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枯草芽孢杆菌的基因组编辑方法 - NSF-PAR
*通讯地址：密歇根大学分子、细胞和发育生物学系，密歇根州安娜堡 48109-1055，美国。电话：(734) 647-2016，传真：(734) 615-6337。电子邮件：lasimm@umich.edu
2023; 19（13）：4052-4060。 doi：10.7150/ijbs.80468评论看到SARS-COV-2和SARS-COV的T细胞免疫：相信面向表位的疫苗
截至2022年3月的引言，SARS冠状病毒2（SARS-COV-2）是2019年冠状病毒病的病因（Covid-19）（1）（1），已感染了超过4.5亿人，全世界造成了超过601万人死亡（2）。来自SARS-COV-1和MERS-COV候选疫苗的临床前开发数据有助于很大程度上消除了SARS-COV-2疫苗的初始探索步骤的需求，从而节省了相当大的时间（3）。到目前为止，WHO已发布了有关辉瑞-biontech，Moderna，Astrazeneca，Janssen Covid，Sinopharm和Sinovac疫苗的建议（https://wwwww.who.int/emergencies/disease/disease/diseases/diseases/diseases/dieseases/diseases/diesease/div>这些疫苗已得到世界卫生组织在世界各地的紧急用途的批准。截至2021年11月1日，全球服用了70.4亿剂疫苗，世界人口中有49.4％的人口至少接受了1剂Covid-19-19-19疫苗（4）。重要的是，SARS-COV-2继续发展。迄今为止，WHO已经确定了5种关注的变体（VOC），包括B.1.1.7（Alpha），B.1.351（Beta）（Beta），p.1（Gamma），B.1.617.2（delta）和最新的B.1.1.529（Omicron）。积累的证据表明，与原始循环菌株相比，VOC随着潜在改变的疾病表现而迅速传播（5-8）。据报道，多种SARS-COV-2变体可以通过抗体中和，从而导致疫苗突破感染（7，9-16）。因此，迫切需要制定替代免疫策略。
有效的大规模和无疤痕基因组工程可以构建和筛选枯草芽孢杆菌生物燃料过量生产
摘要：枯草芽孢杆菌是一种多功能的微生物细胞工厂，可以生产有价值的蛋白质和增值化学物质。长片段编辑技术对于加速细菌基因组工程以获得理想且遗传稳定的宿主菌株至关重要。在这里，我们开发了一种有效的CRISPR-CAS9方法，用于枯草芽孢杆菌基因组中的大规模和无疤痕基因组工程，该方法的阳性率为100％，最多可删除高达134.3 kb的DNA片段，是先前报告的3.5倍。还研究了使用异源NHEJ系统，线性供体DNA和各种供体DNA长度对工程效率的影响。然后将CRISPR-CAS9方法用于枯草芽孢杆菌基因组简化和一系列个体和累积的缺失突变体的构建，这些突变体进一步筛选了新一代生物燃料的异丁醇过度生产剂。这些结果表明该方法是一种强大的基因组工程工具，用于构建和筛选具有增强功能的工程宿主菌株，突出了合成生物学和代谢工程的潜力。
评估炭疽疫苗对伊朗绵羊、山羊和豚鼠土壤中分离的高毒力炭疽杆菌菌株的攻击效果
糖皮质激素具有广泛的药理活性。一般而言，类固醇药物，例如地塞米松 (DEX)，会对不同器官的组织学产生严重的副作用。事实上，糖皮质激素被称为是能够治愈炎症并与免疫系统协同作用以治疗多种健康问题的强效药物。因此，本研究旨在调查 DEX 对肝脏和肾脏组织学变化以及血液生化参数的影响。总共将 13 只无特定病原体的雄性 Lepus cuniculus 兔子随机分成三组，年龄 8-10 月龄，平均体重为 1.12±0.13 公斤。第一组 (n=3) 未接受 DEX，仅接受生理盐水作为安慰剂（对照组）。第 II 组（n=5）动物接受 0.25 mg DEX/kg 体重/天，共治疗 56 天，第 III 组（n=5）动物接受 0.5 mg DEX/kg 体重/天，共治疗 56 天。从兔子耳缘静脉抽取血液。所有血液样本以 3000×g 离心 10 分钟，分离血清样本。测定血脂和微量元素（锌、铜、钙和铁）。通过观察组织的组织学变化对肝脏和肾脏组织进行显微镜分析。结果显示，身体和器官重量以及血清中微量元素的浓度显著（P ≤0.05）下降。另一方面，脂质谱显示胆固醇、甘油三酯和低密度脂蛋白显著增加（P ≤0.05）。然而，与对照组相比，两个 DEX 治疗组的高密度脂蛋白均显著下降。组织学评估结果显示，治疗组的肾脏和肝脏组织出现一定程度的变性、坏死、细胞空泡和淋巴细胞浸润。关键词：地塞米松、必需矿物质、组织学、脂质谱
欧洲的能量和发射效率的演变...
