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可富集的微生物共生菌群落降解了 Kyphosus 鱼中的大型藻类多糖
摘要 沿海食草鱼类以大型藻类为食，这些藻类随后被其消化道中的微生物降解。然而，关于进行这种降解的微生物群的基因组信息很少。本研究通过计算机模拟研究碳水化合物活性酶和硫酸酯酶序列，探索了 Kyphosus 胃肠道微生物共生体协同降解和发酵红、绿和棕色大型藻类中的多糖的潜力。从先前描述的 Kyphosus 肠道宏基因组和新测序的生物反应器富集物中回收宏基因组组装基因组 (MAG) 揭示了 Kyphosus 肠道中主要微生物类群之间的酶活性差异。回收的 MAG 中用途最广泛的是来自拟杆菌门，其 MAG 中含有能够分解各种藻类多糖的酶集合。 Bacillota（Vallitalea 属）和 Verrucomi crobiota（Kiritimatiellales 目）基因组的独特酶和预测降解能力凸显了多个门的代谢贡献对拓宽多糖降解能力的重要性。很少有基因组含有单独完全降解任何复杂硫酸化藻类多糖所需的酶。来自不同分类群的 MAG 之间合适酶的分布，以及在候选酶中广泛检测到信号肽，与这些碳水化合物的协同细胞外降解相一致。这项研究利用基因组证据揭示了 Kyphosus 共生体在酶和菌株水平上尚未开发的多样性及其对大型藻类分解的贡献。生物反应器富集为降解和发酵过程提供了基因组基础，对于将从该系统获得的知识转化为水产养殖和生物能源领域至关重要。
肠道猴子中的微生物群落（纳萨利斯幼虫）：对地理和社会因素影响的影响
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年4月25日。; https：//doi.org/10.1101/2023.03.14.532648 doi：biorxiv Preprint
肿瘤内微生物群落的特征反映了肺腺癌的发展
一些研究表明，某些mRNA分子与LUAD患者的进展有关（Chen等，2019）。Dong等。 （2021）发现，在肺癌患者中ZLC5被上调，其高表达预测了较短的总生存期（P = 0.007），并且作为肺癌的独立预后标记，HR = 2.892； 95％（Yang等，2021）CI：1.297–6.449; p = 0.009;张等。 （2019）发现，九个mRNA基因（HMMR，B4GALT1，SLC16A3，ANGPTL4，EXT1，GPC1，RBCK1，SOD1和AGRN）与肺癌患者的总生存率有关。 通过多元COX回归分析，九个基因特征的预后能力高于临床信息。 Xin等。 （2019）发现，肺癌患者中COX-2，CPLA2，COX-1，MPGES，PGE2和PGI2的mRNA水平明显高于健康人的MRNA，尤其是在MPGES和PGI2高表达的患者中。 5年生存率低于低表达MPGE和PGI2的患者，并且对于肺癌的预后具有统计学意义。 尽管一些研究已经确定了一些用于预测肺癌的分子标记，但由于单个OMICS缺乏信息，仍然很难实现高精度预测（Shi等，2022）。 同时，对患者组织微生物组状态的相关研究和预测评估仍然存在。Dong等。（2021）发现，在肺癌患者中ZLC5被上调，其高表达预测了较短的总生存期（P = 0.007），并且作为肺癌的独立预后标记，HR = 2.892； 95％（Yang等，2021）CI：1.297–6.449; p = 0.009;张等。（2019）发现，九个mRNA基因（HMMR，B4GALT1，SLC16A3，ANGPTL4，EXT1，GPC1，RBCK1，SOD1和AGRN）与肺癌患者的总生存率有关。通过多元COX回归分析，九个基因特征的预后能力高于临床信息。 Xin等。（2019）发现，肺癌患者中COX-2，CPLA2，COX-1，MPGES，PGE2和PGI2的mRNA水平明显高于健康人的MRNA，尤其是在MPGES和PGI2高表达的患者中。5年生存率低于低表达MPGE和PGI2的患者，并且对于肺癌的预后具有统计学意义。尽管一些研究已经确定了一些用于预测肺癌的分子标记，但由于单个OMICS缺乏信息，仍然很难实现高精度预测（Shi等，2022）。同时，对患者组织微生物组状态的相关研究和预测评估仍然存在。
