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Leishmania Donovani中的凋亡蛋白 - 寄生虫
摘要 - 内脏利什曼病是一种威胁生命的载体传播疾病，对儿童和老年人免疫功能低下的人的影响不成比例，是一种主要的热带忽视疾病。在利什曼尼亚·多诺瓦尼（Leishmania Donovani）尚未报道过凋亡的伴侣蛋白质，而它们的识别可能会导致有关寄生虫细胞死亡和建立替代治疗剂的知识。我们搜索了哺乳动物的Bcl-2家族蛋白直系同源物，并在多诺瓦尼乳杆菌中发现了一种抗凋亡和两个促凋亡的直系同源物。。 进行了进行分子对接和分子动力学模拟，以评估已识别的凋亡蛋白与模拟哺乳动物固有的凋亡途径之间的蛋白质蛋白相互作用。 恢复表明，两种促凋亡蛋白都与抗凋亡直系同源物的疏水袋相互作用，形成稳定的复合物。 这种相互作用可能代表L. Donovani的凋亡途径中的关键事件。 为了进一步表征它，我们使用了CRISPR-CAS9方法来靶向识别蛋白。 纯敲门的种群突变体，并暴露于凋亡刺激中。 末端脱氧核苷酸转移酶Dutp nick末端标记（TUNEL）测定和定量表达促进表明，这些蛋白质与寄生虫的凋亡有关，并可能在其生存中起作用。。进行分子对接和分子动力学模拟，以评估已识别的凋亡蛋白与模拟哺乳动物固有的凋亡途径之间的蛋白质蛋白相互作用。恢复表明，两种促凋亡蛋白都与抗凋亡直系同源物的疏水袋相互作用，形成稳定的复合物。这种相互作用可能代表L. Donovani的凋亡途径中的关键事件。为了进一步表征它，我们使用了CRISPR-CAS9方法来靶向识别蛋白。纯敲门的种群突变体，并暴露于凋亡刺激中。末端脱氧核苷酸转移酶Dutp nick末端标记（TUNEL）测定和定量表达促进表明，这些蛋白质与寄生虫的凋亡有关，并可能在其生存中起作用。
溴结构域因子5作为抗精神病药的靶标
利什曼尼亚人是利什曼尼亚属动力质体寄生虫引起的被忽视的热带疾病的集合。当前的化学疗法受到严重限制，对新的反策划人的需求是迫切的重要性。溴结构域是表观遗传学读取器领域，它显示出有希望的癌症治疗潜力，并且还可能提出一个有吸引力的治疗寄生虫疾病的靶标。在这里，我们调查了Leishmania donovani溴dam虫因子5（LD BDF5）作为抗精神病药发现的靶标。LD BDF5包含N末端串联重复中的一对溴结构域（BD5.1和BD5.2）。我们通过X-Ray晶体学确定了Donovani BDF5的L. donovani BDF5的重组溴化局。使用组蛋白肽微阵列和荧光极化测定法，我们确定了LD BDF5溴结构域与源自组蛋白H2B和H4的乙酰化肽的结合相互作用。In orthogonal biophysical assays including thermal shift assays, fluorescence polarisation and NMR, we showed that BDF5 bromodomains bind to human bromodomain inhibitors SGC-CBP30, bromosporine and I- BRD9, moreover, SGC-CBP30 exhibited activity against Leishmania promastigotes in cell viability assays.这些发现体现了潜在的BDF5作为利什曼尼亚的药物靶标，并为未来开发针对这种表观遗传读取器蛋白的优化抗精神病化合物提供了基础。
长期造血干细胞触发利什曼原虫寄生虫
