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SARS的T细胞表位多样性的生物信息学分析 -
表位保护估计为87.6％ - 96.5％，在膜（M）中为92.5％ - 99.6％，Nucleocapsid（N）为94.6％ - 99％。随着病毒的突变，越来越多的s表位降低了预测的结合功能：70％的Omicron BQ.1-XBB.1-XBB.1-XBB.1.5 S的表位经历了预测的结合降低，相比之下，早期的STRAINS DELTA AY.100 - AY.100 - AY.44和OMICICRON。Additionally, we identi fi ed several novel candidate HLA alleles that may be more susceptible to severe disease, notably HLA-A*32:01 , HLA-A*26:01 , and HLA-B*53:01 , and relatively protected from disease, such as HLA-A*31:01 , HLA- B*40:01 , HLA-B*44:03 , and HLA-B*57：01。我们的发现支持以下假设：影响CD8 T细胞表位免疫原性的病毒遗传变异有助于确定急性Covid-19的临床严重程度。实现长期COVID-19免疫将需要了解T细胞，SARS-COV-2变体和宿主MHC I类遗传学之间的关系。该项目是探索SARS-COV-2 CD8 +表位多样性的第一个项目之一，它对美国大部分人口进行了影响。
通过反疫苗技术设计有效的多价表位疫苗候选tsutsugamushi -tsutsugamushi - 生物信息学和免疫信息
磨砂鼠伤寒是由革兰氏阴性细菌（Orientia tsutsugamushi）引起的一种威胁生命的，未分化的发热疾病。细菌菌株是应考虑的全球健康问题。尽管为开发有效的免疫原性疫苗开发了数年的努力，但仍未获得成功的许可疫苗。该研究的目的是使用反疫苗学方法来构建表位反应。TSA56和SCAA蛋白合并可能是针对O. tsutsugamushi的最有希望的亚基疫苗。预测了 b细胞，CTL和HTL表位，随后，所有表位分别由KK，AAY和GPGPG接头连接，以及N末端区域的佐剂。此外，进行了分子对接和MD模拟，对TLR-2表现出较高的属性。鉴定并验证了16个线性B细胞，6个CTL和2个HTL表位。最终疫苗构建体显示高抗原性，稳定性和溶解度。分子对接和MD模拟表明与TLR-2和稳定的疫苗受体复合物相互作用。通过在计算机克隆中成功实施了疫苗在PET28A（+）载体中的表达，以及免疫模拟的显着结果表明，在先天性和适应免疫反应过程中，疫苗在免疫细胞相互作用中的效率证明了免疫反应中的效率。总而言之，结果表明，如果通过实验进行进一步研究，新开发的疫苗将是控制和提供针对SCRUB TYPHUS的明确预防措施的有前途的候选人。
174 个 SARS-CoV-2 表位的预测与验证
最近爆发的 SARS-CoV-2 (2019-nCoV) 病毒凸显了快速有效疫苗开发的必要性。刺激导致保护的适当免疫反应高度依赖于通过 HLA 复合物向循环 T 细胞呈递表位。SARS-CoV-2 是一种大型 RNA 病毒，体外测试所有重叠肽以反卷积免疫反应是不可行的。因此，通常使用 HLA 结合预测工具来缩小要测试的肽的数量。我们测试了 19 种表位-HLA 结合预测工具，并使用体外肽 MHC 稳定性测定法，我们评估了 777 种预测为 11 种 MHC 同种异型良好结合剂的肽。在这项对潜在 SARS-CoV-2 表位的研究中，我们发现当前的预测工具在评估结合稳定性时的性能各不相同，并且它们高度依赖于所讨论的 MHC 同种异型。因此，设计一种仅包含少数表位靶标的 COVID-19 疫苗是一项非常具有挑战性的任务。在这里，我们展示了 174 个具有高预测结合分数的 SARS-CoV-2 表位，这些表位经验证可与 11 种 HLA 同种型稳定结合。我们的研究结果可能有助于设计一种有效的 COVID-19 疫苗。
