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外源 DNA 序列的“同类相食”：适应性免疫的祖先形式，需要识别危险
适应性免疫是一种复杂的免疫反应形式，能够保留大量靶抗原（表位）作为非自身抗原的分子记忆。当它再次遇到具有已知表位的免疫球蛋白或 T 细胞受体抗原结合位点时，它能够重新激活自身，而这些表位之前曾激活过宿主免疫系统。长期以来，人们一直认为适应性免疫是一种高度进化的非自身识别形式，在物种形成过程中出现得相当晚，是对一种更普遍的反应（称为先天免疫）的补充。先天免疫提供了一种相对非特异性的防御（尽管由能够特异性识别病毒或细菌化合物的传感器介导），并且不保留对危险的记忆。但是，这种最近获得适应性免疫的概念受到了挑战，因为原核生物中已经存在另一种形式的特定识别机制，这种机制可能能够特异性地自动防御外部危险。这种识别机制可以被认为是一种原始形式的特定（适应性）非自身识别。它基于这样一个事实：许多古细菌和细菌使用一种基因组编辑系统，该系统赋予原核生物适当的病毒 DNA 序列的能力，使它们能够通过一种与适应性免疫非常相似的机制来防止宿主受到损害。这被模糊地称为“外来 DNA 的内源化”或“病毒 DNA 捕食”，或者更形象地说是“DNA 同类相食”。多年来，证据不断积累，突显了外来 DNA 的内源化在与适应性免疫相关的基本过程中的关键作用，并导致了适应性免疫在物种形成后期出现的教条的改变。
分析来自祖先多样化亚洲基因组的临床相关变体
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GATA 因子 ELT-3 在祖先基因网络中指定 Caenorhabditis angaria 的内胚层
秀丽隐杆线虫的内胚层特征化通过一个网络进行，在该网络中，母系提供的 SKN-1/Nrf 和来自 POP-1/TCF 的额外输入激活了 GATA 因子级联 MED- 1,2 → END-1,3 → ELT-2,7。MED、END 和 ELT-7 因子的直系同源物只存在于与秀丽隐杆线虫密切相关的线虫中，这引出了一个问题：在该属中较远的物种中，在没有这些因子的情况下，肠道是如何特征化的。我们发现 GATA 因子基因 elt-3 的 C. angaria、C. portoensis 和 C. monodelphis 直系同源物在早期 E 谱系中表达，刚好早于它们的 elt-2 直系同源物。在 C. angaria 中，Can-pop-1(RNAi)、Can-elt-3(RNAi) 和 Can-elt-3 无效突变导致渗透性“无肠”表型。Can-pop-1 是 Can-elt-3 激活所必需的，表明它作用于上游。在 C. elegans 中强制早期 E 谱系表达 Can-elt-3 可以指导 Can-elt-2 转基因的表达并拯救 elt-7 end-1 end-3; elt-2 四重突变菌株的生存能力。我们的研究结果表明，隐杆线虫肠道特化和分化的祖先机制涉及更简单的 POP-1 → ELT-3 → ELT-2 基因网络。
对波利尼西亚人和新的祖先和健康的新见解...
