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World File Search System谱分析
EORTC Specta-Aya：欧洲青少年和年轻人的独特分子谱分析平台
1 EORTC总部，布鲁塞尔，比利时2肉瘤单位，曼海姆大学医学中心，海德堡大学，海德堡大学，德国曼尼海姆市，德国曼海姆3号荷兰癌症研究所Van Leeuwenhoek，范·李温霍克（Van Leeuwenhoek），阿姆斯特丹，阿姆斯特丹，荷兰，荷兰4号，荷兰4号医学中心医学中心，纽约州纽约市医学中心5 （Kitz），德国癌症联盟（DKTK），德国癌症研究中心（DKFZ）（DKFZ）和小儿血液学和肿瘤学系，海德堡大学海德堡医院，德国海德堡6助协助Publique publique-hôpitauxde parisology，La piti frandertria franivertria franiver，Neuare frander，Neuroptriagtre，西班牙巴塞罗那的Sant Joan de Deu医院8组织病理学系，克里斯蒂NHS基金会信托基金会，曼彻斯特，英国曼彻斯特9号，曼彻斯特9号肿瘤学部，医学系，维也纳医科大学，奥地利维也纳医科大学，奥地利，奥地利第10译本医学肿瘤学系，肿瘤学系，肿瘤学部，国家癌症疾病（NCT）Heidelberg，德国癌症研究中心（NCT），癌症癌症部（NCT），德国癌症部（NCT），癌症。曼彻斯特学术健康科学中心科学，英国曼彻斯特曼彻斯特大学
mosaiq6频谱分析仪
将输入信号连接到MOSAIQ6，并在几秒钟内自动捕获信号。设备首先搜索标准，然后搜索所有标准的参数。不再需要显示与信号相关的标准和信号参数与仪表相关的参数。使用Mosaiq6，这与连接RF电缆一样容易；仪表会自动检测到标准（DVB-T/T2，DVB-C，QAM-B，ISDB-T，用于陆地带，以及用于卫星带，IPTV等的DVB-S/S2/S2X）以及与该特定标准相关的所有参数。
机器学习在人类细菌 MALDI-TOF 质谱分析中的应用：系统评价
摘要 — 细菌鉴定、抗生素耐药性预测和菌株分型是临床微生物学中的关键任务，对于指导患者治疗和控制传染病的传播至关重要。虽然机器学习 (ML) 和深度学习 (DL) 在增强 MALDI-TOF 质谱应用方面显示出巨大的前景，但仍然缺乏从技术角度进行的全面审查。为了弥补这一差距，我们系统地回顾了 2004 年至 2024 年期间发表的 93 项研究，重点关注关键的 ML/DL 方面，例如数据大小和平衡、预处理流程、峰值选择方法、算法、评估技术以及开源数据和代码的可用性。我们的分析强调了随机森林和支持向量机等经典 ML 模型的主要用途，以及人们对使用 DL 方法处理复杂高维数据的兴趣。尽管取得了重大进展，但预处理工作流程不一致、依赖黑盒模型、外部验证有限以及开源资源不足等挑战仍然存在，阻碍了透明度、可重复性和更广泛的采用。通过解决这些关键差距，本综述提供了可行的见解，以弥合微生物学和技术视角之间的鸿沟，为诊断微生物学中更强大、可扩展和可解释的解决方案铺平了道路。
MUSICiAn：通过无控制突变谱分析对参与 DNA 修复的基因进行全基因组识别
