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高效 CRISPR 介导的轮虫基因编辑技术的发展
。CC-BY 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 10 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.10.25.513809 doi：bioRxiv 预印本
生物弦：高效操纵生物弦
查找回文..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................11 GENETIC_CODE....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................14 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.................................................................................................................................................................................................................................................................. 23 longestConsecutive .................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 lowlevel-matching .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 MaskedXString-class .................................................................................................................................................................. . ... ................. ... . . . 47 matchPDict-inexact . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . . . . . . . . . 67 removed_to_pwalign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 MultipleAlignment-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 needwunsQS . . . . . . . . . . . . . . . ... ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................81 pmatchPattern ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................85 preset_scoring_matrices ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................86 QualityScaledXStringSet 类。..................................................................................................................................................................................................................................................................................86 replaceAt ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................89 replaceLetterAt ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................93 reverse Complement .. ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................95 RNAString 类 ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................97 seqinfo 方法 ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................97 seqinfo 方法 .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 99 至复杂 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 xscat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 XString 类 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108 XStringPartialMatches 类 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 XStringQuality-类. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 XStringSet-类. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113 XStringSet-比较. . . . . . . . . . . . . . . . . ..................................................................................................................................................................................................119 XStringSet-io ........................................................................................................................................................................................................................................122 XStringSetList-class ........................................................................................................................................................................................................................................................129..................................................................................................................................................................................119 XStringSet-io ........................................................................................................................................................................................................................122 