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分子进化的最佳拟合替代模型是系统发育感（包括祖先序列重建（ASR））的传统步骤。然而，最近的一些研究表明，应用此过程不会影响系统发育重建的准确性。在这里，我们通过分析蛋白质演化替代模型的选择的影响，重点介绍了使用模拟和真实数据的ASR的准确性。我们发现所选最佳拟合取代模型会产生最准确的祖先序列，尤其是在数据呈现较大的遗传多样性的情况下。的确，在具有相似交换性生存性的替代模型下重建的祖先序列相似，这表明如果所选的最佳拟合模型不能用于重建，则采用类似于所选模型的模型是首选的。我们得出的结论是，建议在蛋白质探测的替代模型之间进行选择，以重建准确的祖先序列。
替代模型选择对蛋白质祖先序列重建的后果
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