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以及 FAIR 工作流程中的数据驱动神经科学建模
1 瑞典斯德哥尔摩 KTH 皇家理工学院电气工程与计算机科学学院生命科学实验室；2 印度班加罗尔塔塔基础研究所国家生物科学中心；3 美国费尔法克斯乔治梅森大学沃尔格瑙工程学院生物工程系；4 美国坦佩亚利桑那州立大学数学与统计科学学院；5 瑞士洛桑联邦理工学院蓝脑计划；6 瑞典斯德哥尔摩卡罗琳斯卡医学院神经科学系；7 芬兰坦佩雷坦佩雷大学医学与健康技术学院；8 立陶宛考纳斯立陶宛健康科学大学神经科学研究所；9 立陶宛考纳斯维陶塔斯马格努斯大学信息学系； 10 德国海德堡理论研究所 (HITS) 分子和细胞建模组；11 德国海德堡大学分子生物学中心 (ZMBH)，ZMBH-DKFZ 联盟；12 德国海德堡大学跨学科科学计算中心 (IWR)
相似的神经通路联系了心理压力和大脑...
1发展与疾病研究小组，麦克斯·普朗克分子遗传学研究所，14195柏林，德国； mundlos@molgen.mpg.de（S.M.）2医学和人类遗传学研究所，慈善 - 埃弗里西蒂尼修素柏林，柏林13353，柏林，德国3 MRC伦敦医学科学研究所，du Cane Road，伦敦W12 0NN，英国； liz.ing-simmons@lms.mrc.ac.uk（e.i.-s.）; j.vaquerizas@lms.mrc.ac.uk（j.m.v.）4临床科学研究所，伦敦帝国学院，伦敦帝国学院，英国伦敦帝国学院5柏林分子与系统生物学研究所，马克斯·德尔布鲁克分子医学中心，德国柏林13125； stivbio@gmail.com 6生物学，化学和药理学系生物化学研究所，柏林FreieUniversität，14163柏林，柏林，德国7弗里德里希·米沙尔生物医学研究所，毛贝尔贝斯特拉斯特拉斯（Maulbeersstrasse）66，4058巴塞尔，瑞士巴塞尔市； MDC和CharitéBerlin的实验与临床研究中心（ECRC），bllin，德国柏林13125； heathcliff.dorado-garca@charite.de（H.D.G. ）; anton.henssen@charite.de（A.G.H.） 9儿科肿瘤学和血液学系，慈善 - 欧弗里弗西蒂·塞米丁伯林，伯林大学伯林大学的公司成员（DKFZ），69120 Heidelberg，德国Heidelberg，12柏林 - 布兰登堡再生疗法中心（BCRT），Charité -universitätsmedizin柏林柏林，奥古斯滕堡Platz，13353柏林，德国，德国，4临床科学研究所，伦敦帝国学院，伦敦帝国学院，英国伦敦帝国学院5柏林分子与系统生物学研究所，马克斯·德尔布鲁克分子医学中心，德国柏林13125； stivbio@gmail.com 6生物学，化学和药理学系生物化学研究所，柏林FreieUniversität，14163柏林，柏林，德国7弗里德里希·米沙尔生物医学研究所，毛贝尔贝斯特拉斯特拉斯（Maulbeersstrasse）66，4058巴塞尔，瑞士巴塞尔市； MDC和CharitéBerlin的实验与临床研究中心（ECRC），bllin，德国柏林13125； heathcliff.dorado-garca@charite.de（H.D.G.）; anton.henssen@charite.de（A.G.H.）9儿科肿瘤学和血液学系，慈善 - 欧弗里弗西蒂·塞米丁伯林，伯林大学伯林大学的公司成员（DKFZ），69120 Heidelberg，德国Heidelberg，12柏林 - 布兰登堡再生疗法中心（BCRT），Charité -universitätsmedizin柏林柏林，奥古斯滕堡Platz，13353柏林，德国，德国，
B7-H3通过CCL2 – ...
