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World File Search System表型
能够对重度主动脉瓣狭窄患者进行表型分析
摘要 目的 基于超声心动图和血流动力学数据，提出了一种基于人工智能的新型表型分析方法，用于在经导管主动脉瓣置换术 (TAVR) 前对重度主动脉瓣狭窄 (AS) 患者进行分层。本研究旨在根据这种新型分层系统分析 TAVR 后主动脉瓣外心脏损伤的恢复情况。方法 先前建立了所提出的表型分析方法，该方法采用来自双中心登记处的 366 名重度 AS 患者的数据。在这项连续研究中，247 名患者 (67.5%) 获得了 TAVR 后第 147±75.1 天的超声心动图随访数据。结果 通过 TAVR 矫正重度 AS 显著降低了同时患有重度二尖瓣反流的患者比例（从 9.29% 降至 3.64%，p 值：0.0015）。此外，肺动脉压力得到改善（估计收缩期肺动脉压力：从 47.2±15.8 到 43.3±15.1 mm Hg，p 值：0.0079）。然而，右心功能障碍以及严重三尖瓣反流患者的比例保持不变。持续性右心功能障碍的群集最终显示 2 年生存率分别为 69.2%（95% CI 56.6% 至 84.7%）和 74.6%（95% CI 65.9% 至 84.4%），与几乎没有或没有持续性心肺功能障碍的群集（88.3%（95% CI 83.3% 至 93.5%）和 85.5%（95% CI 77.1% 至 94.8%））相比显着降低。结论 这种表型分析方法可在术前识别出重度 AS 患者，这些患者在 TAVR 后无法从主动脉瓣外心脏损伤中恢复，因此其生存率显著降低。重要的是，决定预后的不是初次就诊时的肺动脉高压程度，而是右心功能障碍的不可逆性。
Seahorse XF细胞能量表型测试报告发电机
误差线是根据用于确定XF单元能量表型参数的速率测量值的每个重复措施计算的（有关参数方程，请参见第3页的表1）。保存摘要报告，有几种选择可以保存定制的Seahorse XF Cell Energy表型测试报告生成器： *最简单 +推荐 *另存为 +保存 - +保存 - Excel Macro：将测定数据导入到宏观启用的模板文件中后，保存自定义的文件：单击“保存”>“保存为或单击“保存” ICON（小Floppy Dicce）。打开保存的摘要报告，以查看结果，格式/自定义图形和图形的外观，修改组选择或将结果归一化为细胞或线粒体参数。报告生成器默认文件类型称为Excel宏观启用模板（*.xltm）。该文件不能被覆盖。Seahorse Bioscience建议使用此文件分析进行的每个Seahorse XF细胞能量表型测试。另存为 - Excel Workbook：使用保存AS函数将自定义摘要报告作为Excel Workbook文件格式（*.XLSX）保存。作为Excel工作簿或任何其他文件类型保存以外的任何其他文件类型（Excel Macro： *.XLSM）将使报告生成器无法操作 - 其他测定数据不能导入到Excel Workbook文件格式中。另存为 - pdf：使用保存AS函数将自定义摘要报告保存为PDF文件格式（*.pdf）。保存为PDF或任何其他文件类型以外的任何其他文件类型（Excel Macro： *.xlsm）将使报告生成器无法操作 - 其他测定数据不能导入到PDF文件格式中。
Crtap 小鼠模型中的肌腱和运动表型……
在严重隐性 OI 的小鼠模型中，我们发现与野生型相比，突变型跟腱和髌腱在 1 个月和 4 个月时更薄更弱，胶原交联增加，胶原纤维大小减小。Crtap -/- 小鼠的髌腱在骨骼成熟时 CD146 + CD200 + 和 CD146 - CD200 + 祖细胞样细胞的数量也会发生改变。对 1 个月大的 Crtap -/- 小鼠的跟腱和髌腱进行的 RNA 测序分析显示，基质和肌腱标志基因表达失调，同时伴有 TGF- b、炎症和代谢信号的预测改变。4 个月时，Crtap -/- 小鼠的髌腱中 SMA、MMP2 和磷酸化 NF k B 染色增加，与过度基质重塑和组织炎症一致。最后，一系列行为测试显示，4 个月大的 Crtap -/- 小鼠存在严重的运动障碍和握力下降——这种表型与肌腱病理相关。
