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World File Search SystemCaenorhabditis
秀丽隐杆线虫中的神经元活动自动分类
秀丽隐杆线虫通常用于研究神经活动，因为 1) 它的基因组和连接组已经得到充分研究，只有 302 个神经元；2) 它的透明度使它能够捕捉详细的神经活动；3) 它具有自体受精的能力，这使得维持基因相同的秀丽隐杆线虫种群成为可能。分析秀丽隐杆线虫的图像具有将特定神经元的活动与行为或环境刺激联系起来的潜力。然而，由于难以命名这些图像中的特定神经元，因此产生此类见解受到限制。当前的方法依赖于手动分类，这既耗时又容易出错。可以利用 ZephIR 等神经元跟踪系统来帮助执行标记。但是，以这种方式使用跟踪系统需要每 11 分钟捕获的图像额外进行 45 分钟的手动标记，才能跟踪特定的神经元。在本研究中，我们开发了一种基于神经网络的分类器，可以自动标记秀丽隐杆线虫中的感觉神经元，准确率高达 91.61%。这是通过使用迭代的、基于地标的神经元识别过程实现的，旨在模仿手动注释程序。
摘要书
The natural diversity of acyltransferases reveals versatility and specificity in the synthesis of gene-encoded lipopeptides 28 Anti-inflammatory biscembranoids from aquaculture-derived soft coral Sarcophyton trocheliophorum 29 Integration of Caenorhabditis elegans bioactivity assays for a sustainable identification of health promoting natural products 30 Novel natural product inhibitors targeting oncogenic MAPK/ERK and PI 3 K/AKT signaling in melanoma: from large library screening to target identification 31 Towards the engineering of the plant endoplasmic reticulum for sustainable production of specialized metabolites 32 PKC-α activation with new semi-synthetic 7 α-acetoxy- 6 β-hydroxyroyleanone derivatives for breast cancer therapeutics 33 Development of a high基于吞吐细胞的测定方法以突出针对呼吸性合胞病毒（RSV）的潜在生物活性抗病毒天然产物34在体外模型中预测异类亚品c-糖苷，o-糖苷的口服生物利用度，o-糖苷的生物利用度，其Aglycons及其Aglycons 35 Dracaena biflibity biflibing cambiflits firscons firops firscons firscons firscons firops firs in consossion compacts firops in in consoscome and inducing the key ferroptosis suppressor FSP 1 36 Dietary molecules from Glycyrrhiza foetida and their modulation on metabolic syndrome pathways 37 How to make “extreme” CPC greener: how to substitute alkanes in biphasic solvent systems using COSMO-RS predicting tools 38 Investigating the anxiolytic activity of selected essential oils in zebrafish larvae and identification使用生物学计量学39
山羊乳制品中具有代谢疾病益生潜力的本土乳酸杆菌的表征
本研究旨在设计具有益生菌潜力的功能性发酵山羊奶，用于治疗代谢疾病。因此，我们鉴定了山羊乳制品中旨在改善炎症、脂质和血糖状况的本土乳酸杆菌。我们使用德氏乳杆菌印度亚种 CRL1447 作为起始菌株，并补充了由 Limosilactobacillus fermentum CRL1446、Lactiplantibacillus paraplantarum CRL1449 和 CRL1472 菌株形成的不同益生菌群落，设计了发酵山羊奶。这些乳酸杆菌之所以被选中，是因为它们对抑制 α-葡萄糖苷酶、胆汁盐水解酶活性、胆固醇吸收和降低秀丽隐杆线虫的甘油三酯百分比具有积极作用。此外，给肥胖小鼠口服乳酸杆菌后，其体重增长显著下降，高血糖和高血脂得到改善。这些结果揭示了这种山羊乳制品作为预防肥胖和相关病症的功能性食品的潜力。山羊奶衍生产品因其市场潜力而脱颖而出。因此，加入新型益生菌的发酵山羊奶代表了一组具有广阔前景的食品，因为它们具有良好的营养和治疗代谢疾病的特性。本研究设计的山羊乳制品可用于预防肥胖人群的血脂异常和高血糖。