takuya uehata（日本京都大学）Yamada（日本京都大学）Daisuke Ori（日本京都大学）Alexis Vandenbon（日本京都大学，日本京都大学）Amir Giladi（以色列科学学院）Adam Jelinski（weizmann Instraizhir） （日本京都大学）Hitomi Watanabe（日本京都大学）Kazuhiro Takeuchi（日本京都大学）Kazunori Toratani（日本京托大学，日本京都大学）Takashi Mino（日本京都大学，日本）HISANORI KIRYU（日本）托尔伊大学（University the University of Tokanori kiryu） Tsujimura（日本荷马科医科大学）Tomokatsu Ikawa（日本东京科学大学）kondoh（日本京都大学）Markus Landthaler（MaxDelbrück，德国分子医学中心）阿米特（以色列魏兹曼科学学院）雅amoto（日本京都大学）Masaki Miyazaki（日本京都大学生命与医学科学研究所）Osamu Takeuchi（日本京都大学）
Georges Hattab – 简历 - 可视化小组
2018–2019 博士后研究员，德国国家肿瘤疾病中心 (NCT)、德国癌症研究中心 (DKFZ)、德累斯顿工业大学卡尔古斯塔夫卡鲁斯大学医院，德国德累斯顿。在计算机和机器人辅助手术领域对人体器官进行混合现实的生物力学分析和计算机视觉。由 Stefanie Speidel 教授指导 2014–2017 博士，比勒费尔德大学，生物数据挖掘组，基因组多样性和动态分析的计算方法 (DiDy)，德加 DFG 国际研究培训组，德国比勒费尔德。在时空实验中分析菌落动态并可视化细胞多样性。指导老师：Tim W. Nattkemper 教授和 Tamara Munzner 教授 2016 访问研究生，信息可视化小组，不列颠哥伦比亚大学 (UBC)，温哥华，不列颠哥伦比亚省，加拿大。开发一种有效的算法和数据抽象来分析延时图像数据中的细菌菌落生长。指导老师：Tamara Munzner 教授 2016 访问研究生，数据库和数据挖掘小组，计算机科学学院，西蒙弗雷泽大学 (SFU)，本拿比，不列颠哥伦比亚省，加拿大。科学交流。指导老师：Martin Ester 教授
是否需要进一步的横截面测量，用于空间辐射保护或离子治疗应用？氦弹
1 NASA Langley Research Center, Hampton, VA, United States, 2 Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN), Sezione di Milano, Milan, Italy, 3 German Cancer Research Center (DKFZ), Heidelberg, Germany, 4 University of Heidelberg, Heidelberg, Germany, 5 Thales Alenia Space, Torino, Italy, 6 GSI Helmholtzzentrum für Schwerionenforschung, Darmstadt, Germany, 7 Institute for Nuclear Research of the Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia, 8 University of New Hampshire, Durham, NH, United States, 9 Technische Universität Darmstadt, Darmstadt, Germany, 10 Heidelberg Ion Beam Therapy Center, Heidelberg, Germany, 11 University of Tennessee, Knoxville, TN, United States, 12 University of Trento, Trento, Italy, 13 Trento Institute for Fundamental Physics and Applications (INFN-TIFPA), Trento, Italy, 14 Universita ' di Roma “ Sapienza ” , Roma, Italy, 15 European Space Agency, Noordwijk, Netherlands, 16 RHEA System, Noordwijk,荷兰，17 TechnischeUniversitätWien，Atominstitut，维也纳，奥地利，奥地利18号Chalmers技术大学，哥德堡，瑞典，19莱多斯创新公司19，美国德克萨斯州休斯敦
将NGS成功与样本输入质量相关联
质量控制（QC）在任何工作流程中的步骤都有助于区分高质量和低质量样本。知道样品的质量对于大多数工作流程，包括下一代测序（NGS），这需要高质量的样本才能发挥最佳性能。敏捷的贴纸系统是自动电泳仪器，可提供对核酸样品的客观分析。挂接系统使用敏捷的基因组DNA筛选测定法来评估输入基因组DNA（GDNA）的样本量和浓度，并生成称为DNA完整性数（DIN）的DNA质量指标。DIN分析了分析的每个样本，分配了1到10的分数，其中1个表明低质量样本，10个指示最高质量的样本。以德国癌症研究中心（DKFZ）收集的4,000个样本及其测序数据及其相关的输入GDNA DIN值，例如，该应用程序显示了用户如何使用DIN来区分不同质量的样品。此外，通过定义每个输入GDNA样本的质量，用户可以定义一个阈值，以确定样品是否适合NGS。通过将DIN阈值纳入测序准备工作流程，可以简化该过程，从而节省时间和成本。
生物医学成像LNQ 2023 ...
