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先进基因组和转录组景观...
10 阿姆斯特丹自由大学医学中心肿瘤内科系、阿姆斯特丹癌症中心肿瘤内科系，荷兰；22 11 鹿特丹个性化癌症治疗中心，荷兰；23 12 乌得勒支大学医学中心分子医学中心和 Oncode 研究所，荷兰乌得勒支；24 13 哈特维希医学基金会，阿姆斯特丹，荷兰；25 14 鹿特丹大学医学中心伊拉斯姆斯医学中心癌症研究所泌尿外科系，荷兰；26 15 鹿特丹大学医学中心伊拉斯姆斯医学中心癌症研究所免疫学系，荷兰；27 16 鹿特丹伊拉斯姆斯医学中心放射学和核医学系，荷兰
Slr1-d7 和 ... 的生成和转录组分析
摘要：水稻SLR1基因编码DELLA蛋白（具有DELLA氨基酸基序的蛋白质），其功能丧失突变通过抑制植物生长而使植物矮化。我们利用CRISPR/Cas9基因组编辑技术在水稻中靶向突变DELLA/TVHYNP结构域，生成具有半显性矮化表型的slr1-d突变体。在31株转基因植株中获得了16个遗传编辑株系。深度测序结果表明，突变体在SLR1基因的TVHYNP结构域靶位点有6种不同的突变类型。同源编辑植株在T1代中选择了没有通过分离转录的T-DNA（T-DNA）的个体。slr1-d7和slr1-d8植株导致对赤霉素（GA）不敏感的矮化表型，叶片皱缩，节间缩短。通过 RNA-seq 进行的全基因组基因表达分析表明，在编辑的突变体植物中，两个与 GA 相关的基因 GA 20 OX 2（赤霉素氧化酶）和 GA 3 OX 2 的表达水平有所增加，这表明 GA 20 OX 2 充当了 GA 12 信号的转换器。这些突变体植物需要改变 GA 反应，至少部分是由于植物激素信号系统过程的缺陷，并阻止了细胞伸长。新的突变体，即 slr1-d7 和 slr1-d8 系，是有价值的半显性矮化等位基因，具有利用 CRISPR / Cas9 系统在水稻中进行分子育种的潜在应用价值。
转录噪声的工程蜂窝交响曲
真核细胞导航混乱的环境，其中随机细胞过程会收敛以产生细胞表型。从混乱中出现，基因表达的精确协调模式支持诸如组织稳态和发育模式等细胞行为。经过细胞的转换后，尽管内部和外部干扰，细胞在长期内保持稳定的身份。细胞种群如何保持稳定性，同时保留足够的可塑性以应对外部提示和侮辱？缓冲和线束反式十字噪声的内源性机制正在成为赋予稳定性和可塑性的调节系统。虽然当前的合成回路主要围绕基因表达的平均水平而设计，但通过研究转录调控而获得的见解表明，刺激转录噪声具有对工程真核细胞和组织的有望。
数据收集器|转录器|翻译
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生命之树上的转录错误率范围很窄
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2025 年 1 月 14 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2023.05.02.538944 doi：bioRxiv 预印本
与大豆种子重量相关的转录因子
栽培大豆 ( Glycine max (L.) Merrill ) 是由野生大豆 ( Glycine soja ) 驯化而来，其种子比野生大豆更重，含油量更高。在本研究中，我们利用全基因组关联研究 (GWAS) 鉴定了一个与 SW 相关的新型候选基因。连续三年通过 GWAS 分析检测到候选基因 GmWRI14-like。通过构建过表达 GmWRI14-like 基因的转基因大豆和 gmwri14-like 大豆突变体，我们发现 GmWRI14-like 的过表达增加了 SW 和增加了总脂肪酸含量。然后我们利用 RNA-seq 和 qRT-PCR 鉴定了 GmWRI14-like 直接或间接调控的靶基因。过表达GmWRI14-like的转基因大豆比非转基因大豆株系表现出GmCYP78A50和GmCYP78A69的积累增加。有趣的是，我们还利用酵母双杂交和双分子荧光互补技术发现GmWRI14-like蛋白可以与GmCYP78A69/GmCYP78A50相互作用。我们的研究结果不仅揭示了栽培大豆SW的遗传结构，而且为改良大豆SW和含油量奠定了理论基础。
CRISPR 转录激活因子的特定调节......