乳腺癌表型异质性的数学模型及其对治疗策略的影响
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是 预印本的版权持有者（此版本于 2021 年 6 月 6 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.06.04.447174 doi：bioRxiv 预印本
研究趋同进化以将基因型与行为表型联系起来
神经科学在利用不寻常的动物进行研究方面有着悠久而丰富的历史。在过去的几十年里，用于神经科学研究的物种一直存在技术驱动的瓶颈。然而，即将到来的适用于多种动物的技术浪潮有望使研究人员能够解决使用传统实验室动物无法解决的具有挑战性的科学问题。在这里，我们讨论了如何利用生理或行为表型的趋同进化来增强研究基因型与表型相互作用的映射。我们介绍了两个使用电鱼和毒蛙的案例研究，并讨论了比较工作如何教会我们了解生物组织各个层面的进化约束和灵活性。我们还就建立神经科学研究中新模型系统的潜力和陷阱提供了建议。最后，我们以讨论魅力动物在神经科学研究中的使用及其在公众宣传中的效用结束。总的来说，我们认为趋同进化框架可以帮助确定神经科学的可推广原则。
表型预测老年医学患者的12个月健康结果
自然提供了一种有希望的策略，可以与现有范式相比[7，8]，以开发更成功的治疗方案[7，8]，并且已用于帮助指导患者管理良好定义的患者群体，包括患有肥大性心肌病的患者[9]，癌症[10]，慢性阻塞性肺部疾病（COPD）[COPD）[11,12]，DIABETES，DIABETES [13，14]和ALZ [15]和ALZHEIMEN [15]。对患者分层和更量身定制的指导治疗方法的需求尤其与较老的脆弱人群[16]有关，包括那些具有多种多发性的人[17]，这些人受到多药负担的负担和药物相互作用的高风险[18，19]。子组可能会识别出患有较低健康事件风险的患者，因此他们适合试用不分解[20]。
绵羊早发胎儿生长限制的表型
胎儿生长限制（FGR）是一种复杂的产科条件，其中胎儿生长在病理上降低，最经常是因为胎盘无法提供足够的氧气和营养素来支持正常的胎儿发育（1，2）。FGR很常见，影响高资源国家的6-9％的怀孕（3、4）。胎盘不足是用于描述胎盘（1）异常发育和功能的伞术，其特征是子宫牙本血流降低，跨胎盘的气体和底物转移降低以及胎儿生长降低。响应胎盘不足，受限制的胎儿经历缺氧（5），通过重新分布心脏输出来对优先提供必需的器官（脑和心脏）产生血流动力学反应（6）。在FGR中，这种适应性反应可以延长，从而导致脑血管补偿（脑部保留）和不对称的胎儿生长，其头部大小相对较弱，但身体较薄和/或较短的身体（7）。十年前，术语FGR或IUGR（宫内生长限制）通常被互换使用，胎龄（SGA）很小。2016年FGR的共识定义为描述病理性FGR的婴儿提供了一个必不可少的框架，并从宪法上很小但健康的SGA婴儿中对死亡率和发病率的敏感性更大。患有FGR的婴儿通常是早产的，尤其是当FGR早期发作（妊娠不到32周的诊断）时（8），而FGR是围产期死亡/死亡的最强风险因素（8，9）。最近的系统评论报告SGA现在用于描述相对于胎龄和性别的估计胎儿体重或出生体重的任何婴儿<10个百分位数，而真实的FGR被定义为估计的胎儿体重<10 th％TH％TH％TH％Theplatial the the％，以及胎儿功能障碍的产前多普勒指数，胎儿功能障碍或估计的胎儿体重<3 rd rd百分位数（2）。婴儿早产可能会暴露于产前糖皮质激素以诱导肺部成熟，但是这些糖皮质激素可能对FGR的器官发育产生不同的影响，并适当生长的胎儿（10，11）。