大脑网络科学建筑师
我们的所有（认知）行为都要求在大脑的空间分离区域之间交换和整合神经信息。大脑区域之间神经信息的交流是由大脑连接解剖结构的复杂结构促进和构成的，大脑的连接解剖结构涵盖了大约860亿个神经元，该神经元组织成由远程轴突途径相互联系的局部CIT网络。神经科学家长期以来一直渴望映射此网络。在1665年，丹麦主教和anto mist niels Stensen（Nicolaus Steno）认为，我们需要“真正地剖析白质（他称为“自然的伟大杰作”），我们需要“我们需要“通过大脑的实质来追踪神经细丝，以查看它们通过的方式，以及它们的何处，以及它们的结局，它们结束了” [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1]。，曾经，直到1986年，对神经系统中所有连接的第一个完整描述才完成。这个神经网络的1毫米round虫Caenorhabditis秀丽隐杆线虫含有302个神经元和约7,000个连接是迄今为止成人生物体的唯一完整连接。近年来，还完成了突触级连接组的幼虫，海洋喷出ciona intestinalis，海洋Annalid platynereis dumerilii的幼虫和果蝇果蝇，果蝇Melanogaster的幼虫[2]。映射人脑网络的愿望是受到对其结构的描述和分析的观念的启发，可以帮助我们了解大脑及其疾病的工作[3]，遵循“结构驱动行为”的想法。这对大脑来说是类似的。从细胞层面上是正确的，其中蛋白质组（由基因组，细胞或生物体表达的整个蛋白质集）将细胞行为[4]驱动到社会水平，而办公室布局决定了我们在工作中与谁成为朋友。尽管人脑的巨大规模和复杂性阻止了当前和可预见的将来的突触水平的人脑网络的重建，但神经影像学的进步确实允许越来越多地
通过 Wnt 受体的联合调节和反馈对神经母细胞迁移进行精确的时间控制
摘要 许多发育过程依赖于基因表达的精确时间控制。我们之前已经建立了一个理论框架，用于控制如此高的时间精度的调控策略，但这些预测仍然缺乏实验验证。在这里，我们使用控制秀丽隐杆线虫神经母细胞迁移的 Wnt 受体的时间依赖性表达作为可处理系统，在体内研究强大的细胞内在计时机制。单分子 mRNA 定量显示受体的表达呈非线性增加，预计这种动态会提高计时精度，而不受控制的计时丰度呈线性增加。我们表明这种上调依赖于转录激活，为受体表达时间受累积激活剂调控的模型提供了体内证据，当达到特定阈值时，该激活剂会触发表达。这种计时机制在神经母细胞谱系中发生的细胞分裂中起作用，并受分裂不对称的影响。最后，我们表明通过经典 Wnt 通路对受体表达的正反馈可提高时间精度。我们得出结论，通过结合时间守护基因的调节和反馈，可以实现强大的细胞内在计时。
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密歇根州技术大学的研究生职位可在密歇根州技术大学生物科学系的Goetsch实验室中获得分子遗传学和基因组学，以尽快开始。我们的工作着重于秀丽隐杆线虫模型系统中的基础研究，解决了发育生物学和癌症生物学中的基本问题。研究生将帮助协调支持Goetsch实验室的NSF职业赠款的教学和研究活动，标题为“启动治疗方法，以剖析梦想综合体如何保护细胞身份。”资格：学士学位微生物学，生物科学，生物化学，计算生物学或密切相关的领域程度，具有强烈的研究证据。对细菌分离和分子克隆等技术的经验和兴趣是高度期望的。对生物信息学和遗传技术的其他经验和兴趣也很感兴趣。有必要在BL2210遗传学实验室实施基于课程的本科研究经验（治疗）的兴趣。在多样化的研究小组中独立和尊重地工作的能力以及对实验室中的本科研究人员的兴趣也是必要的。最后，理想的候选人将有效地沟通，按照可靠且可预测的时间表，井井有条，尊重他人，并有兴趣积极追求指导的职业和个人发展计划。治疗活动将对该职位的研究项目产生直接影响。申请方法：首选的开始日期是2025年春季。关键期望：该职位需要在实施基于课程的本科研究经验（治疗）的实施中为BL2210遗传学实验室的教学做出贡献。学生将在其研究方法中成为跨学科，包括学习秀丽隐杆线虫遗传技术和饲养，微生物学隔离和表征，分子克隆以及设计广泛的进化生物学生物学生物信息学项目和课程。每项活动将包括与班级或实验室中的本科研究人员团队合作。最后，如果符合条件，则希望学生申请NSF研究生研究奖学金计划和/或NIH F31奖学金。候选人有望参加生物科学研究生课程（http://www.mtu.edu/biological/graduate/graduate/bio-sci/）。如果候选人在该日期之前可用，则可以提供初步职位，以便候选人可以在接受后立即开始。该职位将保持开放，直到填补为止，但将优先考虑到2024年10月15日收到的申请。有兴趣的候选人被鼓励与Paul Goetsch博士（pdgoetsc@mtu.edu）联系主题“ MTU CURE PHD申请”，以及（1）一页求职信，描述您的经验，利息和可用性，并介绍您的职位资格，并解决该职位资格；Goetsch实验室致力于创造一个多样化而引人入胜的环境；所有合格的申请人都将获得考虑，但是，只会与选择进行面试的候选人。
