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肠道微生物组和代谢组，以发现强直性脊柱炎的致病细菌和益生菌
结果：使用宏基因组测序系统和填充微生物群落分类学组成，总共注释了7,703种，而使用代谢物促进液则鉴定了50,046个代谢物。AS和健康对照患者之间发现了差异微生物和代谢物。此外，TNFI得到了确认，以部分恢复肠道菌群和代谢产物。对菌群和代谢产物进行了多词分析，以确定差异微生物和代谢产物之间的关联，鉴定出与抑制病原菌细菌ruminococcoccus gnavus以及促进促进性细菌细菌的抑制相关的化合物，这些化合物（如羟硫素醇和生物素）相关。通过实验研究，进一步确定了微生物与代谢产物之间的关系，并且探索了这两种类型的微生物对肠上皮细胞的影响以及炎症性细胞因子介绍介物-18（IL-18）。
探索农业领域的微生物多样性响应
暴露于农药会改变受污染农业领域的微生物群落结构。为分析天然微生物组成QRT-PCR的变化，进行了一项宏基因组学研究。QRT-PCR结果表明，相对于被农药污染的土壤，未污染的土壤具有较高的16S rDNA拷贝数。元基因组分析解释了与富含农药污染的土壤相比，未污染的土壤富含蛋白质。然而，发现存在于农药的土壤中的静脉细菌，坚硬和杀菌剂的存在。此外，在农药刺的土壤中发现了新的门，例如氯氟氯氟，平霉菌和ver肉，而酸虫细胞杆菌和crenarchaeota灭绝。这些发现强调了暴露于土壤上的农药显着影响土壤的生物组成。在农药胁迫下，大量的微生物组成可以更好地用于治疗受污染环境中农药的生物降解和生物修复。
（发行日期）2022-03（资源类型）期刊文章（版本）接受手稿（权利）这是以下文章的同行评审版本
纤维化，以及四个主要驱动基因（KRAS，TP53，CDKN2A /P16，SMAD4）的改变。结果使用QPCR和ISH将肿瘤内细菌的存在固定在52个肿瘤中（32％）。16S元基因组测序揭示了这些肿瘤内的特征性剖面，包括蛋白质细菌和坚果类的门。比较良好和预后良好的病例之间的细菌核对文件表明，较短的生存时间与厌氧细菌（例如bacte-roides，乳酸杆菌和peptoniphilus）之间存在显着的正相关。这些细菌的丰度与CD4，CD8和CD45RO阳性的肿瘤浸润T细胞的减少相关。结论厌氧菌细菌（例如菌孢子，乳酸杆菌和peptoniphilus）的肿瘤内感染与抑制的抗PDAC免疫和不良预后有关。
生物安全水平的生物安全表
细菌剂BSL ctceticetus 2 actinobacillus sp。2 actinomyces sp。 2 Aeromaonas sp。 2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。 2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 actinomyces sp。2 Aeromaonas sp。 2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。 2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Aeromaonas sp。2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bartonella sp。2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bordetella sp。2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 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sp。2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Moraxella sp。2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。2
便秘中的粪便菌群特征 -
摘要：背景：肠易激综合征（IBS）是影响患者生活方式的常见疾病。它与肠道微生物组组成的显着变化有关，但是潜在的微生物机制仍有待完全了解。我们研究了便秘的IBS（IBS-C）和混合型IBS（IBS-M）患者的粪便微生物组。方法：我们在离子Torrent PGM测序平台上对16S rRNA的V3区进行了测序，以研究微生物组。结果：与健康组相比，在IBS-C和IBS-M患者中，发现α多样性的增加，并且还指出了β多样性的差异。在门水平上，两种IBS亚型均显示出企业/杀菌素比的增加，并且肌动杆菌和verrucomicrobobiota的丰度增加。Changes in some types of bacteria were characteristic of only one of the IBS subtypes, while no statistically significant differences in the composition of the microbiome were detected between IBS-C and IBS- M. Conclusions: This study was the first to demonstrate the association of Turicibacter sanguinis , Mitsuokella jalaludinii , Erysipelotrichaceae UCG-003 ,塞内加马群岛厌氧菌，Corynebacterium jeikeium，Bacteroides Faecichinchillae，Leuconostoc carnosum和parabacteroides Merdae具有IBS亚型。
