功能序列的缺失被认为是分子进化的基本机制 1,2 。灵长类动物的比较遗传学研究 2,3 已经发现了数千个人类特异性缺失 (hDels),并且已经使用报告基因检测 4 评估了短 (≤31 个碱基对) hDels 的顺式调控潜力。然而,结构变体大小 (≥50 个碱基对) 的 hDels 如何影响其原生基因组环境中的分子和细胞过程仍未得到探索。在这里,我们设计了针对 6,358 个 hDels 中 7.2 兆碱基序列的单向导 RNA 基因组规模文库,并提出了一种系统的 CRISPR 干扰 (CRISPRi) 筛选方法来识别改变黑猩猩多能干细胞细胞增殖的 hDels。通过将 hDels 与染色质状态特征进行交叉并执行单细胞 CRISPRi(Perturb-seq)来识别它们的顺式和反式调控靶基因,我们发现了 20 个控制基因表达的 hDels。我们重点介绍了两个 hDels,hDel_2247 和 hDel_585,它们在脑中具有组织特异性活性。我们的研究结果揭示了人类谱系中丢失的序列的分子和细胞作用,并建立了一个功能性地询问人类特异性遗传变异的框架。
-467 Microalbuminuria mg/l -347 Glicosuria G/l -317 Fasting glycaemia mg/dl -312 Gamma-glutamyl transferase UI/l -300 Alkaline phosphatase UI/l -294 Fibrinogen (serum) mg/dl -233 Hemoglobin g/dl -231 Glycated hemoglobin % -204 Creatinine mg/dl -202 Creatine phosphokinase (serum) UI/l -185 LDL cholesterol mg/dl -184 HDL cholesterol mg/dl -183 Cholesterol (total) mg/dl -173 Weist cm -118 Serum glutamic-oxaloacetic transaminase UI/l -61淀粉酶UI/L -45白蛋白排泄速率mcg/min -43丙氨酸氨基转移酶测试UI/L -21尿酸mg/dl -3性别无-2性别无-2年龄-1糖尿病年-1糖尿病持续时间
下图显示了随着投资的增加,培训需求也在增长——这是一个需要持续管理的持续发展过程。相反,对于刚开始 GenAI 之旅的组织来说,一个关键挑战是缺乏能够负责任地管理 GenAI 的技术人员。
1 荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯大学医学中心发育生物学系,邮编 3000 CA • 2 荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯大学医学中心 Oncode 研究所,邮编 3000 CA • 3 荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯大学医学中心伊拉斯姆斯 MC 癌症研究所分子遗传学系,邮编 3000 CA • 4 细胞整合生物学研究所 (I2BC)、CEA、CNRS、Uni Paris-Sud、Uni Paris-Saclay、法国吉夫河畔伊维特 • 5 荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯大学医学中心细胞生物学系,邮编 3000 CA • 6 意大利罗马第二大学医学院生物医学与预防系 • 7 荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯大学医学中心放射治疗系,邮编 3000 CA • 8 荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯大学医学中心血管外科系, 3000 CA,鹿特丹,荷兰
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下一代测序 (NGS) 的进步大大加速了微生物学研究创新方法的发展。在本研究中,我们提出了一种新方法来量化细胞内环境中基因缺失突变体的净存活率。该方法基于标准化的 Illumina 基因组 DNA 短读测序,无需在每个缺失突变体上使用特定的选择标记。验证结果表明,该方法可以准确量化混合突变体的加标池中的突变体,与基于 CFU 测定的预期值相比没有统计学上显着差异( p > 0.05)。此外,该方法还用于量化巨噬细胞中的 S . Gallinarum 突变体。将六个突变体和一个对照菌株混合在一个池中,并让其感染 HD11 细胞 2 小时。结果与之前的研究结果一致,为混合突变体感染在功能基因鉴定中的可行性提供了证据。值得注意的是,该方法的简单性和标准化植根于标准全基因组测序协议,使其可在各个实验室中轻松实施。
摘要:背景:II 型黄嘌呤尿症是一种罕见的常染色体嘌呤疾病。这种隐性嘌呤代谢缺陷仍是一种未被充分认识的疾病。方法:我们培育出钼辅因子硫化酶 (Mocos) 基因被靶向破坏的小鼠,以便全面了解嘌呤疾病,并评估这种基因的病理生理功能,该基因存在于大量通路中,并且已知与自闭症有关。结果:缺乏 Mocos 的小鼠在 4 周龄内死于明显的阻塞性肾病肾衰竭,表现为黄嘌呤尿、黄嘌呤沉积、囊性小管扩张、Tamm Horsfall(尿调节蛋白)沉积、中性粒细胞坏死和偶尔出现的肾积水和尿石症。阻塞性肾病与中度间质炎症和纤维化反应、贫血、解毒系统减弱以及嘌呤、氨基酸和磷脂代谢的重大改变有关。相反,表达减少的 MOCOS 蛋白的杂合小鼠是健康的,没有明显的病理。结论:缺乏 Mocos 的小鼠会患上致命的阻塞性肾病,并伴有深刻的代谢变化。研究 MOCOS 功能可能为黄嘌呤尿症和其他需要早期诊断的疾病的潜在发病机制提供重要线索
a 图卢兹传染病和炎症性疾病研究所 (Infinity)、法国图卢兹图卢兹第三大学 INSERM U1291、CNRS U5051 b 巴黎城市大学、INSERM UMR1163、Imagine 研究所、法国巴黎 c 内克尔儿童疾病医院 - 巴黎公立医院 (AP-HP) 原发性免疫缺陷研究中心、法国巴黎 d 蒙彼利埃圣埃洛伊医院内科和多器官疾病科、法国蒙彼利埃 CHU e 儿童自身免疫性疾病免疫遗传学实验室、INSERM UMR 1163 研究所、F-75015 巴黎、法国 f INSERM-UMR 1163、Imagine 研究所、法国巴黎 g 内科和肿瘤免疫学 (MedI2O) 研究所法国蒙彼利埃大学医院再生医学与生物治疗中心 (IRMB) h 法国蒙彼利埃大学再生医学与生物治疗中心、法国蒙彼利埃国家健康与医学研究院、法国蒙彼利埃大学医院再生医学与生物治疗中心 i 法国巴黎内克尔儿童医院 (AP-HP) 儿科免疫血液学和风湿病科 j 法国巴黎内克尔大学儿童医院 (AP-HP) 国家原发性免疫缺陷参考中心 (CEREDIH) k 法国巴黎想象研究所 INSERM-UMR 1163 生物信息学核心设施 l 法国巴黎国家科学研究中心、3633 号综合服务单位、法国巴黎城大学 INSERM
Zineb Sbihi、Kay Tanita、Camille Bachelet、Christine Bole、Fabienne Jabot-Hanin 等人。鉴定导致 XIAP 缺乏的 XIAP 基因中的种系非编码缺失揭示了关键启动子序列。临床免疫学杂志,2022 年,42 (3),第 559-571 页。�10.1007/s10875-021-01188-z�。�hal-03864194