1杨树和妇女医院，哈佛医学院，美国马萨诸塞州，美国马萨诸塞州； 2马萨诸塞州综合医院，哈佛医学院，美国马萨诸塞州，美国马萨诸塞州； 3 Yunu，Inc。，美国北卡罗来纳州卡里； 4 Isomics Inc，美国马萨诸塞州剑桥； 5 Dana-Farber癌症研究所，美国马萨诸塞州，美国马萨诸塞州； 6慕尼黑技术大学，慕尼黑，德国； 7德国慕尼黑的Helmholtz慕尼黑生物医学成像研究所； 8慕尼黑机器学习中心（MCML），德国慕尼黑； 9英国伦敦伦敦国王学院的生物医学工程与成像科学学院； 10德国卢贝克大学医学信息学研究所； 11德国人工智能研究中心，德国卢贝克； 12尼加塔卫生与福利大学，日本尼加塔； 13日本北海道穆罗兰理工学院； 14中国上海上海哥大学医学机器人学院； 15中国电子科学技术大学，中国成都； 16德国海德堡德国癌症研究中心（DKFZ）的医学图像计算部； 17海德堡大学，德国海德堡； 18上海实验室，中国上海。
摘要书
1 德国海德堡大学医院病理研究所，2 德国癌症研究中心 (DKFZ)，临床合作单位神经病理学，3 德国癌症研究中心 (DKFZ)，癌症表观基因组学，4 慕尼黑工业大学病理研究所，5 海德堡大学医院胸科，诊断和介入放射学，6 海德堡大学医院普通、内脏和移植外科部，7 国家肿瘤疾病中心，肿瘤医学部电子邮件：stephanie.roessler@med.uni-heidelberg.de 背景和目标：详细了解不同形式的胆管癌发生的分子改变对于更好地理解胆管癌 (CCA) 至关重要，并可能为早期诊断和更好的治疗选择铺平道路。目前，世界卫生组织（WHO）的消化系统肿瘤分类已确认并详细描述了两种可能导致侵袭性胆道前体病变的主要亚型：微观胆道上皮内肿瘤（BilIN）和宏观可见的胆管内乳头状或管状乳头状肿瘤（IPNB和ITPN）。在本研究中，我们重点研究了IPNB和ITPN的分子改变，以更好地了解早期致瘤事件以及IPNB与ITPN之间的差异。方法：我们分析了一组临床病理学特征明确的胆道高级别导管内乳头状（IPNB）或管状乳头状（ITPN）肿瘤前体病变患者群（N=54），并将结果与独立的非IPNB/ITPN相关胆道前体病变群（N=294）进行了关联。采用二代测序、DNA拷贝数和全基因组甲基化分析方法对非肿瘤性胆道上皮、前体和侵袭性CCA的三联体样本集进行分析。结果：根据MUC1、MUC2、MUC5AC和CDX2的形态学和免疫组织化学分析，该队列包括44例（81.5%）IPNB和10例（18.5%）ITPN。解剖学上，ITPN多与肝内CCA有关，而IPNB多与远端CCA同时发生。IPNB/ITPN与小管型和大赛型肝内CCA的相关性相同。源自IPNB/ITPN的侵袭性CCA患者的预后优于没有IPNB/ITPN的CCA患者。在分子水平上，IPNB中最常见的突变基因是TP53、KRAS、SMAD4和CDKN2A；这些突变在肝外CCA中也很常见，而ITPN的突变明显较少。大多数突变在癌前病变和相应的侵袭性CCA之间是相同的，但ROBO2突变仅发生在侵袭性CCA中，而CTNNB1突变主要存在于癌前病变中。此外，IPNB和ITPN的DNA甲基化谱不同，潜在甲基化成分分析表明IPNB和ITPN可能有不同的细胞来源。结论：我们发现 IPNB 和 ITPN 具有不同的早期基因改变，IPNB 富含典型的肝外 CCA 突变，而 ITPN 表现出很少的基因改变并显示出不同的表观遗传特征，并且 IPNB/ITPN 可能代表肝内和肝外胆管癌变的一种独特的中间形式。
系统鉴定结直肠癌中的MACC1驱动的代谢网络
