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TcBuster™ - 非病毒基因工程常见问题解答
如何评估 NK 激活后的最佳转座天数？通常，NK 细胞的转座率最依赖于生长方式。开发团队会根据激活情况来设计转基因表达。例如，如果 K562s 被用作饲养细胞系，并且每 7 天刺激一次，通常情况下，刺激后一至两天观察转基因表达会发现刺激后七天会出现一些变化，并且转基因表达百分比会低于刺激后两至三天。在多轮刺激中也是如此。在检测方面，细胞周期的一部分会发挥作用。
可转座元件进入人类长的非编码RNA Carmen是心脏前体细胞规范的开关
©作者2022。由牛津大学出版社出版，代表欧洲心脏病学会。这是根据Creative Commons Attribution-Noncmercial Licens（https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/）发行的一份开放访问文章，该媒介在任何媒介中都可以在任何媒介中进行任何媒介，但前提是原始工作被正确引用。有关商业重复使用，请联系journals.permissions@oup.com 1
果蝇中的定量，全基因组分析揭示了转座元素对基因表达的影响是物种特异性
转座元素（TES）是寄生虫DNA序列，能够沿所有基因组的染色体移动和繁殖。可以通过靶向沉默表观遗传标记来控制它们，这可能会影响包括基因在内的相邻序列的Chro Matin结构。在这项研究中，我们使用了来自几个果蝇Melanogaster的卵巢样品和果蝇Simulans野生型菌株产生的转录组和表观基因组高吞吐量数据，以精细量化Te插入对基因RNA水平和组蛋白标记的影响（H3K9ME3和H3K9ME3和H3K4ME3）。我们的结果揭示了与梅拉·诺加斯特（D. Mela Nogaster）相比，TES对D. simulans中直源基因的表观遗传作用更强。同时，我们发现了D. mel Anogaster基因组中TE对基因H3K9me3的差异的较大贡献，这证明了Te数字周围的Te数与D. melanogaster中这种染色质标记的水平的更强相关性。总体而言，这项工作有助于理解TE在基因组中的物种特异性影响。它为TE提供的可观自然变异性提供了新的启示，这可能与适应性和进化潜力的对比有关。
水稻品种中逆转座子 Tos17Chr.7 的失活……
摘要 逆转座子是一类可移动的遗传元件，能够通过逆转录 RNA 中间体进行转座。水稻品种日本晴在第 7 号染色体上（Tos17 Chr.7）和第 10 号染色体上（Tos17 Chr.10）含有两个几乎相同的 Tos17 基因组拷贝，Tos17 是一个内源的 copia 样 LTR 逆转座子。前期研究表明，在组织培养过程中，只有 Tos17 Chr.7 具有转座活性。Tos17 Chr.7 已被广泛用于插入诱变，作为水稻基因功能分析的工具。然而，在水稻转化过程中，Tos17 Chr.7 转座可能会产生具有不良性状的体细胞突变，从而影响转基因的评估或应用。本研究利用 CRISPR/Cas9 基因编辑系统构建了一个 Tos17 Chr.7 敲除突变体 D873。 Tos17 Chr.7 在D873上的基因编辑等位基因被命名为Tos17 D873 ，该基因在Tos17 Chr.7的pol基因上有一个873bp的DNA缺失，从而导致GAG-整合酶前结构域和整合酶核心结构域的缺失。虽然Tos17 D873的转录在D873愈伤组织中被激活，但在再生的D873植株中没有检测到Tos17 D873的转座。结果表明GAG-整合酶前结构域和整合酶核心结构域是Tos17 Chr.7转座所必需的，且这两个结构域的缺失不能被水稻基因组中的其他LTR逆转录转座子补充。由于 Tos17 Chr.7 衍生的体细胞克隆诱变在 D873 植物中被阻断，因此 Tos17 D873 等位基因的产生将有助于生产转基因水稻植物，以进行基因功能研究和遗传工程。类似的方法可用于在作物育种中失活其他逆转录转座子。
使用果蝇种系组织中的长阅读RNA-seq鉴定和定量可转座元件转录本
转座元件（TES）是重复的DNA序列，可能能够在整个基因组中移动。除了它们固有的诱变效果外，TE还可以通过捐赠其内在的调节序列（例如促进细胞基因的异位表达）来破坏附近基因。te转录不仅对于TE换位本身是必需的，而且还可以与Te-Gene Fusion转录本相关，在某些情况下也是普遍转录的产物。因此，正确确定了TE副本的转录状态，是为了理解TE在宿主基因组中的影响。识别和量化TE转录的方法主要依赖于简短的RNA-seq读取以在家庭级别估算TE表达，同时使用特定算法来区分副本特定的转录。但是，将简短的读数分配给其正确的基因组位置，基因组特征并不是微不足道的。在这里，我们检索了果蝇的全长cDNA（远程prime，词汇），并使用牛津纳米孔技术进行了对其进行验证。我们表明，可以使用长阅读RNA-Seq来识别和量化复制级别的转录TE。尤其是，使用长读数比简短读数更好地估计了插入过度插入的注释基因。尽管如此，长TE转录本（> 4.5 KB）并未得到很好的捕获。大多数表达的TE插入对应于失去其转置能力的副本，在家庭中，只有几份副本表示。长阅读测序还允许识别约107个TE副本的剪接转录本。总的来说，睾丸和卵巢之间TE的第一个比较在子类和插入水平上发现其转录景观中的差异。