我们现在正朝着个性化医疗的新时代发展。在前景中，DNA卫生的医疗系统将利用患者和人群的基因组信息进行疾病的预先处理和治疗。这种近乎未来的医学认识到已经存在不同种族人之间遗传差异的证据。我们自己先前对人类基因组的遗传调查表明，新西兰人的遗传变异丰富。这些现在包括有关免疫系统基因的新作品。我们为移植中的临床相关抗原（人白细胞抗原，主要的组织兼容性复合物I类与链链I类相关的基因A和杀伤细胞免疫球蛋白样受体）和过血（血液组和人的血小板抗原）中的临床相关抗原（血液和人体抗原抗体）中的临床相关抗原进行了全面参考。本报告将这些数据设置在上下文中，并突出显示等位基因变量及其对祖先和健康的影响。希望这些信息可以帮助解决毛利人和太平洋健康状况的当前不平等现象。
替代模型选择对蛋白质祖先序列重建的后果
分子进化的最佳拟合替代模型是系统发育感（包括祖先序列重建（ASR））的传统步骤。然而，最近的一些研究表明，应用此过程不会影响系统发育重建的准确性。在这里，我们通过分析蛋白质演化替代模型的选择的影响，重点介绍了使用模拟和真实数据的ASR的准确性。我们发现所选最佳拟合取代模型会产生最准确的祖先序列，尤其是在数据呈现较大的遗传多样性的情况下。的确，在具有相似交换性生存性的替代模型下重建的祖先序列相似，这表明如果所选的最佳拟合模型不能用于重建，则采用类似于所选模型的模型是首选的。我们得出的结论是，建议在蛋白质探测的替代模型之间进行选择，以重建准确的祖先序列。
静脉血栓栓塞症的多祖先 GWAS 识别出新的位点，随后在斑马鱼中进行实验验证
1 密歇根大学计算医学与生物信息学系，密歇根州安娜堡，美国 2 密歇根大学儿科系，密歇根州安娜堡，美国 3 美国国家心肺血液研究所内部研究部人口科学分部，73 Mt. Wayte, Suite #2, Framingham, MA, 01702, 美国 4 斯坦福大学医学院血管外科分部，加利福尼亚州帕洛阿尔托，94305，美国 4 密歇根大学内科系，密歇根州安娜堡，美国 6 密歇根大学内科系心血管医学分部，密歇根州安娜堡，美国 7 挪威科技大学 NTNU 公共卫生与护理系 KG Jebsen 遗传流行病学中心，特隆赫姆，7030，挪威 8 挪威科技大学公共卫生与护理系 HUNT 研究中心，挪威科技大学，挪威勒万厄尔 7600 9 特隆赫姆大学医院圣奥拉夫医院医学诊所，挪威特隆赫姆 7030 10 波尔多大学，法国国家健康与医学研究院，波尔多人口健康研究中心，UMR 1219，F-33000 波尔多，法国 11 迈克尔·克雷森茨下士 VA 医学中心，美国宾夕法尼亚州费城 12 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院外科系，美国宾夕法尼亚州费城 13 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院遗传学系，美国宾夕法尼亚州费城 14 华盛顿大学生物统计学和医学系心血管健康研究组 15 格罗宁根大学，UMCG，眼科系，荷兰格罗宁根
恢复期血清和疫苗接种血清对 SARS-CoV-2 祖先变体、β、δ 和 omicron 变体临床分离株的免疫原性
康复和接种血清的免疫原性针对临床造成的临床隔离，祖先SARS-COV-2，Beta，三角洲和Omicron变体2 3 Arinjay Banerjee 1,2,3，*，Jocelyne lew 1，liw 1，andrea kroeker 1，andrea kroeker 1，andrea kroeker 1，kaushal baid 1，kaush baid 1，patrick aftich ahah nirm nirm nirm nirm Ryan McDonald 8，Amanda Lang 8.9，5 Volker Gerdts 1.2，Sharon E. Straus 10.11，Lois Gilbert 12，Angel Xinliu li 12，Mohammad 6 Mozafarihasjin 12，Sharon Walmsley 13，Anne-Claude 13，Anne-Claude 12,14，Jeffrey L. Wrana 12，14，Tony 7，tony 7，盖尔7,12,15;加拿大萨斯喀彻温省萨斯卡通 S7N 11 5E3 12 2 