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软件定义无线电中基于人工智能的频谱分析
在本节中，我们将详细介绍我们全面的方法和方法。我们的项目旨在创建一个直观的前端界面，用于分析复杂的数据集，并由能够进行复杂计算和机器学习推理的强大后端提供支持。在前端，我们选择了 React 作为框架，并对 IQEngine 进行了初步的数据流分析。我们集成了 IQEngine，增强了用户界面，同时确保高效地将数据传输到后端。在后端，我们选择了 Django，因为它与 Qoherent 的 Python 模块兼容。我们分析了 Qoherent 的机器学习模型，强调设计中的模块化。我们还选择了数据传输协议，以实现前端和后端之间的高效通信。
无标签的定量热蛋白质组谱分析揭示了目标转录因子，其活动由MC3R信号调节
摘要：使用离子动力增强的LC-MS提供无标记定量的热蛋白质组分析，提供了多功能数据集，提供有关蛋白质差异表达，热稳定性和转录因子活性的信息。我们开发了一种多维数据分析工作流程，用于无标记的定量热蛋白质组分析（TPP）实验，该实验结合了基因集富集分析的各个方面，差异蛋白蛋白表达分析以及从LC- MS数据中推断转录因子活性的推断。我们将其应用于黑色素质素3受体（MC3R）激活的信号传导过程，这些激动剂源自促蛋白酶素皮质素激素：ACTH，α -MSH和γ -MSH。获得的信息用于绘制MC3R下游的信号通路，并推断出负责配体治疗的细胞反应的转录因子。使用我们的工作流程，我们确定了差异表达的蛋白质并研究了它们的热稳定性。我们在总共298个蛋白质中发现了由MC3R激活导致的热稳定性改变的蛋白质。在这些中，几种蛋白质是转录因子，表明它们是参与MC3R信号级联的下游目标调节剂。我们发现转录因子CCAR2，DDX21，HMGB2，SRSF7和TET2的热稳定性改变了。MC3R信号级联中的这些明显的目标转录因子在免疫反应中起着重要作用。此外，我们推断了数据集中确定的转录因子的活动。这种综合方法生成复杂这是使用贝叶斯统计数据使用我们使用无标签定量LC-MS获得的差异表达数据完成的。通过我们观察到的磷酸化肽丰度，在我们的生物学管道中验证了推断的转录因子活性，这突出了转录因子调节中翻译后修饰的重要性。我们的多维数据分析工作流程允许对MC3R激活下游的信号过程进行全面表征。它提供了有关蛋白质差异表达，热稳定性和关键转录因子活性的见解。本研究中生成的所有蛋白质组学数据均可在DOI上公开获取：10.6019/pxd039945。■引入蛋白质 - 配体相互作用在几乎所有生物过程中都起着至关重要的作用，这使得他们的研究对于不足的细胞功能和发展疗法至关重要。已经开发了许多方法来表征这些相互作用，通常集中于配体亲和力。然而，随访蛋白 - 配体相互作用与其下游效应（包括跨文字组，蛋白质组学和翻译后修饰（PTM）变化）非常重要。热蛋白质组分析（TPP）已成为一种有价值的技术，可以深入了解蛋白质功能，蛋白质 - 蛋白质相互作用，甚至预测与生理相关环境中的不良药物影响。1，2 TPP基于蛋白质 - 配体相互作用的内在特性，例如，当配体结合稳定蛋白质结构并因此增加了其熔化温度时。1，2详细使用，TPP采用了多步方法，包括配体处理，加热，提取，纯化，消化和LC -MS分析。
