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附录 A-1 洁净室规格示例
附有参考取样位置的测量数据。2. 对每个洁净室运行状况的书面描述。3. 根据从业主处获得的项目 CADD 合同文件制作的简化建筑平面图，最大尺寸为 280 毫米 x 432 毫米（11 乘 17 英寸），显示其他现场数据表上引用的测试和取样位置。4. 单独的叙述部分，概述测试程序结束时的任何操作或异常。5. 认证过程中使用的仪器和测试设备清单，包括制造商、型号和序列号，以及 NIST 可追溯校准证书。6. 对所执行测试的书面描述，包括目的、仪器、程序、结果、测试日期、执行测试的现场技术人员姓名以及数据分析。以表格形式呈现数据并以图形方式显示，以便全面理解测试。7. 最终 NEBB 认证 CPT 报告的电子副本应以 pdf 格式提交。8. 与测试结果和相关的建议的叙述大纲。测试每个区域的运行状况。
M6a − RNA抑制剂的基于结构的设计...
摘要：类似甲基转移酶的3（METTL3）和METTL14形成了一种催化最丰富的内部mRNA修饰的异二聚体复合物，N 6-甲基腺苷（M 6 A）。mettl3是结合二叶酸S-腺苷蛋氨酸（SAM）的催化亚基，而Mettl14参与mRNA结合。m 6修饰提供了对基因表达的转录后水平控制，因为它影响了mRNA生命周期的几乎所有阶段，包括剪接，核输出，翻译和衰减。有越来越多的证据表明Mettl3在急性髓样白血病中的致癌作用。在这里，我们使用催化亚基METTL3的结构和动态细节来开发与SAM竞争的小分子抑制剂。从通过高通量对接识别的命中开始，采用蛋白质晶体学和分子动力学模拟来指导抑制活性的优化。通过均匀分辨荧光测定法测量的效力成功提高了8000倍。优化化合物对脱靶RNA甲基转移酶METTL1和METTL16具有选择性。关键字：Mettl3/Mettl14，表面参考，计算机辅助药物设计（CADD），分子动力学，M 6 A-RNA，SAR■简介
药学院专业选修学院秋季学期2251
入学率上限：10名学生本课程涉及各种药物管理途径后，模型构建，数据分析和参数估计的药代动力学概念的基本方面。需要指导老师的许可。仅限于P3学生。请向Devanathan博士提交一段电子邮件，asd129@pitt.edu，以解释您的兴趣以及为什么要参加课堂。pharm 3034翻译研究学分的主题：1班级编号：29785协调员：P。Empey博士入学率上限：10个学生本课程的结构是专注于翻译调查的期刊俱乐部，并正在与Minnesota，North Carolina，north Carolina，in North Carolina和Pittsburgh共同提供1ST和2ND年度的学生，该课程将与三年级的学生一起参加。强调允许从临床前转换为临床研究的方法将在几个不同的治疗领域进行讨论，重点是药物测量，基因组学，生物标志物验证和药物发现。需要指导老师的许可。请向empey博士（pempey@pitt.edu）提交一段电子邮件，以解释您对翻译研究的兴趣以及为什么要参加课堂。该课程还包括主流网络分析和CADD软件的动手培训，例如Matlab的Symbiology，Tetrad，Schrodinger的药物发现软件包。这是PSP计划的强制性课程。该课程完全通过简短的视频和基于Web的家庭作业在线。PHARM 3068 Computational Systems Pharmacology Credits: 3 CLASS NUMBER: 30639 Coordinator: Dr. Z. Feng Enrollment Cap : 35 students This course will teach the fundamentals of computational systems pharmacology (CSP) modeling and their applications to study drug actions and rational development of new drugs through network analysis, Theoretical concepts pertaining to computational systems pharmacology, such as drug target identification and computer aided drug design (CADD), will被教导。Pharm 3302使用大型生物医学数据库学分进行研究：1班级编号：26733协调员：博伊斯博士入学率上限：35名学生本课程是核心数据科学方法的介绍，以查询大规模数据集的核心数据科学方法，主要侧重于关系数据库。学生将开发技能理解在临床信息系统，生物医学数据标准和术语以及管理和存储生物医学数据的策略中发现的数据。在某些平台（Stata，Sas，Python，R，Tableau）中对数据操作的知识；在课程入学之前，首选编程经验的基本统计课程和介绍性。
报告摘要
