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World File Search System进化
钓鱼捕获：评估具有进化和机器学习的基因模型
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
利用基于质谱的蛋白质组学用于连续的定向进化
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degronmd：利用靶向蛋白质的降解，突变和药物反应的进化和结构特征
靶向蛋白质的降解是一种新兴而有希望的治疗方法。降解的特异性和细胞稳态的维持是由E3泛素连接酶和脱脂信号（称为Degrons）之间的相互作用确定的。人类基因组编码超过600个E3连接酶；但是，到目前为止，仅确定了少数目标的DEGRON实例。在这项研究中，我们引入了DeGronmd，这是一个开放知识库，旨在研究DEGRON，它们相关的功能障碍事件和药物反应。我们驱逐出来，degrons在进化上是保守的，并且倾向于在蛋白质翻译修饰部位附近发生，尤其是在无序结构和较高溶剂可访问性的区域。通过模式识别和机器学习技术，我们构建了跨人类蛋白质组的降解景观，产生了超过18,000个新的脱脂剂，用于靶向蛋白质降解。此外，DEGRON的功能障碍会破坏降解过程，并导致蛋白质的异常积累。此过程与各种类型的人类癌症有关。基于由体细胞突变引起的估计表型变化，我们从系统地进行了量化并评估突变对pan-Canters degron功能的影响；这些结果有助于建立有关人类降解的全球突变图，其中包括89,318个可起作用的突变，这些突变可能引起降解和破坏蛋白质降解途径的功能障碍。多组合综合分析揭示了与功能性脱粒突变相关的400多个耐药性事件。degronmd，可在https://bioinfo.uth.edu/degronmd上访问，是探索生物学机制，推断蛋白质降解以及在Degron上的药物发现和设计的有用资源。
自适应进化：细菌和癌细胞如何生存...
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大脑进化中的过渡：空间，时间和熵
摘要：shot弹枪蛋白质组学已被证明是识别病原体和表征其产生的抗菌耐药基因的有吸引力的替代方法。由于其性能，预计通过串联质谱法对微生物的蛋白质打字将成为现代医疗保健中必不可少的工具。通过培养物学从环境中分离出来的蛋白质型微生物也是开发新生物技术应用的基石。系统性培训是一种新策略，可估计样品中存在的生物体之间的系统发育距离并计算其共同肽的比率，从而改善其对生物量的贡献的定量。在这里，我们确定了基于记录几种细菌的MS/MS数据的串联质谱蛋白观察的限制。使用我们的实验设置的沙门氏菌邦戈里的检测极限为4×10 4菌落形成单元，来自1 ml的样品体积。这种检测极限与每个细胞的蛋白质量直接相关，因此取决于微生物的形状和大小。我们已经证明，细菌通过系统肽学对细菌的鉴定独立于其生长阶段，并且在存在相同比例的其他细菌的情况下，该方法的检测极限不会降解。
语言遵循一种独特的基因组进化模式
作为最具体，最多样化的人类行为之一，语言是基因组和基因组进化的影响。共享这些进化方式之间的共享方法和模型显着提高了我们对语言的理解，并激发了其进化的广义理论。的进步受到了阻碍，这是语言的典型演变，即语言进化，仅部分映射到其他形式的进化。将其与真核生物的生物学演变和技术的文化演变作为最佳理解的模型进行了对比，我们表明语言演化是特殊的，它通过产生固定的动态而不是稳定的解决方案而不是稳定的解决方案，并且这种动态允许语言变化用于社会差异，同时保持其全球适应性。语言进化与技术进化不同，通过需要垂直传播，允许重建系统发育。它与真核生物生物学的进化不同，它通过预言基因型与表型的区别，允许故意和偏见的变化。认识到这些差异将改善我们的经验工具，并开放新的途径，以分析当语言在人类谱系中出现时语言，文化和生物学进化如何相互作用。除了语言之外，这里提出的区别允许识别其他形式的生物和文化进化的变化，从而发展了实证研究的新观点。重要的是，我们的框架将有助于应对前所未有的科学和道德挑战，这些挑战目前是由于文化进化的迅速影响而引起的，最急需的语言疾病临床工具，技术对语言对语言的潜在表观遗传作用，人工英特尔语，人工领域，人工领域以及语言交流和全球语言损失的语言损失和语言学多样性和身份。
欧洲最终的旧石器时代/最早的中石器时代文化分类学和进化的定量分析
