Erin Hassett 1,Gil Bohrer 2,Lauren Kinsman-Costello 3,Yvette Onyango 2,Talia Pope 3,Chelsea 3 Smith 3,Justine Missik 2,Erin Eberhard 3,Jorge Villa 4,Jorge Villa 4,Steven E. McMurray 5,Tim Morin 1,Tim Morin 1 4 5 >
b'靶标发现对于药物开发至关重要,尤其是对于复杂的慢性疾病。高通量技术的最新进展和生物医学数据的爆炸式增长凸显了计算药物可药性预测方法的潜力。然而,大多数当前方法依赖于基于序列的特征和机器学习,这通常面临与手工制作的特征、可重复性和可访问性相关的挑战。此外,原始序列和蛋白质结构的潜力尚未得到充分研究。在这里,我们使用深度学习技术利用蛋白质序列和结构,揭示蛋白质序列,特别是预训练的嵌入,比蛋白质结构更具信息量。接下来,我们开发了 DrugTar,这是一种高性能深度学习算法,将来自 ESM-2 预训练蛋白质语言模型的序列嵌入与蛋白质本体相结合以预测药物可药性。DrugTar 实现了曲线下面积和精确召回曲线值高于 0.90,优于最先进的方法。总之,DrugTar 简化了靶标发现,这是开发新型疗法的瓶颈。'
cu:0≤x≤2000sb:0≤y≤2000s:0≤z≤2000cu≤s/4 x+y+z = 2000旋转速度:2500-4000退火:空气中的150 o c或200 o c in Vacuum Furnace
高通量测序 (HTS),也称为下一代测序 (NGS) 或深度测序,是自 20 世纪 80 年代初 PCR 方法问世以来分子诊断领域最重大的进展之一。HTS 可以检测出样品中存在的任何生物的核酸,而无需事先了解样品的植物检疫状况(Hadidi 等人,2016 年;Massart 等人,2014 年)。HTS 可用于有针对性地检测限定害虫,还可以帮助识别导致新疾病或病因不明的害虫,这些害虫可能对植物健康构成潜在威胁(Aritua 等人,2015 年;Barba 等人,2014 年;Malapi-Wight 等人,2016 年;Maliogka 等人,2018 年)。如前所述(Olmos 等人,2018),HTS 技术为常规诊断开辟了新的可能性和机会,可用于(a)通过监测计划了解某个地区有害生物的状况,(b)认证核种群和植物繁殖材料,(c)(入境后)检疫检测以防止有害生物进入某个国家或地区,以及(d)监测进口商品是否存在新的潜在风险。在 HTS 中,目标生物可以是一种或多种变体、物种,
前糖尿病。此阶段代表异常的葡萄糖代谢状态,属于正常葡萄糖对糖尿病的耐受性[3]。从糖尿病前期到糖尿病的年度过渡率预计约为5-10%[3]。非常重要的是,预测表明,到2030年,受糖尿病前期影响的个人人数将达到近4.7亿[3]。研究结果表明,糖尿病前期可能导致各种并发症,包括心血管疾病(CVD),糖尿病性视网膜病,神经病和肾脏病[4-7]。糖尿病前和糖尿病的发生率上升给医疗体系,家庭和整个社会带来了重大的经济负担。因此,对糖尿病前和糖尿病的危险因素的早期鉴定和减轻危害对于有效预防和减轻疾病负担很重要。
气候变化将对主食(主要或孤儿)作物的产量和营养质量产生负面影响。此外,气候现象(频率、强度)的不确定性使得加快开发适应新条件的品种至关重要(Owino 等人,2022 年)。GWAS(全基因组关联研究)和 GS(基因组选择)是研究标记-性状关联并减少育种时间和成本的有效方法。然而,这些方法的效率受到遗传力和遗传结构的影响,而且它们并不总是完全成功。因此,需要新的方法来补充这些方法并在更短的时间内实现目标。高通量技术的快速发展为开发新的植物育种替代方案提供了机会。例如,越来越多的证据表明组学数据提高了基因组预测的性能。此外,将基因组和功能组学数据与遗传和表型信息相结合可以发现负责关键农学表型的基因和途径。上述方法产生的大量数据主要通过机器学习和深度学习等新兴分支与表型相关联。该学科可以处理数据的维度和复杂性,将生物学知识和组学数据转化为精确设计的植物育种(尽管这项任务并不总是能够实时解决)。本研究主题中提出的工作涵盖了应对气候变化带来的挑战的广泛解决方案,我们相信它们将对该领域的研究人员有所帮助。栽培马铃薯(Solanum tuberosum)对干旱的敏感性对种植者构成了重大挑战,尤其是在气候变化和干旱事件发生频率不断增加的背景下。Fofana 等人评估了一组 384 个乙基