近年来，通过生物合成方法生产营养化合物。例如，从枯草芽孢杆菌（枯草芽孢杆菌）生物合成的梅纳金酮7（MK-7），一种维生素K2的亚型，被证明比常规化学合成技术更有效地产生。这是由于生物合成阶段中枯草芽孢杆菌作为底盘细胞的发展而有可能的。因此，必须提供有关枯草芽孢杆菌膜渗透性修饰，生物纤维反应器和发酵优化作为与MK-7产生相关的先进技术的见解。尽管传统的同源重组基因编辑方法改善了生物合成途径，但CRISPR-CAS9可能会解决传统基因组编辑技术的缺点。由于这些原因，未来的研究应探讨MK-7合成途径中CRISPRI（CRISPR干扰）和CRISPRA（CRISPR激活）系统基因编辑工具的应用。
孢子形成对于与植物相关的人类病原体蜡状芽孢杆菌的生命周期而言是可有可无的
蜡状芽孢杆菌是一种常见的食源性病原体，是人类食物中毒的重要原因。蜡状芽孢杆菌引起的疾病通常表现出两种主要症状，即呕吐或腹泻，具体取决于产生的毒素。据推测，在摄入受污染的蔬菜或加工食品后，产肠毒素的蜡状芽孢杆菌孢子会到达肠道，在那里发芽并产生导致食物中毒的肠毒素。在我们的研究中，我们观察到，孢子形成是蜡状芽孢杆菌在叶子中生存所必需的，但在即食蔬菜（如菊苣）中是可有可无的。我们证明，最初在孢子形成方面受损但在生物膜形成方面没有受损的蜡状芽孢杆菌营养细胞能够到达肠道并在小鼠模型中引起严重疾病。此外，我们的研究结果
抗生素使用与免疫检查点抑制剂疗法之间没有有害的关联：一项观察队列研究，比较了ICI治疗和TKI治疗的黑色素瘤和NSCLC的患者
抽象的背景肿瘤内BCG治疗是最早的免疫疗法之一，可导致免疫细胞浸润到治疗的肿瘤中。然而，肿瘤微环境中BCG诱导的肿瘤特异性T细胞数量的增加可能导致治疗作用增强。方法，我们已经开发了一种基于BCG的新型癌症疫苗平台，可以将BCG诱导的免疫反应扩展到包括肿瘤抗原。通过将肿瘤特异性肽物理连接到分枝杆菌外膜上，我们能够诱导强大的全身和肿瘤内T细胞特异性免疫反应对附着的肿瘤抗原。这些治疗肽可以使用与肿瘤特异性肽融合的聚丝氨酸序列N末端有效地连接到分枝杆菌外膜。使用两种小鼠黑色素瘤模型和一个结直肠癌的小鼠模型的结果，我们观察到，可以通过将BCG涂有肿瘤特异性肽来改善BCG的抗肿瘤免疫反应。此外，通过将这种新型的癌症疫苗平台与反编程死亡1（抗PD-1）免疫检查点抑制剂（ICI）治疗相结合，对抗PD-1免疫疗法的响应者的数量显着增加。结论本研究表明，可以通过将细菌与改良的肿瘤特异性肽涂层来改善肿瘤内BCG免疫疗法。此外，这种改善的BCG免疫疗法可以与ICI治疗相结合，以获得增强的肿瘤生长控制。这些结果需要对这个新型癌症疫苗平台的临床测试。
枯草芽孢杆菌的CRISPR-Cas9工程的简化方法
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2021年7月1日。; https：//doi.org/10.1101/2021.06.29.450457 doi：biorxiv Preprint
Bacillus Calmette-Guerin疫苗和膀胱癌...