比较单细胞谱分析揭示了斑马鱼心脏必不可少的不同心脏居民巨噬细胞
抽象的斑马鱼具有强大的受伤后心脏再生的能力，并且免疫系统在此过程中起着关键作用。我们先前表明，即使在受伤后的第一周内恢复了浸润性的巨噬细胞数量，也会延迟延迟通过氯膦酸盐脂质体（–1D_CL，巨噬细胞延迟模型）会损害中性粒细胞的分辨和心脏再生（Lai等人，2017年）。因此，通过比较心脏修复期间的这些晚期巨噬细胞与对照巨噬细胞的比较，学习再生巨噬细胞的证明是很有趣的。在这里，我们通过将非再生性巨噬细胞模型与再生对照进行比较，进一步研究了心脏再生的机理见解。时间RNASEQ分析表明，–1D_CL治疗导致炎症分辨率破坏，反应性氧稳态和心脏修复过程中能量代谢。对再生性与非再生性心脏的发炎细胞的比较单细胞RNASEQ分析进一步鉴定出异质的宏观斑点和中性粒细胞，显示出替代性激活和细胞串扰，导致中性粒细胞保留和慢性炎症。在巨噬细胞中，仅在再生心脏中富集了两个住宅亚群（HBAA + MAC和TIMP4.3 + Mac 3），并且在 + 1D_CL处理后几乎没有恢复。为了耗尽居民巨噬细胞而不会延迟循环巨噬细胞的招聘，我们通过在CryoInjury之前的8 d（–8d_cl）在8 d（–8d_cl）中管理CL来建立了居民巨噬细胞的模型。引人注目的是，常驻巨噬细胞缺乏斑马鱼仍然表现出血运重建，心肌细胞存活，碎屑清除和细胞外基质重塑/疤痕的缺陷，而无需从循环/单核细胞衍生的巨噬细胞中获得功能补偿。我们的结果表征了炎症细胞与识别独特的居民巨噬细胞之间的不同功能和相互作用的特征。斑马鱼心脏再生的先决条件。
基于化学计量学的气相色谱-质谱分析研究人脑肿瘤组织中的农药代谢物，探讨农药暴露与中枢神经系统肿瘤风险因素之间的假定相关性
摘要：农药被广泛使用，导致人类持续接触农药，并可能对健康产生影响。一些与农业工作有关的接触与神经系统疾病有关。自 2000 年代以来，文献中对农药在中枢神经系统 (CNS) 肿瘤发生中的作用的假设进行了更详尽的记录。然而，儿童脑癌的病因仍然很大程度上未知。这项工作的主要目的是根据问卷调查和统计分析从突尼斯斯法克斯哈比卜·布尔吉巴医院中部神经外科住院患者收集的信息，评估农药暴露作为中枢神经系统肿瘤风险因素的潜在作用，这些患者在 2022 年 1 月 1 日至 2023 年 5 月 31 日期间住院。它还旨在通过气相色谱-质谱技术开发一种简单快速的分析方法，用于研究一些收集的人脑肿瘤组织中农药代谢物的痕迹，以进一步强调我们对农药暴露与脑肿瘤发展之间这种相关性的假设。选取有高风险暴露史的患者进行进一步分析。采用化学计量学方法来辨别病理组和对照组之间的内在差异，并通过鉴定导致这种差异的差异表达代谢物来确定有效分离。三个样本显示出农药代谢物的痕迹，这些代谢物大多在早期检测到。一名 10 岁儿童的组织病理学诊断为髓母细胞瘤，27 岁和 35 岁成人的组织病理学诊断为高级别胶质瘤。