应对静止和治疗后复发的挑战在微生物学领域中至关重要。这项研究表明，在人和小鼠骨髓干细胞中估计有2-3个分裂后，Infantum和Donovani L. donovani寄生虫迅速静止。有趣的是，在巨噬细胞中未观察到这种行为，这是利什曼原虫寄生虫的主要宿主细胞。静止和非循环代谢状态的转录比较证实了基因表达的总体下降是静止的标志。静止的amastigotes显示出随着遗传改变而快速进化适应反应的尺寸和迹象。我们的研究进一步证明了这种静止状态会显着增强对治疗的抗药性。此外，通过静止的过渡与沙蝇的传播高度兼容，并增加了寄生虫感染细胞的潜力。总的来说，这项工作将骨髓中的干细胞确定为利什曼原虫静止的利基市场，对抗寄生虫治疗和毒力性状的获取具有重要意义。
系统鉴定编码细胞表面和分泌蛋白的基因，这些基因对于杜氏利什曼原虫体外生长和感染至关重要
利什曼病是一种由利什曼原虫属的原生动物寄生虫引起的传染病，目前尚无获批的人类疫苗。感染以物种特异性的方式定位到不同的组织，由杜氏利什曼原虫和婴儿利什曼原虫引起的内脏疾病对人类最为致命。尽管利什曼原虫属寄生虫主要在细胞内，但可以通过给狗接种婴儿利什曼原虫前鞭毛体培养物分泌产物的复杂混合物来预防内脏疾病。由于细胞外寄生虫蛋白可直接与疫苗诱导的宿主抗体接触，因此它们是良好的亚单位疫苗候选物，因此我们在此尝试发现对体外生长和宿主感染至关重要的蛋白质，目的是确定亚单位疫苗候选物。通过对杜氏利什曼原虫基因组进行计算机分析，我们确定了 92 个编码蛋白质的基因，这些蛋白质预测会通过单个跨膜区或 GPI 锚点分泌或外部锚定在寄生虫膜上。通过选择一种同时表达荧光素酶和 Cas9 核酸酶的转基因杜氏利什曼原虫，我们系统地尝试通过 CRISPR 基因组编辑靶向所有 92 个基因，并确定了体外生长所需的四个基因。对于 55 个基因，我们用每种突变寄生虫感染了小鼠群，并通过使用生物发光成像纵向量化寄生虫血症，结果显示 9 个基因有减毒感染的证据，尽管所有基因最终都建立了感染。最后，我们将两个基因表达为全长可溶性重组蛋白，并在小鼠临床前感染模型中将它们作为亚单位疫苗候选物进行测试。这两种蛋白质都对脾脏感染的不受控制的发展产生了显著的保护作用，值得进一步研究作为针对这种致命的热带传染病的亚单位疫苗候选物。
溴结构域因子 5 作为抗利什曼原虫药物研发的靶点
摘要：利什曼病是由利什曼属的动基体寄生虫引起的一组被忽视的热带疾病。目前的化疗非常有限，对新型抗利什曼病药物的需求在国际上具有迫切的重要性。溴结构域是表观遗传读取结构域，已显示出对癌症治疗的良好治疗潜力，并且也可能成为治疗寄生虫病的有吸引力的靶点。在这里，我们研究了杜氏利什曼原虫溴结构域因子 5 (Ld BDF5) 作为抗利什曼病药物研发的靶点。Ld BDF5 在 N 端串联重复序列中包含一对溴结构域 (BD5.1 和 BD5.2)。我们纯化了杜氏利什曼原虫 BDF5 的重组溴结构域，并通过 X 射线晶体学确定了 BD5.2 的结构。使用组蛋白肽微阵列和荧光偏振分析，我们确定了 Ld BDF5 溴结构域与源自组蛋白 H2B 和 H4 的乙酰化肽的结合相互作用。在包括热位移分析、荧光偏振和 NMR 在内的正交生物物理分析中，我们表明 BDF5 溴结构域与人类溴结构域抑制剂 SGC − CBP30、溴孢菌素和 I-BRD9 结合；此外，SGC − CBP30 在细胞活力分析中表现出对利什曼原虫前鞭毛体的活性。这些发现证明了 BDF5 作为利什曼原虫的潜在药物靶点的潜力，并为未来开发针对这种表观遗传读取蛋白的优化抗利什曼原虫化合物奠定了基础。关键词：利什曼原虫、溴结构域、表观遗传学、药物发现、结构生物学