南美和东亚继续对结核病接种疫苗，而其他国家仅依靠仅对高风险群体的靶向疫苗接种（5-7）。 超过30年； BCG材料在尿道切除术（TUR）（8，9）后，还可以作为治疗非肌肉泌尿膀胱癌（NMIBC）的标准术中免疫疗法（NMIBC）。 这种NMIBC的合并方法为迄今为止为膀胱癌提供了最成功的治疗方法（8、10）。 过去，对BCG疫苗进行了抗癌特性检查，直到今天才尚不清楚。 然而，据推测，BCG通过其在泌尿膀胱内上肾上腺免疫学细胞因子表达的能力并诱导训练有素的免疫原理膜的形式（11）具有抗肿瘤特性（11）。 目前，膀胱肿瘤仍然是世界上最常见的十大癌症（12）。 此外，在过去的二十年中，膀胱癌的发病率一直在增加，膀胱癌的发生率在第一个世界国家 /地区较高（13）。 在这些国家中，结核病疫苗接种计划已经停止或针对高风险个体，包括来自TB流行地区的批准，以及在高度拥挤的条件下居住的一些人口（4-6）。 与TUR结合使用时，BCG在防止NMIBC复发中的作用是良好的护理和标准的。 本范围的文献综述总结了目前对膀胱癌与BCG疫苗接种之间联系的已知内容，以及以前的BCG免疫是否具有以后生命中膀胱癌发展的任何保护机制。南美和东亚继续对结核病接种疫苗，而其他国家仅依靠仅对高风险群体的靶向疫苗接种（5-7）。超过30年； BCG材料在尿道切除术（TUR）（8，9）后，还可以作为治疗非肌肉泌尿膀胱癌（NMIBC）的标准术中免疫疗法（NMIBC）。这种NMIBC的合并方法为迄今为止为膀胱癌提供了最成功的治疗方法（8、10）。过去，对BCG疫苗进行了抗癌特性检查，直到今天才尚不清楚。然而，据推测，BCG通过其在泌尿膀胱内上肾上腺免疫学细胞因子表达的能力并诱导训练有素的免疫原理膜的形式（11）具有抗肿瘤特性（11）。目前，膀胱肿瘤仍然是世界上最常见的十大癌症（12）。此外，在过去的二十年中，膀胱癌的发病率一直在增加，膀胱癌的发生率在第一个世界国家 /地区较高（13）。在这些国家中，结核病疫苗接种计划已经停止或针对高风险个体，包括来自TB流行地区的批准，以及在高度拥挤的条件下居住的一些人口（4-6）。与TUR结合使用时，BCG在防止NMIBC复发中的作用是良好的护理和标准的。本范围的文献综述总结了目前对膀胱癌与BCG疫苗接种之间联系的已知内容，以及以前的BCG免疫是否具有以后生命中膀胱癌发展的任何保护机制。但是，目前尚不清楚儿童早期给予的BCG疫苗是否实际上是后来生活中膀胱癌发展的一种保护机制，以及膀胱癌的增加是否与各个国家的BCG疫苗接种相关。这项审查的结果将为预防膀胱癌的未来研究努力。
bsgatlas：统一的枯草芽孢杆菌基因组和转录组注释图集，具有增强的信息访问
2020年7月29日收到； 2021年1月11日接受；于2021年2月4日出版：作者隶属关系：1个非编码RNA技术与健康中心，哥本哈根大学兽医和动物科学系，1871年，丹麦Frederiksberg，哥本哈根大学； 2荷兰荷兰癌症研究所的致癌基因组学司，荷兰阿姆斯特丹1066； 3哥本哈根大学生物学系计算和RNA生物学部分，丹麦哥本哈根1165；丹麦的Bagsværd4 Novozymes。*通信：Jan Gorodkin，Gorodkin@rth。DK关键字：B。uttilis;基因组注释；非编码和结构化RNA；操纵子。缩写：Asrna，反义RNA； CD，编码序列；去，基因本体论； GRNA，导向RNA； Ji，Jaccard索引； ncRNA，非编码RNA； SRNA，小RNA； TMRNA，转移Messenger RNA； TSS，转录开始站点； TTS，转录终止位点； TU，转录单元； UTR，未翻译区域。†目前地址：英国索尔福德大学科学，工程与环境学院。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用四个补充表和九个补充数据。000524©2021作者