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鸟类肠道菌群一直是最近关注的主题,对诸如家禽行业,微生物生态学和保护等各种领域的潜在影响。粪便微生物群经常用作肠道菌群的非侵入性代理,但是从鸟类粪便中提取高质量的微生物DNA经常被证明具有挑战性。在这里,我们旨在评估两种DNA保存方法(95%乙醇和rnalater)和五种提取方法(Indispin病原体试剂盒,Qiaamp PowerFecal ProFecal Pro DNA Kit,Microgem Prepgem Prepgem细菌试剂盒,Zymbobiommics DNA Miniprep Kit和In Bane In In Base AVA AVA)用于研究。对这些方法对来自最初三种禽类(鸡,鸵鸟和无飞行parrotkākāpō)的粪便样品的功效的系统测试发现,提取的DNA的质量,数量和完整性在提取的DNA的质量,数量和完整性上存在实质性差异,但对16S rRNA Gene基于基于基于的RRNA Gene Microbobiota profiles的质量,数量和完整性却微不足道。随后在10种系统发育和生态上多样化的鸟类物种上选择了保存和提取方法的选定组合,重申了所选方法的疗效,细菌群落结构通过技术复制的特定禽类强烈聚集。我们发现,提取功效的明显差异似乎不会影响16S基因基因的细菌群体概况,为正在进行的对鸟类肠道微生物群的研究奠定了重要的基础。
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