数据分析 使用 Intogen 框架的详细信息和代码可在此处获得 (https://intogen.readthedocs.io/en/latest/index.html)。执行此分析的具体代码可在 Genomics England 研究环境中的 /re_gecip/shared_allGeCIPs/pancancer_drivers/ code/ 下找到。成为 Genomics England 研究网络成员并获得访问权限的链接可在此处找到 https:// www.genomicsengland.co.uk/research/academic/join-gecip。执行 canSAR 化学基因组学分析的代码可通过 Zenodo (https://zenodo.org/record/8329054) 获得。使用的其他软件包/软件：VerifyBamID v1.1.3 = https://github.com/statgen/verifyBamID Ccube v1 = https://github.com/keyuan/ccube Isaac aligner v03.16.02.19 = https://github.com/Illumina/Isaac3 Strelka v2.4.7 = https://github.com/Illumina/strelka bcftools v1.9 = https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html alleleCount-FixVAF v4.1.0 = https://github.com/danchubb/alleleCount-FixVAF VEP v101 = https://github.com/Ensembl/ensembl-vep CADD v1.6 = https://github.com/kircherlab/CADD-scripts/ OncoKb v3.11 = https://www.oncokb.org/api-access trackViewer v1.38.2 = https://github.com/jianhong/trackViewer mSINGS = https://bitbucket.org/uwlabmed/msings/src/master/ HRDetect = https://github.com/eyzhao/hrdetect-pipeline
基因组知识的圈养育种可以减少近亲抑郁症和动物园种群的遗传负荷
fi g u r e 1从单个粉红色鸽子的原始阅读中，粉红色依赖性耗竭（PPCADD）分数的每单核苷酸多态性（SNP）粉红色鸽子的产生管道。Snakemake（Mölder等，2021）管道用作输入主体个体的测序读数，受试者物种参考基因组以及CADD分数和参考基因组（即鸡肉，Chcadd分数（Groß，Bortoluzzi等，2020）和Galgal6参考基因组（Warren等，2017））。管道分为六个部分，对应于管道的部分（https：//github。com/saspe ak/loadlift）。（1）（黄色）使用Phyluce从参考基因组中提取UCE。（2）（深蓝色）映射个体的测序读取到参考基因组，以指示10×Chromium读取数据（本文中使用）和Illumina读取数据的两种平行方法。（3）（浅蓝色）变体呼叫UCES中的SNP。（4）（浅灰色）创建链文件，用于从鸡基因组转化注释。（5）（深灰色）Chcadd得分转换为粉红色鸽子（主题物种）注释。（6）（绿色）床文件和UCE站点的交集到每个站点PPCADD（主题物种）分数（红色）。
第二次药物发现创新研讨会
Stacey Finley, PhD: Systems biology modeling to predict drug effects in the tumor microenvironment Cornelius Gati, PhD: Cryo-EM for structural pharmacology of the key drug discovery targets Dmitry Eremin, PhD: Discovering Novel Chemical Tools for Making Pharmaceuticals Oliver Bell, PhD: Targeting polycomb repressor complex for cancer Yong (Tiger) Zhang, PhD: Molecular Reprogramming对于新颖的药物发现Erin Overstreet，博士：IP支持和创新的愿景在USC午餐和海报会议上，来自Dornsife Dean dean研究策略与发展课程的高级顾问Stephen Bradforth博士的问候。Programs and Initiatives in Drug Discovery and Development at USC Chair: Dr. Moh El Naggar, Divisional Dean for Physical Sciences and Mathematics Charles Hart, PhD (UCSF Catalyst ): TBA, Keynote presentation Olexandr Isayev, PhD (CMU): Artificial Intelligence (AI) Solutions for Organic Chemistry and CADD Eun Ji Chung, PhD:纳米医学方法增强药物输送保罗·皮尔森（AT2RX）：TBA TBD行业参与者包括Amgen，Takeda，Eli Lilly，Gilead，Gilead和更多讨论小组的负责人：Convergent Biosciences，USC Norris Center Center接待>融合生物科学主任Steve Kay博士