非哺乳动物模型的脑损伤模型的最新见解
创伤性脑损伤（TBI）是全球主要的健康问题，越来越多地被认为是包括阿尔茨海默氏病（AD）和慢性创伤性脑病（CTE）在内的神经退行性疾病的危险因素。重复TBI（RTBI）通常在接触运动，兵役和亲密伴侣暴力（IPV）中观察到，对长期后遗症构成了重大风险。为了研究TBI和RTBI的长期后果，研究人员通常使用哺乳动物模型来概括脑损伤和神经退行性表型。然而，这些模型有几个局限性，包括：（1）长期观察期，（2）高成本，（3）关于大量哺乳动物的长时间和重复伤害的遗传操作困难和（4）（4）（4）道德问题。水生脊椎动物模型有机体，包括petromyzon Marinus（海lampreys），斑马鱼（Danio Rerio）和无脊椎动物，Caenorhabditis elegrans（C. exkelelans）和Drosophila Melanogaster（果蝇）（Drosophila Melanogaster（Drosophilla）），都是有价值的工具，可作为调查机械和r. r. r. r. r.s rytbi的工具。这些非哺乳动物模型提供了独特的优势，包括遗传障碍性，简单的神经系统，成本效益以及基于发现的快速方法和用于治疗剂的高通量筛选，从而促进了RTBI诱导的神经变性的研究和与TAU相关的病理学。在这里，我们探讨了非掌管和水生脊椎动物模型的使用来研究TBI和神经变性。果蝇特别提供了一个机会，可以探索轻度RTBI及其对内源性tau的纵向影响，从而对RTBI，Tauopathy和NeuroDegeneration之间的复杂相互作用提供了宝贵的见解。这些模型为机械研究和治疗干预提供了一个平台，最终促进了我们对与RTBI相关的长期后果以及潜在的干预途径的理解。
祖先糖蛋白激素受体途径控制秀丽隐杆线虫的生长
在脊椎动物中，甲状腺纤维蛋白是一种高度保守的糖蛋白激素，除了甲状腺刺激激素（TSH）外，它是TSH受体的有效配体。甲状腺激素被认为是其亚基GPA2和GPB5的最祖先糖蛋白激素和直系同源物，在脊椎动物和无脊椎动物中广泛保守。与TSH不同，甲状腺纤维蛋白神经内分泌系统的功能在很大程度上尚未探索。在这里，我们在秀丽隐杆线虫中确定了功能性甲状腺抑制蛋白样信号传导系统。我们表明，GPA2和GPB5的直系同源物以及甲状腺激素释放激素（TRH）相关的神经肽构成了促进秀丽隐杆线虫生长的神经内分泌途径。GPA2/GPB5信号是正常体型所必需的，并通过激活糖蛋白激素受体直立型FSHR-1来起作用。秀丽隐杆线虫GPA2和GPB5在体外增加了FSHR-1的cAMP信号传导。两个亚基均在肠神经元中表达，并通过向其神经胶质细胞和肠受体发出信号来促进生长。受损的GPA2/GPB5信号传导导致肠腔腹胀。此外，缺乏甲基抑制蛋白的信号传导的突变体显示出增加的排便周期。我们的研究表明，甲状腺激素GPA2/GPB5途径是一种古老的肠神经内分泌系统，可调节Ecdysozoans的肠道功能，并且可能在祖先中参与了对生物生长的控制。
基因组组装和人膜线虫的注释Mermis nigrescens
线虫的遗传研究已由秀丽隐杆线虫作为模型物种主导。缺乏基因组资源使遗传研究扩展到其他线虫群体。在这里，我们报告了Mermithid线虫Mermis Nigrescens的基因组组装草案。Mermithidae是昆虫寄生的线虫，带有宿主，包括各种陆地节肢动物。我们使用纳米长读数和10倍铬链路读取了nigrescens M. nigrescens的整个基因组。组件的尺寸为524 MB，由867个脚手架组成。N50值为2.42 MB，一半的组装中的一半在30个最长的脚手架中。来自真核生物数据库（Eukaryota_odb10）的组装BUSCO分数表明基因组为86.7％，而5.1％的基因组为5.1％。基因组具有高水平的杂合性（6.6％），重复含量为83.98％。mRNA-seq从不同尺寸的NEMA TOD（≤2cm，3.5–7 cm和> 7 cm的身体长度）中读取，代表不同的发育阶段，并用于基因组注释。使用AB的初始和基于证据的基因模型预测，注释了12,313个蛋白质编码基因和24,186个mRNA。这些基因组资源将有助于研究人员调查生物学和宿主 - 寄生虫的各个方面。
加州大学圣地亚哥分校
基因组资源联盟（简称“联盟”）由 7 个知识库项目共同努力而成：酵母菌基因组数据库、WormBase、FlyBase、小鼠基因组数据库、斑马鱼信息网络、大鼠基因组数据库和基因本体资源。联盟致力于提供多种益处：为这些项目服务的各个社区提供更好的服务；为所有生物医学研究人员、生物信息学家、临床医生和学生提供统一的数据视图；以及提供更可持续的基础设施。联盟已统一了跨生物体数据，以提供基因功能、基因表达和人类疾病相关性的有用比较视图。比较视图的基础是直系同源关系的共享调用和通用本体的使用。关键的数据类型是等位基因和变异、基于基因本体注释的基因功能、表型、与人类疾病的关联、基因表达、蛋白质-蛋白质和遗传相互作用以及参与途径。信息呈现在统一的基因页面上，便于轻松总结所涵盖的 7 种生物（芽殖酵母、线虫秀丽隐杆线虫、果蝇、家鼠、斑马鱼、褐家鼠和人类）中每种基因的信息。统一的知识可在 alliancegenome.org 门户网站上免费获取，以可下载文件和 API 的形式提供。我们希望其他现有和新兴知识库能够加入这一努力，提供每个知识库目前提供的有用数据和功能的统一。