萨斯喀彻温大学兽医微生物学系；萨斯喀彻温省萨斯卡通 S7N 5B4,13 加拿大 14 3 滑铁卢大学生物系；加拿大安大略省滑铁卢 N2L 3G1 15 4 共享医院实验室；加拿大安大略省多伦多 M4N 3M5 16 5 Sunnybrook 研究所；加拿大安大略省多伦多 M4N 3M5 17 6 达尔豪斯大学计算机科学学院；加拿大新斯科舍省哈利法克斯 B3H 4R2 18 7 多伦多大学实验室医学和病理生物学系；加拿大安大略省多伦多 19 M5S 1A8 20 8 萨斯喀彻温省卫生局 Roy Romanow 省实验室；里贾纳，SK，S4S 0A4，21 加拿大 22 9 萨斯喀彻温大学医学院；加拿大萨斯喀彻温省萨斯卡通 S7N 5E5 23 10 多伦多大学医学系；加拿大安大略省多伦多 M5S 3H2 24 11 Unity Health；加拿大安大略省多伦多 M5B 1W8 25 12 西奈医疗系统；加拿大安大略省多伦多 M5G 1X5 26 13 大学健康网络；加拿大安大略省多伦多 M5G 2C4 27 14 多伦多大学分子遗传学系；加拿大安大略省多伦多 M5S 1A8 28 15 多伦多大学达拉拉纳公共卫生学院；加拿大安大略省多伦多 M5S 1A1 29 30 *通信地址：arinjay.banerjee@usask.ca (AB) 和 darryl.falzarano@usask.ca (DF)
Kim，B。H.，Choi，Y.H.，Yang，J.J.，Kim，S.，Nho，K.，Lee，J.M。，＆Alzheimer's Disision神经影像学计划。 （2020）。识别新的Gen 尼古丁促进了链球菌链球菌外多糖合成，细胞聚集和总乳酸脱氢酶活性 道路建设项目的临时交通控制装置检测 骨细胞EGLN1/PHD2通过FGF23 辐射诱导的光子疗法与质子治疗的淋巴细胞减少症患者患者 燃烧的余烬：朝着更透明和强大的气候变化风险评估 硬化蛋白耗竭会诱导小鼠的骨髓炎症 等离子体P-TAU217预测常染色体显性阿尔茨海默氏病的体内脑病理学和认知 使用与身体部位的约束融合进行自动驾驶的计算有效的行人检测 通过联合多任务稀疏规范相关分析和分类来识别诊断特异性基因型 - 表型关联 非遗传性视网膜疾病的基因治疗 结合tau低聚物并抑制供体提取物的病理播种的构象抗体的晶体结构 祖先古细菌用吡咯氨酸扩大了遗传密码 贝叶斯自适应阶段I/II/II临床试验设计延迟...
Kim，B。H.，Choi，Y.H.，Yang，J.J.，Kim，S.，Nho，K.，Lee，J.M。，＆Alzheimer's Disision神经影像学计划。 （2020）。 鉴定了与阿尔茨海默氏病中皮质厚度相关的新型基因：系统生物学方法的神经影像学方法。 阿尔茨海默氏病杂志，75（2），531-545。 https://doi.org/10.3233/jad-191175Kim，B。H.，Choi，Y.H.，Yang，J.J.，Kim，S.，Nho，K.，Lee，J.M。，＆Alzheimer's Disision神经影像学计划。（2020）。鉴定了与阿尔茨海默氏病中皮质厚度相关的新型基因：系统生物学方法的神经影像学方法。阿尔茨海默氏病杂志，75（2），531-545。 https://doi.org/10.3233/jad-191175
日本狼与现代狗的关系最为密切，其祖先基因组已被整个东欧亚大陆的狗广泛遗传
。CC-BY-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2021 年 10 月 11 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2021.10.10.463851 doi：bioRxiv 预印本
使用Y-DNA和mtDNA探索您的祖先
SNP测试检查位于整个Y染色体的一到数千个单核苷酸多态性的任何地方。SNP传统上用于确定一个人的单倍群和古老的血统，并且对于寻找遗传表亲的有用不太有用。但是，新测试正在识别可能在族谱相关的时间范围内有用的SNP。SNP测试具有多种重要用途，包括：（i）确定深度血统； （ii）确认估计的单倍群； （iii）确定亚aplogroup的名称（“终端SNP”）。很快，许多人认为SNP测试将用于确定族谱相关的时间表中的关系！