以蛋白质脂化为靶点研发利什曼病药物
摘要 利什曼病是由利什曼属的多种专性细胞内原生动物引起的传染病，其疾病表现为皮肤、粘膜和内脏形式。尽管利什曼病在 80 多个国家流行，并且是高发病率和死亡率的原因，但它仍然是一种被忽视的热带疾病。化疗是一线治疗方法，但目前使用的药物存在毒性副作用、给药困难和治疗时间延长的问题——此外，耐药性正在出现。新的抗利什曼病药物是公认的国际优先事项。在这里，我们回顾了对 N-肉豆蔻酰转移酶 (NMT) 作为潜在药物靶点的研究。NMT 催化 C 14 脂肪酸从肉豆蔻酰辅酶 A 到真核细胞中大量蛋白质的 N 端甘氨酸残基的共翻译转移。这种共价修饰影响底物蛋白与脂质和伴侣蛋白的稳定性和相互作用。针对杜氏利什曼原虫 NMT 的高通量筛选活动产生的新先导化合物的结构指导开发导致了强效抑制剂的发现，这些抑制剂被用于深入了解蛋白质肉豆蔻酰化在这些寄生虫中的作用，并验证 NMT 作为药物靶点。
Anirban Siddhanta -Kolkata
Completed projects: SERB-DST (2019-2022) : “Functional Regulation of Leghemoglobin During Symbiotic Nitrogen Fixation” SERB DST (Central): (2012-2015) "Biochemical Study of The Relationship Between Phosphatidylinositol Signaling In Root Cells of Leguminous Plants With or Without Rhizobial Infection" CRNN, CU (2009-10) "Determination of金属纳米颗粒及其偶联物的利什曼尼型潜力“ DST（中央）（2010- 2013年）”肌醇磷脂信号传导在胰岛素凋亡死亡中产生胰岛素β细胞的凋亡死亡中的糖尿病细胞“ dbt（中心）”（2009-2012）的分配（2009-2012）”（2009-2012）”病原生理条件“ UPE/UGC（2007-2012）研究根际中物种相互作用的分子原理：生化和元基因组方法（作为共同主要研究者）WB-DBT（2015-2019）（2015-2019）：“降低了差异化磷酸化的dok-dok-dok-3（downlosperal dok-d dok-d of kinoseal dok-3（Kin）利什曼尼亚瓦尼（Leishmaniaiadovani）感染了巨噬细胞的吞噬体：加尔各答圣Xavier学院生物技术系Uma Siddhanta博士； Co-Pi：Anirban Siddhanta博士10.选择出版物清单：A。作为独立研究者：a）期刊：1。激酶3（DOK-3）下游的酪氨酸磷酸化在Leishmania Donovani
对伊朗西北伊朗的人类，家养犬和沙蝇的动力学DNA的检测和系统发育分析
利什曼病是指具有广泛表现的疾病；并且有三种主要的疾病形式，皮肤，粘膜皮肤和内脏。利什曼病是一种疾病，其中一种是原生动物剂，即载体传播。内脏利什曼病（VL）是最严重的形式，如果不治疗，可能会严重威胁生命。vl可能是由伊朗利什曼尼亚·多诺瓦尼（Leishmania Donovani）综合体的成员引起的，利什曼原虫（Leishmania Infantum）被认为是VL的主要病因，导致人畜共患病的VL形式。我们作品的两个主要目标遵循了我们先前的血清流行病学和昆虫学调查，是对感染Peo-Ple，狗和沙子的利什曼原虫物种进行系统发育分析的表征和进行系统发育分析。在整个2017年，从1月至12月收集了样品，因此从人类和狗那里收集了血液样本，而用粘性陷阱收集了沙蝇样品。DNA，10％的血清阴性人类样品以及所有收集的沙蝇均遭受kDNA-PCR，以追踪寄生虫。总共30个样本，包括20种人类样品，8个狗样品和2个沙蝇样品，对L的kDNA基因呈阳性。婴儿。序列以研究六个分解的L之间的遗传多样性。婴儿。基于kDNA，l的系统发育研究。婴儿表现出高水平的遗传多样性和宿主之间的关系，寄生虫的地理起源及其遗传多样性。