XStringSetList-类 ........................................................................................................................................................................................................................................129..................................................................................................................................................................................119 XStringSet-io ........................................................................................................................................................................................................................122 XStringSetList-类 ........................................................................................................................................................................................................................................129
简单的电穿孔即可在小鼠受精卵中实现高效的 CRISPR/Cas9 基因组编辑
受精卵电穿孔是小鼠中 CRISPR/Cas9 介导的基因组编辑中复杂的原核注射程序的快速替代方法。然而，目前的电穿孔方案要么需要投资专门的电穿孔仪，要么需要对受精卵进行腐蚀性预处理，这会损害胚胎的活力。在这里，我们描述了一种易于适应的方法，通过使用带有合成 CRISPR/Cas9 组件的普通电穿孔仪对完整的受精卵进行电穿孔，高效地在小鼠中引入特定突变，并且技术要求最低。该方案可有效处理来自各种遗传背景的受精卵，并与其他 CRISPR 核酸酶（如 Cas12a）兼容。
噪声量子电路高效模拟博士后职位
我们正在寻找一名博士后，以开发基于超导电路的量子计算机中噪声过程的高效但现实的模拟算法。特别令人感兴趣的是考虑在量子误差校正稳定器代码或其他量子算法的背景下进行此类模拟，其中中间电路测量和量子比特重置很重要。这项工作预计将建立在现有框架的基础上，但重点是经典系统硬件感知加速技术，包括 CPU 并行性、卸载到 GPU 以及可能开发专用的基于 FPGA 的加速器。根据用例，应用范围可能从 Pauli 模拟到全密度矩阵模拟不等。针对内部构建的硬件（包括 25 量子比特芯片）调整真实的噪声模拟也有望成为该项目的一部分。
大肠杆菌高效生产功能性溶菌酶
摘要 Proaerolysin 是由嗜水气单胞菌产生的一种细菌毒素，它特异性地与质膜上的 GPI 锚定蛋白结合，形成跨膜孔，导致细胞在几个小时内死亡。利用这种独特的特性，proaerolysin 被广泛用于阵发性睡眠性血红蛋白尿症 (PNH) 的诊断测试，这是一种由 PIGA 基因体细胞突变引起的疾病，该基因参与 GPI 锚的生物合成。此外，proaerolysin 还可作为基因操作中的反选择剂。尽管之前已经报道过 proaerolysin 的细菌表达和纯化，但由于缺乏对蛋白质稳定性至关重要的内部二硫键，产量较低。在这里，我们证明使用 Shuffle E. coli 菌株（它促进细胞质中二硫键的形成）可显著提高 proaerolysin 的溶解度和正确折叠。我们实现了高产量的 proaerolysin，从 50 ml 细菌培养物中可获得约 3 mg，纯度超过 99%。通过在小鼠胚胎干细胞 (mESC) 中进行测试，证实了重组 proaerolysin 的功能性，表明这种高产量生产方法为广泛的生物技术应用提供了可靠且经济高效的功能性 proaerolysin 来源。
单人离子BAB三嵌段共聚物作为锂金属电池的高效电解质
电化学能源存储是本世纪的主要社会挑战之一。基于液体电解质的经典锂离子技术的性能在过去二十年中取得了巨大进步，但是液体电解质的内在不稳定导致安全问题。固体聚合物电解质将是解决这些安全问题，微型化和能量密度增强的完美解决方案。但是，与液体一样，锂离子携带的电荷比例很小（<20％），限制了功率性能。固体聚合物电解质在80℃下运行，导致机械性能差和有限的电化学稳定性窗口。在这里，我们描述了一种基于包含聚苯乙烯段的聚苯基块共聚物的多功能单离子聚合物电解质。它克服了上述大多数局限性，其锂离子传输数接近统一，出色的机械性能和跨越5 V与Li + / li的电化学稳定窗口。使用该聚电解质的原型电池优于基于聚合物电解质的常规电池。c
化脓性链球菌 Cas9 核糖核蛋白递送，用于在锥虫和利什曼原虫中进行高效、快速和无标记的基因编辑
图 1 布氏锥虫 PCF 中的 GFP 失活。（a）对组成性表达胞浆 eGFP 的布氏锥虫进行荧光流式细胞术分析。在用 20 μ g（无 Cas9、Cas9/gRNA GFP1、Cas9/gRNA GFP2、Cas9/gRNA GFP3）或 60 μ g（Cas9/gRNA GFP2）来自 IDT 的 RNP 复合物转染后 24 至 72 小时随时间监测 GFP 荧光，条形图显示用不同向导转染后 72 小时 GFP 阴性细胞的百分比（n = 3）。采用 Prism 软件进行统计分析，采用 t 检验（非配对、正态分布、参数检验和双尾）。显着性水平（p 值）用星号表示。 （b）上图显示了允许 e Sp Cas9 在大肠杆菌中表达的质粒的示意图。蓝色框表示蛋白质 N 端和 C 端的两个多组氨酸序列，红色框表示 TEV 和肠激酶 (EK) 蛋白酶的切割位点，灰色框表示三个核定位信号 (NLS)，黑色框表示 FLAG 表位的三个重复，橙色框表示 e Sp Cas9 编码序列。下图显示了在用来自 IDT 或实验室纯化 (Lab) 的 RNPs 复合物 (无 Cas9、20 μ g Cas9/gRNA GFP2、40 μ g Cas9/gRNA GFP2、40、60 和 80 μ g Cas9/gRNA GFP2) 转染后 72 小时监测的表达 GFP 的 T. brucei 的荧光流式细胞术分析。（c）不再表达 GFP 的克隆中 GFP 基因的一部分的序列比较。该序列仅显示 GFP2 向导 RNA 所针对的区域。灰色框（H1 和 H2）突出显示可能用于 MMEJ 修复的同源区域。由实验室纯化的 Cas9 失活产生的序列和来自商业 Cas9 的序列分别标记为 Lab 和 IDT。下面显示了 Dc6 和 Ba10 克隆的相应色谱图（置信区间 95%— p 值样式：0.1234 (ns)；0.0332 (*)；0.0021 (**)；0.0002 (***)；< 0.0001 (****)）。
通过腺嘌呤碱基编辑高效生成具有明确 FecBB 突变的绵羊
摘要 碱基编辑有可能改善农业中的重要经济性状，并且可以精确地将 DNA 或 RNA 序列中的单个核苷酸转换为最小的双链 DNA 断裂 (DSB)。腺嘌呤碱基编辑器 (ABE) 是最近出现的用于将目标 A:T 转换为 G:C 的碱基编辑工具，但尚未在绵羊身上使用。ABEmax 是 ABE 的最新版本之一，它由催化受损的核酸酶和实验室进化的 DNA 腺苷脱氨酶组成。骨形态发生蛋白受体 1B (BMPR1B) 基因中的 Booroola 繁殖力 (FecB B) 突变 (g.A746G, p.Q249R) 会影响许多绵羊品种的繁殖力。在本研究中，通过使用 ABEmax，我们成功获得了具有确定点突变的羔羊，这些突变导致氨基酸替换 (p.Gln249Arg)。在新生羔羊中，定义的点突变效率为 75%，因为六只羔羊在 FecB B 突变位点 (g.A746G, p.Q249R) 处为杂合子，两只羔羊为野生型。我们在八只经过编辑的羔羊中未检测到脱靶突变。在此，我们报告了由 ABE 生成的首只基因编辑绵羊的验证，并强调了其改善牲畜经济重要性状的潜力。
有机孔传输层，可高效，稳定和可扩展的钙钛矿太阳能电池
本文已被接受以进行出版和进行完整的同行评审，但并未通过复制，排版，分页和校对过程，这可能会导致此版本与记录版本之间的差异。请引用本文为doi：10.1002/adma.202203794。