XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System聚合酶链式反应
MicroRNA-200c 通过靶向上皮间质转换调节因子 ZEB2 抑制三阴性乳腺癌的转移
摘要 .目的 .三阴性乳腺癌(TNBC)是女性最常见的恶性、高度异质性肿瘤之一。miR-200c等微小RNA(miRNA)在包括TNBC在内的多种恶性肿瘤中发挥重要作用。但miRNA-200c在TNBC中的生物学作用尚不十分清楚。本研究探讨miR-200c在TNBC生长中的作用机制。方法 .采用逆转录定量聚合酶链式反应检测TNBC组织和TNBC细胞中miR-200c的表达。细胞计数试剂盒8(CCK-8)实验、划痕愈合实验和transwell实验分别观察miR-200c对TNBC细胞增殖、迁移和侵袭的影响。用Western印迹法检测上皮间质转化(EMT)标志物的表达。使用双荧光素酶报告基因检测来测试 ZEB2 是否是 miR-200c 的新靶点。结果。我们的结果表明 ZEB2 是 miR-200c 的新靶点，并且 ZEB2 通过 EMT 介导三阴性乳腺癌的转移。结论。miR-200c 通过靶向 ZEB2 来减弱 TNBC 细胞侵袭和 EMT。因此，我们的数据表明 miR-200c 可用于开发新的 TNBC 早期诊断和治疗策略。
话题：基因操控
基因克隆是指分离目标 DNA 序列以复制多个副本的过程。目标基因被分离（通过 PCR），然后插入质粒载体（通过消化和连接）。质粒载体能够在宿主细胞内自主复制，确保序列被克隆。重组载体可用于创建转基因生物 (GMO)，进而可用于生产大量治疗性蛋白质（生物制药）。基因克隆的过程涉及多个步骤：•用聚合酶链式反应（PCR）分离和扩增目的基因（和质粒载体）•如果要将基因整合到细菌细胞中，则需要 cDNA 拷贝（逆转录）•用相同的特异性限制性酶（平端或粘端）消化基因和质粒载体•通过将目的基因连接到质粒载体（使用 DNA 连接酶）来创建重组质粒•通过凝胶电泳将重组质粒与正常质粒（没有目的基因）分离•通过载体递送方法（例如电穿孔）将重组质粒引入靶细胞•在抗生素培养基中培养细胞以选择修饰细胞（只有带有质粒的细胞才具有抗生素抗性）
GRAS 通知 (GRN) 1051 机构回复信
Kyowa 称，2′-FL 是使用源自宿主菌株大肠杆菌 W ATCC 9637 的基因工程生产菌株通过发酵生产的。Kyowa 通过删除宿主菌株基因组中的五个基因并在这些删除位点插入编码 α 1,2-岩藻糖基转移酶 4 的五个基因拷贝，构建了生产菌株大肠杆菌 W NITE SD_00487。Kyowa 还称，他们插入了一个标记盒，该标记盒包含用于菌株选择的 sacB 基因和 cat 基因，在使用该生物体生产 2′-FL 之前将其去除。Kyowa 称，他们使用聚合酶链式反应确认了所有基因改造。Kyowa 称，大肠杆菌生产菌株已存放在国家生物资源中心 (NBRC) 5，存放编号为 NITE SD_00487。 Kyowa 表示，大肠杆菌 NITE SD_00487 无致病性、无毒性，不会将 DNA 转移到其他生物体，并且不含任何可能产生抗生素耐药性的元素。此外，Kyowa 还得出结论，基于该宿主菌株在食品制造中长期安全使用的历史以及特征明确的基因变化，该生产菌株预计不会产生抗菌剂或次级代谢产物。
利用牛津纳米孔技术公司的自适应采样技术进行药物基因组学中的靶向单倍型分析
