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DOI:10.31557/APJCP.2024.25.6.2069 针对口腔癌：植物化学物质与致癌分子标记物的计算机对接研究
口腔癌变是一个多方面的复杂过程，其中调节正常细胞生理的信号转导通路内的遗传事件发生定性或定量改变 [1]。口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 是最常见的口腔癌，占口腔所有恶性肿瘤的 80-90%。美国国家癌症研究所 (NCI) 发布的流行病学数据表明，OCSCC 的总体 5 年生存率为 63%，范围从早期的 83% 到晚期的 38%。在口腔癌中，某些分子靶点已被确定为疾病进展中的重要因素。两个这样的例子是 Cyclin D 和 PI3k-RAS 结合蛋白的异常，这有助于控制细胞周期。这些靶点非常重要，因为它们可以改变肿瘤的生长和扩散方式。为了做出新的分子治疗和化疗选择，我们需要充分了解这些分子靶点 [2]。细胞周期蛋白依赖性激酶 (CDK) 是保守的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族之一，对于维持体内平衡和调节细胞至关重要
利用分子对接和分子动力学研究释放已批准药物对原肌球蛋白受体激酶 A 变构抑制的潜力
1 苏丹杰济拉大学药学院药物化学系，2 苏丹杰济拉大学药学院药剂学系，3 苏丹喀土穆大学药学院药物化学系，4 沙特阿拉伯阿尔哈吉 Prince Sattam Bin Abdulaziz 大学药学院生药学系，5 苏丹喀土穆大学药学院生药学系，6 埃及曼苏拉曼苏拉大学药学院生药学系，7 沙特阿拉伯麦加乌姆古拉大学药学院临床药学系，8 沙特阿拉伯麦地那 Al-Munawwarah 泰巴大学药学院药理学与毒理学系阿拉伯、9 沙特阿拉伯麦地那泰巴大学药学院药剂学和制药技术系、10 沙特阿拉伯吉达巴特吉医学院化学系预科课程、11 埃及艾斯尤特大学药学院生药学系、12 沙特阿拉伯吉达阿卜杜勒阿齐兹国王大学药学院天然产物和替代医学系
利用分子对接和分子动力学研究重新利用已获批准的药物来靶向 CDK4/6 和芳香酶蛋白
乳腺癌是全球癌症发病率和死亡率的主要原因，在女性中发病率最高。在乳腺癌的各种亚型中，雌激素受体阳性（ER+）是最常见的。雌激素上调细胞周期蛋白D1，进而促进CDK4/6的活性并促进细胞周期进程。为了解决这个问题，ER+乳腺癌的一线治疗重点是通过靶向芳香化酶来抑制雌激素的产生，芳香化酶是负责雌激素合成限速步骤的酶。因此，将CDK4/6抑制剂与芳香化酶抑制剂结合起来已经成为这种类型乳腺癌的重要治疗策略。这种方法可以有效地抑制雌激素的生物合成并控制不受控制的细胞增殖，显著提高总体生存率并延缓疾病进展。本研究旨在利用基于结构的药物设计策略来识别可能同时抑制CDK4/6和芳香化酶的化合物。制备了12,432种已批准和在研药物，并使用Glide的HTVS和XP对接模式将其对接至CDK6的活性位点，得到277种对接得分为-7 kcal/mol的化合物。使用XP模式将这些化合物对接至芳香化酶，得到七种对接得分为-6.001 kcal/mol的药物。此外，将入围药物与CDK4对接，对接得分范围从-3.254至-8.254 kcal/mol。此外，计算了前七种药物的MM-GBSA。鞣花酸、卡拉洛尔、丹多龙和阿扑吗啡四种药物对这三种蛋白质靶标CDK4/6和芳香化酶均表现出良好的结合亲和力。具体而言，它们与CDK6表现出有利的结合自由能，分别为-51.92、-53.90、-50.22和-60.97 kcal/mol。在这些药物中，阿扑吗啡与所有三个蛋白质靶标表现出最有利的结合自由能。为了进一步评估相互作用的稳定性，对阿扑吗啡与 CDK6 进行了 100 ns 分子动力学模拟。结果表明形成了稳定的配体-蛋白质复合物。而从 MM-GBSA 计算阿扑吗啡的 MD 构象的结合自由能的结果显示，与
基于 DFT、分子对接和药代动力学研究的鹰嘴豆素 A 作为潜在乳腺癌药物的计算机辅助分析