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湿的草原对于水和养分调节至关重要,其特征是不同的水,碳(C)和氮(N)动力学及其相互作用。由于其浅地下水桌,湿的草原促进了各种植被和土壤水之间的牢固相互联系。研究人员使用各种模拟模型研究了湿草地如何对环境变化的反应,以了解这些地点如何对水,C和N动力学贡献。然而,仍然缺乏对所有这三种动态的全面,同时研究。这项研究利用了具有不同管理的地下水水平的草原溶液仪研究,并采用基于过程的氮和碳动力学模型,以模拟这些动力学。通过使用斑点(统计参数优化工具)来优化相关参数,我们发现莫妮卡在模拟植被生长(地上生物量)和水的元素(蒸发)(蒸发性),C(总生产率,生态系统呼吸)和NITRISS nIrsrate nIrmass in nIrmass in Nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys nitrys n nitrys n nitrys n nitrys n nitrys n Nitmote nistrantranse nistrantransive(蒸发)协议的精致指数始终大于0.35。这种准确性表明,莫妮卡准备应用于地下水管理和气候变化的场景,以评估其影响
我们感谢 Ciernia 实验室和 Pavlidis 实验室成员在整个项目过程中的实验室会议上提供的周到反馈和建议。我们还要感谢 Wai Hang (Tom) Cheng,他的帮助对于学习如何在 Axioscan 幻灯片扫描仪上成像以及开始进行小胶质细胞形态分析至关重要;Nicholas Michelson,他的帮助对于在 ImageJ 中排除 MicrogliaMorphology 各种特征的代码故障非常有帮助;以及 Dylan Terstege,他在发布之前慷慨地提供了用于 FASTMAP 对齐 Allen Brain Atlas 的材料。我们还要感谢 Brian MacVicar 博士与我们分享他实验室的 Cx3cr1- GFP 小鼠,我们将其用于 2xLPS 体内实验。我们感谢通过 Dynamic Brain 提供的资源
遗传多样性的宿主范围(1,3)。 卵巢支原体的遗传多样性含量很高,表明它们是重要的储层和感染来源的作用,而在BHS中,它很低,表明溢出物是主要的传输来源(1)。 的确,来自多层次序列分型(MLST)序列对祖先序列的状态重建证实了家用绵羊作为BHS的主要感染来源,强调了菌株键入对映射传输动力学的重要性(4)。 在BHS中,最初发生致命支气管瘤的爆发通常是在羔羊中反复发生的致命爆发。 在初始溢出后的2到15年观察到了反复爆发(2,5 - 7)。 最近的证据表明,可能没有跨支架免疫,使存活的动物容易感染(4,8)。 为了减少溢出事件的可能性,联邦和州机构实施了针对国内和野羊的空间分离的政策(9)。 最近在美国西部和加拿大进行了增加的采样工作,以发现10个州和三个省份的Ovipneumoniae大分枝杆菌的流行率(10)。遗传多样性的宿主范围(1,3)。卵巢支原体的遗传多样性含量很高,表明它们是重要的储层和感染来源的作用,而在BHS中,它很低,表明溢出物是主要的传输来源(1)。的确,来自多层次序列分型(MLST)序列对祖先序列的状态重建证实了家用绵羊作为BHS的主要感染来源,强调了菌株键入对映射传输动力学的重要性(4)。在BHS中,最初发生致命支气管瘤的爆发通常是在羔羊中反复发生的致命爆发。在初始溢出后的2到15年观察到了反复爆发(2,5 - 7)。最近的证据表明,可能没有跨支架免疫,使存活的动物容易感染(4,8)。为了减少溢出事件的可能性,联邦和州机构实施了针对国内和野羊的空间分离的政策(9)。最近在美国西部和加拿大进行了增加的采样工作,以发现10个州和三个省份的Ovipneumoniae大分枝杆菌的流行率(10)。