对乳制品和非乳制环境中微生物多样性的研究在理解这些生态系统中这些微生物的存在及其对最终产物的影响方面起着关键作用,尤其是当我们指的是传统和手工产物时。每个环境都有偏爱并允许不同细菌物种发展的独特和特定的特征[1]。手工奶酪和生乳被认为是实验室新菌株的潜在来源[2]。制作这些奶酪的方式可以确定由放牧,动物皮肤,器皿,表面和其他可能与奶酪接触的细菌进行的发酵[3]。对手工奶酪中存在的细菌菌株的研究表明,存在尚未与奶酪有关的物种和具有差异化技术特征的乳酸细菌多样性[4]。此外,除了草,不同类型的青贮饲料甚至动物皮肤等非乳制环境也是已适应的新型菌株的重要来源,因此可以提供有趣的特征来探索[5]。从乳制品和非乳制环境中分离出来的魏森氏菌的多样性对于在最终产物中了解这种微生物的知识的丰富而引起了人们的极大兴趣。Weissella属由分类为革兰氏阳性,过氧化氢酶阴性,非孢子形成,球形形态或短芽孢杆菌的细菌组成。它们属于实验室,这主要是由于碳水化合物的发酵产生乳酸[6]。这项研究的主要目的是宣布和分析魏森氏菌W25基因组的测序和注释,并进行全面的比较基因组
摘要:多氯联苯(PCB)引起重大健康和生态障碍,是持续的有机污染物,但仍在世界各地恢复。微生物PCB生物转化是一种用于污染的有前途的技术,但所涉及的分子机制仍然被误解。木质氨基利因酶被怀疑参与许多PCB转化,但它们的评估仍然很少。为了进一步清单微生物通过其木氨基利性酶转化PCB的能力,我们研究了氧化酶和过氧化物酶在从历史悠久的PCB污染位点分离的一组微生物中的作用。Among 29 isolated fungi and 17 bacteria, this work reports for the first time the PCB-transforming capabilities from fungi affiliated to Didymella , Dothiora , Ilyonectria , Naganishia , Rhodoturula , Solicoccozyma , Thelebolus and Truncatella genera and bacteria affiliated to Peribacillus frigotolerans ,壁画peribacillus,macillus mycoides,蜡状芽孢杆菌,丰尼芽孢杆菌,伪刺杆菌,假单胞菌冠状动脉法,埃尔维尼亚蚜虫和se肉杆菌静脉。以相同的方式,这是对Dothiora maculans Specie和cladosporium属的真菌分离株的第一份报告,分别显示了氧化酶(推定的漆酶)和过氧化物酶活性,在PCBS的存在下(分别超过4倍和20圈),可增强。基于这些结果,怀疑观察到的活动参与PCB转换。
结果表明,可以针对各种生物构图方法(包括基于挤出的基于挤压和微型技术)进行多个链接方法,尽管需要进一步优化以提高生物学兼容性。基于硫醇-IT的点击化学方法提供了完善水凝胶特性的可能性,从而改善了生物学结果。使得成功组织复杂的结构,例如内皮和上皮管,这强调了各种组织工程应用的潜力。
我们很高兴地宣布一个有关“微生物组对人类疾病的影响”主题的特殊问题,该问题旨在为研究人员提供一个平台,以提出其在微生物组的基因组分析领域的最新发现和进步,及其对人类健康和疾病的深远影响。人类微生物组在维持人类健康中起着至关重要的作用,并且与各种疾病的发展有关。基因组分析技术的最新进步已彻底改变了我们研究微生物组与人类疾病之间复杂关系的能力。本期特刊将着重于基因组分析工具的应用,包括宏基因组学,元文字组学和元蛋白质组学,以揭示微生物组的遗传和功能多样性及其对人类健康和疾病的影响。我们期待您对这一特殊问题的宝贵贡献,并相信其页面中共享的集体知识将极大地有助于我们对微生物组的基因组分析及其对人类健康和疾病的影响。
我们引入了Inmoose,这是一种旨在OMIC数据分析的开源Python环境。我们说明了其批量转录组数据分析的功能。由于其广泛的采用,Python在对生物信息学管道(例如数据科学,机器学习或人工智能(AI))中越来越重要的领域中已成为一种事实上的标准。作为一种通用语言,Python的多功能性和可扩展性也被认可。Inmoose旨在将历史上用R的最先进的工具带入Python生态系统。我们的目的是为R工具提供替换,因此我们的方法专注于对原始工具成果的忠诚。第一个开发阶段集中于批量转录组数据,当前功能包括数据模拟,批处理效应校正以及差分分析和荟萃分析。