健康人群的上呼吸道微生物群落由利基和年龄
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年4月14日。; https：//doi.org/10.1101/2024.04.14.14.589416 doi：Biorxiv Preprint
土壤微生物群落的多样性和组成在中国东北部的三种土地使用类型
1 Heilongjiang省级寒冷地区生态恢复和资源利用的关键实验室，微生物学的主要实验室，工程研究中心农业微生物学技术中心，教育部，生命科学学院，海伦吉安根省海伦吉安根省，海伦吉安根大学，Harbin Harbin 15008080，中国Harbin 15008080； wangshenzheng2000@163.com（S.W.）; WMY022234@163.com（M.W。）; agaoxin0218@163.com（X.G.）; puwenmiao@163.com（p.m.）; tianronghaise@hlju.edu.cn（X.W.）2 Harbin 150088，Harbin 150088，Heilongjiang省自然资源权利和利益调查与监测研究所； kjydas2023@126.com 3自然与生态研究所，海伦吉安科学院，中国哈尔滨150001； liuyingn234@163.com（y.l。 ）; zhangrongtao14@163.com（R.Z.） 4瑞士联邦森林，雪和景观研究WSL，8903 Birmensdorf，瑞士伯曼多夫5号的5关键实验室，在长贝山区，教育部，地理科学院，东北师范大学，北部师范大学，乔纳130024，Chind Chinder Schoolive of Condres of Science of Condrication of Condrication of School of Scient xinsui_cool@126.com（X.S. ）; maihe.li@wsl.ch（M.-H.L.）2 Harbin 150088，Harbin 150088，Heilongjiang省自然资源权利和利益调查与监测研究所； kjydas2023@126.com 3自然与生态研究所，海伦吉安科学院，中国哈尔滨150001； liuyingn234@163.com（y.l。）; zhangrongtao14@163.com（R.Z.）4瑞士联邦森林，雪和景观研究WSL，8903 Birmensdorf，瑞士伯曼多夫5号的5关键实验室，在长贝山区，教育部，地理科学院，东北师范大学，北部师范大学，乔纳130024，Chind Chinder Schoolive of Condres of Science of Condrication of Condrication of School of Scient xinsui_cool@126.com（X.S.）; maihe.li@wsl.ch（M.-H.L.）
变暖增加了温带幼虫群落的组成和功能变异性
helmholtz极地和海洋研究中心的Alfred-Wegener-Institute，Am Handelshafen，12，27570 Bremerhaven，德国B德国B海洋环境化学与生物学研究所（ICBM），Oldenburg大学，旧金堡大学，Schleusstraße1，26382 Wilhelmshaven，compoly compology of Schleussenstra。 FUENTUENUEVA S/N 1，18071 GRANADA，西班牙d生态与动物生物学系，Vigo大学，校园Lagoas Marcosende S/N，36310西班牙Vigo，E西班牙E生态，环境和植物科学系，斯多克大学，斯德哥尔摩大学，Svante Arrhenius v. ag ag20a，Swedig swedig switde v. ag ag 206 91 specten-swud f。在Freiburg，Fahnenbergplatz，79104 Freiburg I.Br.
