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基于CRISPR的基因编辑鲍曼尼（Baumannii
摘要：抗菌素抵抗（AMR）在全球范围内对健康，社会，环境和经济部门构成了显着威胁，并且需要认真关注解决这一问题。鲍曼尼氏杆菌在传染性细菌中被赋予了头等大事，因为它几乎对所有抗生素类别和治疗选择都具有广泛的耐药性。耐碳青霉苯甲酸杆菌的baumannii被分类为世界卫生组织（WHO）优先级的抗生素耐药菌细菌的重点清单之一。尽管可用的遗传操纵方法在鲍曼尼曲霉的实验室菌株中取得了成功，但在新获得的临床菌株中使用时，它们受到限制，因为这种菌株的AMR水平高于用于选择它们进行基因操作的AMR。最近，CRISPR-CAS（群集定期间隔短的短粒子重复序列/CRISPR相关蛋白）系统已成为基因组编辑的最有效，最有效，最精确的方法之一，并提供了靶标针对AMR基因在特定的细菌菌株中的AMR基因。基于CRISPR的基因组编辑已成功应用于各种细菌菌株中以对抗AMR。但是，在鲍曼曼尼（A. Baumannii）中尚未广泛探索该策略。本评论提供了详细的见解，了解CRISPR-CAS使用对A. Baumannii中与AMR相关的基因操纵的进度，现有情况和未来潜力。
利用人工智能发现抗生素用于治疗鲍曼不动杆菌感染
摘要 多重耐药性鲍曼不动杆菌感染带来的全球挑战刺激了新治疗策略的发展。我们报道外膜蛋白 W（OmpW）是鲍曼不动杆菌的潜在治疗靶点。本文使用从 ChEMBL 数据集生成的定量结构-活性关系 (QSAR) 模型对 11,648 种天然化合物库进行初步筛选，该数据集包含 >7,000 种化合物，并报告了它们对鲍曼不动杆菌的最低抑菌浓度 (MIC) 值，然后对 OmpW 进行基于结构的虚拟筛选。进行了计算机药代动力学评估以评估这些化合物的药物相似性。发现排名最高的十种化合物的结合能量得分范围为 -7.8 至 -7.0 kcal/mol，其中大多数属于姜黄素类化合物。为了验证这些发现，我们使用微量稀释和时间-杀灭曲线测定法，对一种表现出良好结合稳定性和药代动力学特性的先导化合物——脱甲氧基姜黄素——进行了针对一组鲍曼不动杆菌菌株的测试，以确定其抗菌活性。为了验证该化合物是否与选定的靶标结合，研究了一种 OmpW 缺陷型突变体并将其与野生型进行了比较。我们的结果表明，脱甲氧基姜黄素单一疗法和与粘菌素联合使用对所有鲍曼不动杆菌菌株均有效。最后，发现该化合物可显著降低鲍曼不动杆菌与宿主细胞的相互作用，表明其具有抗毒力特性。总之，这项研究证明了机器学习是一种有前途的策略，可用于发现姜黄素类化合物作为对抗鲍曼不动杆菌感染的抗菌剂。
氨基酸竞争形状的鲍曼尼杆菌肠道肠道
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本于2024年10月19日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.10.19.619093 doi：Biorxiv Preprint
肽聚糖编辑在细菌战中为鲍曼不动杆菌提供免疫力
肽聚糖 (PG) 在大多数细菌中是必需的。因此，它经常成为各种攻击的目标，包括通过 VI 型分泌系统 (T6SS) 的细菌间攻击。本文中，我们报告了革兰氏阴性细菌鲍曼不动杆菌菌株 ATCC 17978 在稳定期产生、分泌并将非规范 d -氨基酸 d -赖氨酸掺入其 PG 中。我们表明，PG 编辑通过提供针对各种细菌竞争对手的肽聚糖靶向 T6SS 效应物的免疫力，提高了鲍曼不动杆菌在细菌战中的竞争力。相反，我们发现 d -Lys 的产生不利于致病机制，至少部分原因是人类酶 d -氨基酸氧化酶 (DAO) 的活性，它会降解 d -Lys 并产生对细菌有毒的 H 2 O 2。系统发育分析表明，鲍曼不动杆菌的最后共同祖先具有产生 d -Lys 的能力。然而，这种特性已独立丧失多次，可能反映了鲍曼不动杆菌作为人类病原体的进化。
