XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System转录
致癌转录因子β-catenin
摘要：β -catenin（CTNNB1）是一种致癌转录因子，在细胞 - 细胞粘附和细胞增殖和存活基因的转录中很重要，可驱动许多不同类型的癌症的发病机理。但是，CTNNB1的直接药理靶向仍然具有挑战性。在这里，我们进行了一个带有半胱氨酸反应性共价配体库的屏幕，以识别以泛素蛋白依赖性依赖性依赖性方式耗尽CTNNB1的单价降解器EN83。我们表明，EN83直接靶向CTNNB1三个半胱氨酸C466，C520和C619，导致CTNNB1的稳定和降解。通过结构优化，我们生成了一个高度有效且相对选择性的不稳定降解器，该降解器通过仅在CTNNB1上的C619靶向起作用。我们的结果表明，化学蛋白质组学方法可用于共价靶向和降解具有不稳定介导的降解（例如CTNNB1）（例如CTNNB1）的具有挑战性的转录因子。■简介
系统鉴定植物和酵母中非转录因子蛋白的转录激活域
Niklas F.C. Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯 ），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.） https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007Niklas F.C.Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.）https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007
系统鉴定植物和酵母中非转录因子蛋白的转录激活域
Niklas F.C. Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯 ），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.） https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007Niklas F.C.Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.）https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007
Tanshinone IIA，AP-1转录因子抑制剂Tanshinone IIA，AP-1转录因子抑制剂
双萜类萘酮在Salvia sp。，被隔离为中药坦森的活跃组成部分。tanshinone IIA表现出抗炎活性，并在多种细胞系中诱导凋亡。还通过抑制Jun-Fos-DNA复合物的形成（IC50 = 0.22 µM）来抑制AP-1活性。申请程序
对改变转录因子间距的自然插入和缺失的系统分析可识别耐受性和敏感的转录
基因表达的抽象调节需要在启动子和增强子上对序列特异性转录因子（TFS）的联合结合。先前的研究表明，TF结合位点之间间距的改变会影响启动子和增强子活性。然而，由于自然发生的插入和删除（Indels）导致的TF间距改变的重要性尚未系统地分析。为了解决这个问题，我们首先表征了通过ChIP-Seq（Chro-Matin免疫沉淀测序）确定的人类K562细胞中73 TF的全基因组间距关系。我们发现了协作因素之间放松的间距的主要模式，其中包括45个TFS专门与其结合伴侣展示了放松的间距。接下来，我们利用了遗传多样的小鼠菌株和人个体提供的数百万个indels来研究间距改变对TF结合和局部组蛋白乙酰化的影响。这些分析表明，与直接影响TF结合位点的遗传变异相比，通常可以容忍自然存在的插入的间距改变。为了实验验证这一预测，我们在巨噬细胞系中的六个内源基因组基因座上引入了PU.1和C/EBPβ结合位点之间的合成间距改变。在这些位置，PU.1和C/EBPβ的合作结合明显，可耐受的间距的变化范围从5 bp增加到> 30 bp的降低。总的来说，这些发现对理解增强子选择的机制以及对非编码遗传变异的解释具有影响。
纵向转录组数据分析流程