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染与转录活性微生物群落的差异有关
梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染（CDI）每年在美国约30万住院，相关的货币成本为数十亿美元。肠道微生物组营养不良对CDI很重要。据我们所知，元文字组合（MT）仅用于表征肠道微生物组组成和功能，在一项涉及CDI患者的先前研究中。因此，我们利用MT研究了CDI+（n = 20）和CDI-（n = 19）样品在微生物类群和表达基因方面的活性群落多样性和组成的差异。根据CDI状态，未检测到有关丰富性或偶数的显着（Kruskal-Wallis，p> 0.05）的显着差异。但是，基于CDI状态的聚类对于活性微生物分类群和表达的基因数据集都很重要（Permanova，P≤0.05）。此外，与CDI-样品相比，CDI+中的差异特征分析表明，机会性病原体的肠球菌病原体和Ruminococcus gnavus的表达更大。仅考虑真菌序列时，糖霉菌科在CDI-中表达了更多的基因，而其他31种真菌分类群则被确定为显着（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）与CDI+相关。我们还检测到基于CDI状态的各种基因和途径（Kruskal-Wallisp≤0.05，log（LDA）≥2）显着差异。值得注意的是，与生物膜形成相关的差异基因通过艰难梭菌表达。这为艰难梭菌对抗生素的抵抗和体内频繁复发提供了另一个可能的贡献。此外，更多的CDI+相关真菌分类群构成了额外的证据，表明该分枝杆菌对CDI发病机理很重要。未来的工作将集中于确定艰难梭菌在感染过程中是否积极产生生物膜，以及任何特定的真菌分类群在CDI中是否特别有影响力。
蓝细菌群落结构和嗜热蓝细菌的隔离
摘要。蓝细菌生物多样性代表了潜在发现新的有前途微生物物种的重要储藏。这项研究的目的是探索蓝细菌的多样性，并确定位于Zhetysu地区的Zharkent地热春季中发现的耐热物种。在从春季开始抽水时，温度达到75-80°C。在溪流周围鉴定出微生物聚集的形式的蓝细菌垫。九种蓝细菌种类，包括synechococcus，phormidium，gloeocapsa，uscillatoria，fischerella和nostoc。在居住在温泉的蓝细菌中，有44％是非核形式，而其余的则表现出杂化特性或作为单细胞生物存在。振荡量最为主要的，包括四个物种，其次是三个物种的阶次。从地热弹簧中分离出蓝细菌的纯培养物，例如eSciltotoria formasa，nostoc cuminca，nostoc cumince，anabaena cylindrica和fischerella thermalis。在不同温度下，对这些培养物进行了Thermotolext56rance评估。所有检查的菌株在45-50°C时表现出高生长速度，在55和60°C下的增长速度下降。最佳生长温度为45-50°C，除了Fischerella Thermalis菌株，该菌株在60°C下显示活性生长。获得的结果强调了分离菌株在生物技术中的潜在应用。
微塑料改变土壤碳循环：对碳存储，CO 2和CH 4发射和微生物群落的影响
微塑料（MP）是富含碳的聚合物，在环境中无处不在。随着塑料产生的增加，微塑性污染可能会加剧，并导致微生物群落和生物地球化学过程（例如碳循环）发生重大变化，最终影响陆地生态系统中的温室气体排放和碳储存。然而，目前对MPS对土壤碳循环作用的影响仍然有限，并且缺乏对以前研究获得的分散信息的系统评价。因此，本综述提供了有关国会议员对土壤碳循环影响的当前知识的系统概述，并提供了未来的研究建议。新兴的证据表明，MP可以通过修饰土壤物理化学和微生物学特性来影响土壤碳稳定性以及CO 2和CH 4的排放；尽管可生物降解的MP通常比不可降解的MP具有更大的作用，但特定效应高度依赖于塑料类型，大小和浓度。MPS对土壤碳周期的影响的具体机制仍然难以捉摸，这主要从微生物变化的角度进行了讨论，包括微生物生物量，微生物群落群落以及与碳代谢相关的关键酶和功能基因。需要进一步的研究以阐明MPS是否对土壤碳分解以及所涉及的生物和非生物机制具有正启动作用。本评论论文帮助研究人员更清楚地了解了MPS如何以及如何影响土壤生态系统中的碳循环。
微塑料改变土壤结构和微生物群落组成
城市集群环境安全和绿色发展的关键实验室，教育部，生态学，环境与资源学院，广东技术大学，广州大学，广州510006，B中国B农业资源与环境研究所，江苏大学农业科学学院，农业科学科学科学科学科学科学科学系，北美农业科学学院Ottingen，37077 G ottingen，德国D人民友谊大学（Rudn University），117198，俄罗斯莫斯科，俄罗斯E州主要水中水主要实验室，北京师范大学，北京师范大学，北京100875年，北京大学，伯林研究所，北卡罗来纳大学，北京大学研究所。 （BBIB），柏林，德国