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World File Search SystemBisulfite
DNA甲基化Bisulfite试剂盒
1。Introduction .............................................................................................................................1
Epitect®Bisulfite手册
Introduction ................................................................................................................ 7
评估HIFI长读取测序与整个基因组Bisulfite测序和甲基化史诗般的Beadchip阵列：利用DNA
DNA甲基化是最丰富，最广泛研究的表观遗传修饰之一，在各种生物学过程中起着至关重要的作用，例如发育，癌症，衰老和复杂疾病。在癌症基因组图集（TCGA）等大型队列研究中，Illumina阵列已被广泛用作高通量筛查的经典平台。但是，这种类型的阵列覆盖了人类基因组中的CpG位点的3％。最新一代的DNA测序技术以PACBIO HIFI系统为例，具有产生长序列读数的独特能力，最高为25千碱基。太平洋生物科学（PACBIO）的最新进步致力于提高每碱基准确性和检测DNA修饰的能力。在这项研究中，我们使用DNA甲基化标准评估了PACBIO HIFI测序的性能。由人DNA在CpG部位酶甲基化的DNA标准和未甲基化的人DNA源自HCT116 DKO细胞系。1 ug。样品被测序为约8倍覆盖范围。DNA甲基化数据，并使用PB-CPG-Tools从BAM文件中提取甲基化值。然后，我们比较了从PACBIO HIFI测序获得的结果与由史诗阵列和整个基因组亚硫酸盐测序（WGB）产生的结果。我们发现WGB和PACBIO HIFI天然DNA甲基化调用表现出很高的一致性，表现优于史诗般的阵列，这两种史诗阵列都与甲基化标准和报道的CPG数量一致。使用甲基化的标准样品，HIFI数据报告约有85％的CpG位点的甲基化比大于90％，平均基因组宽93％。同样，WGBS数据显示了约85％的CpG位点的甲基化比大于90％，平均基因组宽95％。相比之下，Epic阵列仅报告40％的CpG位点的甲基化比大于90％，而整个基因组中平均为87％。这些结果表明，HIFI长读取测序可以准确检测到接近100％甲基化的区域的DNA甲基化信号。我们的研究提供了对检测DNA甲基化模式的PACBIO HIFI测序表现的见解及其作为史诗阵列的替代方案的潜力。这项研究的发现说明了如何将DNA甲基化标准用作评估DNA甲基化调用模型的基础真实参考。
Bisulfite胞嘧啶转化为尿嘧啶结果，...
硫酸钠可以在DNA中脱氨酸“转化”胞嘧啶，但不会影响5-甲基胞霉素。Bisulfite对DNA的治疗是许多基于表观遗传学的研究的DNA甲基化分析的先决条件，这些研究涉及甲基化分析和甲基化状态的定量。然而，涉及甲硫酸硫酸含DNA的分析率通常由于DNA降解，不完整的转化率和/或低单位的DNA产量而导致可变性。我们已经系统地研究了硫酸氢盐治疗DNA的程序，特别注意该过程中涉及的化学物质并转化sion速率，以限制样品之间的变异性并改善常规方法。我们发现，可以改善常规的硫酸含量DNA转化化学化学液体，以使C到U转化效率的提高，而无需在高温和非生理学pH值下孵育反应混合物的DNA降解水平。对这一过程必不可少的是禁止在某些情况下发生的5-甲基胞嘧啶“过度转化”到尿嘧啶中。我们发现，可以简化硫酸盐转化过程，并通过将热变性与甲硫酸盐转化率耦合和使用柱内的脱硫偶联来清洁和纯化转换后的DNA，并通过将热量变性耦合到最低限度。这种新方法的平均得出的输入DNA平均恢复了> 99％C到U转换。这使其适用于FFPE和LCM衍生的样品，特别适合。该方法已被专门设计用于将（除了纯化的DNA）直接作为输入材料（除纯化的DNA）生物流体，细胞或组织。