出生后，FGR与新生儿心血管，呼吸道和神经病性病变有关，与胎龄相比，率显着升高（7）。例如，心脏形状和心血管功能发生了变化（12-14），而患有FGR的婴儿在通风和新生儿重症监护术上花费更多的时间，而不是年龄匹配的适当生长的婴儿（15）。尽管在子宫内存在脑部保留率，但在童年时期出生的婴儿的神经发育延迟的可能性增加，包括认知功能不佳和智能商（IQ）得分（3、16、17）的降低，以及发展运动脱落效力的智能（3，16，17）的风险增加。确定与胎盘不足和FGR相关的器官特异性结构和功能变化，需要适当的动物模型，其中重大器官的发育和生理适应性复制了人类FGR中已知的遗嘱。利用大小的动物实验设计，有多种胎盘不足的动物模型，慢性胎儿缺氧和/或FGR（19，20）。
胚胎小鼠脑的定量神经解剖表型
先天性神经发育异常从出生开始就存在，并通过一个或多个大脑结构的异常发展而受到特征。大脑结构异常与神经发育和神经精神疾病高度合并，例如智力障碍，自闭症谱系，癫痫和精神分裂症，80％是遗传来源。我们旨在解决一个重要的神经生物学问题：有多少基因调节发育过程中大脑的正常解剖结构。为此，我们开发了一种定量方法，用于评估在胚胎胚胎第18.5天，在脑解剖学研究，冠状和矢状平面的两个平面上，在胚胎第18.5天，在小鼠突变体胚胎中总共有106个神经植物学斑点。在本文中，我们描述了我们开发的技术，并解释了为什么涉及胚胎小鼠大脑的超标准化程序比成年小鼠大脑更重要。我们将分析集中在脑大小异常上，以及最常见的大脑区域，包括皮质，call体，海马，心室，尾状壳核和小脑。我们的方案允许在冠状和矢状平面上明确定义的位置进行标准化的组织溶液管道，从胚胎小鼠脑的制备到切片，染色以及扫描和神经解剖学分析。一起，我们的方案将帮助科学家进行先天性神经发育异常，以及在健康和遗传疾病中小鼠胚胎组之间的解剖学变化。©2022作者。Wiley Perigonicals LLC发布的当前协议。
DNAAF5基因剂量对原发性纤毛运动障碍表型
DNAAF5是一种与运动纤毛，原发性纤毛运动障碍（PCD）的常染色体异质隐性状况相关的动力蛋白运动因子。等位基因杂合性对运动纤毛功能的影响尚不清楚。我们在小鼠中使用CRISPR-CAS9基因组编辑来重现在轻度PCD患者中鉴定出的人类错义变体，而DNAAF5中的第二个Frameshift-Null缺失。带有DNAAF5杂型变体的垃圾显示出明显的错义和无效的基因剂量效应。无效DNAAF5等位基因的纯合性是胚胎致死的。具有错义和无效等位基因的复合杂合动物表现出严重的疾病，表现为脑积水和早期致死性。然而，对于错义突变的纯合动物的生存率提高了，通过超微结构分析观察到部分保留的纤毛功能和运动组装。值得注意的是，相同的变体等位基因在不同的多毛组织中表现出不同的纤毛功能。对突变小鼠分离的气道纤毛的蛋白质组学分析显示，DNAAF5变体中先前未报道的轴突调节和结构蛋白的降低。对小鼠和人突变细胞的转录分析显示，编码轴突蛋白的基因表达增加。这些发现表明，等位基因特异性和组织特异性分子对纤毛运动组件的需求可能影响疾病表型和纤毛病变中的临床轨迹。
表型复杂的活材料，含有工程的蓝细菌
图2。a）顶部：在7天内3D打印网格模式内WT S. elongatus的生长。底部：5天大的水凝胶的图像，这些水凝胶包含印刷在磁盘，蜂窝和GRID_A几何形状上的WT细胞的图像。补充表S1中描述了这些不同模式的维度细节。b）未载水凝胶（I＆II）的FESEM图像，以及含有WT链球菌细胞（III＆IV）的水凝胶。S。Elongatus细胞以假绿色突出显示。c）叶绿素自动荧光的共聚焦显微镜图像和含有WT链球菌细胞的水凝胶的Sytox蓝色染色以及生长的0、5和7天。d）在卸载水凝胶的80μmol光子M -2 s -1的入射辐照度中的净光合作用的盒子图，用于固定的水凝胶和抗生素抗生素链球菌菌株[WT（SP r sm r gm r gm r）]。