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用超保守的元素数据澄清Eupoinae Maddison的系统发育放置
supfoinae maddison，2015年是一群来自东南亚的小叶叶式跳跃蜘蛛。尽管以前的分子植物遗传研究表明，它是跳跃蜘蛛中的基底（非甲状腺素）谱系之一，但其确切的位置尚不清楚。在这项研究中，从主要的盐族谱系中收集了超保存的Element数据，以研究所有盐酸亚家族的系统发育关系，并特别关注欧盟Poinae的放置。结果为跳跃蜘蛛亚家族提供了良好的系统发育，并提出了Eupoinae与Spartaeinae Wanless的姐妹关系，1984年是跳跃蜘蛛的基础谱系，具有相对较高的物种多样性以及形态学和行为多样性。随着eupoinae的放置，我们解决了所有盐酸亚科的关系船，为跳跃蜘蛛的进化研究提供了强大的框架。
我们的姐妹植物？系统发育学和植物学关于植物亲属盲目的注释
摘要 在系统发育分类法带来巨变之前，传统分类学将生物分为两个不同的界：动物界和植物界。西方科学植根于“自然主义”宇宙观，其理论体系主要基于古代亚里士多德思想，建立在这种二分法之上。如今，尽管我们采用了将生物统一为亲属的达尔文范式，但“生物等级”的概念仍然构成了我们对生物物种的分析和理解。我们的目标是结合系统发育学的发展、生物学的最新进展以及对植物能动性的重新关注，以形成对生物界的跨学科立场。植物或动物起源的分界线具有可追溯到约 39 亿年前的共同进化历史，两者之间的间隔仅为 16 亿年前。从生物物种历史的系统发育角度来看，植物和动物属于姊妹群。利用与植物神经生物学领域相关的最新数据，我们的目的是讨论一些社会文化障碍，主要是在西方自然主义认识论中，这些障碍阻碍了生物体作为亲属的整合，同时提出一些主要受其他本体论实践启发的途径，这些途径可以帮助克服这些障碍并在不同的生命联系方式之间架起桥梁。
完整的线粒体基因组和莲花角膜的系统发育分析（Fabaceae，papilionaideae）
结果和讨论：我们发现线粒体基因组的长度长度为401,301 bp，其GC含量为45.15％。它由53个基因组成，包括32个蛋白质编码基因，3个核糖体RNA基因和18个转移RNA基因。在线粒体基因组中总共存在146个散射重复序列，8个串联重复序列和124个简单的序列重复序列。对所有蛋白质编码基因的彻底检查揭示了485个RNA编辑和9579个密码子的实例。此外，在角膜软骨基因组和叶绿体基因组中鉴定了57个同源片段，占线粒体基因组的约4.04％的叶绿体基因组。此外，这是一种基于来自属于四个Fabaceae亚家族的33个物种的线粒体基因组数据，而其他家族的两个物种验证了莲花的进化关系。这些发现对理解角膜乳杆菌基因组的组织和演变以及遗传标记物的识别具有重要意义。他们还提供了与制定豆类分子育种和进化分类策略有关的有价值的观点。
海水环境中嗜盐微生物群落的系统发育和功能多样性
位于埃及北西奈的 El-Rawda 太阳能盐场是由 Bradawil 泻湖的水蒸发形成的。蒸发导致石膏、岩盐矿物和盐滩的沉淀，随后覆盖泻湖的南部和东部地区。本研究采用散弹枪宏基因组学方法、illumine 平台和生物信息学工具来研究太阳能盐场中嗜盐微生物群落的分类组成和功能多样性。从盐水样本中获得的宏基因组读数与从沉积物样本中获得的读数相比数量更多。值得注意的是，盐水样本的主要特征是古菌丰富，而沉积物样本则以细菌为主。这两个样本的真核生物丰度都相对较低，而病毒只在盐水样本中发现。此外，功能途径的比较分析显示盐水和沉积物样本中存在许多与中心代谢和蛋白质加工相关的重要过程。简而言之，这项研究对了解埃及嗜盐生态系统做出了宝贵贡献，提供了对其微生物多样性和功能过程的深入了解。
在具有目标捕获数据的植物中导航系统发育冲突和进化推断
1 Systematik，Biodovervortät和Evolution der Pflanzen，Ludwig-Maximilians-Universitätmünchen，Menzinger Str。67, 80638 Munich, Germany 2 Centre for Australian National Biodiversity Research (a joint venture of Parks Australia and CSIRO), Clunies Ross Street, Canberra ACT 2601, Australia 3 School of BioSciences, The University of Melbourne, Parkville, Victoria 3010, Australia 4 National Herbarium of New South Wales, Botanic Gardens of Sydney, Locked Bag 6002, Mount Annan,新南威尔士州2567，澳大利亚5号西澳大利亚州植物标本室，生物多样性，保护和景点系，锁定袋104，宾利送货中心，宾利，西澳大利亚州宾利6983，澳大利亚6澳大利亚6983年6983年6983年6983年6983年6983年，阿德莱拉德大学，阿德拉德大学，南澳大利亚州阿德拉德大学，南澳大利亚南澳大利亚州5005 7 National Biovipty DNA图书馆，澳大利亚州3010，公园3010101010101011维多利亚，墨尔本，维多利亚州3004，澳大利亚 *通讯作者：e.joyce@lmu.de