2024; 15（7）：1890-1897。 doi：10.7150/jca.92699肠道菌群，免疫细胞和非小细胞肺癌之间的研究论文因果关系
背景：调节免疫系统是影响疾病发展的肠道菌群（GM）的关键度量。GM在非小细胞肺癌（NSCLC）上的因果作用以及是否可以通过免疫细胞介导的因果关系仍然未知。方法：我们进行了两步，两样本的孟德尔随机研究，采用逆差异加权方法（IVW）方法研究了GM对NSCLC的因果作用以及GM和NSCLC缔合之间免疫细胞的介导效应。结果：MR分析确定了6属对NSCLC的保护作用（Bacteroides，Roseburia，Alistipes，Alistipes，甲烷抗逆转录病毒，Ruminocococcus Gauvreaeauii组和peptoccoccus）。此外，有暗示性与NSCLC相关的38个免疫细胞性状。值得注意的是，调解MR说明了肽属属在NSCLC上的因果作用（总效应IVW：OR = 0.790，95％CI [0.657，0.950]，P = 0.012）在HLA DR + CD4 + CD4 + CD4 + panel（-05％CI（-05％）（-95％）（-95％CI）中，由CD45介导了很大的比例。 -0.005]; p = 0.037），占总效果的14.4％。结论：研究表明GM和NSCLC之间存在因果关系，这可能是由免疫细胞介导的。
自然科学 - An-Najah 期刊
摘要 ：在全球范围内，结直肠癌 (CRC) 是癌症相关死亡人数的第二大疾病。尽管人们认为 CRC 是遗传与环境相互作用的结果，但多项证据表明肠道菌群在增加炎症和肿瘤生长方面发挥了作用。人体肠道菌群由大约 40 万亿个细菌组成。下一代测序技术和宏基因组学促进了对肠道微生物生态学的理解，并促进了肠道菌群与结直肠癌之间的联系。在人类和动物模型上进行的大量研究强调了特定肠道细菌（如具核梭杆菌、具有肠毒性的脆弱拟杆菌和大肠杆菌）在结直肠癌 (CRC) 的发展和进展中起着关键作用。宏基因组学研究为肠道菌群在 CRC 诊断、预防和治疗中的应用开辟了新方向。本综述概述了肠道微生物群对结直肠癌发展的贡献及其可能的治疗用途。
高温应激后对生长性能和免疫力的影响
为了研究高温刺激对一段时间后单胞菌幼虫的影响的影响，在不同温度下建立了五个实验组。然后，在高温应力下的蛋白唱片在30°C下喂70天。在那之后，计算和分析了蛋白盲菌的生长指数。在生长指数方面，高温应力对almus的FCR，FBW，WGR和SGR具有显着影响（p <0.05）。被温度刺激后SR增加（p <0.1）。研究表明，在实验组中的温度升高和38°C的温度升高会损害阿不木菌的肝细胞，消化酶的活性在同一趋势中发生了变化，在32°C组中达到了最高点，然后在38°C组中降低了33°C的AMS活性。肝脏中抗氧化酶的活性在34°C下达到最高，这与30°C下的活性显着不同（P <0.05）。此外，实验组中TLR1，C3，TNF-α和其他基因的表达水平增加，达到34°C时达到最高点，IL-1β基因的表达水平在32°C下达到了最高点，这与30°C（p <0.05）大不相同。然而，在实验组中，IRAK3基因的表达水平降低，并在34°C时达到其最低点（P <0.05）。Hsp90α基因的表达水平随着最高温度刺激而增加，并在38°C下达到其最高点（P <0.05）。在实验组的肠道微生物的α多样性指数中，34°C组中观察到的物种，香农和ChAO1指数最高（p <0.05），β多样性分析表明，在高温刺激后，实验组的肠道微生物群落分离出来。在门水平上，三个主导地位是proteus，firmicutes和bacteroides。细菌和大环球体的丰度在属水平上增加，但是颤音和气压量的丰度降低。总结，适当的高温应力可以增强阿不属的染色杆的免疫力和适应性。这些结果表明，32°C –34°C的高温刺激对阿不木菌的工业培养物有益。
通过肠道感染的鼠肠道微生物菌群失调调节异物对远端生物材料植入物的反应
肠道菌群影响系统性免疫和远端组织的功能，包括大脑，肝脏，皮肤，肺和肌肉。然而，肠道菌群在异物反应（FBR）和医疗植入物周围的纤维化的作用在很大程度上没有探索。为了调查这种联系，我们通过肠毒素菌群Fragilis（ETBF）感染了鼠肠菌群的稳态，并将合成聚合物聚合物多己酮（PCL）植入远端肌肉损伤。ETBF感染导致嗜中性粒细胞和γδT细胞浸润升高到PCL植入部位。ETBF感染单独促进了血液，脾和骨髓中嗜中性粒细胞水平的增加。在PCL植入物位置，我们发现分类成纤维细胞的转录组发生了显着变化，但在6周后没有观察到纤维化水平的总ETBF诱导的差异。这些结果证明了肠道菌群介导长距离作用的能力，例如对远端生物材料植入物的免疫和基质反应。
建立针对人类肠道细菌的新型菌株的遗传操纵
摘要近年来已经看到了高临界性和高通量遗传操纵技术的发展，这些技术极大地改善了我们对遗传典型微生物的理解。然而，在建立新生物体的遗传操纵技术方面仍然存在挑战，这主要是由于外源性DNA防御机制，缺乏可选标记，缺乏有效的方法来引入外源性DNA以及无法在其新宿主中复制遗传媒介。在这篇综述中，我们描述了一些用于新型微生物的基因操纵的技术。尽管存在许多关注遗传操作的最后一步的评论，但对受体DNA的编辑进行了编辑，但我们特别关注此过程的第一步，将外源性DNA转移到了感兴趣的菌株中。提供了这些技术使用的示例，用于选择人类肠道细菌，其中已经建立了遗传性障碍性，例如双歧杆菌，细菌和罗斯伯里亚。最终，本综述旨在为有兴趣开发新型细菌菌株（尤其是人类肠道菌群的遗传操纵技术）的研究人员提供信息来源。