双变量分析（比值比 >1 和 P 值 <5%）证实了暴露病例患癌症的可能性很大。Cox 比例风险模型显示，50 岁以后的致癌风险是农药毒性的长期影响。我们的研究支持农药暴露与人类脑肿瘤发展风险之间的相关性，表明孕前农药暴露，以及可能的怀孕期间的暴露，与儿童脑肿瘤风险增加有关。这一假设在鉴定出以神经毒性著称的氨基甲酸酯类杀虫剂代谢物痕迹以及以致癌性著称的哒嗪酮、有机氯 (OCs)、三唑类杀菌剂和 N-亚硝基化合物等代谢物痕迹后得到了进一步证实。2D-OXYBLOT 分析证实了杀虫剂的神经毒性作用，可诱导中枢神经系统细胞氧化损伤。在应激降解研究中鉴定出肟代谢物，证实了涕灭威具有脑致癌性。揭示 OC 类“氮丙啶”代谢物可能更好地强调了在早期检测农药代谢物痕迹的理论。总体而言，我们的研究结果促使我们建议限制农药在住宅中的使用，并支持为实现这一目标而制定的公共卫生政策，我们需要在上市后对人类健康影响的监测中保持警惕。
用软、硬 X 射线比较光电子能谱分析石墨烯纳米片形貌对功能化的影响
自从分离出来以来，石墨烯就因其独特的性质而受到学术界和工业界越来越多的关注。然而，“我的材料是什么”的障碍阻碍了进一步的商业化。X 射线光电子能谱 (XPS) 被认为是一种确定元素和化学组成的首选方法。在这项工作中，研究了石墨烯颗粒形貌对 XPS 结果的影响，并调查了其作为 X 射线能量的函数的关系，使用具有 Al K 𝜶 辐射的传统 XPS 和使用 Cr K 𝜶 辐射的硬 X 射线光电子能谱 (HAXPES)。因此，信息深度在 10 到 30 纳米之间变化。为此，对两种含有石墨烯纳米片的商业粉末进行了比较，它们的横向尺寸约为 100 纳米或在微米范围内。这些较大的粉末以石墨烯层堆栈的形式存在，用扫描电子显微镜进行检查。然后用氧或氟对这两种粒子进行功能化。发现石墨烯颗粒的尺寸会影响功能化程度。只有 XPS 和 HAXPES 的结合才可以检测颗粒最外层表面甚至堆叠层的功能化，并为功能化过程提供新的见解。
用软、硬 X 射线比较光电子能谱分析形貌对石墨烯纳米片功能化的影响
自从分离出来以来，石墨烯就因其独特的性质而受到学术界和工业界越来越多的关注。然而，“我的材料是什么”的障碍阻碍了进一步的商业化。X 射线光电子能谱 (XPS) 被认为是一种确定元素和化学组成的首选方法。在这项工作中，研究了石墨烯颗粒形貌对 XPS 结果的影响，并调查了其作为 X 射线能量的函数的关系，使用具有 Al K 𝜶 辐射的传统 XPS 和使用 Cr K 𝜶 辐射的硬 X 射线光电子能谱 (HAXPES)。因此，信息深度在 10 到 30 纳米之间变化。为此，对两种含有石墨烯纳米片的商业粉末进行了比较，它们的横向尺寸约为 100 纳米或在微米范围内。这些较大的粉末以石墨烯层堆栈的形式存在，用扫描电子显微镜进行检查。然后用氧或氟对这两种粒子进行功能化。发现石墨烯颗粒的尺寸会影响功能化程度。只有 XPS 和 HAXPES 的结合才可以检测颗粒最外层表面甚至堆叠层的功能化，并为功能化过程提供新的见解。
听觉稳定的完整信息光谱分析...