鲍曼不动杆菌 ST374 的基因组见解揭示了广泛且不断增加的耐药组和病毒组
基于 WGS 的监测大大提高了追踪临床相关病原体多药耐药克隆的全球传播和出现的能力。在本研究中，我们对属于序列类型 ST374 的鲍曼不动杆菌 (菌株 Ac56) 进行了基因组表征和比较分析，该菌株于 1996 年首次在巴西分离。Ac56 的基因组分析预测了总共 5373 个基因，其中 3012 个基因在来自欧洲、亚洲、北美和南美国家的 ST374 鲍曼不动杆菌分离株的九个基因组中是相同的。GoeBURST 分析将 ST374 谱系分为克隆复合体 CC3（国际克隆 IC-III）。ST374 克隆的抗性基因组分析预测了与重金属和临床相关的 β-内酰胺类和氨基糖苷类抗生素耐药性相关的基因。在这方面，在两种密切相关的鲍曼不动杆菌菌株中，内在的 bla ADC 基因与插入序列 IS Aba1 相关；包括 Ac56 菌株，该基因可能与对美罗培南的中等敏感性相关。其他四种耐卡巴培南的鲍曼不动杆菌菌株携带 IS Aba1/bla OXA-23 基因阵列，该基因阵列与转座子 Tn 2008 或 AbaR4 型耐药岛中的 Tn 2006 相关。虽然 ST374 的鲍曼不动杆菌菌株大多数毒力基因是相同的，但来自泰国的三种分离株含有 KL49 荚膜基因座，该基因座先前在高毒力鲍曼不动杆菌 LAC-4 菌株中发现。对三十四种预测质粒的分析显示八个主要组，其中 GR-6（LN − 1）和 GR-2（LN − 2）占主导地位。所有菌株（包括最早的分离株 Ac56）都含有至少一个完整的原噬菌体，但未检测到任何 CRISPR 相关 (cas) 基因。总之，A. baumannii ST374 的基因组数据显示该谱系有潜力成为成功的克隆。
通过计算机驱动的化学基因组学再利用发现针对鲍曼不动杆菌的新型抗菌候选药物
鲍曼不动杆菌是一种世界范围内分布的高耐药率革兰氏阴性细菌，是造成多种医院内感染的元凶。我们应用计算化学基因组学框架来研究将已获批准的药物重新用于治疗鲍曼不动杆菌。这种综合方法包括汇编和准备蛋白质组学数据、识别药物-靶标数据库中的同源蛋白、评估靶标的进化保守性、进行分子对接研究和体外试验。我们选取了七种药物进行实验测定。其中，他伐硼罗表现出最有希望的抗菌活性，最低抑菌浓度 (MIC) 值为 2 μ g/ml，对几种临床相关菌株具有强效活性，在 16 μ g/ml 浓度下对多重耐药菌株的生物膜具有强大的功效。分子对接研究阐明了他伐硼罗在亮氨酰-tRNA 合成酶的编辑和活性域中的结合模式，从而深入了解了其抗菌活性的结构基础。他伐硼罗有望成为一种对抗鲍曼不动杆菌感染的抗菌剂，值得在临床前研究中进一步研究。
多重RPA和CRISPR-CAS12A系统，用于快速且具有成本效益的抗碳青霉苯甲酸杆菌baumannii
（Fursova等，2023），菌血症（Hong等，2023; Nutman等，2023）和与呼吸机相关的肺炎（Riddles and Judge，2023）。值得注意的是，鲍曼尼曲霉最常见于重症监护病房（ICU）和重症患者，在这些患者中，感染对器官衰竭和脓毒症产生了显着贡献，代表了患者死亡的主要原因（Blanco等，2018; Seok等，2021）。碳青霉烯类历史上一直是控制A. baumannii感染的一线药物。然而，在过去的几十年中，这类药物的广泛使用，再加上鲍曼尼a。baumannii的内在耐药性和获得的抗药性特征，从而导致了受碳苯二甲酸苯甲酸甲抗体引起的感染的升级，这是由碳苯二甲酸苯丙胺的抗苯甲酸抗菌素（crab）（crab）（Raible等，2017年）。