利益冲突Philipp Karschnia-从Ludwig-Maximilians-University慕尼黑的“研究与教学支持计划”(Föfole)授予了“ LMU医学研究与科学学会”(Wifomed)(Wifomed)的“弗里德里希·贝尔·贝尔(Friedrich-Baur) - 贝尔·贝尔(Friedrich-Baur-Baur-Roundation)和“ Familie mehdontation”。Emilie le Rhun -Elr获得了Abbvie,Adastra,Daiichi Sankyo,Leo Pharma,Seagen和Tocagen的讲座或顾问委员会的酬金。Michael Vogelbaum- Infuseon Therapeutics的间接股权和患者特许权使用权益。来自Celgene和Cellinta的Honararia。从Celgene和Oncosynergy获得的研究赠款。Martin van den bent- Celgene,BMS,Agios,Boehringer,Abbvie,Abbvie,Bayer,Carthera,Nerviano和Genenta的顾问。Stefan J. Grau - 未报告披露。Matthias Preusser – MP has received honoraria for lectures, consultation or advisory board participation from the following for-profit companies: Bayer, Bristol- Myers Squibb, Novartis, Gerson Lehrman Group (GLG), CMC Contrast, GlaxoSmithKline, Mundipharma, Roche, BMJ Journals, MedMedia, Astra Zeneca, AbbVie,礼来(Lilly),梅达德(Medahead),戴伊(Daiichi Sankyo),赛诺菲(Sanofi),默克·夏普(Merck Sharp&Dome),托卡根(Tocagen),阿法斯特拉(Adastra)。以下营利性公司支持MP向其机构支付的临床试验和合同研究:Böhringer-Ingelheim,Bristol-Myers Squibb,Roche,Daiichi Sankyo,Daiichi Sankyo,Merck Sharp&Dome,Novocure,Novocure,GlaxoSmithkline,Abbvie。Riccardo Soffietti-未报告披露。Louisa von Baumgarten - 尚无报告。 Manfred Westphal - 未报告披露。Louisa von Baumgarten - 尚无报告。Manfred Westphal - 未报告披露。Michael Weller-来自Abbvie,Adastra,Merck,Sharp&Dohme(MSD),默克(EMD),Novocure,Piqur和Roche的研究赠款。荣誉仪式或咨询委员会的参与或咨询咨询,来自Abbvie,Adastra,Basilea,Bristol Meyer Squibb(BMS),Celgene,Merck,Sharp&Dohme(MSD),Merck(EMD),Novocure,Orbus,Roche,Roche,Tocagen和Ymabs和Ymabs和Ymabs和Ymabs和Ymabs。Joerg -Christian Tonn- Brainlab和Carthera的顾问/发言人Honoraria,以及Springer Publisher Intl的特许权使用费。
对肝细胞癌中关键致癌途径的比较基因组分析在不同人群中,M.D.,M.P.H.,F.A.C.P.1,Brigette Waldrup,B.S。 2,Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔(Enrique Velazquez-Villarreal),医学博士,博士,M.P.H。 2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市,贝克曼研究所,综合翻译科学系,杜阿尔特,加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心,加利福尼亚州杜阿尔特。 *通信:evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标:肝细胞癌(HCC)是癌症相关死亡率的主要原因,其发病率,肿瘤生物学和临床结果的种族和种族差异很大。 西班牙裔/拉丁裔(H/L)患者往往比非西班牙裔白人(NHW)患者诊断出年轻年龄的阶段,并且更高级阶段,但是这些差异的分子机制仍然很众所周知。 关键的致癌途径,包括RTK/RAS,TGF-BETA,WNT,PI3K和TP53,在肿瘤进展,治疗耐药性以及对靶向疗法的反应中起关键作用。 