摘要：（1）背景：1型糖尿病（T1D）是一种自身免疫性疾病，其特征是进行性和不可逆的自身免疫性破坏胰腺β细胞胰岛，导致绝对的胰岛素缺乏效率。迄今为止，一些流行病学和观察性研究评估了BCG疫苗接种对T1D发展的可能影响，但结果是有争议的。为了阐明这个问题，我们旨在对该领域已发表的队列研究进行系统的审查和荟萃分析。（2）方法：使用PubMed/Medline，Embase和Scopus进行了截至2022年9月20日发布的相关研究进行系统搜索。队列研究，以进行进一步分析。汇总估计值和95％的置信区间（CI），与未接种疫苗的人相比，在BCG接种量中的T1D风险比。（3）结果：在630个潜在相关文章中，五个队列研究符合纳入标准。所有纳入研究的总人口为864,582。发现BCG接种疫苗和未接种疫苗的个体的T1D发展的总体汇总风险比为1.018（95％CI 0.908–1.141，I 2：0％）。（4）结论：我们的研究表明，先前BCG疫苗接种在T1D开发中没有保护性或促进作用。
对阿尔茨海默氏病中脑脊液蛋白生物标志物的定量质谱分析
1标题2 3 3定量质谱分析分析4阿尔茨海默氏病中脑脊液蛋白生物标志物的定量质谱分析5 6作者7 8 Caroline M. Watson 1，Eric B. Dammer 1，Lingyan Ping 1，Duc M. Duc M. Duong M. Duong 2，Erica Modeste 1，Erica Modeste 1，E. 9 Kathleen Carter 2，E. 9 Kathleen Carter 2，Erik C. B. Blaine R. Roberts 1,2和10 Nicholas T. Seyfried 1,2* 11 12 13隶属关系14 1。埃默里大学医学院神经病学系15 2。埃默里大学医学院生物化学系16通讯作者：Nicholas T. Seyfried博士（nseyfri@emory.edu）;詹姆斯·J·拉（James J. Lah），医学博士17博士。 （jlah@emory.edu）; Allan I Levey，医学博士。 （alevey@emory.edu）18 19摘要20 21阿尔茨海默氏病（AD）是痴呆症的最常见形式，脑脊液液（CSF）22β-淀粉样蛋白（Aβ），TAU总tau和磷酸化的TAU提供了最敏感和特定的23个生物标记物来诊断。 但是，这些诊断生物标志物并不能反映淀粉样蛋白（A）和TAU（T）病理的AD大脑的复杂变化。 在这里，我们报告了选定的25个反应监测质谱法（SRM-MS）方法，具有同位素标记的标准标准26，用于CSF中的相对蛋白质定量。 生物标志物阳性（AT+）和负（AT-）CSF池27用作质量控制（QC）来评估测定精度。 我们检测到30个QC和133个对照（认知正常，AT），29 127个无症状（认知性正常，+AT+）和130个症状AD（认知性AD（认知性障碍），平均CV的平均CV为〜13％（认知正常），平均CV约为13％（认知正常）。 这证明了SRM-MS的实用程序33，以量化AD阶段的CSF蛋白生物标志物。埃默里大学医学院生物化学系16通讯作者：Nicholas T. Seyfried博士（nseyfri@emory.edu）;詹姆斯·J·拉（James J. Lah），医学博士17博士。（jlah@emory.edu）; Allan I Levey，医学博士。（alevey@emory.edu）18 19摘要20 21阿尔茨海默氏病（AD）是痴呆症的最常见形式，脑脊液液（CSF）22β-淀粉样蛋白（Aβ），TAU总tau和磷酸化的TAU提供了最敏感和特定的23个生物标记物来诊断。但是，这些诊断生物标志物并不能反映淀粉样蛋白（A）和TAU（T）病理的AD大脑的复杂变化。在这里，我们报告了选定的25个反应监测质谱法（SRM-MS）方法，具有同位素标记的标准标准26，用于CSF中的相对蛋白质定量。生物标志物阳性（AT+）和负（AT-）CSF池27用作质量控制（QC）来评估测定精度。我们检测到30个QC和133个对照（认知正常，AT），29 127个无症状（认知性正常，+AT+）和130个症状AD（认知性AD（认知性障碍），平均CV的平均CV为〜13％（认知正常），平均CV约为13％（认知正常）。这证明了SRM-MS的实用程序33，以量化AD阶段的CSF蛋白生物标志物。可以区分AT+ AT-个体的蛋白质包括SMOC1，GDA，14-3-3 31蛋白质以及参与糖酵解的蛋白质。可以区分认知障碍32的蛋白质主要是神经元蛋白（VGF，NPTX2，NPTXR和SCG2）。34 35背景和摘要36 37阿尔茨海默氏病（AD）在全球范围内影响超过4500万人，使其成为38种常见的神经退行性疾病1（https://wwwww.alz.alz.almedia/media/dia/dia/documents/alzheimers/alzheimers-39
