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检查基因组中的媒体报道和可读性......
在本研究中，我们分析了大量英语在线媒体文章，这些文章涵盖了全基因组关联研究 (GWAS)，体现了使用计算方法研究生物科学科学传播的趋势。我们分析了 2005 年至 2018 年间发布的 5,000 多个网站中的媒体报道、可读性、主题以及对伦理和社会问题的提及趋势，这些网站来自 3,555 篇关于 1,943 种不同特征的 GWAS 出版物，这些出版物通过 GWAS 目录使用文本挖掘方法确定，以提供有关遗传素养和媒体报道的讨论。我们发现 22.9% 的 GWAS 论文引起了媒体的关注，但大多数论文的描述语言过于复杂，公众无法理解。伦理问题很少被提及，而对翻译的提及随着时间的推移而增加。我们使用回归模型 (r2 = 38.7%)，根据出版年份、已识别的遗传关联数量、研究样本量和期刊影响因子预测了媒体关注度。我们发现，睡眠类型、教育程度、酒精和咖啡消费、性取向、晒黑和头发颜色受到的关注度远远超过回归模型的预测值。我们还评估了“一个基因，一种疾病”标题的流行程度（例如，“科学家说他们发现了导致乳腺癌的基因”），发现它正在下降。总之，在线媒体对 GWAS 的报道应该更容易理解，引入更多现代遗传学术语，并在适当的时候提及 ELSI。科学传播研究可以从大数据和文本挖掘技术中受益，这些技术使我们能够研究数千个媒体渠道的报道趋势和变化。您可以在我们为本文建立的网站上以交互方式浏览结果：https://jjmorosoli.shinyapps.io/newas/ 。
使用基因组中的元文章
摘要通过在营养较差的环境中提供和回收必需营养物质，海绵微生物组基础宿主功能。基因组数据表明，碳水化合物降解，碳固定，氮代谢，硫代谢和补充B-维生素是中央微生物功能。然而，很少探索海绵共生途径的基因组潜力的验证。为了评估宏基因组预测，我们测序了三个常见的珊瑚礁海绵的宏基因组和元文字：ircinia ramosa，ircinia ramosa，ircinia microconulosa和phyllospongia foliascens。多种碳水化合物活性酶通过猪杆菌，细菌和氰基菌群共生菌表达，这表明这些谱系在吸收溶解的有机物中具有核心作用。在所有海绵中都观察到了碳固定和多硫化合物转化的整个途径的表达。厌氧氮代谢（反硝化和硝酸盐还原）的基因表达比有氧代谢（硝酸盐）更常见，其中只有I. ramosa微生物组表达了硝化途径。最后，虽然B-VITAMIN的生物合成途径的表达很常见，但其他转运蛋白基因的表达受到了限制。总的来说，我们强调了元基因组和
DNA甲基化 - 环境相互作用在人类基因组中
背景：甲状腺激素（Th）是大脑发育和功能所必需的。浸泡9个大脑和脊髓的脑脊液（CSF）含有自由或经甲状腺素（TTR）结合。中枢神经10系统中的紧密甲状腺激素水平调节对于控制神经发生，髓鞘形成和突触发生的发育基因表达至关重要。这一综合的11个功能强调了开发精确和可靠的方法评估CSF中TH水平的重要性。方法：我们报告了12种基于LC-MS的方法，用于测量啮齿动物CSF和血清中的甲状腺激素，适用于新鲜和冷冻样品。13结果：我们发现怀孕大坝与非妊娠成年人以及胚胎与成人CSF的CSF甲状腺激素有着明显的差异。14此外，靶向的LC-MS代谢分析发现了这些人群中CSF中的不同中央碳代谢。结论：相关代谢途径的第15次检测和代谢物分析开放了对CSF甲状腺激素16的严格研究的新途径，并将为正常发育过程中CSF的代谢改变的未来研究提供信息。17 18
对基于 AI 的质粒注释工具进行基准测试，以便从哥斯达黎加维里拉河的宏基因组中挖掘抗生素抗性基因
摘要 — 生物信息学和人工智能 (AI) 是快速发展的工具，它们促进了移动遗传元素 (MGE) 的注释，从而能够预测污染环境中的健康风险因素，例如抗生素抗性基因 (ARG)。本研究旨在评估四种基于 AI 的质粒注释工具 (Plasflow、Platon、RFPlasmid 和 PlasForest) 的性能，通过使用定义的性能参数来识别从哥斯达黎加维里拉河获得的一个沉积物样本的宏基因组中的 ARG。我们从样本中提取并测序完整的 DNA，组装宏基因组，然后使用每种生物信息学工具进行质粒预测，并使用抗性基因标识符网络门户进行 ARG 注释。计算了评估质粒的每个 ARG 预测结果的灵敏度、特异性、精确度、阴性预测值、准确度和 F1 分数。值得注意的是，Platon 在评估的工具中表现最高，获得了优异的分数。相反，Plasflow 似乎难以区分染色体和质粒序列，而 PlasForest 在处理小重叠群时遇到了限制。RF- Plasmid 表现出较低的特异性，并且其分类单元依赖的工作流程表现不佳。我们建议采用 Platon 作为抗性基因组研究的首选生物信息学工具
利用长读测序同时分析完整植物基因组中的染色质可及性和 DNA 甲基化
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2023 年 11 月 21 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2023.11.15.567180 doi：bioRxiv 预印本