摘要：乳腺癌是全球最常见、最致命的癌症类型。鹰嘴豆素A是一种天然异黄酮，具有多种生物学和药理学特性。本研究利用密度函数理论（DFT）的量子化学研究探索鹰嘴豆素A的结构特征，并通过分子对接模拟揭示其抑制乳腺癌的特性。首先使用DFT/B3LYP方法以6-311++（d，p）基组对先导分子进行优化。进行模拟静电势以评估先导分子的反应性，并通过基于能隙、化学势（μ）、电负性（χ）、硬度（η）和软度（S）值的HOMO-LUMO分析评估分子反应性和稳定性。进行Mulliken原子电荷分布以确定分子的反应位点，并进行自然布居分析以计算电子分布。随后通过分子对接研究评估鹰嘴豆素A与乳腺癌靶蛋白的相互作用，并通过药代动力学评价评价先导分子的类药性，结果表明该先导分子没有违反Lipinski规则，对HER-2（PDB ID：2IOK）具有最高的结合亲和力，对接评分为-9.2Kcal/mol。
牙龈卟啉单胞菌诱发的女性牙周炎模型中血清 C 反应蛋白升高：体内和分子对接
牙周炎与全身多种疾病关系密切，而牙龈卟啉单胞菌是牙周炎发生发展的关键，C反应蛋白（CRP）是细菌感染引起的全身炎症的主要指标之一。本研究以P. gingivalis诱发的雌性大鼠模型，通过体内实验和分子对接的方法评估血清CRP水平的升高。本研究使用P. gingivalis悬浮液于下颌第一左右磨牙近中龈沟中诱发雌性动物模型，剂量为0.05 ml，每三天注射一次，共19天。根据观察期使用致死剂量的氯胺酮对动物实施安乐死，并心脏采血。CRP测定使用ELISA试剂盒。分子对接分析采用Protein Data Bank网站、Pymol软件和ClusPro 2.对CRP水平进行统计学分析，采用方差分析（ANOVA）(p<0.05)。结果显示，雌性牙周炎大鼠模型组血清CRP水平明显高于对照组（p=0.000），在观察期范围内各组间差异无统计学意义（p>0.05），但同一观察期内对照组与雌性牙周炎模型组血清CRP水平有差异（p<0.05）。CRP-赖氨酸特异性牙龈蛋白酶（KGP）键能是P. gingivalis其他毒力因子的CRP键中最低且最稳定的（-1038.6）。综上所述，P. gingivalis诱导可升高雌性牙周炎模型中的CRP水平。
基于网络药理学与分子对接探讨岩藻甾醇治疗非小细胞肺癌的作用机制
我们使用 TIMER 数据库 (https://cistrome.shinyapps.io/timer/) 进行了免疫浸润分析，该数据库是一个友好的综合工具集，用于对不同类型的癌症进行免疫浸润的综合分析。TIMER 数据库中涉及六种免疫细胞的分析，包括 CD4 + T 细胞、CD8 + T 细胞、B 细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞。此外，我们在调整肿瘤纯度后进行了基因 GRB2 与 EGFR 的关联分析。
分子对接和ADMET研究，用于搜索针对SARS-COV-2的多靶向抗病毒化合物：一种计算方法
最近由SARS-COV-2引起的大流行是整个世界的主要健康问题。快速传播和这种疾病的死亡率对人类社会构成了严重威胁。通过研究其认真对待这种疾病的药物是当今的最大任务。在本研究中，计算方法用于寻找针对SARS-COV-2感染的有效化合物。1452具有潜在抗病毒活性的化合物从PubChem数据库中选择，以搜索潜在的抑制剂SARS-COV-2的治疗靶标。使用Maestro 12.4（Schrodinger Suite）进行了分子对接和吸收，分布，代谢，消除和毒性（ADMET）性质研究。所有选定的化合物被汇合到六种化合物，这些化合物被发现对SARS-COV-2的所有五个靶标有效。Among six compounds, compound C6 is exhibited excellent docking score -8.93, -8.21, -7.93, -6.73 kcal/mol with main protease (Mpro), angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2), RNA dependent RNA polymerase (RdRp), and endoribonuclease (NSP15) target proteins respectively.