药物基因组学 (PGx) 研究个体间基因组变异对药物反应的影响，从而有机会为每位患者量身定制给药方案。目前有针对性的 PGx 测试平台主要基于微阵列、聚合酶链式反应或短读测序。尽管这些检测在识别单核苷酸变异 (SNV) 和插入/缺失 (INDEL) 方面表现出巨大价值，但它们无法识别大的结构变异，也无法进行明确的单倍型分型以进行星号等位基因分配。在这里，我们使用 Oxford Nanopore Technologies 的自适应采样来丰富从药物基因组学知识库 (PharmGKB) 中提取的具有充分记录的 PGx 相关性的 1,036 个基因面板。通过评估与现有真实集的一致性，我们展示了对五个瓶中基因组参考样本的准确变异和星号等位基因调用。我们表明，最多可以在一个 PromethION 流动槽上复用三个样本，而不会显著降低变异调用性能，从而分别实现 99.35% 和 99.84% 的目标变异召回率和精确度。这项工作推动了纳米孔测序在临床 PGx 环境中的使用。
基于 CRISPR 的生物传感技术在下一代即时诊断应用方面的进展
摘要：随着分子检测从诊断实验室转移到现场检测变得越来越普遍，对基于核酸的诊断工具的需求突然增加，这些工具具有选择性、灵敏度、对地形变化的灵活性，并且具有成本效益，可以协助即时诊断系统进行大规模筛查，并在疫情爆发和大流行时在偏远地区使用。基于 CRISPR 的生物传感器是一种很有前途的核酸检测新方法，该方法使用 Cas 效应蛋白（Cas9、Cas12 和 Cas13）作为极其专业的识别组件，可与各种读出方法（如荧光、比色法、电位法、横向流动测定等）结合使用，进行现场分析。在本综述中，我们介绍了将 CRISPR Cas 系统与传统生物传感读出方法和扩增技术（如聚合酶链式反应 (PCR)、环介导等温扩增 (LAMP) 和重组酶聚合酶扩增 (RPA)）相结合的一些技术方面，并继续阐述所开发的生物传感器在检测一些主要病毒和细菌疾病方面的前景。在本文的范围内，我们还讨论了最近的 COVID 大流行以及自其问世以来经过开发的众多 CRISPR 生物传感器。最后，我们讨论了 CRISPR Cas 系统在即时检测中的一些挑战和未来前景。
基于三维生物打印基质的间充质干细胞向晶状体上皮干细胞的分化
外伤性白内障治疗的高风险促进了自体晶状体再生概念的发展。生化因素可以影响干细胞的细胞行为，而生物物理因素可能是快速激活细胞行为的重要因素。本文利用常用的生物墨水海藻酸钠-明胶共混物生物打印间充质干细胞(MSCs)，并研究在生化因素和生物物理因素结合下MSCs向晶状体上皮干细胞(LESCs)分化的诱导作用。通过扫描电子显微镜(SEM)观察和细胞活力检测发现，利用生物墨水海藻酸钠-明胶共混物生物打印构建的多孔三维(3D)基质中的生化因素不会降低基质中负载的MSCs的细胞活力。聚合酶链式反应（PCR）检测发现，在生化刺激的支持下，基质中负载的MSCs持续上调了LESCs表型和发育信号通路相关的蛋白质和基因的表达。这些结果表明，生物物理刺激可以快速激活MSCs分化的细胞行为，而生化刺激可以持续诱导MSCs向LESCs分化。
基于 CRISPR–Cas9 修饰的催化发夹组装的灵敏且特异的 microRNA 检测和原位成像方法
微小RNA（miRNA）是一类小型非编码RNA，在调控基因表达和相关病理过程中发挥着至关重要的作用。1,2作为一种重要的生物标志物，miRNA在细胞内的分布和表达与许多疾病，尤其是癌症有着密切的关系。因此，miRNA的体外检测和原位成像都有利于疾病诊断。3最近，外泌体是一种直径约30 – 150纳米的小型载体，含有几种不同的生物分子，包括蛋白质、脂质以及mRNA和非编码RNA。外泌体也被认为是细胞 - 细胞通讯介质中的重要部分，因为它们可以将其内容物（尤其是miRNA）释放到邻近细胞和远端细胞。4 – 6因此，外泌体miRNA被视为疾病诊断和病理研究的有前途的生物标志物。据报道，许多 miRNA 检测方法，如实时定量聚合酶链式反应 (qRT-PCR)、北方印迹、微阵列，可在溶液或细胞裂解物中实现灵敏的 miRNA 检测。7,8 尽管如此，这些方法也因步骤耗时、程序复杂和成本昂贵而受到批评，阻碍了它们的广泛应用。7,9,10