1血液学，肿瘤学和肿瘤免疫学，以及Molekulares Krebsforschungszentrum（MKFZ），Chariteé -Universitaätsmedizin柏林，13353年，德国柏林； jan.lisec@bam.de（J.L。）; carsten.jaeger@charite.de（C.J.）2德国癌症联盟，德国Heidelberg 69120 Deutsches Krebsforschungzentrum（DKFZ）； dennis.kobelt@mdc-berlin.de（d.k.）; wowalt@mdc-berlin.de（W.W.）; Margarita.mokrizkij@mdc-berlin.de（M.M.）; carsten.groetzinger@charite.de（C.G.）; winfried.brenner@charite.de（W.B。）3部门1.7分析化学，联邦材料研究与测试研究所（BAM），柏林12489，德国4 4实验和临床研究中心，慈善 - 埃纳弗斯蒂尼辛伯林，麦克斯 - 戴尔布鲁克 - 梅克斯 - 戴尔布吕克 - 中心，用于赫尔姆霍尔兹协会的分子医学，固体统治学，固体肿瘤学，3. Charité–universitätsmedizin柏林胃肠病学，德国柏林13353 6 Hasso Plattner Institute，数字工程学院，波茨坦大学，14482 Potsdam，德国Potsdam； katharina.baum@hpi.de 7 MaxDelbrück分子医学中心在Helmholtz协会，蜂窝过程数学建模，德国柏林13125； mareike.simon@mdc-berlin.de（M.S.）; jana.wolf@mdc-berlin.de（J.W。）8柏林实验性放射性核素成像中心（Beric），Charité -Universitätsmedizin柏林，13353柏林，德国； nicola.beindorff@charite.de 9核医学系慈善委员会 - Universitätsmedizin柏林，13353柏林，德国 *通信：ustein@mdc-berlin.de;电话。： +49-30-94063432
利用患者 iPS 细胞衍生的神经干细胞模拟 SHH 驱动的髓母细胞瘤
a 瑞典卡罗琳斯卡医学院微生物学、肿瘤和细胞生物学系 (MTC)，邮编 171 65 斯德哥尔摩；b 瑞典乌普萨拉大学生命科学实验室免疫学、遗传学和病理学系，邮编 751 85 乌普萨拉；c 瑞典卡罗琳斯卡医学院神经科学系，邮编 171 65 斯德哥尔摩；d 加拿大多伦多儿童医院发育和干细胞生物学项目，邮编 M5G 0A4；e 加拿大多伦多大学神经外科分部，邮编 M5S 1A8；f 霍普儿童癌症中心 (KiTZ)，邮编 69120 海德堡；g 德国癌症研究中心 (DKFZ) 和德国癌症研究联盟 (DKTK) 儿科神经肿瘤学分部，邮编 69120 海德堡； h 分子医学中心分子医学与外科系，卡罗琳斯卡医学院，瑞典斯德哥尔摩 171 76；i 临床遗传学系，卡罗琳斯卡大学医院，瑞典斯德哥尔摩 171 76；j 癌症与衰老研究所，CNRS UMR 7284，INSERM U1081，尼斯索菲亚安提波利斯大学，法国尼斯；k 神经外科分部，临床科学系，斯科讷大学医院，瑞典隆德 221 85；l 神经胶质瘤免疫治疗组，临床科学系，隆德大学，瑞典隆德 221 85；m 妇女与儿童健康系，卡罗琳斯卡医学院，瑞典斯德哥尔摩 171 76