174 个 SARS-CoV-2 表位的预测与验证
最近爆发的 SARS-CoV-2 (2019-nCoV) 病毒凸显了快速有效疫苗开发的必要性。刺激导致保护的适当免疫反应高度依赖于通过 HLA 复合物向循环 T 细胞呈递表位。SARS-CoV-2 是一种大型 RNA 病毒，体外测试所有重叠肽以反卷积免疫反应是不可行的。因此，通常使用 HLA 结合预测工具来缩小要测试的肽的数量。我们测试了 15 种表位-HLA 结合预测工具，并使用体外肽 MHC 稳定性测定法，我们评估了 777 种预测为 11 种 MHC 同种异型良好结合剂的肽。在这项对潜在 SARS-CoV-2 表位的研究中，我们发现当前的预测工具在评估结合稳定性时的性能各不相同，并且它们高度依赖于所讨论的 MHC 同种异型。因此，设计一种仅包含少数表位靶标的 COVID-19 疫苗是一项非常具有挑战性的任务。在这里，我们展示了 174 个具有高预测结合分数的 SARS-CoV-2 表位，这些表位经验证可与 11 种 HLA 同种型稳定结合。我们的研究结果可能有助于设计一种有效的 COVID-19 疫苗。
T 细胞表位预测中的 AI 进步或将推动疫苗开发
该团队由共同第一作者 Jeremy Wohlwend 博士和 Anusha Nathan 博士领导，通过结合 Gaiha 实验室在 T 细胞免疫学方面的专业知识和 Barzilay 实验室在人工智能方面的开创性工作，力求解决疫苗开发中长期存在的挑战：快速准确地识别外来病原体中的 T 细胞表位。表位是抗原的特定区域，可被人体免疫细胞识别，对激活靶向免疫反应至关重要。
无佐剂自组装铁蛋白纳米颗粒疫苗与携带 M1 和 PADRE 表位的流感病毒血凝素蛋白结合可引发交叉保护性免疫反应
结果：我们生产了一种不含佐剂的自组装纳米颗粒疫苗，可对抗多种甲型流感病毒。这种纳米颗粒疫苗在幽门螺杆菌铁蛋白表面显示多抗原靶点，该铁蛋白由 H3N2 病毒血凝素的胞外域和三个串联高度保守的甲型流感病毒 M1 表位组成，这些表位与通用辅助 T 细胞表位 PADRE 融合，称为 HMP-NP。HMP-NP 在杆状病毒-昆虫细胞系统中以可溶形式表达，并自组装成均质纳米颗粒。动物免疫研究表明，HMP-NP 纳米疫苗引起的血凝抑制 (HAI) 滴度比灭活甲型流感疫苗高 4 倍。 HMP-NPs 对 H3N2 病毒和 H1N1 和 H9N2 病毒异源株诱导的中和滴度分别比灭活流感疫苗高约 8、12.4 和 16 倍。同时，我们还观察到 HMP-NPs 诱导的 IFN-γ 和 IL-4 分泌细胞数量比灭活流感疫苗高约 2.5 倍。重要的是，使用 HMP-NPs 进行鼻内免疫（不使用任何佐剂）可诱导有效的粘膜 IgA 反应并赋予对 H3N2 病毒的完全保护，以及对 H1N1 和 H9N2 病毒的部分保护，并显着降低肺病毒载量。
自我键入中的内在学习增强了新型表位的T细胞受体的产生
与表位结合的T细胞受体（TCR）的计算设计具有革命性的靶向免疫疗法的潜力。然而，由于训练数据的稀缺性，以及缺乏新型表位的已知同源TCR，用于新型表位的TCR的计算设计具有挑战性。在这项研究中，我们旨在产生高质量的同源TCR，特别是对于没有已知的同源TCR的新型表位，这一问题在该领域仍未探索。我们建议将在大型语言模型中成功使用以执行新的生成任务，以纳入新型表位的TCR生成任务。通过提供同源TCR作为其他上下文，我们增强了该模型为新型表位生成高质量TCR的能力。我们首先通过训练模型来解锁秘密学习的力量，从而基于目标表位和一小部分同源TCR生成新的TCR，即所谓的内部上下文培训（ICT）。然后，我们基于目标表位的自我生成自己的TCR上下文，因为新型表位缺乏已知的绑定TCR，并将其用作推理提示，称为自我调节提示（SCP）。我们的实验首先证明，对ICT进行对齐训练和推断分布对于有效利用上下文TCR至关重要。随后，我们表明提供上下文TCR可显着改善新型表位的TCR产生。此外，我们使用SCP合成的上下文TCR显示了TCR的生成TCR，可与基于结合亲和力和真实性指标的精制及时选择相当，尤其是在与精制的及时选择相结合时，具有可比性的性能。