这种抗性特征表现出广泛的抗菌耐药性，进一步提高了其发病率和死亡率（Hamidian and Nigro，2019年）。目前，只有有限数量的药物，例如多粘蛋白和Tigecycline，可用于管理感染（Abdul-Mutakabbir等人，2021年）。螃蟹在世界卫生组织的病原体优先级清单中持有“优先级1：批判性”的名称，这表示对全球公共卫生的严重威胁（Tacconelli等，2018）。在马里兰州进行的一项调查，涉及482例机械通风患者的调查显示，鲍曼尼a。30.7％的感染率为30.7％，螃蟹占88例（59.5％）（Harris等，2023）。此外，一项调查报告了几乎所有临床或非临床蟹阳性患者的环境中的螃蟹载荷类似（Schechner等，2023）。因此，预防和控制螃蟹感染的及时有效策略对于限制其对医院获得的感染和死亡率的影响至关重要。
使用深度学习对心脏瓣膜疾病患者的血流进行建模：一种在临床常规中扩大诊断能力的计算有效方法
1家禽疾病研究所，兽医医学院，弗雷伊大学柏林，14163柏林，德国2伯林2兽医中心（TZR），弗雷伊大学柏林，柏林14163，柏林，德国柏林，德国3柏林3柏林柏林3研究院，柏林3伯林研究所，柏林研究所。科隆大学医学和大学医院科隆大学医学和卫生学院医学微生物学研究所，德国科隆50935； paul.higgins@uni-koeln.de 5德国感染研究中心（DZIF），合作伙伴站点Bonn-Cologne，50935德国科隆6号科隆6分子医学中心科隆，科隆大学医学院科隆大学，科隆大学，科隆大学，50935 Cologne，Cologne，Dermandecter，50935 Colorgne * socundere * sookence norker * socumenter * socundece：andrea.fessler nerrea.ferslin nernicnemitnectlin。
鲍曼不动杆菌对 d-甘露糖敏感的菌毛与生物膜形成和粘附在呼吸道上皮细胞上有关
摘要背景/目的：鲍曼不动杆菌是一种重要的院内病原体。为了更好地了解鲍曼不动杆菌 CsuA/BABCDE 菌毛在毒力中的作用，进行了细菌生物膜形成、粘附和碳水化合物介导的抑制研究。方法：克隆鲍曼不动杆菌 ATCC17978 的 CsuA/BABCDE 菌毛产生操纵子（简称 Csu 菌毛），以分析非生物塑料平板上的生物膜形成、细菌对呼吸道上皮人 A549 细胞的粘附和碳水化合物介导的抑制。用于抑制生物膜形成和对 A549 细胞粘附的碳水化合物包括单糖、吡喃糖苷和甘露糖聚合物。结果：将鲍曼不动杆菌ATCC17978的Csu菌毛克隆表达到不产生菌毛的大肠杆菌JM109中，并将其敲除。在电镜和原子力显微镜下观察大肠杆菌JM109/rCsu菌毛产生克隆上重组Csu（rCsu）菌毛丰富，而Csu敲除的鲍曼不动杆菌ATCC17978
在鲍曼尼杆菌中描绘了针对GACS传感器激酶的免疫主导抗原疫苗肽：一种硅硅含量研究方法
结果：从137个表位中选择了最高分数的九种肽（20AA），并将五个肽视为抗原表位（E1 – E5）。E3作为有效抗原（得分：0.939537）和E1作为最佳疫苗候选者（得分：0.9803）。Solpro将所有表位视为可溶性肽。Protparam预测显示E3和E5作为稳定蛋白，保质期为3.5和1.9 h，具有负肉汁值。PSORTB服务器预测GACS蛋白序列作为细胞质膜蛋白的最终定位评分为7.88。IEDB保护分析显示，GACS序列中的100％保守序列，I类保护均为所有表位产生正值。聚类分析显示出很强的相互作用，并且与TLR-2最终检测到的E5的蛋白质肽相互作用是最佳相互作用的肽（H键= 14），其次是E3（H键= 12）。