XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System通量
高通量变体库和机器学习为 Retron 基因编辑器提供设计规则
细菌逆转录酶系统在许多生物技术应用中充当单链 DNA 的细胞内工厂。在这些技术中，天然的逆转录酶非编码 RNA (ncRNA) 被修饰以编码模板，以通过逆转录产生定制 DNA 序列。逆转录效率是逆转录酶技术的主要限制步骤，但我们缺乏系统的知识，了解如何在改变逆转录酶序列以产生定制 DNA 的同时提高或保持逆转录效率。在这里，我们测试了数千种对逆转录酶-Eco1 ncRNA 的不同修饰，并在汇集变体文库实验中测量 DNA 的产生，从而确定了 ncRNA 中对修饰具有耐受性和不耐受性的区域。我们将这些新信息应用于特定应用：使用逆转录酶与 CRISPR-Cas9 RNA 引导核酸酶 (editron) 结合产生精确的基因组编辑供体。我们使用酿酒酵母中的高通量文库来额外定义编辑酶的设计规则。我们将有关 retron DNA 生成和编辑子设计规则的新知识扩展到人类基因组编辑，以实现迄今为止最高效率的 retron-Eco1 编辑子。
用于识别中性粒细胞胞外陷阱形成 (NETosis) 新型抑制剂的高通量筛选平台
NETosis 是一种特殊的细胞死亡机制，通过形成中性粒细胞胞外陷阱 (NET) 实现。1 NET 可导致多种疾病的发病，包括类风湿性关节炎和 COVID-19。1,2 开发直接靶向 NET 或抑制上游激活和信号传导事件的抑制剂提供了一种有吸引力的治疗方法。1-3 该领域正在进行的商业活动包括同类首创抗组蛋白治疗药物 CIT-013 (Citryll) 的 1 期试验，以及 DDP-1 抑制剂 Brensocatib (Insmed Inc.)，正在进行非囊性纤维化支气管扩张的 3 期试验。新型 NETosis 抑制剂的开发将依赖于强大的高通量筛选试验来推进药物发现。为此，开发了使用原代人中性粒细胞和分化 HL-60 (dHL60) 细胞的 NETosis 筛选试验。
II型超导体中的通量量化...
摘要。本演示文稿探讨了电流涡流支撑的磁性和电孔管的物理，在具有超导状态的冷凝物质中，玻色子电荷载体在没有电阻的情况下流动。起点是玻色子波函数满足相对论量子力学的klein-gordon方程。接下来，假定超导介质内的电磁场服从用几何代数和微积分表达的绝对麦克斯韦方程，并结合了电或假设的磁电流。最后，计算的基本定理以两种形式使用来检查漏斗管，第一个在电气超导体中，然后在假设的磁性超导体中。几何代数和微积分能够对分析及其从三个空间维度进行一致的处理。
rosettearray平台用于定量高通量...
RosetteArray ® Platform for Quantitative High-Throughput Screening of Human Neurodevelopmental Risk Brady F. Lundin 1,2,3,* , Gavin T. Knight 3,4,* , Nikolai J. Fedorchak 4 , Kevin Krucki 4 , Nisha Iyer 1,3 , Jack E. Maher 3 , Nicholas R. Izban 3 , Abilene Roberts 3 , Madeline R. Cicero 3，Joshua F. Robinson 5，Bermans J. Iskandar 6，Rebecca Willett 4,7和Randolph S. Ashton和Randolph S. Ashton 1,3,4,8 1生物医学工程系，威斯康星州麦迪逊，麦迪逊大学，威斯康星州麦迪逊大学，美国威斯康星州53705，美国23705，美国2 Wisconsin Institute for Discovery, University of Wisconsin-Madison, Madison, WI 53715, USA 4 Neurosetta LLC, 330 N. Orchard Street Rm 4140A, Madison, WI 53715 USA 5 Center of Reproductive Sciences, Department of Obstetrics, Gynecology and Reproductive Sciences, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94143, USA 6 Department of Neurological Surgery, University of Wisconsin-Madison, School of Medicine and Public Health, Madison, WI 53705, USA 7 Departments of Statistics and Computer Science, University of Chicago, Chicago, IL 60637, USA 8 Lead Contact, correspondence: rashton2@wisc.edu *Equal contribution SUMMARY Neural organoids have revolutionized how human neurodevelopmental disorders (NDDs) are研究。然而，它们用于筛选复杂的NDD病因和药物发现的效用受到缺乏可扩展和可量化的推导格式的限制。在这里，我们描述了Rosettearray®