DNA修复酶中显著基因多态性对帕金森病的影响
帕金森病 (PD) 是一种慢性进行性脑神经退行性疾病，与多巴胺能神经元的丢失有关。其发病机制尚不清楚；但活性氧 (ROS) 造成的氧化性 DNA 损伤被认为在 PD 的病因中起主要作用。DNA 修复系统可以减轻氧化性 DNA 损伤并有助于维持基因组稳定性，从而防止神经元死亡。然而，DNA 修复酶的基因多态性可能会改变酶的功能并增加 PD 的风险。本研究旨在调查土耳其人群中 97 名 PD 患者和 102 名对照者的 OGG1 、 XRCC1 和 MTH1 基因多态性与 PD 风险之间的可能联系。我们利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性进行的基因分型研究表明，两个基因多态性（ OGG1Ser326 Cys 和 MTH1Val83Met ）与 PD 风险之间没有关系。携带 XRCC1 变异基因型的受试者罹患 PD 的风险比对照组高出 2 至 3.5 倍（分别为 p = 0.046，OR = 1.910，95 % CI= [1.013 – 3.603] 和 p = 0.006，OR = 3.742，95 % CI= [1.470 – 9.525]）。我们的研究结果表明 XRCC1 Arg399Gln 多态性是 PD 的风险因素。
circCacna1c 沉默可通过 miR-29b-2-5p/NFATc1 轴抑制 ISO 诱导的心脏肥大
摘要：病理性心脏肥大是心力衰竭的重要原因之一。环状RNA（circRNA）已被研究与心脏肥大有关；然而，circRNA调节心脏肥大的机制仍不清楚。在本研究中，我们在心脏肥大中发现了一种新的环状RNA，命名为circCacna1c。用盐酸异丙肾上腺素（ISO）处理成年雄性C57BL/6小鼠和H9c2细胞以建立肥大模型。我们发现circCacna1c在ISO诱导的肥大心脏组织和H9c2细胞中上调。Western印迹和定量实时聚合酶链式反应表明，沉默circCacna1c可抑制ISO诱导的H9c2细胞中的肥大基因表达。从机制上讲，circCacna1c 在双荧光素酶报告基因检测中与 miR-29b-2-5p 竞争性结合，而 miR-29b-2-5p 在 ISO 诱导的肥大性心脏组织和 H9c2 细胞中下调。miR-29b-2-5p 抑制活化 T 细胞的核因子、细胞质钙调磷酸酶依赖性 1 (NFATc1)，以控制肥大性基因表达。沉默 circCacna1c 后，miR-29b-2-5p 的表达增加，这通过抑制 NFATc1 表达来降低肥大性基因表达。总之，这些实验表明 circCacna1c 通过 miR-29b-2-5p/NFATc1 轴促进 ISO 诱导的病理性肥大。
利用可分散磁性纳米电极上的表面限制基因扩增进行超灵敏和快速循环肿瘤 DNA 液体活检
摘要：循环肿瘤DNA（ctDNA）检测已被认为是一种有前途的癌症诊断液体活检方法，各种ctDNA检测用于早期检测和治疗监测。基于可分散磁性纳米粒子的电化学检测方法已被提议作为基于检测性能和平台材料的特点的ctDNA检测的有前途的候选方法。本研究提出了一种纳米粒子表面局部基因扩增方法，将Fe3O4-Au核-壳纳米粒子整合到聚合酶链式反应（PCR）中。这些高度分散且磁响应的超顺磁性纳米粒子充当纳米电极，在PCR扩增后在纳米粒子表面原位扩增和积累目标ctDNA。随后捕获这些纳米粒子并进行重复的电化学测量以诱导重构介导的信号放大，以实现超灵敏（约3aM）和快速（约7分钟）的体外转移性乳腺癌ctDNA检测。该检测平台还可以检测体内样本中的转移性生物标志物，凸显了其临床应用的潜力，并可进一步扩展到对各种癌症进行快速、超灵敏的多重检测。关键词：循环肿瘤DNA、液体活检、基因扩增、电化学检测、磁性纳米粒子、表面功能化、超顺磁性