1 奥斯陆大学临床医学研究所，邮政信箱 1171，Blindern 0318，挪威，2 奥斯陆大学微生物学系，Rikshospitalet，奥斯陆 0424，挪威，3 Cytura Therapeutics BV，Kloosterstraat 9，Oss 5349AB，荷兰，4 挪威科技大学临床和分子医学系，Erling Skjalgsons gate 1，特隆赫姆 7491，挪威，5 奥斯陆大学医院传染病系，奥斯陆 0424，挪威，6 阿克什胡斯大学医院临床分子生物学系，Lørenskog 1478，挪威，7 Microsynth AG，Sch¨utzenstrasse 15，Balgach CH-9436，瑞士，8 阿克什胡斯大学传染病系Hotspital，Lørenskog 1478，挪威，9 挪威科技大学计算机与信息科学系，Sem Sælandsvei 9 Gløshaugen，特隆赫姆 7491，挪威，10 生物信息学核心设施-BioCore，挪威科技大学，Erling Skjalgsons Gate 1，特隆赫姆 7491，挪威，11 KG 捷成遗传中心流行病学，挪威科技大学，H˚akon Jarls Gate 11，Trondheim 7491，挪威和 12 病理学系，奥斯陆大学医院 Rikshospitalet，Sognsvannsveien 20，奥斯陆 0372，挪威
光感受器多样性背后的转录因子
摘要 在发育过程中，视网膜祖细胞在复杂的命运决定环境中前行，以产生正常视觉所必需的主要细胞类别。转录调控对于在这些主要细胞类别中产生多样性至关重要。在这里，我们旨在提供所需的资源和技术，以识别产生和维持光感受器亚型多样性所必需的转录因子，这对视觉至关重要。首先，我们生成一个关键资源：成年斑马鱼中每种光感受器亚型的高质量深度转录组谱。我们使此资源公开可访问、易于探索，并将其与其他当前可用的光感受器转录组数据集集成在一起。其次，利用我们的转录组谱，我们得出了光感受器中转录因子表达的深度图谱。第三，我们使用高效的基于 CRISPR-Cas9 的诱变技术筛选 F0 幼虫中的无效表型（F0 筛选），这是一种快速、高效且通用的技术，用于评估候选转录因子在光感受器亚型生成中的参与程度。我们首先表明，使用此方法可以轻松复制已知表型：foxq2 突变体中 S 锥体的丢失和 nr2e3 突变体中视杆体的丢失。然后，我们确定了转录因子 Tbx2 的新功能，表明它在控制视网膜内所有光感受器亚型的生成方面发挥着不同的作用。我们的研究提供了发现参与此过程的其他因子的路线图。此外，我们探索了四种功能未知的转录因子（Skor1a、Sall1a、Lrrfip1a 和 Xbp1），没有发现它们参与光感受器亚型生成的证据。该数据集和筛选方法将成为探索涉及光感受器生物学许多其他重要方面的基因的有效方法。
RNA 编辑内含子 ENCO 转录本...
在前面的单元中，您已经学习了真核生物中 mRNA 的加工过程。主要的加工反应是 3' 端的聚腺苷酸化，这是加工事件，还有另一种加工，以转录后过程的形式被发现，转录前但在翻译之前，成熟 RNA 的核苷酸序列在外显子中编码的核苷酸序列不同 D 因此，RNA 编辑的定义可以是 d 哪些细胞可以在其转录本之后进行离散的 RNA 分子的生物合成替代蛋白质 p RNA 编辑过程酶
针对“不可用药”的转录因子的进展......
DNA 结合转录因子 (TF) 是真核蛋白质组中最重要的蛋白质类别之一 1 。通过结合特定 DNA 位点并控制近距离基因的转录输出，TF 在几乎所有细胞基因组的调控中发挥着基础性作用 2 。TF 通过差异地调节共同的遗传密码来决定多细胞生物中单个细胞的身份和命运，并通过充当细胞信号传导网络中的终点来负责快速协调对内部和外部刺激的反应 3 , 4 。据估计，人类基因组中至少有 1,600 种 TF，其中约 19% 与疾病表型相关 1 。鉴于其对生物学的重要性，TF 是疾病的常见驱动因素并且代表着诱人的治疗靶点 3 , 5 , 6 。近二十年前，James Darnell 在抗癌治疗的背景下最好地概括了直接 TF 调节剂的巨大潜力 5 。他强调，鉴于 TF 在选择性基因调控中的基础作用，它们比 GPCR 或激酶等上游信号蛋白更有能力进行高度特异性的疾病调节。也就是说，一种假设的失调 TF 抑制剂可以通过仅抑制由该 TF 驱动的转录程序来限制毒性，同时提高疗效，而不会产生有时与抑制与疾病无关的多个信号网络相关的信号蛋白有关的附带损害 7,8 。由于单个 TF 通常只调节一组有限的基因靶点，这些靶点受其 DNA 结合功能控制