Physiofit：量化细胞生长参数和细胞外通量的软件
摘要摘要：生长参数和细胞外摄取和生产通量的量化是系统和合成生物学的核心。通量，通过拟合细胞和细胞外底物和产物的浓度的时间顺序测量。非计算生物学家可以使用一种工具来计算细胞外通量，但几乎无法互操作，并且仅限于单个硬编码的生长模型。我们介绍了我们的开源通量计算软件Physiofit，可以与任何增长模型一起使用，并且可以通过设计可互操作。Physiofit包括一些最常见的增长模型，高级用户可以实施其他模型来计算遵循替代动力学的代谢系统或实验设置的细胞外通量和其他增长参数。Physiofit可用作Python库，并提供图形用户界面，以直观使用最终用户和命令行界面，以简化现有管道中的集成。可用性和实现：Physiofit在Python 3中实现，并在Windows，Unix和MacOS平台上进行了测试。Physiofit也可以在https://workflow4metabolomics.org上在线免费获得。源代码，数据和文档是在https://github.com/metasys-lisbp/physiofit/和https://physiofit.readthedocs.io/上自由分布的。
对光伏应用的低班带有机半导体的高通量筛选：在搜索相关性
材料综合，形态控制和设备工程已将PCE推向了19％以上的单连接设备，而串联配置的PCE超过20％。[5 - 8]关键的发展是非富裕受体（NFAS）的持续进展。特定的，低于1.6 eV的典型光学带隙（E G）的低带隙材料可以增强太阳光利用率：AM 1.5G太阳能光谱的光线分配使约51％的太阳能光子光子在近交易所区域（NIR）区域中发现。[9]此外，在这些材料中发现了其他吸引人的物理特性，包括强偶极矩和低激子结合能。[10]这些在NIR地区吸收的低频带NFA吸引了许多新兴的PV技术的兴趣。它们已在半透明的OPV中广泛用于各种应用，包括Agrivoltaics，电力生成窗户，热绝缘，磨损电子设备和建筑物集成的PV。[9,11,12]此外，它们将吸收范围扩展到NIR光谱的能力已在串联OPV中，[13-16] Ternary opvs，[17-19]和nir-absorting有机光探测器。[20 - 23]
高通量体内筛选确定了通过给药途径
摘要：通过细胞内递送核苷修饰的mRNA向免疫细胞进行免疫调节是一种有吸引力的体内免疫工程学方法，并在传染病，癌症免疫疗法及其他地区应用。脂质纳米颗粒（LNP）已成为一个有前途的核酸输送平台，但LNP设计标准的定义较差，从而使LNP发现筛选过程的限制限制步骤。在这项研究中，我们采用了基于分子条形码的体内LNP筛查中的高通量，以研究LNP组成对免疫tropismism的影响，并在疫苗和全身免疫疗法中应用。在两个肌内（I.M.）和静脉内（i.v.）注射，我们观察到了两种给药途径的免疫种群对LNP吸收的不同影响，从而了解了对体内免疫工程的LNP设计标准的见解。在验证研究中，I.M.的铅LNP公式 给药显示出比使用临床标准脂质Dlin-MC3-DMA（MC3）配制的LNP的脾脏和排水淋巴结的大量mRNA翻译。 i.v.的铅LNP配方 给药显示出在脾脏和外围血液中的有效免疫转染，其中一个铅LNP显示出脾树突状细胞的大量转染，另一种诱导了循环单核细胞的大量转染。在验证研究中，I.M.的铅LNP公式给药显示出比使用临床标准脂质Dlin-MC3-DMA（MC3）配制的LNP的脾脏和排水淋巴结的大量mRNA翻译。i.v.的铅LNP配方给药显示出在脾脏和外围血液中的有效免疫转染，其中一个铅LNP显示出脾树突状细胞的大量转染，另一种诱导了循环单核细胞的大量转染。总的来说，通过体内高通量筛查确定的免疫型LNP对本地和全身传递的mRNA都表现出显着的希望，并证实了从我们的筛选过程中收集的LNP设计标准的价值，该筛选过程
将TMTPRO试剂扩展到32-PLEX，用于Orbitrap平台上的高通量定量蛋白质组学
Thermo Scientific™TMTPRO试剂使研究人员能够在单个LC-MS/MS实验中同时识别和量化许多样品中的蛋白质和肽。当前的TMTPRO同质质量标签结合了13 C＆15 N稳定的同位素，以通过高分辨率MS/MS分析并行对多达18个样品进行定量分析。为了进一步提高多路复用能力，我们开发了17种同位素的同型同位同位素集，该集合在记者组上包含一个2 h同位素，以产生不同的记者离子质量，与3 MDA的现有集合不同。与传统的试剂集合结合使用，氘化试剂可以对Thermo Scientific™Orbitrap平台上多达35个样品进行多重定量分析。在这里，我们表征了新型的TMTPRO变体，并评估了它们的32个PLEX定量的性能。
通过结合机器学习和超高通量筛选
优化酶在新型化学环境中起作用是合成生物学的核心目标，但通常会因崎,、膨胀的蛋白质搜索空间和昂贵的实验而阻碍优化。在这项工作中，我们提出了电信，这是一种将进化和实验数据融合到设计多种蛋白质变体文库的ML框架，并采用它来改善核酸酶酶的催化活性，从而降解在慢性伤口上积累的生物膜。在使用触觉和标准定向进化（DE）方法的多轮高通量实验（并行）之后，我们发现我们的方法发现，与DE相比，最高表现的酶变体明显更好，在发现多样化的高级活动性变体方面具有更好的命中率，甚至无法使用高强度的初始实验数据来设计高度，甚至能够设计出高度的初始实验数据。我们发布了一个55K核酸酶变体的数据集，这是迄今为止最广泛的基因型 - 表型酶活性景观之一，以推动ML引导设计的进一步进展。