解锁罕见疾病遗传学：从基因组中的见解 -
解锁罕见疾病遗传学：全基因组关联研究和单核苷酸多态性的见解Osama Alam* 1，卫生汗2，Azmat Ullah 1 1 1 1 1 1科学与技术大学生物技术系Bannu Bannu，28100 Khyber Pakhtunkhwa，Pakhtunkhwa，Pakhthwa，pakistan。2 govt动物学系。巴基斯坦班努大学研究生学院。摘要：全基因组关联研究（GWAS）是识别与复杂疾病相关的遗传变异的强大工具。然而，由于这些疾病通常涉及低频基因突变，因此它们的效用在阐明稀有疾病的遗传学方面受到限制。代表基因组中单碱基对变化的单核苷酸多态性（SNP）可以为稀有疾病的遗传结构提供宝贵的见解。值得注意的是，诸如APP，PSEN1，PSEN2，APOE，TREM2和ABCA7之类的基因中的特定SNP揭示了阿尔茨海默氏病（AD）的分子基础。App Gene中的SNP RS429358中，通过改变淀粉样蛋白β的产生，与阿尔茨海默氏症的风险增加相关。同样，通过GWAS发现的SNP与慢性阻塞性肺疾病易感性（COPD），纤维肿瘤肿瘤易感性（FOP）和Hutchinson-Gilford综合征（HGPS）联系起来，也表现出ACVR1和LMNA中引起疾病的突变。然而，由于招募大型队列的挑战，GWAS进行了有力的罕见疾病，这给人带来了困难。标准GWAS工作流程涉及患者入学，基因组DNA提取，基因分型和严格的质量控制。案例和对照进行匹配和分析，并进行多次测试的校正。罕见的变体方法和插入旨在增强统计能力的目的。关键障碍包括样本量不足，遗传异质性和罕见的因果变体。缓解策略结合了跨国联盟，基于家庭的设计，功能分析，下一代测序，定制基因面板和机器学习方法。前进的GWA将需要越来越大，多样化的数据集，以及新颖的统计和高通量的OMIC技术，以破译稀有和复杂病理的遗传根。
对无定形核变压器绕组中轴向和径向力的比较分析B. D. Thanh *a，T。H. Le A，V。D. D. QuoC B
这项研究的目的是通过两种不同的方法检查和分析作用于无定形核心变压器低压和高压绕组的轴向和径向力，电磁力（EMFS）：一种分析方法：3-D有限元元件（FEM）。首先，提出了分析方法来分析磁回路中泄漏磁场的分布和作用在变压器绕组上的力。然后提出嵌入在ANSYS MAXWELL中的FEM，以在三个不同的工作条件下计算和模拟轴向和径向力：无负载，额定额定负载和短路。最终比较了从低压和高压绕组中的两种不同方法，例如额定电压，额定电流，短路电流，轴向和径向力以及EMF，以说明方法一致。该方法的验证应用于1600KVA-22/0.4KV的三相无定形核心变压器。
神经仪：大脑连接组中图形机学习的基准
机器学习提供了一种有价值的工具，用于分析高维功能神经影像学数据，并证明可以有效预测各种神经系统疾病，精神疾病和认知模式。在功能磁共振成像（MRI）研究中，大脑区域之间的相互作用是使用基于图的表示形式建模的。图形机学习方法的效力已经在跨众多域中建立，标志着数据解释和预测建模的跨形成一步。，尽管他们有希望，但由于潜在的预处理管道数量的庞大数量以及基于图的数据集构建的大量参数搜索空间，这些技术向神经影像域的换位一直在挑战。在本文中，我们介绍了神经图1，这是基于图的神经影像数据集的集合，并展示了其用于预测多种行为和认知性状的实用性。我们通过制作包含静态和动态大脑连接性的35个数据集，深入研究数据集生成搜索空间，运行超过15种基线方法进行基准测试。此外，我们还提供通用框架 - 用于在静态图和动态图上学习。我们的广泛实验导致了几个关键观察。值得注意的是，使用相关向量作为节点特征，结合了更多的感兴趣区域并使用稀疏图会提高性能。为了促进基于图的数据驱动神经成像分析的进一步进步，我们提供了一个全面的开源Python软件包，其中包括基准数据集，基线实现，模型培训和标准评估。
重组 - 甲硫代子酶产生的大肠杆菌在微生物组中灌输了抑制原位细胞系小鼠模型中的三阴性乳腺癌
摘要。背景/目标：饮食和重组蛋白酶（RMETASE）的蛋氨酸限制对癌症治疗有效或与化学疗法药物结合在一起。我们先前表明，可以在小鼠微生物组中安装口服rmeTase产生大肠杆菌JM109（大肠杆菌JM109-RMETASE）的大肠杆菌JM109（大肠杆菌JM109-RMETASE），并抑制同步小鼠模型中的结肠癌生长。在本报告中，我们研究了口服大肠杆菌JM109-胺在原位三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系小鼠模型中的疗效。材料和方法：首先，我们在雌性无胸腺NU/NU裸小鼠4-6周的腹部乳腺上建立了原位4T1小鼠三阴性乳腺癌。肿瘤生长后，将15只小鼠分为三组5。第1组通过每天两次口服磷酸盐缓冲盐水（PBS）作为对照。第2组由非重组大肠杆菌JM109通过每天两次口服口服的细胞作为对照。第3组由两次饲养大肠杆菌JM109-RMETASE细胞
为什么电池组中的单元格失去平衡？调查包装不均匀性在生命不平衡的作用：一项模拟研究
发现，在负载下测量的包装中的瞬时不平衡会随着平行字符串的添加以及较宽的母线电阻分布而增加。这可能会驱动包装细胞不均匀降解。此外，母线中的开路断层似乎会导致永久性失衡和包装容量的严重缺乏。