系统发育分析揭示了古老的基因重复是 MdtABC 外排泵的起源
抗性-结瘤-分裂家族 (RND) 的外排泵是革兰氏阴性菌内在抗生素抗性的主要贡献者。在该家族中，MdtABC 泵的不同寻常之处在于它具有两个内膜组件。这两个组件 MdtB 和 MdtC 是同源物，因此很明显这两个组件是由基因复制产生的。在本文中，我们描述了在其他 RND 背景下对 MdtBC 泵进行系统发育分析所获得的结果。我们表明，各个内膜组件（MdtB 和 MdtC）在整个变形菌种中都是保守的，它们的存在是单个基因复制的结果。我们认为这种基因复制是一个古老事件，发生在变形菌分为 Alpha、Beta 和 Gamma 类之前。此外，我们发现 MdtABC 泵和铜绿假单胞菌的 MexMN 泵具有密切的共同祖先，这表明 MexMN 泵是由原始 Mdt 祖先的另一次基因复制事件产生的。总之，这些结果揭示了 RND 外排泵的进化，证明了 Mdt 泵的古老起源，并表明核心细菌外排泵库在整个进化过程中总体上是稳定的。
149 当我们谈论认知时我们在谈论什么？人类、控制论和系统发育概念图式
当我们谈论认知时，我们在谈论什么？1 本文将概述目前在解释认知能力的科学中所使用的三种广泛的概念方案。一种是人类中心方案，即人类认知，直到最近它还主导着我们对认知的思考。另一种是控制论计算方案，即控制论认知，它植根于认知科学，在人工智能、计算神经科学和生物控制论等领域蓬勃发展。第三种是进化生物学方案，即系统发育认知，它根据我们对进化生物的所有其他特征所采取的基于系统发育的方法来概念化认知。这些方案在实践中并没有明显的区别，但它们在认知概念上有显著差异，并奠定了不同的研究问题和方法。目前还不清楚它们最终会如何关联，尽管我将在下面考虑它们目前如何关联。
研究文章Linguaphylo：一种可再现的系统发育分析的概率模型规范语言
系统发育模型已经变得越来越复杂，系统发育数据集在规模和丰富度方面都扩大了。但是，当前的推理工具缺乏模型指定语言，可以简单地描述完整的系统发育分析，同时独立于实施细节。我们引入了一种新的轻巧和简洁的模型规范语言“ lphy”，该语言被设计为人类和机器可读性。图形用户界面伴随“ lphy”，允许用户构建模型，模拟数据并创建描述模型的自然语言叙述。这些叙述可以作为手稿方法部分的基础。此外，我们提出了一个命令行界面，用于将LPHY指定模型转换为与BEAST2软件平台兼容的分析规范文件（XML格式）。总的来说，这些工具旨在增强植物研究中描述的清晰度和概率模型的报告，最终促进结果的可重复性。
2018-2019 年美国康涅狄格州蝙蝠狂犬病毒全基因组测序和系统发育分析
摘要：我们对 2018-2019 年提交给康涅狄格州兽医诊断实验室 (CVMDL) 的蝙蝠中检测到的狂犬病毒 (RABV) 进行了全基因组测序和遗传表征。在提交给 CVMDL 的 88 只蝙蝠中，6 个脑样本（6.8%，95% 置信区间：1.6% 至 12.1%）经直接荧光抗体试验检测呈阳性。在棕蝠 (Eptesicus fuscus, n = 4)、灰毛蝠 (Lasiurus cinereus, n = 1) 和未知蝙蝠物种 (n = 1) 中检测到了 RABV。获得了六种检测到的 RABV 中的四种的完整编码序列。在系统发育分析中，大棕蝠的 RABV（18-62、18-4347 和 19-2274）属于蝙蝠 EF-E1 进化枝，与在宾夕法尼亚州和新泽西州从同种蝙蝠中检测到的 RABV 聚类。从迁徙灰毛蝠中检测到的蝙蝠 RABV（19-2898）属于蝙蝠 LC 进化枝，与在亚利桑那州、华盛顿州、爱达荷州和田纳西州从同种蝙蝠中检测到的 11 种病毒聚类。本研究中使用的方法产生了有关 RABV 变体遗传关系的新数据，包括它们的宿主和空间起源，这些数据将作为未来在北美研究 RABV 的参考数据。需要对蝙蝠 RABV 进行持续监测和基因组测序，以监测病毒的进化和传播，并评估可能与公共卫生相关的基因突变的出现。
宿主系统发育和功能性状分化了小型哺乳动物自然界的肠道微生物
fi g u r e 1小型哺乳动物社区系统发育和肠道微生物组组成。（a）14种的系统发育包括三个分类顺序：啮齿动物（啮齿动物；灰色的亚家族名称），lagomorpha（Hares）和Macroscelidea（Elephant Shrew）。节点上的数字代表Bootstrap支持值，大象sh作为适当的外群。节点上的灰色文本代表啮齿动物中相关的家族，亚家族和部落级进化枝，并表明系统发育代表了我们在这些分类群中及之内对进化关系的最佳当前知识。为了可视化整个系统发育的身体大小分布，我们使用了phytools在R. phytools中实现的最大似然祖先重建方法。微生物组样本量显示在括号中的尖端。（b）微生物组的多样性显示为每个样品±标准偏差的平均ASV数量。（c）堆叠的条形图显示了所有样品中六个细菌门的相对读取丰度（RRA）；灰色显示了代表<5％RRA的19个“其他”门的RRA。[可以在wileyonlinelibrary.com上查看颜色图]