动机：了解 DNA 双链断裂 (DSB) 修复所涉及的因素对于开发靶向抗癌疗法至关重要，但许多基因的作用仍不清楚。最近的研究表明，某些基因的扰动可以改变 DSB 修复后留下的序列特异性突变的分布。这表明全基因组筛选可以通过识别基因来揭示新的 DSB 修复因子，这些基因的扰动会导致在给定 DSB 位点观察到的突变分布谱与野生型有显著偏差。然而，为全基因组扰动筛选设计适当的对照可能具有挑战性。我们探索了这样一种想法，即全基因组筛选可能允许我们放弃使用传统的非靶向对照，方法是将分析重新定义为异常值检测问题，假设大多数基因对 DSB 修复的影响最小。结果：我们提出了 MUSICiAn（突变特征目录分析），这是一种组合数据分析方法，通过测量所有光谱分布与集中趋势的偏差，对没有对照的基因扰动特定突变谱进行排序。我们表明 MUSICiAn 可以有效估计现有 Repair-seq 数据集的伪对照，筛选 476 个基因和 60 个非靶向对照。我们进一步将 MUSICiAn 应用于全基因组数据集，该数据集分析了 CRISPR-Cas9 在三个靶位点诱导的突变结果，这些突变发生在细胞中，每个细胞的个体扰动为 18,406 个基因。MUSICiAn 成功恢复了已知基因，突出了剪接体在 DSB 修复中不太受重视的作用，并揭示了进一步研究的候选基因。可用：github.com/joanagoncalveslab/MUSICiAn。
计算 DFT 洞察胞嘧啶的优化结构、电子结构、光谱分析和热力学参数
胞嘧啶分子的结构优化通过12步实现，优化能量为-10749.84 eV。4.94 eV的HOMO-LUMO能隙表明化学稳定性。氧原子表现出最负的电势，氢原子表现出最正的电势。态密度显示能隙为4.92 eV，证实了等效轨道能级。计算的硬度（2.47 eV）和柔软度（0.41 eV -1 ）表明稳定性和极化性。化学势为-3.97 eV，电负性为3.97 eV。亲电指数为3.19 eV，表明亲电行为强。Mulliken电荷分析确定H13具有最高的正电荷，N5具有最高的负电荷。振动分析表明CH振动在3100-3300cm -1 ，NH在3500-3700cm -1 ，C=O振动在1771.10cm -1 。热力学性质如热容量、内能、焓和熵随温度的升高而增大，而吉布斯自由能则降低。
对优化结构，电子结构，光谱分析和热力学参数的计算DFT
以12个步骤实现了胞嘧啶分子的优化结构，其优化能为-10749.84 eV。4.94 eV的Homo-Lumo能隙表示化学稳定性。氧原子表现出最负电位，氢原子显示出最积极的电位。状态的密度揭示了4.92 eV的能隙，确认了等效轨道能级。计算出的硬度（2.47 eV）和柔软度（0.41 eV -1）表明稳定性和极化性。化学势为-3.97 eV，电负性为3.97 eV。3.19 eV的亲电指数表示强烈的亲电行为。Mulliken电荷分析鉴定H13具有最高的正电荷和最高负电荷的N5。振动分析显示，在3100-3300 cm -1，N-H处的C-H振动为3500-3700 cm -1，而C = O时为1771.10 cm -1。热力学特性，例如热容量，内部能量，焓和熵随温度的增加，而Gibbs自由能降低。
时间分辨的吸收光谱分析系统
时间分辨的吸收光谱分析系统是一种在极短的时间内执行瞬时吸收光谱测量的装置。该系统能够分析溶液，固体，膜等中光反应中反应性中间体的形成和衰减过程。通过使用单次摄像机作为检测器并使用单个镜头，时间分辨的吸收光谱和瞬时吸收时间分辨的光谱图像进行多个波长的时间分辨测量，您可以同时测量，您可以获得不可逆转现象的图像。新开发的高动态范围条纹摄像头C13410-01A被用作检测设备。分钟的瞬态吸收变化也可以在高动力范围内测量高S/N。
游离DNA羟甲基化谱分析显示抗PD