使用分子对接
摘要：covid-19是由新型包裹的β-核心管病毒引起的，其基因组RNA与严重的急性呼吸系统综合症 - 科罗纳病毒（SARS-COV）密切相关，并被称为冠状病毒2（SARS-COV-2）。在这项研究中，针对RBD专门停靠了六种合成药物。观察到六种化合物中的大多数与特定的非共价相互作用非常吻合。oseltamivir被发现是与RBD最强烈的相互作用，表现出高适应性和低自由能的结合能量。它在活性位点的区域中形成了多个非共价键。羟基氯喹还表现出溶剂可访问性的高结合亲和力，并且非常适合S蛋白的活性口袋。结果表明，这些化合物可能是S蛋白质的有效抑制剂，在某种程度上可以阻止其与ACE-2的相互作用。从SARS-COV-2峰值蛋白的3D结构中显而易见，随着不同药物的相互作用，这会导致不适合结合ACE2受体。因此，有必要阐明这些化合物对SARS-COV-2的作用的实验室研究，以进行临床评估。氯喹，羟基氯喹和Oseltamivir通过非共价相互作用与S蛋白的受体结合结构域相互作用，并被建议作为Covid-19的出色候选者。
卡马西平和（r） - 拉果酰胺的类似物作为癫痫病的潜在抑制剂：分子对接，DFT和药代动力学
摘要：对当前癫痫疗法的抵抗力的增加强调了开发具有新的作用机理的新型抗癫痫剂的必要性。lacosamide和carbamazepine衍生物在结构上与抗癫痫药相关，据报道没有碳酸酐酶抑制性能。计算建模可以成为实验者的强大工具，为研究系统提供了严格的算法。这对于测试假设并在实验之前制定实验方案可能很有价值。因此，本研究旨在使用计算方法来确认所选癫痫抑制剂的实验主张。通过混合功能性B3LYP 6-311 ++ G（d，p）与ADME/TOX（吸收，分布，代谢，新陈代谢，排泄和毒性）预测相关，可药物，物理性，物理化学，药物学和药物动力学和药物代理，例如潜在抑制剂。所有化合物都通过了Lipinski的五个规则，表明其潜在的口服使用。为了了解相互作用的模式和结合能的模式，已经对类似物进行了分子对接研究，该研究已经使用了多个靶标，例如电压门控的T型钙通道（CA V 3.1），电压门控钠通道α（Na v 1.5），Na v 1.5），人碳氧化氢酶2（Human Carbonic Anhydrase 2（HCA-II II）和GAB AICIN（HCA-II）和GAB AININO（GAB AININ）（GABA）和γ-Andic andIno。与大多数受体对接时，BIA 2-024，卡马西平和埃斯卡尔巴西平的化合物显示出最好的对接相互作用和∆G°。这些结果预测了这些化合物作为潜在的抗癫痫药（AED）的作用。
酶动力学和分子对接研究乙酰胆碱酯酶和丁乙烯酯酶的抑制剂来自海洋藻类Ecklonia cava
摘要 - Ecklonia Cava Kjellman（Laminareaceae）在韩国济州岛岛的海岸生长，并因其用作食品成分，动物饲料和药物而闻名。该海藻含有硫烷蛋白，菲洛格葡萄醇的聚合单位，该术语衍生自这些复杂分子的基础，是这些化合物的常见名称。菲洛氏素是次生代谢产物，由于其各种有益特性，包括抗氧化剂，抗癌，抗过敏和抗HIV活性，对人类健康具有重要意义。在这项研究中，从大肠杆菌的80％EtOH提取物中分离出10磷酸（1-10）。通过光谱分析和与文献进行比较来确定这些化合物的结构。研究了化合物1-10对乙酰胆碱酯酶（ACHE）和丁酰胆碱酯酶（Buche）的抑制作用。在ACHE抑制测定中，化合物1、2、4和6-10的IC 50值范围从0.9±0.8至66.5±0.4 µm；化合物4、6和9具有有效的Buche抑制作用，IC 50值范围为1.4±3.8至25.2±0.1 µm。此外，还进行了酶动力学和分子对接模拟，以了解这些活性化合物与靶酶之间的抑制模式，结合机制以及关键相互作用。这表明Cava是ACHE和BUCHE抑制剂的潜在有价值的自然来源。关键字 - Ecklonia Cava，Laminareaceae，Phlorotannin，Ache，Buche