郁金香 - 一种基于变压器的无监督语言模型，用于相互作用的肽和T细胞受体，它概括为看不见的表位
摘要 - 单个频率 - 量子（SFQ）数字电路主要基于依赖可靠的基础过程的单元，这些过程利用超导地面平面作为活动元件和微带线互连的参考。与二进制信息相关的磁性弹力H / 2 E的量子对应于需要在太空中定位的磁场能量密度，以限制相邻细胞之间的相互作用。换句话说，除非在设计阶段仔细考虑电路，否则相互电感会损害正确的行为。我们对约瑟夫森传输线（JTL）细胞进行了广泛的研究，并具有不同的地面平面和偏置垫的不同地理配置。我们发现使用电感的使用有时会遵循远离直觉告诉的路径，这可能导致非优化的设计。在本文中，我们强调由于存在外部或内部磁场而引起的局限性。然后，我们将获得的性能与具有优化几何形状的性能进行了比较，从设计阶段考虑了磁场的存在。
HIV-1 候选疫苗的设计和表征，以引发针对多个表位的抗体
设计和表征 HIV-1 候选疫苗以引发针对多个表位的抗体 Harry B. Gristick 1 、Harald Hartweger 2 、Yoshiaki Nishimura 3 、Edem Gavor 1 、Kaito Nagashima 1 、Nicholas S. Koranda 1 、Priyanthi NP Gnanapragasam 1 、Leesa M. Kakutani 1 、Luisa Segovia 1 、Olivia Donau 3 、Jennifer R. Keeffe 1 、Anthony P. West, Jr. 1 、Malcolm A. Martin 3 、Michel C. Nussenzweig 2,4 、Pamela J. Bjorkman 1,* 1 加州理工学院生物学和生物工程部，美国加利福尼亚州帕萨迪纳市 2 洛克菲勒大学分子免疫学实验室，美国纽约州纽约 10065 3美国马里兰州贝塞斯达市国立卫生研究院国家过敏和感染性疾病研究所分子微生物学系。4 洛克菲勒大学霍华德休斯医学研究所，纽约州纽约市 10065，美国
针对 p53 R175H 突变表位的 DNA 递送单克隆抗体可抑制小鼠肿瘤发展
摘要 肿瘤抑制基因 p53 是癌症中最常见的突变基因，其中 R175H 是最常见的 p53 错义突变。然而，目前还没有针对突变 p53 的靶向疗法或免疫疗法获得批准。在这里，我们表征并研究了一种识别突变 p53-R175H 的单克隆抗体 (mAb)，以了解其亲和力、特异性和体外抗肿瘤细胞活性。然后，我们将表达抗 R175H mAb 或双特异性抗体 (BsAb) 的 DNA 质粒递送到小鼠体内，以评估其治疗效果。我们的结果表明，抗 R175H mAb 以高亲和力特异性结合 p53-R175H 抗原，并识别 HEK293T 或 MC38 细胞上表达的人类突变型 p53-R175H 抗原，与野生型 p53 无交叉反应。在培养细胞中，抗 R175H mAb 表现出比对照更高的细胞毒性，但不会诱导抗体依赖性细胞毒性。我们在敲除内源性突变型 p53 等位基因后，制作了重组 MC38 小鼠细胞系 (MC38-p53-R175H)，该细胞系过表达人类 p53-R175H。在体内，施用抗 R175H mAb 质粒对小鼠的 MC38-p53-R175H 产生了强大的抗肿瘤作用。抗 R175H BsAb 质粒的给药没有显示出治疗效果，但与抗 PD-1 抗体联合使用时观察到了强大的抗肿瘤活性。这些结果表明，针对特定突变表位使用