美国 3. 宾夕法尼亚大学艺术与科学学院物理与天文系，宾夕法尼亚州费城，美国 4. 麻省理工学院计算与系统生物学项目，马萨诸塞州剑桥，美国 5. 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院细胞与分子生物学研究生组遗传学与表观遗传学，宾夕法尼亚州费城，美国 6. 威斯塔研究所基因表达与调控项目，宾夕法尼亚州费城，美国 7. 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院细胞与发育生物学系，宾夕法尼亚州费城，美国 8. 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院遗传学系，宾夕法尼亚州费城，美国 *通讯地址：arjunrajlab@gmail.com 摘要 先天免疫记忆 (也称为训练性免疫) 部分定义为其对异源病原体，并且可以由许多不同的刺激产生，表明存在一种“通用”的训练状态。然而，不同的刺激可以形成不同的记忆，从而导致刺激特异性的训练反应。在这里，我们使用原代人类单核细胞衍生的巨噬细胞来展示初次暴露六天后先天免疫记忆的表型和表观遗传刺激特异性。用单分子 RNA 成像对细胞因子产生的量化展示了单细胞水平上对再刺激的刺激特异性反应模式。炎症转录因子的差异许可与染色质特异性的编码有关。训练过的细胞对次级刺激表现出更强烈的反应，这些反应更类似于它们所经历的初始刺激，表明这些刺激特异性记忆具有功能性作用。我们的研究结果表明，不同的刺激不会激活通用的训练状态，而是会传授特定的记忆，从而在巨噬细胞中产生不同的训练表型。
以及人类特异性缺失的跨调控靶基因
功能序列的缺失被认为是分子进化的基本机制 1,2 。灵长类动物的比较遗传学研究 2,3 已经发现了数千个人类特异性缺失 (hDels)，并且已经使用报告基因检测 4 评估了短 (≤31 个碱基对) hDels 的顺式调控潜力。然而，结构变体大小 (≥50 个碱基对) 的 hDels 如何影响其原生基因组环境中的分子和细胞过程仍未得到探索。在这里，我们设计了针对 6,358 个 hDels 中 7.2 兆碱基序列的单向导 RNA 基因组规模文库，并提出了一种系统的 CRISPR 干扰 (CRISPRi) 筛选方法来识别改变黑猩猩多能干细胞细胞增殖的 hDels。通过将 hDels 与染色质状态特征进行交叉并执行单细胞 CRISPRi（Perturb-seq）来识别它们的顺式和反式调控靶基因，我们发现了 20 个控制基因表达的 hDels。我们重点介绍了两个 hDels，hDel_2247 和 hDel_585，它们在脑中具有组织特异性活性。我们的研究结果揭示了人类谱系中丢失的序列的分子和细胞作用，并建立了一个功能性地询问人类特异性遗传变异的框架。