释放低CpG通行子转座子的潜在用于上级CAR-T细胞疗法
嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法改变了恶性肿瘤免疫疗法的景观，从根本上改变了传统的癌症治疗策略。然而，对T细胞转染的病毒载体的依赖构成了局限性，从而阻碍了这种有希望的治疗方法的更广泛应用。使用非病毒载体用于CAR-T细胞制备，在下一代疗法中已成为一种更通用和可持续的替代方法。转座元素（TES）是1940年代芭芭拉·麦克林托克（Barbara McClintock）在玉米中首先发现的（1）（1）的移动DNA序列，这些序列是由由反向末端重复序列（ITRS）和转座酶组成的基因片段组成的。该酶有助于转座子从其原始DNA位点切除，并将其整合到新的基因组位置。可以将其分为逆转座子，并切成两个主要类别的转座机制（2）。剪切的转座子需要对两种ITR的转座酶识别，以从其源中切除DNA转座子并将其整合到其他地方（3）。这种固有的插入DNA的能力使剪切的转座可以用于基因组操纵的强大工具（4-7）。
逆转座子 R2 维持果蝇核糖体 DNA 重复
核糖体 DNA (rDNA) 基因座含有数百个串联重复的核糖体 RNA 基因拷贝，这些基因是维持细胞生存所必需的。这种重复性使其极易因 rDNA 拷贝之间的染色单体内重组而导致拷贝数 (CN) 丢失，从而威胁到 rDNA 的多代维持。如何抵消这种威胁以避免谱系灭绝仍不清楚。在这里，我们表明 rDNA 特异性逆转录转座子 R2 对于恢复性 rDNA CN 扩增以维持果蝇雄性生殖系中的 rDNA 基因座至关重要。R2 的消耗导致 rDNA CN 维持缺陷，导致繁殖力在几代内下降并最终灭绝。我们发现，R2 核酸内切酶造成的双链 DNA 断裂（R2 的 rDNA 特异性逆转座的一个特征）会启动 rDNA CN 恢复过程，该过程依赖于 rDNA 拷贝处 DNA 断裂的同源性依赖性修复。这项研究表明，活性逆转座子为其宿主提供了必不可少的功能，这与转座因子完全自私的名声相反。这些发现表明，有利于宿主适应性可能是转座因子抵消其对宿主威胁的有效选择优势，这可能有助于逆转座子在整个分类群中广泛成功。
果蝇中的定量，全基因组分析揭示了转座元件对基因表达的影响是物种特异性
寡糖是具有广泛应用的重要类别。生物学，寡糖是活细胞上的识别或鉴定位点，被认为具有生物学活性和潜在的治疗作用（Muanprasat和Chatsudthipong 2017）。，此外，寡糖已被用作多糖的模型化合物：大提琴或奇托 - 寡聚物的单晶提供了纤维素和几丁质晶体结构的必要信息（Buleon和Chanzy 1978； Cartier等1978； Cartier等。1990; Persson等。 1992; Helbert and Sugiyama 1998）。 尤其是，Chanzy及其同事清楚地表明了基于电子显微照片和电子衍射图在由纤维素，几丁质和奇托斯氏菌低聚物制成的单晶上的链条取向（Buleon和Chanzy 1978; Cartier Cartier1990; Persson等。1992; Helbert and Sugiyama 1998）。尤其是，Chanzy及其同事清楚地表明了基于电子显微照片和电子衍射图在由纤维素，几丁质和奇托斯氏菌低聚物制成的单晶上的链条取向（Buleon和Chanzy 1978; Cartier
“控制者”的力量：转座子介导的重复基因向新功能化进化
自从 Barbara McClintock 博士发现第一个转座子以来，转座因子 (TE) 的普遍性和多样性逐渐被人们认识到。作为基本的遗传成分，TE 不仅通过贡献功能序列（例如，调控元件或 McClintock 博士所说的“控制者”）而且通过改组基因组序列来推动生物体的进化。在后一种方面，TE 介导的基因复制促进了新基因的产生并引起了广泛的兴趣。为了顺应这一领域的发展，我们在此尝试通过关注不同类型的 TE 产生的复制中出现的共同规则来提供 TE 介导的复制的概述。具体而言，尽管不同 TE 的转座机制差异很大，但我们发现各种 TE 介导的复制机制有三个共同特点，包括末端绕行、模板转换和复发性转座。这三个特征导致一个共同的功能结果，即 TE 介导的重复倾向于发生外显子改组和新功能化。因此，突变机制的内在特性限制了这些重复的进化轨迹。我们最后讨论了该领域的未来，包括深入描述 TE 介导的重复的复制机制和功能。版权所有 © 2023，作者。中国科学院遗传与发育生物学研究所和中国遗传学会。由 Elsevier Limited 和科学出版社出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议开放获取的文章（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）。