1 Department of Archaeology and Heritage Studies, Aarhus University, H Ø Jbjerg, Denmark, 2 INRAP, INRAP Center i ˆ Le-de-France National Institute for Pre-Aventive Archeological Research 18 Rue Chapelle, Technology and Ethnology of the Pre-Historical Worlds, University of Paris-Nanterre, Nanterre, France, 3 Department of Archaeology, Ghent University, Ghent,比利时，4 I.U.of investigacio´n in arqueologı´a y patrimonio historico, University of Alicante, Alicante, Spain, 5 Departimento di Studi Umanistici-Sezione dire Preistoriche e Antropologiche, University of Ferrara, Ferrara, Italy, 6 Museum Lolland-Falster, Nyk Ø Bing F, CNRS UMR 5199 PACEA, University of Bordeaux, France & Serp University of Barcelona, Barcelona, Spain, 8 CNRS UMR 7 8068 Technology and Ethnology of the Pre-Historic Worlds, University of Paris-Nanterre, Nanterre, France, 9 Zentrum Fu¨r Skandinavische und Baltische Archaology, Schloß Gottorf, Schleswig, Germany, 10 Department of Geology, Faculty of科学，帕利基大学Olomouc，Olomouc，捷克共和国，11 CNRS-CEPAM，COQUE D'AZUR大学，法国尼斯，尼斯，12个自然历史博物馆，维也纳，奥地利，奥地利，波罗的海地区历史和考古学研究所13波兰，15史前考古研究所，科隆大学，德国科隆
“多代理”筛选提高了定向酶进化的效率
酶的进化使生物技术方面的进步得以巨大进步。但是，定向的进化程序仍然需要许多迭代的筛选以识别最佳的突变序列。这是由于健身景观的稀疏性，这又是由于“隐藏”突变仅与其他突变相结合的“隐藏”突变所致。这些“隐藏”突变仅通过评估突变组合，需要大型组合文库或迭代筛选。在这里，我们报告了一种多代理的定向进化方法，该方法在筛选过程中融合了各种底物类似物。具有多种底物，像多个辅助健身景观一样，我们能够识别“隐藏”突变残基，这些突变型残基无需测试众多组合。我们最初在工程中验证了这种方法，以改善各种非天然底物的活性。我们发现“隐藏”突变通常与活动站点相距甚远，因此很难使用基于结构的方法进行预测。有趣的是，预计在这种情况下确定的许多“隐藏”突变会破坏三级结构元素之间的相互作用，从而可能影响蛋白质的柔韧性。这种方法可能广泛适用于加速酶工程。最后，多机构系统启发的方法可能在解决生物学中其他复杂的组合搜索问题方面更为广泛。
认知和大脑的进化全球神经科学...
大脑发育的进化基础代表出发点。它深入研究了进化史的深处，揭示了塑造人脑的复杂旅程。比较神经解剖学和系统发育提供了我们绘制认知进化肖像的画布。它考虑了雕刻人类大脑建筑的遗传和表观遗传学的约束。这些见解是进化全球神经科学所占据的基础。寻求解锁人脑的神秘复杂性，进化的全球神经科学是超越学科边界的变革性范式。这个广阔的领域探讨了我们的进化遗产与当代挑战在认知，脑健康和神经技术的不断发展的景观之间的深刻相互作用。认知，即人类生存的典型标志，几乎引起了我们的注意。它审问了跨时期认知的依赖价值，从而破译了其在生存和繁荣中的作用。然而，在这个快速的社会转变时代，“进化不匹配”的概念浮出水面。它探讨了这种不匹配是如何构成脑部疾病迅速发展的流行的基础，这突显了对解决认知健康的新范式的迫切需求。本文阐明了现代性脑部疾病的严峻景观。阿尔茨海默氏病和自闭症谱系障碍是吞噬我们的进化难题的典型典范。从遗传倾向到环境影响，它构成了这些疾病的多方面起源，始终注意到进化论