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摘要摘要：生长参数和细胞外摄取和生产通量的量化是系统和合成生物学的核心。通量，通过拟合细胞和细胞外底物和产物的浓度的时间顺序测量。非计算生物学家可以使用一种工具来计算细胞外通量，但几乎无法互操作，并且仅限于单个硬编码的生长模型。我们介绍了我们的开源通量计算软件Physiofit，可以与任何增长模型一起使用，并且可以通过设计可互操作。Physiofit包括一些最常见的增长模型，高级用户可以实施其他模型来计算遵循替代动力学的代谢系统或实验设置的细胞外通量和其他增长参数。Physiofit可用作Python库，并提供图形用户界面，以直观使用最终用户和命令行界面，以简化现有管道中的集成。可用性和实现：Physiofit在Python 3中实现，并在Windows，Unix和MacOS平台上进行了测试。Physiofit也可以在https://workflow4metabolomics.org上在线免费获得。源代码，数据和文档是在https://github.com/metasys-lisbp/physiofit/和https://physiofit.readthedocs.io/上自由分布的。
Physiofit：量化细胞生长参数和细胞外通量的软件
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