靶向程序性死亡-1（PD-1）的免疫检查点抑制剂（ICI）的抽象背景处理可以产生持久的抗肿瘤反应，但并非所有患者都对ICIS做出反应。当前可以从抗PD-1治疗中受益的患者的当前方法不足。血浆衍生的无细胞DNA（CFDNA）的5-羟基甲基化（5HMC）分析提出了一种鉴定治疗反应生物标志物的新型非侵入性方法，可以应对与肿瘤活检（如肿瘤异质性和序列样品收集）相关的挑战。方法在治疗开始之前，在治疗期间从多个时间点收集了31例非小细胞肺癌（NSCLC）患者的血液样本。血液样品以获得血浆来源的CFDNA，然后通过两步化学通过生物素化来富集5HMC-含有CfDNA片段，并与链霉亲蛋白涂层的珠结合。5HMC增强的CFDNA和整个基因组库是并行制备的，并测序分别获得整个羟基甲基甲基和整个基因组血浆谱。的结果比较了相同患者的治疗时间点与匹配的预处理样品的结果比较表明，抗PD-1治疗诱导了反应患者的血浆CFDNA 5HMC概况的明显变化，相对于非响应者，固体瘤的反应评估标准判断。在响应者中，5HMC积累了参与免疫激活的基因，例如Inteferon（IFN） - γ和IFN-α反应，炎症反应和肿瘤坏死因子（TNF） - α信号传导，而在非反应者中，5HMC在5HMC中的5HMC对膜层面上的质量增加了5HMC。分子对抗PD-1处理的反应，如第一个治疗周期，从初期观察到血浆CFDNA谱的5HMC变化。对预处理血浆样品的比较表明，抗PD-1治疗反应和耐药性相关基因可以通过5HMC的血浆衍生CFDNA分析来捕获。此外，预处理血浆样品的5HMC分析能够使用T细胞发炎的基因表达谱区将反应者与非反应者区分开，该基因表达谱是先前通过组织RNA分析鉴定的。
活动位点胰蛋白酶的质谱分析...
摘要：人类接触DNA烷基化剂的特征很差，部分原因是仅量化了有限的特定烷基DNA加合物范围。人类DNA修复蛋白，O 6-甲基鸟氨酸O 6-甲基转移酶（MGMT），不可逆地将烷基从DNA O 6-烷基鸟氨酸（O 6-烷基）转移到受体半胱氨酸上，从（ASP）。重组MGMT与含有不同O 6-烷基，替莫唑胺 - 甲基化小牛胸腺DNA（ME -CT -DNA）或已知O 6-甲基G（O 6- meg）水平的人类结肠直肠DNA或人结直肠DNA的寡脱氧核苷酸（ODN）孵育。用胰蛋白酶消化，并通过基质辅助激光解吸/飞行飞行时间质谱检测和定量ASP。ASP含有S-甲基，S-乙基，S-丙基，S-羟基乙基，S-羧甲基，S-苯甲酰苯基和S-吡啶糖丁基半胱氨酸基团，通过将MGMT与含有相应的O 6-烷基的OD孵育来检测到MGMT。在MGMT与ME-CT-DNA孵育后检测到的含有S-甲基半胱氨酸的ASP的LOQ <0.05 pmol O 6 -meg每mg CT-DNA。将MGMT与人类结直肠DNA孵育，该ASP产生的ASP含有S-甲基半胱氨酸的水平，与先前由HPLC -RadioMumunoAseay确定的O 6 -MEG相关的水平（r 2 = 0.74; P = 0.014）。o 6 -CMG，一种推定的O 6-羟基乙基加合物和其他潜在的未鉴定MGMT底物。4最近在结直肠癌中描述了类似的突变签名，这意味着AA暴露为这种新颖的方法是对人DNA中O 6 -ALKG的鉴定和定量的方法，揭示了人类DNA烷基加合物的存在，尚待充分表征。该方法建立了一个表征人DNA O 6 -Alkg加合体的平台，并且鉴于O 6 -Alkgs的诱变潜力可以提供有关癌症发病机理的机械信息。■简介烷基化剂（AAS）是已知的人类诱变剂和致癌物，其作用在很大程度上是由DNA中烷基加合物形成的介导的。1 - 3在用化学治疗甲基化剂Temozolomide治疗后，在恶性黑色素瘤和胶质母细胞瘤多种形式的患者中观察到的突变景观，替莫唑胺，主要由DNA中O 6-甲基鸟嘌呤（O 6-meg）产生的G -A转变。