然而,这些途径内的民族特异性变化在很大程度上尚未得到探索。 本研究旨在比较H/L和NHW患者之间HCC中特定的途径特异性突变,评估肿瘤突变负担,并使用公开可用的数据集比较与种族相关的致癌驱动器。 此分析的发现可能会为改善代表性不足的人群的早期检测和靶向疗法提供精确的医学策略。1,Brigette Waldrup,B.S。2,Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔(Enrique Velazquez-Villarreal),医学博士,博士,M.P.H。 2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市,贝克曼研究所,综合翻译科学系,杜阿尔特,加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心,加利福尼亚州杜阿尔特。 *通信:evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标:肝细胞癌(HCC)是癌症相关死亡率的主要原因,其发病率,肿瘤生物学和临床结果的种族和种族差异很大。 西班牙裔/拉丁裔(H/L)患者往往比非西班牙裔白人(NHW)患者诊断出年轻年龄的阶段,并且更高级阶段,但是这些差异的分子机制仍然很众所周知。 关键的致癌途径,包括RTK/RAS,TGF-BETA,WNT,PI3K和TP53,在肿瘤进展,治疗耐药性以及对靶向疗法的反应中起关键作用。 然而,这些途径内的民族特异性变化在很大程度上尚未得到探索。 本研究旨在比较H/L和NHW患者之间HCC中特定的途径特异性突变,评估肿瘤突变负担,并使用公开可用的数据集比较与种族相关的致癌驱动器。 此分析的发现可能会为改善代表性不足的人群的早期检测和靶向疗法提供精确的医学策略。2,Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔(Enrique Velazquez-Villarreal),医学博士,博士,M.P.H。2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市,贝克曼研究所,综合翻译科学系,杜阿尔特,加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心,加利福尼亚州杜阿尔特。 *通信:evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标:肝细胞癌(HCC)是癌症相关死亡率的主要原因,其发病率,肿瘤生物学和临床结果的种族和种族差异很大。 西班牙裔/拉丁裔(H/L)患者往往比非西班牙裔白人(NHW)患者诊断出年轻年龄的阶段,并且更高级阶段,但是这些差异的分子机制仍然很众所周知。 关键的致癌途径,包括RTK/RAS,TGF-BETA,WNT,PI3K和TP53,在肿瘤进展,治疗耐药性以及对靶向疗法的反应中起关键作用。 然而,这些途径内的民族特异性变化在很大程度上尚未得到探索。 本研究旨在比较H/L和NHW患者之间HCC中特定的途径特异性突变,评估肿瘤突变负担,并使用公开可用的数据集比较与种族相关的致癌驱动器。 此分析的发现可能会为改善代表性不足的人群的早期检测和靶向疗法提供精确的医学策略。2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。2希望城市,贝克曼研究所,综合翻译科学系,杜阿尔特,加利福尼亚州。3希望之城综合癌症中心,加利福尼亚州杜阿尔特。*通信:evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标:肝细胞癌(HCC)是癌症相关死亡率的主要原因,其发病率,肿瘤生物学和临床结果的种族和种族差异很大。西班牙裔/拉丁裔(H/L)患者往往比非西班牙裔白人(NHW)患者诊断出年轻年龄的阶段,并且更高级阶段,但是这些差异的分子机制仍然很众所周知。关键的致癌途径,包括RTK/RAS,TGF-BETA,WNT,PI3K和TP53,在肿瘤进展,治疗耐药性以及对靶向疗法的反应中起关键作用。然而,这些途径内的民族特异性变化在很大程度上尚未得到探索。本研究旨在比较H/L和NHW患者之间HCC中特定的途径特异性突变,评估肿瘤突变负担,并使用公开可用的数据集比较与种族相关的致癌驱动器。此分析的发现可能会为改善代表性不足的人群的早期检测和靶向疗法提供精确的医学策略。方法:我们使用公开可用的HCC数据集进行了生物信息学分析,以评估RTK/RAS,TGF-BETA,WNT,PI3K和TP53途径基因中的突变频率。