数字化BIPV能量模拟：跨工具调查
在最近的讨论中，作为可再生能源技术作为可再生能源技术作为可再生能源技术的长期生存能力引起了人们的关注。但是，目前存在明显的仿真工具，可以涵盖整个建模链。尚不清楚现有的PV和基于BIM的模拟工具在多大程度上可以有效地解决BIPV项目的复杂性。Therefore, this study aims to assess the process of existing simulation tools for BIPV energy simulation, three standalone PV tools (SAM, PV*SOL premium, and PVsyst), two Building Information Modelling (BIM)-based standalone PV tools (BIMsolar and Solarius PV), two plug-ins in BIM-based tools (INSIGHT for Revit, Ladybug Tools for Grasshopper/Rhinoceros 3D), and one计算机辅助设计和制图（CADD）工具插件（Skelion用于Sketchup）。基于一个具有三种不同类型的BIPV安装的现有建筑项目，本研究探讨了这八个工具在建模/导入建筑物几何形状，选择天气数据，设置系统布局和阵列，评估太阳能资源，估算能源损失并评估能源产生的能力。模拟结果与受监视的能量产量数据进行了比较，并通过偏差分析表示。建议着重于指出BIPV数字模拟的未来开发方向。本研究提供了对复杂建筑物设计中BIPV性能模拟数字化数字化的见解和指导。
罗宾斯空军基地 - 基地设施标准
与罗宾斯基础设施标准一起使用的关键参考文件 RAFB 设计师程序指南，包括建筑工程师 (AE) 和承包商公司 RAFB 建筑工程师 (A-E) 服务：开放式工作说明 (或) RAFB 建筑工程师 (A-E) 服务：离散合同工作说明 1.0 简介 1.1 一般标准 1.1.1 上面提到的 RAFB 设计师程序指南提供了有关管理规则以及为施工承包行动准备的规范、图纸、设计分析、成本估算和设计包的其他组成部分的准备工作的详细说明。在基础设施标准的这一介绍部分，有几个关键问题值得提出来…… 1.1.2 图纸——近年来，RAFB 标准一直使用 MicroStation CADD 格式 V8 版或 Auto-CAD 2007 版，严格遵循三军标准要求以及强制性基础补充。具体格式必须是 IGDS。随着此版 BFS 的发布，现已更改为 Auto-CAD 2010 版。这将在未来随着 RAFB 使用版本的变化而调整，当发生这种情况时，所有设计师都将通过 BFS 更改得到正式通知。 1.1.3 规范——近年来，RAFB 标准一直使用本地 BCE 开发的第 1 分部部分和技术部分。随着此版 BFS 的发布，现已更改为统一设施指南规范
罗宾斯空军基地 - 基地设施标准
与罗宾斯基础设施标准一起使用的关键参考文件 RAFB 设计师程序指南，包括建筑工程师 (AE) 和承包商公司 RAFB 建筑工程师 (A-E) 服务：开放式工作说明 (或) RAFB 建筑工程师 (A-E) 服务：离散合同工作说明 1.0 简介 1.1 一般标准 1.1.1 上面提到的 RAFB 设计师程序指南提供了有关管理规则以及为施工承包行动准备的规范、图纸、设计分析、成本估算和设计包的其他组成部分的准备工作的详细说明。在基础设施标准的这一介绍部分，有几个关键问题值得提出来…… 1.1.2 图纸——近年来，RAFB 标准一直使用 MicroStation CADD 格式 V8 版或 Auto-CAD 2007 版，严格遵循三军标准要求以及强制性基础补充。具体格式必须是 IGDS。随着此版 BFS 的发布，现已更改为 Auto-CAD 2010 版。这将在未来随着 RAFB 使用版本的变化而调整，当发生这种情况时，所有设计师都将通过 BFS 更改得到正式通知。 1.1.3 规范——近年来，RAFB 标准一直使用本地 BCE 开发的第 1 分部部分和技术部分。随着此版 BFS 的发布，现已更改为统一设施指南规范
机载激光雷达勘测技术在数字化转型中的作用
摘要。土木工程包括需要三维 (3D) 信息的广泛应用。随着 LiDAR（光检测和测距）技术的出现，以成本和时间有效的方式准确获取 3D 地形信息变得越来越流行。本文通过三个案例研究展示了机载 LiDAR 数据的作用和应用，包括高速公路、输电线和水电大坝开发项目。在第一个案例研究中，高速公路路线在初始设计阶段后发生了很大变化。LiDAR 数据能够快速进行重新调整测量，从而可以迅速更改设计。在下一个案例研究中，对传统的输电线路线设计与使用带有 LiDAR 数据的 PLS-CADD 的设计进行了比较。与传统方法相比，利用 PLS-CADD 中的 LiDAR 数据，输电线工程师可以有效、高效地模拟几种路线方案的建设成本。最后一个案例研究使用 LiDAR 获取拟建大坝所需的信息。使用 LiDAR 数据可以最大限度地提高拓扑精度和体积测量，同时最大限度地减少测量时间和成本。此外，利用多时相 LiDAR 数据可以揭示地形变化等有价值的信息。LiDAR 勘测技术已被证明是从地表捕获精确数据的最佳方法，可提供最大密度的地形和数字图像信息