摘要 细胞转录本编码了有关细胞身份和疾病状态的重要信息。响应 RNA 生物标志物而激活 CRISPR 有可能以时空精度控制 13 CRISPR 活性。这将能够将 CRISPR 活性限制在表达目标 RNA 生物标志物的特定细胞类型，同时防止其他细胞中出现不必要的活性。在这里，我们提出了一个简单而具体的平台，用于通过工程化脓性链球菌 Cas9 单向导 RNA (sgRNA) 来调节响应 RNA 检测的 CRISPR 活性。sgRNA 被设计成折叠成复杂的二级结构，在基态下抑制其活性。识别互补 RNA 后，工程化的 sgRNA 19 被激活，使 Cas9 能够发挥其功能。我们的方法使 CRISPR 20 在 HEK293T 细胞和斑马鱼胚胎中响应 RNA 检测而激活。迭代 21 设计优化允许开发用于生成能够检测所选 RNA 序列的 sgRNA 22 的计算工具。机制研究表明，工程 23 sgRNA 在 RNA 检测过程中被切割，并且我们确定了受益于 24 化学修饰的关键位置，以提高工程 24 sgRNA 在体内的稳定性。我们的传感器为使用 26 CRISPR 激活来响应内源性 RNA 生物标志物开发新的研究和治疗应用开辟了新的机会。 27
基因组和转录组学表征揭示...
结果 TP53 和 DNMT3A 突变是最常见的突变。在我们队列中检测到了在 HGESS（ ZC3H7B- BCOR 和 NUTM2B-YWHAE ）和 LGESS（ JAZF1-SUZ12 ）中常见的经典融合。CCND1 在 HGESS 中显著上调，而编码雌激素受体 (ER) 和孕激素受体 (PR) 的 GPER1 和 PGR 的表达在 HGESS 和 LGESS 之间没有显著差异。60% 的 HGESS 患者检测到了富集同源重组修复、细胞周期和磷酸肌醇 3-激酶/AKT/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白途径的可操作突变。HGESS 中上调表达的基因在 5 个免疫相关途径中显著富集。大多数 HGESS 患者（85.7%）具有免疫治疗疗效的阳性预测因子。免疫微环境分析显示HGESS具有较高的免疫浸润程度，其中ZC3H7B-BCOR融合的HGESS患者免疫浸润程度相对高于NUTM2B-YWHAE融合的患者。
CRISPR – CAS介导的转录控制和Epi-...
序列特异性DNA结合的工具为研究生物学和作物发展中的基本问题开辟了新方法。虽然有几个平台可供选择，但最新的特定目标定位工具的许多进展集中在开发群集定期散布的短篇小说palindromic repots-crispr ciss-crispr ciss-criss（CRISPR-CAS）基于基于的系统。使用催化无效的CAS蛋白（DCA），该系统可以作为不同模块化催化域（效应域）的矢量来控制基因的表达或改变表观遗传标记，例如DNA甲基化。开发CRISPR-DCAS系统的最新趋势包括创建可以针对单个站点的效应域副本的版本，以靶向表观遗传变化，在某些情况下，这些变化可以在没有靶向构建体并结合效应域并将策略结合起来的策略中遗传到下一代，从而可以提高功能性或效果。本综述总结并比较了DNA靶向技术，用于靶向转录控制和Epi-rageNESES的效应域以及植物中使用的不同CRISPR-DCAS系统。