该研究包括547例患者,由69例H/L患者和478例NHW患者组成。通过种族(H/L与NHW)进行分层的患者,以评估突变患病率的差异。卡方检验用于比较突变频率,而Kaplan-Meier生存分析评估了与两个人群中途径特异性变化相关的总体生存差异。结果:与NHW患者相比,在RTK/RAS途径相关的基因中观察到显着差异,尤其是在FGFR4突变中,H/L患者更为普遍(4.3%vs. 0.6%,P = 0.02)。此外,IGF1R突变表现出边缘意义(7.2%vs. 2.9%,p = 0.07)。在PI3K途径中,H/L患者的INPP4B改变比NHW患者(4.3%vs. 1%,1%,P = 0.06)更频繁,而在TGF-BETA途径中,TGFBR2突变在H/L患者中更为普遍(2.9%vs. 0.4%vs. 0.4%,P = 0.07,P = 0.07),暗示了潜在的道理。
背景。未知原始起源(CUP)的癌占新诊断的晚期恶性肿瘤的2% - 5%,并以化学疗法作为护理标准。Cupisco(NCT03498521)是一项正在进行的随机试验,该试验使用全面的基因组亲膜(CGP),将杯赛患者分配给基于基因组亲实现的靶向或免疫疗法治疗臂。,我们对CGP的杯子病例进行了重新观察分析,以确定有多少有资格进入实验性杯状臂的可能有资格。材料和方法。使用基于混合捕获的基础CDX分析(平均覆盖范围,> 600倍)分析了基础库数据库中基础科目数据库中的腺癌和未分化的杯子标本。确定了基因组改变,微卫星不稳定性(MSI),肿瘤突变负担(TMB),杂合性(GLOH)的基因组丧失(GLOH)和程序性死亡 - 结构1(PD-L1)阳性。
1 Copenhagen Center for Arthritis Research (COPECARE), Center for Rheumatology and Spine Diseases, Center for Head and Orthopaedics, Rigshospitalet, Glostrup, Denmark 2 DANBIO Registry, Center for Rheumatology and Spine Diseases, Center for Head and Orthopaedics, Rigshospitalet, Glostrup, Denmark 3 Department of Clinical Sciences Lund,瑞典隆德大学斯科恩大学医院风湿病学4临床流行病学科,医学系索尔纳,卡罗林斯卡研究所,瑞典斯德哥尔摩,斯德哥尔摩,5 5号风湿病学研究院,风湿病学研究所和风湿病学系,1 st carlles of Medicine of Medicine of Charles novely of Charles novely of Charles of Charles of Charles of Charles of czech Crufence 6以及西班牙马德里马德里大学合并的医学学院。里斯本,葡萄牙里斯本:Reuma.PT注册表15医学和风湿病学部,赫尔辛基大学医院,赫尔辛基,芬兰赫尔辛基,芬兰16号炎症中心,风湿病学系,赫尔辛基大学医院,赫尔辛基,芬兰,芬兰赫尔辛基17号,苏里奇大学苏黎世苏里奇大学,苏里奇大学苏黎世大学医院。瑞士日内瓦,19 Izmir Katip Celebi大学,医学院,内科学系,丹麦哥本哈根大学哥本哈根大学,丹麦哥本哈根哥本哈根哥本哈根市伊兹米尔风湿病学系,哥本哈根哥本哈根,7,西班牙La Laguna的大学皮肤病学和精神病学系,卢布纳斯大学,卢布尔雅那大学医学中心,卢布尔雅那大学医学中心,卢布尔雅那大学,卢布尔雅那大学,卢布尔雅那9号,卢布尔杰纳大学(ICB),冰岛大学,冰岛雷克雅维克大学医学,冰岛大学医院11号风湿病学系,冰岛雷克雅未克11葡萄牙里斯本学校的学校; REMA.PT注册表14贝克斯科·沃格医院中心的风湿病学系,阿维罗和综合卫生研究中心,新星新大学新科学院。7,西班牙La Laguna的大学皮肤病学和精神病学系,卢布纳斯大学,卢布尔雅那大学医学中心,卢布尔雅那大学医学中心,卢布尔雅那大学,卢布尔雅那大学,卢布尔雅那9号,卢布尔杰纳大学(ICB),冰岛大学,冰岛雷克雅维克大学医学,冰岛大学医院11号风湿病学系,冰岛雷克雅未克11葡萄牙里斯本学校的学校; REMA.PT注册表14贝克斯科·沃格医院中心的风湿病学系,阿维罗和综合卫生研究中心,新星新大学新科学院。
usher综合征的基因组分析:人口级的患病率和1个治疗靶标2 3 4 Shelby E. Redfield 1,Stephanie A. Mauriac 1,2,GwenaëlleS。Géléoc1,2,A。Eliot5 Shearer 5 Shearer 1,2