使用 CRISPR/Cas9 胞嘧啶碱基编辑工具箱对利什曼原虫进行基因编辑和可扩展的功能基因组筛选 LeishBASEedit
摘要 CRISPR/Cas9 基因编辑彻底改变了利什曼病的病原体利什曼原虫的功能丧失实验。然而，由于利什曼原虫缺乏功能性非同源 DNA 末端连接途径，因此获得无效突变体通常需要额外的供体 DNA、选择与药物耐药性相关的编辑或耗时的克隆分离。因此，目前无法在不同条件下和多种利什曼原虫物种中进行全基因组功能丧失筛选。在这里，我们报告了一个克服这些限制的 CRISPR/Cas9 胞嘧啶碱基编辑器 (CBE) 工具箱。我们利用利什曼原虫中的 CBE 通过将胞嘧啶转化为胸腺嘧啶来引入终止密码子，并创建了用于动基体中 CBE 引物设计的 http://www.leishbaseedit.net/。通过报告基因检测以及针对 L. mexicana 、 L. major 、 L. donovani 和 L. infantum 中的单拷贝和多拷贝基因，我们展示了该工具如何通过仅表达一个单向导 RNA 来有效生成功能性无效突变体，在非克隆群体中达到高达 100% 的编辑率。然后，我们生成了针对利什曼原虫优化的 CBE，并成功地针对质粒文库传递的 L. mexicana 中的功能丧失筛选中的必需基因。由于我们的方法不需要 DNA 双链断裂、同源重组、供体 DNA 或克隆分离，我们相信这首次使通过质粒文库传递在利什曼原虫中进行功能性遗传筛选成为可能。
对内脏利什曼原虫的免疫反应
L. donovani和l. int。婴儿感染与广泛的临床光谱相关，从无症状病例到具有高死亡率的内脏利什曼病（VL）。临床表现，例如Kala-azar真皮利什曼病（PKDL）和内脏利什曼病菌相关的胞菌细胞淋巴淋巴结症模因症（VL相关的HLHH-MIMIC），进一步有助于临床表现的多样性。这些临床变异因宿主的免疫反应与寄生虫的逃逸机制之间的复杂相互作用而错综复杂。这项叙述性综述旨在阐明与每种临床表现相关的潜在免疫机制，这是在过去5年内从已发表的文献中提取的。特定的注意是针对先天性免疫误差并获得免疫剂的患者的内脏利什曼原虫sinfection。在VL中，寄生虫利用各种免疫逃避机制，包括免疫检查点，导致主要抗炎性环境，利用寄生虫存活。相反，将近70％的个体能够安装有效的促炎性免疫反应，形成含有寄生虫的肉芽肿。尽管如此，某些患者可能会在免疫抑制后会经历该疾病的重新激活，从而挑战了当前对寄生虫的理解。患有艾滋病毒的人和那些具有先天性免疫力的人会出现更严重的感染过程，通常具有较高的复发率。因此，至关重要的是，在疾病复发和VL-与MIMIM的患者中排除原发性和获得的免疫降低。由于临床相似性，VL和HLH之间的区别可能具有挑战性，这表明称为VL-相关HLH的病态实体可能代表了症状性VL的严重表现，应认为更准确地将这种情况称为VL与VL相关的HLH-MIMIMIMIMIM。因此，在患有HLH的患者中不包括VL是必不可少的，因为适当的抗菌治疗可以逆转免疫失调。对利什曼原虫感染的免疫宿主相互作用的全面理解对于制定有效治疗和减轻疾病负担的预防策略至关重要。